Method Article
Ölçüm böcek ortaya çıkması kalıplarının duyarlık gerektirir. Sadece yarı otomatik ve örnek boyutu sınırlıdır varolan sistemlerdir. Biz bu konularda mikrodenetleyiciler tam olarak ortaya çıkan böcekler çok sayıda ortaya çıkması zamanı ölçmek için kullanılan bir sistemin tasarlayarak ele.
Böcek ortaya çıkışı Desenler ölçmek için mevcut sistemleri sınırlamalar vardır; Onlar yalnızca kısmen otomatiktir ve gelişmekte olan böcekler tespit edebilen maksimum sayısı sınırlıdır. Böcek çıkması hassas ölçüm elde etmek için bu yarı otomatik ve gelişmekte olan böcekler çok sayıda ölçmek mümkün sistemleri için gereklidir. Bu sorunları otomatik olarak gerçekleşir ve ortaya çıkması 1200 böcekler kadar ölçebilen bir sistem oluşturma tarafından ele. Veri toplama otomatikleştirmek ve birden çok veri kanallar aracılığıyla örnek boyutunu genişletmek için Arduino mikrodenetleyiciler kullanarak varolan "düşen-ball" sistemi değiştiren. Birden çok veri kanalları sadece onların örnek boyutu artırmak Kullanıcı, ama aynı zamanda aynı anda tek bir deneyde çalıştırılmak üzere birden fazla tedavi sağlar. Ayrıca, biz de medyan günü ve saati ortaya çıkması, hesaplama sırasında bir kabarcık komplo olarak otomatik olarak verileri görselleştirmek için R komut dosyası oluşturdu. Geçerli sistem Kullanıcı böcekler farklı türler için ayarlanacak sistemi değiştirebilir 3D baskı kullanarak tasarlanmıştır. Bu iletişim kuralı chronobiology ve stres fizyolojisi, böcek ortaya çıkışı Desenler ölçmek için bu hassas ve otomatik sistemi kullanarak önemli sorular araştırmak için hedeftir.
Tam olarak karasal böcek ortaya çıkması deneysel ayarları zamanlaması ölçme Rootkitler zordur ve otomasyon bir dereceye gerektirir. Geçmişte, çeşitli mekanizmalar tasarladık düşen topları ve sensörleri veya bir "bang-bir huni tipi sistem1,2,3kullanarak kutusu" kullanarak ya da bir "düşme-ball" prensip, birleşmeyle. Varolan tasarımları ile iki sınırı vardır: 1) veri toplama yalnızca kısmen otomatik olarak gerçekleşir ve 2) örnek boyutu veya tespit edilebilir acil böcekler sayısı sınırlıdır. Bu sorunları eclosion ve/veya ortaya çıkması desen zamanlama eğitim için önemli veri toplama duyarlığını azaltın. Biz bu sorunları otomatik ve örnek boyutu tarafından sınırlı olmayan bir sistem tasarlayarak daha iyi ortaya çıkması ritimleri yanıt çevre ipuçlarını görmek Kullanıcı etkinleştirme ele.
Sistemimiz hangi en son sürümünü kızılötesi sensörler böcek ortaya çıkması altı dakikalık aralıklarla2' lamak düşen topu ilke bir gelişmedir. Sistemimiz hala kızılötesi sensörleri kullanır, ancak aynı zamanda tarih ve saat her ortaya çıkması olay yakın ikinci kaydetmek için bir Arduino mikroişlemci içermektedir. Veri analizi için virgülle ayrılmış dosya olarak dışa aktarılan bir güvenli dijital (SD) kartı için otomatik olarak depolanır. Analiz verileri kabarcık Arsa olarak grafik ve medyan saati ve günü çıkması tanımlamak bir özel R komut dosyası, kullanarak otomatik olarak gerçekleşir.
