Primer fare bağırsak Organoidlerin genetik mühendisliği dondurulmuş bölümleme için Manyetik Nano madde dönüştürücü viral vektörler kullanma

Özet

Biz adım adım talimatları tarif: 1) etkin bir şekilde bağırsak organoidleri Lenti-veya retroviral dönüştürücü için manyetik nano maddeler kullanarak mühendis ve 2) mühendislik organoidler dondurulmuş bölümler oluşturmak. Bu yaklaşım, akım etkilerinin incelenmesi için organoidlerde gen ifadesini verimli bir şekilde değiştirmek için güçlü bir araç sağlar.

Özet

İntestinal nevuslardır kültürler, bağırsak kök hücresini araştırmak için benzersiz bir fırsat sağlar ve biyoloji içinde yer alan biyolojisi, organoidlerde gen ifadesini manipüle etmek için etkili yaklaşımlar bu arenada sınırlı ilerleme kaydetmesine karşın. Crispr/Cas9 teknolojisi, nevuslardır üretimi için hücrelerin hassas genom düzenlemesine izin verirken, bu strateji hem zaman alıcı hem de pahalı olan sıra analizi ile geniş seçim ve tarama gerektirir. Burada, intestinal organoidlerin verimli viral dönüştürücü için ayrıntılı bir protokol sunuyoruz. Bu yaklaşım hızlı ve son derece etkilidir, böylece CRISPR/Cas9 teknolojisinin doğasında zaman ve gider azalır. Ayrıca immünohistokimyasal veya immünofluorescent boyama ile daha fazla analiz için bozulmamış nevuslardır kültürlerden dondurulmuş bölümler oluşturmak için bir protokol sunuyoruz, hangi gen ifadesi veya susturma onaylamak için kullanılabilir. Gen ifadesi veya susturulması için viral vektörler başarılı dönüştürücüden sonra elde edilir, bağırsak kök hücresi ve Crypt fonksiyonu hızla değerlendirilebilir. Çoğu nevuslardır etütler in vitro olarak çalışsa da, organoidler in vivo fonksiyonel analizler için farelere de teslim edilebilir. Dahası, şu anda mevcut tedaviler genellikle genomu değiştirmek yerine gen ifadesi veya protein fonksiyonuyla işlev gördükleri için ilaçlara yönelik terapötik tepkiler tahmin etmek için yaklaşımlarımız avantajlıdır.

Giriş

Kültür fare veya insan kript hücreleri üç boyutlu olarak (3D) küçük bağırsak veya kolon uzun süre boyunca organoids gibi hücreler büyük bir atılım sağladı çünkü bu kültürler intestinal epitelyum içinde vivo tanımlama özellikleri görüntüleme ^{1 , 2 , 3}. organoids birincil kript türetilen kendi kendine yenileme ve kendi kendine organizasyon, cep fonksiyonları kökeni kendi dokularına benzer sergileyen yeteneğine sahiptir. Nitekim, organoids sadece kript in vivo yapısal organizasyonu değil, aynı zamanda birçok moleküler özellikleri, böylece normal biyoloji ve hastalık Devletler çalışmak için yararlı araçlar sağlayan reapitulate. Göstermek için, nevuslardır çalışmalar doku rejenerasyon dahil yeni moleküler yollar ortaya koydu^1,2,3,4,5 yanı sıra fonksiyonu artırabilir ilaçlar patolojik ayarlar^6,7.

İntestinal astar en son derece rejeneratif memeliler dokuları arasında olduğu için, her 3-5 gün içinde bakteri, toksinler ve diğer patojenlerden organizmayı korumak için kendini yenileyen bağırsak kök hücrelerinin çalışma özellikle ilgi bağırsak lümen. Bağırsak kök hücreleri (ISCs) bu olağanüstü rejeneratif yeteneği sorumludur ve böylece yetişkin kök hücre fonksiyonu^1,2eğitim için benzersiz bir paradigma sağlar. Lineage-farelerde izleme denemeler izole Lgr5-pozitif kök hücreleri 3D organoids veya ' mini-cesareti ' in vitro oluşturmak için kültürlü olabilir gösterdi nerede yakından onların in vivo karşı ayna. Organoid kültürler Ayrıca progenitors oluşan bağırsak Crypt hücre yalıtımlarından elde edilebilir, ISCs, ve Paneth hücreleri, ikincisi epitel niş hücreleri oluşturmaktadır in vivo. Aslında, primer bağırsak Crypt hücrelerinden nevuslardır kültür yaygın olarak kullanılabilir reaktifler kullanarak çoğu laboratuvarlarda uygulanması kolay nispeten rutin bir teknik haline gelmiştir. Bu model aynı zamanda RNA sıralaması (RNA-seq) ve kütle spektrometresi, immünhistokimya veya immünofluorescent boyama^2,4,8proteinleri tarafından Gen ifadesinin nicel analizine imkan tanır. Buna ek olarak, fonksiyonel genetik (gen aşırı ifade veya aktive mutant geni ifadesi) veya fonksiyon kaybı (gen susturma veya bir fonksiyon kaybı mutant ifade) yaklaşımlar²kullanılarak incelenebilir.

