TChIP-Seq: Hücre türüne özgü Epigenome profil oluşturma

Özet

Biz tandem kromatin için adım adım bir protokol tarif immunoprecipitation sıralama (tChIP-Seq) hücre türüne özgü genom çapında histon değişiklik çözümleme sağlar.

Özet

Epigenetik yönetmelik gen ifadesinde merkezi rol oynar. Histon değişiklik 1960'larda keşfetti, fizyolojik ve patolojik fonksiyonları kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. Gerçekten de, yeni nesil derin sıralama ve kromatin immunoprecipitation (ChIP) belirli histon değişiklik antikorlar ile bizim görünümü epigenetik Yönetmeliğin genom arasında devrim yarattı. Diğer taraftan, dokular genellikle farklı hücre türleri oluşur ve onların karmaşık karışımı belirli bir hücreye epigenome soruşturma için analitik sorunlar teşkil etmektedir. Biz son zamanlarda kromatin seçici arıtma tagged çekirdek histon proteinleri hücre tarafından dayanmaktadır tandem kromatin immunoprecipitation sıralama (tChIP-Seq), hücre türüne özgü kromatin devlet bir genom geniş şekilde yönelik olarak geliştirilen faiz, ChIP-Seq. tarafından takip türleri Bu iletişim kuralının amacı tChIP-devamı en iyi uygulamalar giriştir Bu teknik için çeşitli histon modifikasyonları ve model organizmalar doku özel epigenome soruşturma çok yönlü bir araç sağlar.

Giriş

Hayvan dokuları farklı hücre türleri oluşur. Gen düzenlemesi her hücrede hücre türü tanımlar. Kromatin değişiklikler - DNA metilasyonu ve histon değişikliği - gen ekspresyonu hücre tipi özgüllük altında yatan. Bu nedenle, her hücre tipi epigenetik yönetmelikle ölçülmesi istenen ancak teknik bir mücadele vardı.

Tandem kromatin immunoprecipitation sıralama (tChIP-Seq) belirli bir hücreye epigenetik araştırmak için son zamanlarda geliştirilen (resim 1)¹yapıldı. TChIP içinde bir hücre türüne özgü organizatörü epitope öğesini çekirdek histon protein H2B ifade edilir. Malzeme çeşitli hücre türlerinin bir karışımını başlar, ancak bu özellik chromatins ilgi, hücrelerden yalıtım sağlar. Aşağıdaki ChIP-Seq — kromatin arınma yolu ile bir değişikliğin histon işareti ve yeni nesil derin sıralama, izole DNA — bir genom geniş şekilde hedeflenen hücre tipi epigenetik durumunu izleyebilirsiniz.

Bu tekniği kullanarak, biz son zamanlarda araştırdık histon H3 protein lizin 4 (H3K4me3), nöron özel trimethylation işaretleri. Bu çalışmada, geliştirdiğimiz bir çakma fare hangi C-ölümcül içinde bayrak öğesini H2B protein Cre-aracılı rekombinasyon (Rosa26^{CAG floxed-pA H2B-bayrak}) ifade edildi. Cre-endoplasmic retikulum (ER) gen CamK2a Düzenleyicinin kontrolü altında sahip bir fare ile geçiş tarafından elde edilen fare çizgi üzerine tamoxifen enjeksiyon (Camk2a^H2B-bayrak)¹aktif nöron H2B-bayrak indüklenen. Kurulan fare çizgi beyinden başlayarak, biz tChIP-Seq anti-H3K4me3 antikor ile gerçekleştirilen. Bu yana H3K4me3 işaretleri çoğunlukla organizatörü bölgelere karşılık, özellikle nöronlar¹' ifade mRNA'ların yüzlerce keşfetmek olabilir.

Burada, doku diseksiyon adımlarına Kütüphane inşaat ()Şekil 1)kapsayan bir tipik tChIP-Seq yöntemi açıklanmaktadır. Bu iletişim kuralı son tChIP-Seq performansını ve diğer hücre tipleri ve histon değişiklikler bu yöntemin uygulama gelecek için bizim en iyi uygulamaları paylaşmak için hedeftir.

Protokol

Burada açıklanan tüm yöntemleri RIKEN (H27-EP071) Emanet bölümü tarafından onaylanmış ve ilgili kurallar ve düzenlemeler yapılmıştır.