Birden fazla kanal veri toplama daha fazla esneklik sağlamak. Örneğin, birden fazla kanal tasarım sadece bir "tıkalı" sensör etkisini en aza indirir, ama örnek boyutu artırmak için de kullanılabilir. Ayrıca, birden fazla kanal aynı anda bir denemede çalışabilmesini sağlamak belirli kanalları tedavilere belirlemek Kullanıcı izin. Tüm altı kanallarını kullanarak tek bir denemede kaydedilen yaklaşık 1200 ortaya çıkan arılar için izin verir. Bizim bilgi, bu böcek ortaya çıkması ölçme herhangi bir geçerli sistem büyük örneklem büyüklüğü ve güzel ölçekli ortaya çıkışı desenler yanıt çevre ipuçlarını gözlemlemek için bize izin verdi. Son olarak, bizim sistem yarar--dan parçalar çoğunluğu baskılı 3D olduğu gerçeği. Bu tam boyutlu bileşenleri, (Dedektör tıkanma gibi) işlemleri sırasında oluşan hatalar olasılığını azaltan oluşturur. Ayrıca diğer araştırma sistemleri özelleştirme için sağlar.
Bu iletişim kuralı için özel bir yapı ortaya çıkması, araştırmak için böcek, ölçmek için hassas ve otomatik bir sistem chronobiology ve stres fizyolojisi sorular hedeftir. Bu sistem oldu ve, cevapsız sorular yanıt çevre ipuçlarını böcek ortaya çıkışı desenler ile ilgili soruşturma kritik olmaya devam edecektir. Burada onun montaj ve kullanım yonca yaprağı-kesme arı, Megachile rotundata laboratuar tabanlı deneysel ayarlarında tespiti ortaya çıkması için açıklamak. Otomatik programlanabilir bir mikrodenetleyici kullanarak ve özelleştirilebilir 3B basılı parçalar kullanarak sistemidir. Yazdırılan rafları metal bir BB takip arı yuvası hücreleri içeren yer tüplerde tutun. Ortaya çıkması, tarih ve saat çıkması bir SD kart için kayıt kızılötesi sensör aracılığıyla geçen raf, metal BB serbest kalır. Geçerli Tasarım M. rotundataiçin en iyi duruma getirilmiş, ancak küçük ayarlamalar ile böcekler diğer türler için adapte.
1. sistem inşaat
2. sistem kullanımı
3. deney sonunda ve veri analizi
M. rotundata ortaya çıkması düzgün gün4meydana gelen ortaya çıkması ile çevresel bir işaret maruz kalmadan uyumsuzdur. Ancak, bir kare dalga thermoperiod (4 ° C thermoperiod) maruz kaldığında ortaya çıkması için thermophase4,5zaman uyumlu olur. Bu sonuç nerede böcekler et sineği Sarcophaga crassipalpis6, soğan sineği Delia atiqua7 ve koza weevil gibi ortaya çıkması, düzenleyen thermoperiod ipuçları kullanmak için tespit edilmiştir diğer çalışmalar için benzer Anthonomus grandis grandis8. Bir çalışmada stres geliştirme sırasında S. crassipaplpis9yetişkin ortaya çıkması senkronizasyonu etkiler gösterdi. Burada, bir stres bu tedavi yetişkin ortaya çıkması desynchronization neden hipotezi test etmek için geliştirme sırasında maruz kaldılar M. rotundata gelen sonuçları mevcut.
Başarılı çalıştırmak
Kullanıcı LCD ekran da kuluçka böcekler artık ortaya çıkıyor emin olmak için açmadan önce dikkat etmek gerekir. Deneme tamamlandığında, SD kart kaldırılır ve veriler RStudio bir kabarcık komplo olarak görüntülenmeyecektir için virgülle ayrılmış dosya olarak daha önce anlatıldığı gibi verilebilir. Şekil 8 arı ortaya çıkması 4 ° C thermoperiod altında uzun süre soğuk bir stres maruz geliştirme sırasında görüntüler. Kırmızı crosshairs medyan zamanı gösterecek ve başlık ortaya çıkması ve dosya adını günüdür. Bu R komut verileri görselleştirmek için kullanılması gerektiğini, ancak tek analiz olarak hizmet etmeli değil. Ortaya çıkması yanıt-e doğru çevre bir işaret Çözümlenecek veri rhythmicity için analiz edilebilir (analiz görmek).