Önemlisi, düşük verimlilik ve standart plazmid DNA 'Sı yüksek toksisitesi veya polybrene ile viral iletim protokolleri alanında büyük bir engel kalır. CRISPR/Cas9 teknolojisi hassas genom düzenleme için izin verir, ancak bu yaklaşım sıra doğrulama⁹tarafından izlenen zaman alıcı seçim gerektirir. Burada, manyetik nanopartiküllere konjugasyon ve manyetik alanın uygulanması ile viral partiküllerin teslimatını optimize eden primer bağırsak organoidleri için viral bir dönüştürücü Protokolü sunuyoruz. Önceki protokollerde önemli değişiklikler^{4,5,10,11,12,13} ve önerileri verimliliği artırmak için sağlanır. Ayrıca immunohistokimya veya immünofluorescent boyama ile daha fazla analiz için 3D matrigel (bundan böyle Bodrum membran matris veya matris olarak da adlandırılır) kültürlü bozulmamış organoidlerden dondurulmuş bölümler oluşturmak için bir yaklaşım açıklanmaktadır.

Protokol

Bu protokol Johns Hopkins Tıp Kurumları hayvan bakımı ve kullanım Komitesi (ıTUC) tarafından onaylanmıştır. Bu protokol daha önce yayımlanan yöntemlerden¹⁰,^11,12,13değiştirilir.

1. Reaktiflerin hazırlanması

1. Yeni 293T orta birkaç saat önceden hazırlayın ve sıcak için 37 ° c bir su banyosunda en az 10 dakika önce kullanmadan (Tablo 1).
2. Viral paketleme için Plasmid DNA^2,13,14 hazırlayın. (Tablo 2).
3. Diğer tüm gerekli materyalleri (malzeme tablosu) edinin.