1. doku diseksiyon

1. Küçük parçalar halinde faiz dokuların teşrih (yaklaşık < 3 mm²) güzel bahar makas kullanarak.
   Not: Daha büyük doku parçaları dondurmak için daha uzun sürer ve daha küçük parçalar arabellek, ikisi de sonuçları etkileyebilecek daha büyük birimleri üzerinde taşıyacak.
2. Sıvı azot ile dolu bir temiz kapsayıcı disseke doku parçaları ekleyin ve onların 2 mL tüpler (tüp başına 1 adet) içine sıvı azot ile dolu toplamak.
   Not: Tüpler hidrofilik yüzey ile bu adım için tavsiye edilir.
3. -80 ° c > 5 dakika kalan sıvı azot buharlaşır için aç kapaklı tüpler yerleştirin.
   Not: kapağı kapatıldıktan sonra doku parçaları-80 ° C'de kullanmadan önce bir ay depolanabilir.

2. hücre fiksasyon

Not: Biz bu adımı için kullanışlı bir kriyojenik değirmeni kullanılır. Alternatif bir aparat kullanılabilir.

1. Yer 2 mL-protein düşük bağlayıcı tüpler bir metal buz raf üzerinde doku örnekleri içeren sıvı azot soğutulmuş.
2. Metal bir kurşun bir 1,5 mL tüp ve chill sıvı azot ile yerleştirin. Metal buz rafa yerleştirin.
3. 2 mL tüp açın ve prechilled metal mermi tüpün içine yerleştirin. Kapağı kapatın, kullanışlı bir kriyojenik değirmeni tüp yuvasına 2 mL tüpler ayarla ve hemen 1 dk. için sıvı azot içinde birleştirilmiş tüp sahibinin daldırma.
4. Donmuş tüp sahibi kullanışlı kriyojenik değirmeni dış kaset yerleştirin ve şiddetle çalkalanır 60 kez için 30 s.
5. Boru tutucu sökmeye metal kurşunu çıkarıp yer 2 mL-tüp bir örneği soğutucu-20 ° C'de prechilled
6. Örnek bir sonraki adımda sabitleştirici dondurulması önlemek 15 dakika-20 ° C'de soğutucu yerleştirin.
7. Tezgah için örnek soğutucu getirmek, tüp kapağını açın ve hemen 900 µL % 1 formaldehit içine damla. Birkaç kez pipetting sonra süspansiyon yeni 2 mL tüp 900 µL % 1 formaldehit ve 10 dk 23 ° C'de ayarla bir kuluçka nazik döndürme için düzeltme içeren transfer.
   Dikkat: Formaldehit zehirli ve zararlı olduğunu.
8. Fiksasyon reaksiyonu durdurmak için 2.5 M glisin 100 µL her tüp ve santrifüj 3000 x g 4 ° C'de 5 dakika için ekleyin Süpernatant atmak.
9. Buz gibi fosfat tamponlu tuz (PBS), santrifüj, 3000 x g 4 ° C'de 5 min için 1 mL ekleyin ve süpernatant atın. Bu iki kez (Toplam 3 yıkar) tekrarlayın.
   Not: Flash donmuş sıvı nitrojen tarafından ve saklı-80 ° C'de sabit örnekleri olabilir
10. Lizis arabellek 1 500 µL ekleyin (50 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic asit (HEPES)-KOH (pH 7.5), 140 mM NaCl, 1 mM ethylenediaminetetraacetic asit (EDTA) (pH 8.0), % 10 w/v gliserol, % 0,5 w/v NP-40, % 0,25 w/v Triton X-100 ve 0.1 x proteaz inhibitörü kokteyl) için Pelet, damlalıklı birkaç kez ve Döndür'ün 4 ° C'de 10 dakika
    Not: Lizis arabellek 1 filtre ve kullanımdan önce 4 ° C'de depolanan gerekir.
11. 3000 x g 4 ° c de 5 dk santrifüj kapasitesi ve süpernatant atın.
12. Lizis tampon 2 1 mL ekleyin (10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM NaCl, 1 mM EDTA (pH 8.0), 0,5 mM EGTA ve proteaz inhibitörü kokteyl x 0.1) için Pelet, girdap ve Döndür'ün 4 ° C'de 10 dakika
    Not: Lizis arabellek 2 filtre ve kullanımdan önce 4 ° C'de depolanan gerekir.
13. 3000 x g 4 ° c de 5 dk santrifüj kapasitesi ve süpernatant atın.
14. Radioimmunoprecipitation tahlil (RIPA) arabelleği 1 x proteaz inhibitörü kokteyl ile 800 µL için Pelet ekleyin ve Pelet pipetting tarafından resuspend.
15. 3000 x g 4 ° c de 5 dk santrifüj kapasitesi ve süpernatant atın.
16. RIPA arabelleği 1 x proteaz inhibitörü kokteyl ile 500 µL ekleyin.
17. 3000 x g 4 ° c de 5 dk santrifüj kapasitesi ve süpernatant atın.
18. 1 mL 1 x proteaz inhibitörü kokteyl ile RIPA tampon ekleyin. Hemen bir sonraki adıma geçin.