Komplikasyon
Ne zaman bir sensör ile metal BBs tıkanmış, bir sinyal eksikliği art arda, birden çok yanlış veri noktalarına sebebiyet veren sayılır. Şekil 9 Şekil 8, ancak, BBs, bu nedenle büyük kabarcık grafik üzerinde oluşturma ile tıkanmış altı kanallarından biri ile sunulan aynı veri kümesini gösterir. Tıkanmış bir sensör durumunda, bu kanal verileri analiz kolayca kaldırılabilir. Birden fazla kanalı bir deneyde birleşmeyle tıkanmış bir sensör etkisini minimize faydalıdır.
Analiz
Veri eşitleme varlığı için Çözümleme "parametresi R," ortaya çıkması ritmik veya aritmik10,11,12ise tanımlayan bir skaler İstatistik hesaplama tarafından yapılabilir. Bu 8 saat penceresinin dışında ortaya çıkan yetişkin 100 ile çarpımı sayısına göre bu sayı bölen gelişmekte olan yetişkin bir 8 saatlik penceresinde en yüksek sayısını hesaplama tarafından yapılır. Ortaya çıkan tüm bireyler için günün her saatinde gelişmekte olan yetişkin sayısını hesaplamak için havuza. Teorik parametresi R (tüm ortaya çıkması oluşur içinde geçidi) 0 200'e aralığıdır (ortaya çıkması dağıtılan düzgün gün boyunca)10. R değerleri < 60 ritmik ortaya çıkması, 60 kabul edilen < R < 90 zayıf ritmik ve R > 90 aritmik. R değerleri > 150 belirtmek üniforma dağıtım ortaya çıkması10. Şekil 8 gösterir o ortaya çıkışı parametre ile R ritmik 20.21 < 60 =. Bu tür veri yinelenen bir 24 saatlik zaman dağıtılır nedeniyle gerçeğini, dairesel istatistikleri (ayrıntılı Bennett vd., 20185olarak açıklanmıştır) daha güçlü bir analiz için istihdam gerekir. Bu RStudio için dairesel istatistik paketleri gerçekleştirilebilir (paket 'daire'-CRAN. R-Project.org).
Şekil 1: katkı bileşenleri imal. PLA filament kullanarak, 3D baskı sistemi için gerekli parçalar. İnşa ediliyor her kanal için gerekli parçalar 1 toplayıcı manifoldu (yeşil), 1 son kapağı (kırmızı), 6 platformu (turuncu) destekler, 4 tüp raf taban plakaları (mor) ve 4 boru raf yüz aynaları (sarı). Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 2: tüp raf platformu derleme. Sıcak tutkal iki tüp raf platform inşa ediliyor kanal başına düzenlemek için kullanın. Oluklu plastik (gri renkle gösterilmiştir) bir bölümü ile üç platformu destekler (turuncu renkte gösterilir) kullanın. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 3: toplayıcı manifold x-ray. Bir kızılötesi dedektör (mavi renkle gösterilmiştir) toplayıcı ve ikinci yuvaya (kırmızı ile gösterilen) emitör bir yuvaya takın. Dedektör teller (sarı renkle gösterilmiştir) kablo kanalı üzerinden besleme ve tüm dört teller (yeşil vurgulanır) erişim delikten çekin. Hiçbir çıplak teller dokunuyorsun onları yerde güvenli hale getirmek için sıcak tutkal kullanarak emin olun. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 4: bağlayıcı kablolama. Jack ve LCD ekranın merkezi işlemciye bağlamak için kablo tablo derinliklerinden görüldü toplayıcı manifold yapıştırılması önce RJ45 jack için bağlantı şeması. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 5: top toplayıcı derleme. Bir son kapağı (kırmızı ile gösterilen), (yeşil renkle gösterilmiştir) bir toplayıcı manifold ve 24 x 30 cm kullanarak (ışık gri renkle gösterilmiştir) oluklu plastik parça top toplayıcı derleme kabuk topla. Oluklu plastik (koyu gri renkle gösterilmiştir) 8 x 27 cm parçası bir rampa eklemek için kullanın. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 6: Merkezi işlemci PCB board. Merkezi işlemci PCB board (yeşil tasvir) bir alt tabaka, (kırmızı olarak tasvir) bir üst tabaka ve serigrafi katmanı (mavi olarak tasvir) oluşur. Kadın başlıkları (alt) boyunca RJ45 jak ve aşağı açılır dirençler (hemen üstüne RJ45 PAD'ler) dışındaki tüm doğrudan delikler için lehim. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 7: son montaj. Kullanımda değilken, aparatı tüp raf platformu ile kullanılan her top toplayıcı her iki tarafında monte edilebilir. Böylece düşen BBs cihazları kapalı Zıplayan olasılığını azaltmaya tüp raf platformu çok kenarına altındadır ekli yüzeyler ile tüp rafları yerleştirilmiş olmalıdır. Ayak izi monte cihaz yaklaşık 25 cm x 35 cm, yüksekliği 20 cm. olan Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 8: grafik işleme, R. sonra tipik bir deneysel çalışma Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 9: grafik tıkanmış bir dedektör gün 4 nispeten büyük balonu tarafından gösterildiği gibi acı bir denemenin. Tıkanmış kanal böylece kalan veri noktaları koruma çözümlemesinde kaldırılabilir. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Biz derleme ve böcek ortaya çıkması zamanlaması hassas ölçüm için sağlayan bir sistem kullanımı için bir iletişim kuralı mevcut. Bu sistem sınırlı önceki tasarımlar iki sorunları çözer: kısmi Otomasyon ve sınırlı örnek boyutu. Ayrıca birden fazla kanal kullanarak örnek boyutu artırmak için bize etkin mikrodenetleyiciler kullanarak veri koleksiyon otomatikleştirerek bu sorunları çözdük. Geçerli Tasarım toplam 1200 arı tutabilir altı Kanal içerir. Ek kanallar eklendiğinde veya gerekirse, sadece artan örnek boyutu için aynı zamanda aynı anda birden fazla tedavi etkilerini araştıran için izin düşülen. Kritik adımlar, değişiklikler, sınırlamalar ve gelecekteki uygulamalar aşağıda ele alınmıştır.
Otomatik değil sistem tek parçası damızlık hücreleri, metal BBs ve airsoft granül deney başında raflar yüklüyor. Onlar yalın böylece rafları tasarlanmış olmasına rağmen hafif metal BBs rafları ayakta dik, bakım olduğunda düşmesini önlemek için geri rafları yerleştirirken metal BBs yanlışlıkla sürümü önlemek için alınmalıdır. Ayrıca, rafları metal BB düşen yörüngesini pist ile hizalar raf, kenar ile aynı hizada olduğundan emin olun. Son olarak, yaprak enkaz açık pistlerden birinden sildi ve önceki deneyler üzerinden metal BBs tutan şasi makinesinin sensörünün engelleme engellemek için temizlenmiş olmalıdır. Verileri otomatik olarak bir SD karta bir CSV dosyası olarak kaydedilir ve bir SD kart belirtilmedikçe Arduino çalışmaz böylece komut dosyası yazılır. Veri dosyasının içine RStudio ve görüntülenmeyecektir daha önce bahsedilen R komut dosyasını kullanarak el ile içe aktarılır. Bu komut dosyasını otomatik olarak verileri bir kabarcık Arsa olarak grafik ve medyan saati ve günü çıkması tanımlar. Arduino komut dosyası olay verileri bir güç hatası durumunda veri kaybını önler dosyanın sonuna eklemek için yazılır. Ancak, bu da veri SD karttan ayıklandıktan sonra tüm dosyaları sonraki deneme önce temizlenmiş olmalıdır anlamına gelir.
SketchUp dosyası değişiklikler değiştirilmiş raflar içinde kullanılan farklı boy tüp ile farklı boyutlarda, böcekler için raflar boyutunu ayarlamak için yapılmış. Ayrıca, böcek tüp bırakmasını engeller ve granül farklı boyutlarda de gerekli olabilir çünkü airsoft Pelet boyutunu önemlidir. Çok çeşitli değişiklikler R komut dosyasına kabarcık araziler ve diğer grafik parametreleri görünümünü değiştirmek için yapılabilir.