2. Lentivirus veya retrovirus parçacık üretimi

1. İnsan embriyo böbreği (HEK) 293T hücre tohumlama (1. gün)
   1. 1 150 mm Kültür tabağı ile kaplama ile hazırlamak 50 μg/mL Poly-D-lizin fosfat tamponlu tuz içinde çözülmüş (PBS; 10 mL/yemek) Oda sıcaklığında 1 saat (RT).
   2. Fosfat tamponlu tuz (PBS)/Poly-d-lizine çıkarın ve kaplanmış tabağı 5 mL PBS ile iki kez yıkayın.
   3. (Tablo 1) 293t Orta (8 \ u201210 x 10⁶) tohum 293t hücreleri 15 ml toplam hacmine.
   4. Kültür 293T hücreler bir gecede standart doku kültürü kuluçta (37 °C, 5% CO₂).
2. HEK 293T hücre transfeksiyon (2. gün)
   1. Hücreleri% 70-80 konfluence ulaştığında transfeksiyon gerçekleştirin (genellikle yaklaşık 24 saat tohumlama sonra 8 \ u201210 x 10⁶ hücreler).
   2. Transfeksiyon karışımı, ticari katyonik lipozom formülasyonu gibi verimli bir yaklaşım kullanarak hazırlayın (Tablolar 1 \ u20122, malzeme tablosu)².
      1. Seyreltme Lentivirus DNA oluşturur¹² (Toplam ~ 24 μg PLAZMID DNA, Tablo 2) içinde 1,2 ml transfeksiyon orta ve inkük 5 dk RT 1,5 ml tüpler (malzeme tablosu).
      2. Transfeksiyon Orta (malzeme tablosu) 1,2 ml 'de (36 μL) dilüt transfeksiyon Regent ve üreticinin talimatlarına göre 5 dk Için 5 ml tüplerde inkübe.
      3. Lentivirus reaktif (adım 2.2.2.1) transfeksiyon reaktif (adım 2.2.2.2) ekleyin ve yavaşça yukarı ve aşağı 5 mL pipet kullanarak yavaş pipetleme ile karıştırın.
      4. Karışımı RT 'de 20 dakika boyunca inkübe etme.
   3. 5 mL transfeksiyon orta ile 293T hücreleri yavaşça yıkayın ve 10 mL transfeksiyon orta ile değiştirin.
   4. DNA-lipid kompleksleri (adım 2.2.2.3) 293T hücrelerin orta dropwise ekleyin ve dikkatle her çanak DNA-lipid kompleksleri eşit dağılımı sağlamak için yatay ve dikey yönde hareket ederek kültür yemeklerinde medya karıştırın.
   5. Standart doku kültürü kuluçta 6 h için inkübe (37 °C, 5% CO₂).
   6. Kuluçdan sonra, 20 mL taze virüs toplama Orta (Tablo 1) ile medyayı değiştirin.
3. Virüs toplama (gün 3 \ u20125)
   1. 50 mL tüplerde virüs ortamını toplayın ve daha fazla konsantrasyon için 4 °C ' lik buzdolabında saklayın.
   2. 20 mL taze virüs toplama orta her 24 saat ve kültür gecede (~ 24 saat) değiştirin. Sonraki 2 gün (gün 4 \ u20125) üzerinden medya koleksiyonunu yineleyin.
   3. 5 gün sonra toplanan orta toplam hacminin ~ 60 mL (20 mL/gün x 3 gün) olduğundan emin olun.
4. Virüs konsantrasyonu (5. gün)
   1. Toplanan medyayı (60 mL) 400 x g 'de 5 dakika santrifüjün. Daha sonra, herhangi bir hücresel enkaz kaldırmak için bir filtre (0,45 μm gözenekler) üzerinden süpernatant geçirin.
5. Santrifüj filtre ünitesinde (malzeme tablosu) 15 mL filtrelenmiş virüs ortamı ekleyerek virüslere konsantre olun. 2.500 x g 'de 4 °c ' de 15 dakika Santrifüjü. Virüs bu filtreden geçemez çünkü, filtre üst odasında konsantre edilecektir.
   1. Tüp (alt oda) gelen akışı aspirate ve aynı santrifüj filtre ünitesine kalan viral toplama medya süpernatant başka 15 ml ekleyin. Yukarıdaki santrifüjün (2.500 x g Için 4 °c ' de 15 dk) supernatant 'tan ek virüsü konsantre etmek.
   2. İstenen konsantrasyon (~ 100-kat) ulaşılana kadar tek bir transed plakadan 60 mL medya için aynı filtreyi kullanarak işlemi tekrarlayın.
      Not: Biz genellikle ~ 600 μL için virüs toplama ortamı ~ 60 mL konsantre.
   3. 1 ml pipet kullanarak filtre üst odasından konsantre virüs çıkarın, sonra kısım ve 1,5 ml tüpler (50 \ u201260 μL/tüp) at-80 °c daha sonra kullanmak için saklayın. 6 \ u201212 ay kadar konsantre parçacıklar saklayın.

3. izolasyon Crypts

1. Yerel ıAŞUC yönergelerine göre CO₂ kullanarak ötenize fareler.
2. Geri ötenize hayvan yerleştirin ve% 70 etanol ile püskürterek karın yıkayın.
3. Sternum 'dan kasık 'ye kadar uzunlamasına orta çizgi kesi gerçekleştirin, önce deriyi ve ardından subkutan dokusunu yakın.
4. İnce bağırsak karnından çekum çıkarın.
5. İnce bağırsak içindeki ilgi bölgelerini tanımlayın; kript duodenum, jejunum ve ileum izole edilebilir.
6. 10 ml 'lik bir şırınga kullanarak, 10 cm 'lik doku kültürü yeminde (1 mm ditiyotreitol (DTT), 1% penisilin/streptomisin (No CA^{2 +} ve mg^{2 +}) içeren ön soğutulmuş PBS) ile izole ince bağırsak (masa 1)
7. Periferik yağ dokusu çıkarın ve açık veya steril bir cam plaka (15 cm x 15 cm) üzerinde uzunlamasına bağırsak dokusu "radyus".
8. Bir hücre sıyırıcı kullanarak bağırsak epitelyal Villi yavaşça kazıyın.
9. 2 \ u20123 cm uzunluğunda-Wise bölümler içine ince bağırsak kes.
10. Dokuyu, düz forseps (116 mm) kullanarak önceden soğutulmuş PBS içeren 15 ml 'lik bir tüpe aktarın. ~ 30 s (ters yönde tüp hareketli ~ 60 kez) için şiddetle elle sallayarak doku parçalarını yıkayın.
11. PBS 'i yenileyin ve PBS temizlenene kadar tekrar yıkayın.
    Not: Biz genellikle 2 \ u20123 kez parçaları yıkayın.
12. PBS açık olduğunda orta hızda orbital Shaker üzerinde 4 °c ' de 10 dk için 10 ml Crypt ayrışma Buffer (Tablo 1) içeren 15 ml konik tüpte dokuyu inkübasyon yapın.
13. Şiddetle ~ 30 s (tersi yönde ≈ 60 kez) için elle tüp sallayın ve başka bir 15 ml konik tüp içeren düz forseps kullanarak doku aktarmak 10 crypt ayrışma tampon ml. Bu fraksiyonu buzun üzerine ininin. Öncelikle Villi içerdiğinden nevuslardır kültürü için ilk kesir kullanmayın.
14. Her kesir toplama ve buz üzerine yerleştirerek, 3 \ u20124 kez için 3.11 \ u 20123.13 adımları yineleyin.
15. Tersine çevrilmiş bir mikroskop (4X) altında her bir fraksiyondan 200 μL numuneleri tarayarak, en yüksek intestinal kript yüzdesi ile zenginleştirilen kesir seçin. Daha önce açıklandığı gibi tipik morfoloji tarafından kript tanımlamak (Şekil 1a)¹⁰.
    Not: Onlar yuvarlak veya oval şeklinde görünür ve granüle Paneth hücreleri içerir. Buna karşın Villi, granül Paneth hücrelerinin bulunmayan parmak benzeri yapılardır (Şekil 1B).
16. Gerekirse, benzer boyutta kript almak için bir 40 μm hücre süzgeci aracılığıyla seçilen kesir geçirin. Alternatif olarak, Lgr5 + kök hücreleri yeşil floresan protein (GFP) için Akış sitometrisi dayalı izole Eğer fareler EGFP-Lgr5 + arka plan veya Lgr5 + hücreler²tanımlaması sağlayan başka bir uygun model üzerine geçti.
17. Seçili kesir içindeki toplam kript sayısını aşağıdaki gibi say.
    1. Pipet 50, seçilen fraksiyonunun μL değerini bir hemokytometreye çevirir ve ters ışık mikroskobu (4X) kullanarak kriptolar sayısını sayar. Yer ~ 100 kripts iyi bir 48-iyi plaka kullanarak hangi 3 \ u20126 kuyuları gen susturma veya overexpression için deneysel koşul başına transilme olacak dönüştürücü deneyler için izin vermek.
    2. 50 μL başına kript sayısına göre, gerekli Crypt ayrışma tampon hacmi hesaplamak ve bir 1,5 ml tüp içine bu hacmi aktarmak.
       Not: Örneğin, 50 μL başına 10 kript sayılır, 300 kript için 6 x 50 μL veya 300 μL gereklidir.
18. 1,5 mL 'Lik tüplerde 5 dakika boyunca 300 x g 'de şifreli santrifüj yapın.
19. Üst sıvı katmanını hafifçe pipetleme ve 100 μL 'de Pelet artışını, buz üzerindeki Bodrum membran matrisini (malzeme tablosu) küçültülür.
20. Matris içeren kript 'ı 37 °c ön ısıtılmış 48-kuyu plakasına (30 μL/Well, ~ 100 kript/Well) yerleştirin. Matris jelleşme (37 °c, 5% Co₂) için izin vermek için 5 \ u201215 dakika için standart bir doku kültürü kuluçta plaka inkübe.
21. Her bir Jeli 250 μL nevuslardır kültürü (ENR) Orta (Tablo 1) ile yerleştirin ve 48-kuyu plakalarını standart doku kültürü kuluçta (37 °c,% 5 Co₂) içine yerleştirin. 24 saat sonra küçük, yuvarlak, kistik şekiller içine Crypt organizasyon için kültürler kontrol edin; tomurcuklar 2 \ u20125 gün sonra oluşturacaktır.
22. ENR medyasını her 3 günde bir hafifçe değiştirin. Eski ENR medyasını nazik emiş ile çıkarın, medyayı değiştirirken matrise dokunmayın.
23. Passage nevuslardır kültürler her 4 \ u20127 gün daha önce açıklandığı gibi¹¹.

4. organoid parça hazırlama

1. Bir kez (1 \ u20122 hafta içinde) veya pasaj olduktan sonra formu transduce organoids. Tek bir dönüştürücü deney için, hazırlamak 2 \ u20123 kuyuları kültürlü organoids bir 48-iyi plaka ile koşul başına ~ 100 \ u2012200 organoids/iyi veya ~ 200 \ u2012600 organoids deneysel dönüştürücü durumu başına.
2. 250 μL dönüştürücü medyası (Tablo 1) ve 3 veya daha fazla gün veya organoids bir kistik morfoloji benimsemeye kadar dönüştürücü medyada kültür ile Exchange ENR. Kök ve Paneth hücrelerinin sayısını artırmak için dönüştürücü ortamda Wnt3a ve ROCK inhibitörü (Y27632) hem de dahil; Nikotinamid (Nic) kültür verimliliğini geliştirir ( Tablo 1' de dönüştürücü ortamına bakın).
3. 1 mL 'Lik pipet kullanarak kubbe benzeri Bodrum membran matris yapısını medya ve pipet ucu ile mekanik olarak yırtılması.
4. Orgoidleri ve medyayı steril 1,5 mL tüpüne aktarın.
5. 200 μL pipet ~ 10 \ u201215 kez pipetleme ile matrisi mekanik olarak daha da bozar.
6. 500 x g 'de 5 dakika boyunca RT 'de nevuslardır parçaları Santrifüjü.
7. Bir pipet kullanarak dikkatle süpernatant atın ve 1 ml dmem/F12 Orta (Tablo 1) Pelet pelletini.
8. Dispase ı (10 mg/mL 'de 6 μL) ve DNase ı (2,5 μL 'de 10 mg/mL) ekleyin. 1 mL pipet kullanarak yavaşça pipetleme ile karıştırın.
9. 1,5 mL 'Lik tüpte 20 dakika boyunca 37 °C ' de organoidleri kulküat.
10. Ayrışma reaksiyonu sonlandırmak için 500 μL ENR medyası ekleyin; ENR 'deki serum reaksiyonu sonlandırır.
11. Orgoid hücrelerini 20 μm hücre süzgeci ile geçirin ve 400 x g 'de nevuslardır parçaları 5 dakika santrifüjler.
12. 150 μL dönüştürücü orta ile resuspend nevuslardır parçaları (Tablo 1).

5. viral dönüştürücü tarafından Organoids veya Crypt hücrelerinin genetik mühendisliği

Not: Bkz. Şekil 2.

1. 200 μL dönüştürücü orta/iyi bir 48-kuyu plakalı tohum nevuslardır hücre kümeleri ve standart doku kültürü kuluçta (37 °c, 5% Co₂) inküpleme. Alternatif olarak, bir 48-Well plaka içinde 200 μL dönüştürücü orta/iyi taze izole Crypt hücreleri (~ 1.000 Crypts) yerleştirin ve standart bir doku kültürü kuluçta (37 °C, 5% CO₂) inküpleme.
2. 48-kuyu plakaları ya da ~ 100 μL her iyi, 24-kuyu plakaları başına konsantre virüs ~ 50 μL konsantre virüs için izin dönüştürücü için virüs çözülme şişeleri çözmek.
3. 1,5 mL 'Lik bir tüpte (Tablo 3) RT 'de 15 dakika boyunca 12 μL manyetik nanopmakale çözeltisi ile virüs inküye yapın.
4. Manyetik nanopartikül çözeltisi/virüs karışımını hücrelere dönüştürücülere ekleyin.
5. Hücre kültürü plakasını manyetik bir plakaya yerleştirin ve standart doku kültürü kuluçta (37 °C, 5% CO₂) en az 2 h (ve ~ 6 h 'ye kadar) için inküye yapın.

6. enfekte organoid parçaları tohumlama

1. Virüslü nevuslardır hücre kümelerini ve dönüştürücü medyasını her iyi bir 1,5 ml tüpüne aktarın.
2. 500 x g 'de 5 dakika Santrifüjü
3. Nazik emiş ile süpernatant atın ve 5 dakika buz üzerinde Pelet içeren tüp serin.
4. 120 μL Bodrum membran matrisi ekleyin ve yavaşça yukarı ve aşağı pipetleme ile Pelet pelletini.
5. Yeni 48-Well plaka içine matris hücre karışımı tohum 30 μL damla.
6. Matris katılaşıncaya kadar 5 \ u201215 dakika için 37 °C ' de plakayı kulbe eder.
7. Her bir kuyu için dönüştürücü orta ekleyin ve 3 \ u20124 gün (37 °C, 5% CO₂) için standart doku kültürü kuluçta inkübe.
8. 3 \ u20124 gün sonra, hücre kümeleri nevuslardır yapılara organizasyonu sağlamak için bir ışık mikroskop (10X) altında kültürler inceleyin. Ardından, dönüştürücü medyasını 250 μL ENR medyası ile hafifçe değiştirin.
9. Her 3 \ u20124 gün medya değiştirin.

7. seçim (varsa)

1. Sonra 2 \ u20123 gün, ilgili antibiyotik veya hormon seçim için dönüştürücü orta uygunsa ekleyin.
   Not: Plazmids bir puromisin direnci gen^2,14harbored çünkü lentivrial dönüştürücü seçimi için puromisin (2 μg/ml) kullanılır.

8. başarılı dönüştürücü ve gen Ifadesi veya susturma onayı

1. Fugw Lentivirus^2,14kullanıyorsanız, floresan mikroskop veya akış cytometri aracılığıyla Gfp sinyalleri ölçerek transtion verimliliği tahmin.
2. Kontrol ve deneysel nevuslardır kültürlerde mRNA 'nın nicel karşılaştırması için nicel ters transcriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanarak gen ekspresyonu veya susturmayı doğrula.
3. Protein kodlama gen ifadesi veya Batı Blot veya immünostasyonu²tarafından susturulması için protein düzeylerini onaylayın.

9. Bodrum membran matrisinde organoid Kriyobölüm

Not: Bkz. Şekil 3.

1. İnce emme ile ENR orta çıkarın, Bodrum membran matris Perturb dikkatli olmak ve yavaşça bir kez 500 μL PBS ile yıkayın.
2. 1,0 ml 'lik 4% civarında formaldehite (PFA) çözeltisi (malzeme tablosu) ile 30 dakika boyunca RT 'de organoidleri düzeltin.
3. PFA 'yı emiş ile çıkarın ve 1 mL PBS ile hafifçe iki kez yıkayın.
4. PBS emme ile çıkarın ve her örneğe% 30 sakaroz tampon 1,0 ml ekleyin. Soğuk bir odada, buzdolabında veya buzda numuneleri susuz bırakmak için 1 saat 4 °C ' de sakaroz içinde sabit organoidleri inkük.
5. Sükroz tamponunu emiş ile çıkarın ve her bir kuyunda matris katmanını (~ 300 μL/Well) kapsayacak kadar sadece yeterli gömme bileşiği (malzeme tablosu) ekleyin.
6. RT 'de 5 dakika boyunca inküye yapın.
7. Numuneleri a-80 °C ' ye 10 dakika boyunca veya gömme bileşik katı ve beyaz olana kadar yerleştirin.
8. Kenarları boyunca bileşik en az erime için izin RT dondurulmuş gömme bileşik ile çanak yerleştirin. Kuyunun duvarlarından blok ayırmak için bir neşter kullanın.
9. Matris katıştırma bileşik bloğunu forseps kullanarak çıkarın ve bir numune bloğuna yerleştirin (örn. cryomold), erime önlemek için hızlı bir şekilde çalışır.
10. Bileşiği gömme ile tamamen doldurun ve 30 dakika boyunca-80 °C ' de dondurunuz.
11. Blok, daha fazla kullanım için-80 °C ' deki buzluğu kesme veya depolama için kullanılır.

Sonuçlar

Burada, bir manyetik alana maruz kalan manyetik Nanopartiküllerin ilgi hücrelerine Lentivirus teslim edilmesini sağlayan hızlı ve son derece verimli bir dönüştürücü tekniği açıklanmaktadır. Kolayca kullanılabilir araçlar ile, sadece taze izole Crypt hücreleri (Şekil 1a), aynı zamanda Organoids (Şekil 2) ve daha rutin dönüşüm yaklaşımlar refrakter diğer hücreler için değil, bu yaklaşım uyguladıysa...

Tartışmalar

Organoids olarak yetişkin intestinal epitelin primer kültürü, kök hücre fonksiyonunda yer alan moleküler mekanizmalar, intestinal epitelyal homeostaz ve patoloji^{1,2,3, 4}' ü yapın. CRISPR/Cas9 teknolojisi genetik mühendisliği organoids için kullanılabilir olsa da⁹, istenilen genetik değişiklikler için sıra analizi dayalı geniş tarama ve seçim için ih...

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
DMEM	Thermo Fisher Scientific	11965092	Base medium for 293T cells
DMEM/F12+	Thermo Fisher Scientific	12634010	Base medium for organoid culture medium and organoid digestion buffer
OPTI-MEM	Thermo Fisher Scientific	11058021	Virus plasmids transfection medium
Fetal Bovine Serum	Corning	35-011-CV	Component of virus collection medium and 293T medium
Pen/Strep	Thermo Fisher Scientific	15140122	Component of organoid culture medium and crypt dissociation buffer
PBS (without Ca2+, Mg2+)	Thermo Fisher Scientific	10010049	A wash buffer and component of crypt dissociation buffer
Mem-NEAA	Thermo Fisher Scientific	11140050	Component of organoid culture medium
GlutamaxII	Thermo Fisher Scientific	35050061	Component of organoid culture medium
HEPES	Thermo Fisher Scientific	15630080	Component of organoid culture medium
EGF	Millipore Sigma	E9644	Component of organoid culture medium
Noggin	Peprotech	250-38 B	Component of organoid culture medium
R-spondin	R&D	7150-RS-025/CF	Component of organoid culture medium
Human recombinant insulin	Millipore Sigma	I9278-5ml	Component of organoid culture medium
Nicotinamide	Millipore Sigma	N3376-100G	Component of Transduction medium
Wnt3A	R&D	5036-WN-010	Component of Transduction medium
Y27632	Millipore Sigma	Y0503-1MG	Component of Transduction medium
0.5 M EDTA	Thermo Fisher Scientific	15575020	Component of Crypts dissociation buffer
DTT (dithiothreitol)	Thermo Fisher Scientific	R0861	Component of Crypts dissociation buffer
Dispase I	Millipore Sigma	D4818-2MG	Component of organoid digestion buffer
DNase I	Millipore Sigma	11284932001	Component of organoid digestion buffer
matrigel(Growth factor reduced)	Corning	356231	Used as a matrix to embed organoids
Opti-MEM	Thermo Fisher Scientific	31985070	Medium for transfection in viral production
ViralMag R/L	Oz Biosiences	RL40200	Magnetic particles of viral transduction
Magnetic plate	Oz Biosiences	MF10000	Magnetic plate to facilitate viral transduction
Lipofectamine 2000	Thermo Fisher Scientific	11668019	Transfection agent in viral production
Poly-D-Lysine	Millipore Sigma	A-003-E	Coating for plates before seeding 293T cells
4% Formaldehyde Solution	Boster	AR1068	Solution to fix organoids
O.C.T embedding compound	Thermo Fisher Scientific	4583S	For embedding of the the organoids
5 mL Falcon polystyrene tubes	Corning	352054
50 mL Falcon Tubes	Sarstedt	62.547.100
Orbitron rotator II Rocker Shaker	Boekel Scientific	260250
Olympus Inverted microscop CK30	Olympus	CK30	for scanning and counting crypts
Zeiss Axiovert 200 inverted fluorescence	Nikon	Axiovert 200	for viewing fluorescence in the crypts
Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter unit with Ultracel-100 membrane	Milipore Sigma	UFC910024	For concentrating viruses
pluriStrainer 20 µm (Cell Strainer)	pluriSelect	SKU 43-50020	For preparing organoid fragments
Falcon Cell Strainer	Fisher Scientific	352340	For preparing cyrpts of similar size after crypt isolation
Greiner CELLSTAR multiwell culture plates 48 wells (TC treated with lid)	Millipore Sigma	M8937-100EA	ForD2:D37+D16:D37g organoid fragments
Animal strain: C57BL/6J	Jackson Lab	#000664	For organoid culture