3. Kromatin yamultma

1. Lysate bir sonicator tüp aktarmak ve tüp üzerinde bir ultrasonicator yerleştirin.
2. Kromatin aşağıdaki ayarlarla kesme: sıcaklık: 4 ° C; tepe olay gücü: 175 W; görev faktörü: % 10; devir/seri çekim: 200; ve Saat: 2400 s.
3. Örnek bir 1,5 mL-protein düşük bağlama tüp ve santrifüj 20.000 x g 4 ° C'de, 5 min için transfer
4. Süpernatant yeni bir protein düşük bağlama tüp içine toplamak.
   Not: Örnek olabilir flaş donmuş sıvı azot ve-80 ° C'de depolanan

4. kalite kontrol DNA (ters çapraz)

1. Mix 20 µL, lysate ve 180 µL çip elüsyon arabelleği (10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 300 mM NaCl, 5 mM EDTA (pH 8.0) ve % 1 w/v Sodyum Lauryl Sülfat (SDS)) bir polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tüp. Örnek bir termal cycler açık termal cycler kapaklı 6 h 65 ° C'de kuluçkaya. Aşırı denatürasyon önlemek için termal cycler aç ağzını tut.
   Not: ChIP elüsyon arabellek filtre ve kullanımdan önce oda sıcaklığında saklanan gerekir. Bu kuluçka gece için genişletilebilir.
2. 10 mg/ml RNase 1 µL eklemek bir, girdap ve 30 dk 37 ° C'de kuluçkaya.
3. 15 mg/ml 6.5 µL eklemek İndinavir K, girdap ve 60 dk 55 ° C'de kuluçkaya.
4. Bir DNA düşük bağlama tüp için tepki aktarmak, 5 mg/mL glikojen ve girdap 4 µL ekleyin. Daha sonra fenol/kloroform/izoamil alkol (25:24:1) ve 5 min için santrifüj 200 µL 18.000 x g oda sıcaklığında de ekleyin.
5. Süpernatant yeni bir DNA düşük bağlama tüp aktarın. Tris-EDTA-NaCl arabelleği 200 µL ekleyin (10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM EDTA (pH 8.0) ve 200 mM NaCl) kalan fenol/kloroform/izoamil alkol çözümü ve santrifüj 18.000 x g oda sıcaklığında, 5 min için. Süpernatant toplamak ve ilk süpernatant ile karıştırın.
6. Buz gibi soğuk etanol 900 µL ekleyin ve 1 h-20 ° C'de için kuluçkaya
   Not: Bu kuluçka 4 - 6 için s uzatılabilir.
7. 18.000 x g 4 ° C'de de 30 dk santrifüj
8. Süpernatant atmak. Pelet ve 18.000 x g 4 ° C'de de 30 dk santrifüj buz gibi % 75 etanol 1 mL ekleyin (Toplam iki yıkar) bu adımı yineleyin.
9. İyice süpernatant atın ve oda sıcaklığında 1 dakika kuruması.
10. Tris-EDTA (TE) arabelleği 50 µL ekleyin ve DNA bu 30 dakika oda sıcaklığında veya 4 ° C'de gecede kuluçka tarafından çözülür. Vortexing veya pipetting kaçının. Bu DNA'yı "giriş" olarak tutmak ve gerekirse Kütüphane hazırlık için kullanabilirsiniz.
11. DNA toplama bir yer üreticinin yönerge göre ölçü ( tablo malzemelerigörmek) ve boyut dağılımı ile bir mikrosıvısal Elektroforez makine kontrol edin (bkz: Şekil gösterilen temsilcisi verileri 2A). kullanım 10 ng veya daha az DNA bu tahlil için.
    Not: 100-500 baz çifti (bp) parçaları % 50 veya daha fazla DNA'ın yukarı yapmak gerekir.

5. benzeşme arıtma Anti-bayrak antikor tarafından

Not: nöron tChIP-Seq için 8 fareler dokulardan beyin genellikle tChIP-Seq bir örneği için 2 hazırlamak için kullanılan ng tandem bağışıklık-arıtma tarafından saf DNA'ın (bkz. Adım 7.1). Bizim ellerde 0.1 ng sağlanan DNA hala yüksek kaliteli DNA kitaplıkları için ChIP-Seq (Kadota, yayınlanmamış). Böylece, teorik olarak, tek bir fare nöron tChIP-Seq. gerçekleştirmek için yeterli olabilir Gerekli miktar faiz doku ve hücre türü için optimize edilmelidir. İmumuno-arıtma deney negatif kontrol için beyin dokusu lysate herhangi bir H2B-bayrak ifade olmadan fare üzerinden hazırlanan ve kullanılan.

1. Koyun Anti-fare immünoglobulin G (IgG) bir protein düşük bağlama tüp içine Birleşik manyetik boncuklar 200 µL pipet.
2. Tüp manyetik bir stand üzerine yerleştirin ve netlik süpernatant 1 dakika bekleyin. Süpernatant atmak, buz gibi PBS ve girdap 1 mL ekleyin. (Toplam iki yıkar) bu adımı yineleyin.
3. 1 mg/mL Anti-bayrak antikor 20 µL ekleyin ve 4 ° C'de 5 h için döndürün
   Not: Bu kuluçka gece için genişletilebilir.
4. Adım 5.2 takip boncuk yıkayın. Boncuk 15 mL tüp içine yerleştirin.
5. Boncuk RIPA arabellek 1110 µL içinde resuspend ve 10 engelleme reaktif, 180 Denhardt'ın çözüm x 50 µL, proteaz inhibitörü kokteyl x 100 10 µL ve adım 3'te hazırlanan lysate 6.8 mL x 900 µL ekleyin. Bu karışımı 5 protein düşük bağlayıcı tüpler içine bölünmüş. 4 ° C'de 6 h için döndürme
   Not: Bu kuluçka gece için genişletilebilir.
6. Tüp manyetik stand üzerine yerleştirin ve netlik süpernatant 1 dakika bekleyin. Süpernatant atmak, RIPA arabellek 1 mL ekleyin ve karışımı yavaşça. Bu adım 5 kez tekrarlayın (Toplam 6 yıkar). Tüm boncuklar bir tek protein düşük bağlama tüpüne havuz.
7. ChIP elüsyon arabelleği 200 µL ekleyin ve 15 dakika oda sıcaklığında döndürün. DNA'ın kalite kontrol edin (bkz. Şekil 2B ve Cgösterilen temsilcisi veriler) 4.11. adımda açıklandığı gibi. Hemen bir sonraki adıma geçin.

6. benzeşme arıtma Anti-H3K4me3 antikor ve ters çapraz

Not: Adımları (6.1-6.4)-meli var olmak kılınmak önce adım 5,7 aşağıdaki boncuk hazırlık.

1. Manyetik boncuklar 2 mL-protein düşük bağlama tüp içine koyun Anti-fare IgG için Birleşik 40 µL pipet.
2. Tüp manyetik stand üzerine yerleştirin ve netlik süpernatant 1 dakika bekleyin. Süpernatant atmak, buz gibi PBS 1 mL ekleyin ve karışımı yavaşça. (Toplam iki yıkar) bu adımı yineleyin.
3. 1 mg/mL anti-H3K4me3 antikor 4 µL ekleyin ve 4 ° C'de 6 h için döndürün
4. Adım 6.2 takip boncuk yıkayın. Boncuk 2 mL-protein düşük bağlama tüp içine yerleştirin.
5. Boncuk RIPA arabellek 1558 µL içinde resuspend ve reaktif, 50 Denhardt'ın çözüm x 40 µL, 2 µL proteaz inhibitörü kokteyl x 100 ve üzerinde adım 5.7 hazırlanan eluate 200 µL engelleme x 10 200 µL ekleyin. Gecede 4 ° C'de döndürmek
   Not: SDS çip elüsyon arabelleğinde 10 kereden daha fazla bu kuluçka düşürülmüştü.
6. Tüp manyetik stand üzerine yerleştirin ve netlik süpernatant 1 dakika bekleyin. Süpernatant atmak, RIPA arabellek 1 mL ekleyin ve karışımı yavaşça. 4 kez bu işlemi tekrarlayın (Toplam 5 yıkar). Son yıkama sonra boncuklar bir DNA düşük bağlama tüp içine aktarmak ve süpernatant atın.
7. ChIP elüsyon arabelleği 200 µL ekleyin ve 15 dakika oda sıcaklığında döndürün. Eluate yeni bir DNA düşük bindingTube aktarın.
   Not: Eluate-80 ° C'de saklanabilir
8. Adım 4 DNA'ın decrosslinking için izleyin. Saf DNA TE arabellek 20 µL içinde resuspend.
9. DNA'ın kalite kontrol edin (bkz. Şekil 2Bolarak gösterilen temsilcisi veriler) 4.11. adımda açıklandığı gibi. (isteğe bağlı) Kantitatif PCR ile zenginleştirme analiz gerçekleştirmek²daha önce açıklandığı gibi. Panolarında veya büyük zenginleştirme gözlenen.

7. Kütüphane İnşaat

1. Her girdi ve çip DNA örneği için DNA mikrosıvısal Elektroforez makine için yazılım smear analiz işlevini kullanarak 100-500-bp bölgedeki oranı hesaplar. 2'yi edinmek için gerekli numune hacmi tahmin ng 100-500 BP DNA. 20 ng DNA 100-500-bp aralığında "giriş" örnek olarak kullanın.
2. DNA örnekleri 8-şerit PCR tüpler içine pipet ve DNA hacmi 10 µL, orantılı olarak ölçek-up aşarsa, toplam hacim 10 µL. için (isteğe bağlı) getirmek için H₂O aşağıdaki bitiş-onarım tepki ve boyut seçimi ekleyin.
3. Son onarım ana karışım hazırlamak ( Tablo malzemelerigörmek). Son onarım ana mix 4 µL DNA'yı ekleyin ve 20 ° C'de 30 dk için kuluçkaya
4. 10 mm Tris-Cl, pH 8,5 36 µL ekleyin ve tersinir immobilizasyon (SPRI) manyetik boncuklar faz ve oda sıcaklığında 5 min için kuluçkaya 0.6 x Ses (30 µL) katı.
5. Tüp manyetik bir stand üzerine yerleştirin ve süpernatant temiz hale gelinceye kadar bekleyin.
6. Yeni bir tüp süpernatant transfer 1.2 x (60 µL) hacimleri SPRI manyetik boncuklar eklemek ve oda sıcaklığında 5 dk kuluçkaya.
7. Tüp manyetik bir stand üzerine yerleştirin ve süpernatant temiz hale gelinceye kadar bekleyin.
8. Boncuk 200 µL % 80 ile iki kez yıkayın alkol, tüp mıknatıs hala üzerinde tutarak.
9. Kısa bir süre kalan alkol alt toplamak ve geri üzerinde mıknatıs yerleştirmek için tüp santrifüj kapasitesi. Artık alkol iyice kaldır.
10. Tüp kapak alkol buharlaşır izin vermek 1-2 min için açık bırakın.
11. Kapağı kapatın ve tüp buz üzerinde tutun.
    Not: Şimdi boyutu seçili DNA 100-500 BP boncukları üzerinde almış. Çift boyut seçimi hakkında daha fazla bilgi (www.beckman.com) üreticinin Web sitesinde bulunabilir.
12. A-takip ana hazırla ( Tablo malzemelerigörmek) karıştırın.
13. Boncuk (Kimden adım 7,10) A-takip ana mix 10 µL ile resuspend ve 30 ° C'de 30 dk için kuluçkaya
14. 1.8 x birim (18 µL) Polietilen glikol (PEG) eklemek / NaCl çözüm ve oda sıcaklığında 5 min için kuluçkaya.
15. DNA arındırmak için 7.7-7,11 adımları izleyin.
16. Tüp ligasyonu arabellek karışım hazırlamak ( Tablo malzemelerigörmek).
17. Tüp ligasyonu arabellek Mix (Kimden adım 7,14) boncuk üzerine 8 µL pipet, 1 µM bağdaştırıcısının 1 µL eklemek ve boncuk resuspend. 5 µM bağdaştırıcısının 1 µL giriş örneği için kullanmak. Çoğullama için her örnek için farklı bağdaştırıcıları kullanmayı düşünün.
18. DNA ligaz 1 µL ekleyin ve 20 ° C'de 15 dakika kuluçkaya
19. Boncuk resuspend ve oda sıcaklığında 5 min için kuluçkaya 1.0 x birim (10 µL) PEG/NaCl çözeltisi ekleyin.
20. DNA arındırmak için 7.7-7.10 adımları izleyin.
21. 10 mm Tris-Cl, pH 8,5 tüp içine 25 µL pipet ve boncuk resuspend.
22. 1.0 x (25 µL) hacmi PEG/NaCl çözüm ekleyin ve oda sıcaklığında 5 min için kuluçkaya.
23. DNA arındırmak için 7.7-7.10 adımları izleyin.
24. 10 mm Tris-Cl, pH 8,5 tüp içine 11 µL pipet ve boncuk resuspend.
25. Tüp manyetik bir stand üzerine yerleştirin ve süpernatant temiz hale gelinceye kadar bekleyin.
26. Süpernatant yeni 8-şerit PCR tüp içine toplamak.
27. Gerçek zamanlı PCR ana karışım hazırlamak (malzeme Ayrıntılar için bakınız).
28. Gerçek zamanlı PCR ana Mix 384-şey kantitatif PCR (qPCR) plaka 8,5 µL pipet ve bağdaştırıcının 1,5 µL DNA'dan (adım 7.26) tane ekleyin.
29. Boş Wells floresan her standart 10 µL pipet.
30. Aşağıdaki programı ile gerçek zamanlı PCR gerçekleştirmek: (98 ° C 45 için s) 1 döngüsü, x (98 ° C 15 s, 30 60 ° C s, 30 72 ° C s) x 20 döngüleri, ve (72 ° C 60 s) x 1 döngüsü.
31. PCR döngüleri floresan Standart 2 floresan yoğunluğu ulaşmak için gereken sayısını belirleyin.
32. PCR ana hazırla ( Tablo malzemelerigörmek) karıştırın.
33. 11,5 µL PCR ana karışımı içine (Kimden adım 7.26) kalan bağdaştırıcısı bakmaksızın DNA pipet ve PCR adım 7.31 belirlenen PCR çevrimleri ile adım 7,30 içinde belirtildiği şekilde gerçekleştirin.
34. 1.0 x (20 µL) hacmi PEG/NaCl çözüm ekleyin ve oda sıcaklığında 5 min için kuluçkaya.
35. DNA arındırmak için 7.7-7.10 adımları izleyin.
36. 10 mm Tris-Cl, pH 8,5 tüp içine 20 µL pipet ve boncuk resuspend.
37. Tüp manyetik bir stand üzerine yerleştirin ve süpernatant temiz hale gelinceye kadar bekleyin.
38. Süpernatant yeni 1,5 mL-DNA düşük bağlama tüp içine toplamak.
39. Kütüphanede kalitesini kontrol edin (bkz: 2E ve F rakamgösterilen temsilcisi veri) 4.11 adımda açıklandığı gibi. Kütüphane DNA örneği 1 µL kullanın. (isteğe bağlı) ²daha önce açıklandığı gibi qPCR tarafından zenginleştirme çözümlemesi gerçekleştirin. Panolarında veya büyük zenginleştirme gözlenen.

8. sıralama

1. Yeni nesil sekanslama kitaplıklarda sıra (bkz: Şekil 3' te gösterilen temsilcisi veri).
   Not: Veri analizi için yeterli sıra derinliği organizma³genom boyutuna bağlı olarak değişir. İnsan ve fare, biz tavsiye almak en az 20-40 milyon tek taraflı kenar defa okundu. Çoğullama okuma verimini göre uygun maliyetli olabilir.

Sonuçlar

Burada, tandem arıtma kromatin ve DNA Kütüphane hazırlık yeni nesil sıralayıcılar için doku diseksiyon, fiksasyon, hücre lizis tarif. İşlemler sırasında bir birden çok adımı (resim 2), başarılı sıralama anahtarıdır DNA kalitesini test edebilirsiniz. Bir tek nucleosome genellikle 147 bp DNA ⁴tarafından çevrili beri yamultulmuş DNA o boyutundan daha kısa olmamalıdır. Hemen ultrasonication sonra DNA izole ve b...

Tartışmalar

Bizim iletişim kuralı H2B bayrak öğesini ifade tamoxifen enjeksiyonu ile indüklenen olduğu fare beynin nöronlar için optimize edildi. H2B ifade, başlangıç doku malzeme ve doku miktarı için kullanılan Rehberleri başarılı tChIP-devamı çok önemli parametreleridir Böylece, bu faktörlerin optimizasyonu ilgi her hücre türü için düşünülmelidir.

Bu protokol için kullanılan yordamlar arasında önemli bir adım 100-500 bp⁵kromatin uzunluğunu elde...

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Protein LoBind tube, 2 mL	Eppendorf	No. 0030108132	For cell lysis
Protein LoBind tube, 1.5 mL	Eppendorf	No. 0030108116	For ChIP and library preparation
DNA LoBind tube, 1.5 mL	Eppendorf	No. 0030108051	For ChIP and library preparation
8-strip PCR tube	BIO-BIK	3247-00	For ChIP and library preparation
SK Mill	TOKKEN	SK-200	Handy cryogenic grinder to make cell powder for fixation
Metal bullet	TOKKEN	SK-100-DLC10	Accessory of SK Mill
2 mL stainless steel tube	TOKKEN	TK-AM5-SUS	An option for cell lysis
2 mL stainless steel tube holder	TOKKEN	SK-100-TL	An option for cell lysis
16% formaldehyde (w/v), methanol-free	Pierce	28906	To fix cells. Prepare 1% solution before use.
Glycine	Nacalai Tesque	17109-35	Prepare 2.5 M stock
D-PBS (-)(1x)	Nacalai Tesque	14249-24	For washing lysate and purified DNA
HEPES	Nacalai Tesque	02443-05	For Lysis buffer 1. Prepare 1 M, pH 7.5 stock.
5 M NaCl, molecular biology grade	Nacalai Tesque	06900-14	For Lysis buffer 1, Lysis buffer 2, ChIP Elution Buffer, and Tris-EDTA-NaCl Buffer
0.5 M EDTA, molecular biology grade	Wako Pure Chemical Industries, Ltd.	311-90075	For Lysis buffer 1, Lysis buffer 2, ChIP Elution Buffer, and Tris-EDTA-NaCl Buffer
Glycerol	Wako Pure Chemical Industries, Ltd.	072-04945	For lysis buffer 1
NP-40	Nacalai Tesque	25223-75	For lysis buffer 1
Triton X-100, molecular biology grade	Nacalai Tesque	12967-32	For Lysis buffer 1
Tris	Nacalai Tesque	35406-91	For Lysis buffer 2, ChIP Elution Buffer, and Tris-EDTA-NaCl Buffer. Prepare 1 M, pH 8.0 stock.
0.1 M EGTA pH neutral	Nacalai Tesque	08947-35	For Lysis Buffer 2
Protease inhibitor cocktail (100x)	Nacalai Tesque	25955-24	To block degradation of protein
RIPA buffer	Thermo Fisher Scientific	89900	For cell lysis and washing
milliTUBE 1 mL AFA Fiber	Covaris	520130	Sonicator tube. Accessory of Focused-ultrasonicator
Focused-ultrasonicator	Covaris	S220 or E220	To digest DNA into adequate size for ChIP-Seq
UltraPure 10% SDS	Thermo Fisher Scientific	15553-027	For ChIP Elution Buffer
RNase A	Nacalai Tesque	30141-14	To purify DNA from lysate
Proteinase K, recombinant, PCR Grade	Sigma-Aldrich	3115887001	To purify DNA from lysate
Ethanol	Wako Pure Chemical Industries, Ltd.	054-07225	Make 70% solution
Monoclonal anti-FLAG M2 antibody produced in mouse	Sigma-Aldrich	F1804	To purify chromatin expressed in cells of interest
Dynabead M-280 Sheep Anti-Mouse IgG	Thermo Fisher Scientific	11201D	This can be used for anti-FLAG IP and anti-H3K4me3 IP
Anti-tri-methyl histone H3 (K4), mouse monoclonal antibody	Wako Pure Chemical Industries, Ltd.	301-34811	Any other antibody that works for ChIP analysis will work
10x Blocking Reagent	Sigma-Aldrich	11096176001	For blocking during affinity purification
Denhardt’s solution	Nacalai Tesque	10727-74	For blocking during affinity purification
Glycogen (5 mg/ml)	Thermo Fisher Scientific	AM9510	To purify DNA from lysate
Qubit 2.0 Fluorometer	Thermo Fisher Scientific	Q32866	For quantification of isolated DNA
Qubit dsDNA HS Assay Kit	Thermo Fisher Scientific	Q32851	For quantification of isolated DNA
0.5 mL tube	Axygen	10011-830	For quantification by Qubit
Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1)	Nacalai Tesque	25970-56	To purify DNA from lysate
AMPure XP beads	Beckman Coulter	A63881	SPRI magnetic beads for library preparation
Metal ice rack	Funakoshi	IR-1	To keep the cell lysate frozen
Sample Cooler	New England Biolabs	T7771S	Helps fix cells with minimal damage
2100 Bioanalyzer	Agilent Technologies	G2939BA	To check the quality of isolated DNA fragments. Another fragment analyzer can be used.
Bioanalyzer 2100 Expert Software	Agilent Technologies	G2946CA	Supplied with the Bioanalyzer
High Sensitivity DNA Kit	Agilent Technologies	5067-4626	To check the quality of the isolated DNA fragments
KAPA LTP Library Preparation Kit	Roche	07961898001	Supplied with 10x KAPA End Repair Buffer, KAPA End Repair Enzyme Mix, KAPA A-Tailing Buffer, KAPA A-Tailing Enzyme, KAPA Ligation Buffer, KAPA DNA Ligase, and PEG/NaCl solution
NEXTflex DNA Barcodes	BIOO Scientific	NOVA-514101	Adapter for library preparation. Supplied with DNA Barcode Adapters and Primer Mix.
KAPA Real-Time Library Amplification Kit	Roche	07959028001	Supplied with 2x KAPA HiFi HS real-time PCR Master Mix, PCR Primer Mix, and Fluorescent Standards
2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix	Roche	KM2602	For library preparation. Additionally, this enzyme may be required for the KAPA Real-Time Library Amplification Kit
Buffer EB	Qiagen	19086	10 mM Tris-Cl, pH 8.5 for elution of DNA
386-well qPCR plate	Thermo Fisher Scientific	4309849	For real-time PCR
QuantStudio 7 Flex Real-Time PCR System	Thermo Fisher Scientific	4485701	To quantify DNA
MicroAmp Optical Adhesive Film	Thermo Fisher Scientific	4311971	For real-time PCR
MicroAmp Clear Adhesive Film	Thermo Fisher Scientific	4306311	For plate sealing
End-repair master mix			Combine 1.4 µL of 10x KAPA End Repair Buffer, 1 µL of KAPA End Repair Enzyme Mix, and 1.6 µL of H2O
A-taling master mix			Combine 1 µL of KAPA A-Tailing Buffer, 0.6 µL of KAPA A-Tailing Enzyme, and 8.4 µL of H2O
Ligation buffer mix			Combine 2 µL of KAPA ligation buffer and 6 µL of H2O
Real-time PCR master mix			Combine 5 µL of 2x KAPA HiFi HS real-time PCR Master Mix, 0.35 µL of PCR Primer Mix (10 µM each of forward primer AATGATACGGCGACCACCGAG and reverse primer CAAGCAGAAGACGGCATACGAG), and 3.15 µL of H2O
PCR master mix			Combine 10 µL of 2x KAPA HiFi Ready Mix, 0.9 µL of PCR Primer Mix, and 0.6 µL of H2O
Integrative Genomics Viewer	Broad Institute	IGV_2.3.88	Genome browser to visualize sequencing data
DNA olgionucleotide: 5′-GCCTACGCAGGTCTTGCTGAC-3′	Eurofins Genomics		A primer to amplify the promoter region of GAPDH
DNA olgionucleotide: 5′-CGAGCGCTGACCTTGAGGTC-3′	Eurofins Genomics		A primer to amplify the promoter region of GAPDH
SYBR Premix Ex Taq	Takara	RR420L	To quantify the DNA corresponding to the GADPH promoter region
Thermal Cycler Dice	Takara	TP870	To quantify the DNA corresponding to the GADPH promoter region