Biz indirimli yanlış mutlak risk bir anlığına bile böylece birden çok veri noktası sayılan bir tek metal BB önleme BB bir metal tespit sonra verilen herhangi bir kanal devre dışı bırakır bir debounce kod yazarak. Her ne kadar bu bir veri noktası birden fazla arı ortaya Eğer cevapsız ama kanallar bağımsız olduğu gerçeği olasılığını oluşturur, bu açığın etkisini azaltır. Başka bir geçerli sistem kısıtlamasıdır tek tek veri noktalarını discernable değildir, Yani, düşen metal BB geri belirli bir kişiye izlenemez. Ayrıca, geçerli sistem ortaya çıkması ama değil eclosion ritimleri M. rotundata, olarak ölçer eclosion ritimleri türlerin ortaya çıkması ve eclosion nerede eşanlamlı ölçmek ama. Son olarak, geçerli Tasarım kendi kullanımı için kontrollü ortamlarda sınırlama hava koşullarına dayanıklı değildir.
Gelecekteki uygulamalar diğer abiyotik ve biyotik çevre ipuçları zamanlama M. rotundataortaya çıkması için etkileri inceleyerek içerir. Ayrıca, çeşitli ortamlar böcekler işgal çünkü ilgili çevre ipuçları türler arasında değişir. Böylece, birleşme daha fazla böcek türlerinin özellikleri arasında gelişti soruşturma nasıl sirkadiyen sistemleri için önemlidir. Az şey bilinmektedir hakkında nasıl gelişimsel koşulları yetişkin ortaya çıkması zamanlaması etkiler; Bu nedenle, sistemimiz tedavilerinin ortaya çıkması üzerine etkileri deşifre etmek için kullanılabilir. Ayrıca, çevre ipuçları kombinasyonları böcek yanıtları etkileyebilir, böylece gelecekteki deneyler ortaya çıkması üzerindeki göreli etkileri anlamak için birden çok çevre ipuçlarını birleştirmek gerektiğini. Son olarak, dağıtım alanında gözlemlemek için doğal ayarları arabuluculuk nasıl ortaya çıkması ritimleri ilgi olduğunu. Bu sistem ve eşsiz kombinasyonu katkı imalat, açık kaynak programlama ve gözlemlenebilir biyolojik özellikleri, kullanım kolaylığı eğitim bir ortamda kullanmak için bir aday yapmak.
Yazarlar ifşa gerek yok.
Böcek Cryobiology ve Ecophysiology çalışma grubu Fargo, ND içinde açıklanan sistem kullanarak deneyler yararlı geribildirim için kabul etmek istiyoruz.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
PLA printer filament | www.lulzbot.com | various | Catalog number varies by color |
0.5 mL microcentrifuge tubes | www.daigger.com | EF4254C | |
4.5 mm size "bb" metal pellets | www.amazon.com | B00419C1IA | Daisy 4.5 mm metal size bb pellets |
6.0 mm plastic "softair" pellets | www.amazon.com | B003QNELYE | Crosman 6 mm airsoft pellets |
Plastic corregated sheet | www.lowes.com | 345710 | Corrugated plastic sheet |
Infrared emmiter/detector pair | www.amazon.com | B00XPSIT3O | 5 mm diameter, 940 nm wavelength |
120 ohm resisitors | www.amazon.com | B01MSZK8DV | 120 ohm, 1/4 watt |
22 GA hookup wire | www.adafruit.com | 1311 | |
RJ45 jacks | www.sparkfun.com | PRT-00643 | |
Custom PCB board | www.pcbexpress.com | n/a | Can be printed from files included in the supplimental data |
Arduino Nano v 3.0 | www.roboshop.com | RB-Gra-01 | |
SD card module | www.amazon.com | DFR0071 | DFRobot SD card module |
Real Time Clock module | www.adafruit.com | 264 | DS1307 real time clock breakout board |
Temperature/humidity sensor | www.tinyosshop.com | G4F4494F29ED05 | DHT11 temperature/humidity sensor on breakout board |
470k ohm resistors | www.amazon.com | B00EV2R39Y | |
Female headers | www.adafruit.com | 598 | Break off to desired length |
Male headers | www.adafruit.com | 392 | Break off to desired length |
Ribbon wire | www.amazon.com | B00X77964O | 10 wire ribbon wire with connectors |
LCD screen | www.adafruit.com | 198 | |
Cat6 cable | www.amazon.com | B00N2VISLW | |
SD card | www.amazon.com | B00E9W1URM |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır