JoVE Logo

Oturum Aç

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.

Bu Makalede

  • Özet
  • Özet
  • Giriş
  • Protokol
  • Sonuçlar
  • Tartışmalar
  • Açıklamalar
  • Teşekkürler
  • Malzemeler
  • Referanslar
  • Yeniden Basımlar ve İzinler

Özet

Burada, ortak ilgi bir viroid iskele ve bir bitki RNA içeren bir chimeric RNA ifade ederek Escherichia coli rekombinant RNA büyük miktarlarda üretmek için bir protokol mevcut tRNA ligaz. Ana ürün arıtma homojenliği için kolaylaştırır dairesel bir moleküldür.

Özet

Giderek artan bir ilgi RNA biyoloji ve sofistike biyoteknolojik uygulamaları RNA molekülleri kullanımı, rekombinant RNA'ların büyük miktarlarda üretmek için yöntemler sınırlıdır. Burada, biz bir viroid iskele ve bir bitki ilgi RNA içeren chimeric molekülünün ortak ifade dayalı Escherichia coli rekombinant RNA büyük miktarlarda üretmek için bir protokol tarif tRNA ligaz. Viroids daha yüksek bitkilerin bulaşıcı nispeten küçük, kodlamayan, son derece Bankası eşleştirilmiş dairesel RNA'lar vardır. Ana bitki tRNA ligaz olan RNA daireselleşmesi viroid çoğaltma sırasında aracılık Avsunviroidae, patlıcan gizli viroid (ELVd), gibi ailesine ait viroids tarafından işe bir enzim. Her ne kadar ELVd E. coliçoğaltmak değil, bir ELVd öncül verimli E. coli RNA polimeraz tarafından transkripsiyonu ve bakteri hücreleri içinde katıştırılmış hammerhead çokluğunun tarafından işlenen ve elde edilen monomerleri tarafından circularized ortak ifade tRNA ligaz dikkate değer bir konsantrasyon ulaşan. Bir RNA ilgi ELVd iskele içine ekleme normal laboratuvar koşullarında bakteriyel kültürünün litre başına rekombinant RNA miligram onlarca üretimini sağlar. RNA ürün ana bir kısmını yuvarlaktır sanal homojenliği için rekombinant RNA arıtma kolaylaştırır bir özellik. Bu protokol için tamamlayıcı DNA (cDNA) faiz RNA için karşılık gelen bir ELVd cDNA belirli bir pozisyon, patlıcan tRNA ligaz, ortak ifade etmek için plazmid E. colidönüştürmek için kullanılan bir ifade plazmid olarak eklenir. Güçlü kurucu Rehberleri kontrol altında her iki moleküllerin ortak ifade rekombinant RNA büyük miktarda üretim için açar. Rekombinant RNA bakteriyel hücrelerinden çıkarılan ve onun Döngüsellik yararlanarak bakteriyel RNA'ların toplu ayrılmış.

Giriş

DNA ve proteinler aksine kolay, verimli ve düşük maliyetli üretim RNA büyük miktarda protokollerde bol değildir. Ancak, biyoteknolojik uygulamaları, çok özel aptamers olarak bunların kullanımı da dahil olmak üzere araştırma ve Sanayi talep onların benzersiz biyolojik özellikleri1araştırmak veya istihdam için bu biomolecules miktarda artan sofistike 2, terapötik ajanlar3veya selektif pestisit4. İn vitro transkripsiyon ve kimyasal sentez yaygın olarak araştırmada RNA üretmek için kullanılır. Ancak, büyük miktarda ürün gerekli olduğunda bu yöntemler önemli sınırlamalar gerektirecektir. Mantıksal alternatif hücresel arkadaşları faiz RNA'lar ayırmak için bir arıtma işlemi ardından yaşam hücrelerinin endojen transkripsiyon makine kullanmaktır. Bu stratejiyi yöntemleri geliştirilmiştir laboratuvar dostu gibi bakteri hücreleri içinde rekombinant RNA'ların üretmek için Escherichia coli5 veya deniz mor Kemotrofik Alfa-proteobacterium Rhodovolum sulfidophilum 6. bir tRNA ya da RNA ilgi olduğu bir rRNA7eklenen gibi bakterilerde rekombinant RNA üretmek için pek çok yöntem bir yerel son derece kararlı RNA iskele ifade üzerinde güveniyor. İlave RNA varlığı8karşıdan akış uygulamaları için bir sorun ise bu çıkar chimeric molekül RNA bırakmadan gerekliliği getirir. Başka bir kavram olarak rekombinant RNA biyoteknoloji istenen ürün başına olabilir veya faiz9RNA kararlılığını artırmak için koruyucu bir strateji olarak kullanılan rekombinan Ribonükleoprotein kompleksleri yapımıdır, 10. Benzer şekilde, dairesel RNA'ların üretimi daha istikrarlı ürünleri11oluşturmak için bir strateji olarak sürülmüştür.

Biz son zamanlarda üç yukarıdaki kavramlar katılan E. coli rekombinant RNA büyük miktarlarda üretmek için yeni bir yöntem geliştirdik: son derece kararlı bir dairesel RNA iskele ilgi RNA ve ortak bir ifade ekleme bakteriyel dikkate değer miktarlarda biriken büyük olasılıkla istikrarlı Ribonükleoprotein karmaşık üretmek için rekombinant RNA etkileşen bir protein ile12hücreleri. Aksine önceki gelişmeler, E. coliiçin yani bir viroid tamamen yabancı bir RNA iskele kullandık. Viroids sadece nispeten küçük tarafından (246-401 nt) oluşturulan daha yüksek bitkilerin bulaşıcı ajanlar çok özel bir türü vardır son derece Bankası eşleştirilmiş dairesel RNA13. İlginçtir, viroids RNA'ların kodlamayan ve kendi proteinler hiçbir yardımıyla, onlar virüslü ana14karmaşık bulaşıcı döngüleri tamamlamak mümkündür. Bu döngüleri çekirdeği veya kloroplast, viroid aile bağlı olarak RNA, RNA-RNA çoğaltma dahil —Pospiviroidae veya Avsunviroidae, sırasıyla — hareket virüslü bitki ve konak savunma yanıtının kaçakçılığı. Viroids doğada, çıplak bir dairesel RNA olmak ve enfekte bitki hücreleri düşmanca bir ortamda hayatta kalmak sahip bir sonucu olarak en istikrarlı RNA'ların arasında yer gerekir. Bu özellik viroids iskele rekombinant RNA biyoteknolojik yaklaşımlar stabilize etmek için özellikle uygun hale getirebilir. Buna ek olarak, yeni yöntemi ile etkileşen bir bitki protein viroid iskele iş ifade temel alır. Viroids hangi ana enzimler işleminin farklı adımları katalizler işe bir haddeleme-daire mekanizması ile çoğaltma. Özellikle bazı viroids, özellikle bu aile Avsunviroidae15' e, ait Ayrıca çoğaltmaya katılan çokluğunun içerir. Viroid tür bağlı olarak, viroid RNA transkripsiyonu RNA polimeraz II ana bilgisayar veya chloroplastic kodlanmış nükleer RNA polimeraz (NEP) tarafından aracılık ettiği. Viroid RNA işleme görünmek-e doğru ev sahibi tarafından katalize tip III RNase, her ne kadar viroids ile çokluğunun oligomeric RNA içinde ara ürün çoğaltma sırasında kendi kendine ayırmak. Son olarak, elde edilen viroid monomerleri, viroid aile bağlı olarak, ana bilgisayar DNA ligaz 1 veya chloroplastic izoformu tRNA ligaz16,17circularized. Bu son enzim ligasyonu patlıcan gizli viroid (ELVd)18gibi aile Avsunviroidae, viroids monomeric formları ilgilenmektedir.

Patlıcan (Solanum melongena L.) tarafından tanıma belirleyen sıralı ve yapısal gereksinimlerini ELVd analiz etmek için bir çalışma sırasında tRNA ligaz, biz ortak ifade E. coli hem moleküllerin dayalı deneysel bir sistem kurmak 19. biz birim daha uzun ELVd transkript verimli katıştırılmış hammerhead çokluğunun ile E. coli hücrelerde kendi kendine ayırmak olduğunu ve elde edilen viroid monomerleri ile 5'-hidroksil ve 2' 3'-fosfodiester termini olduğunu fark verimli bir şekilde birlikte ifade patlıcan tRNA ligaz tarafından circularized. Daha da, elde edilen dairesel viroid RNA E. coli, beklenmeyen bir yüksek konsantrasyon endojen rRNA'lar12olanların aşan ulaştı. Çoğaltma intermediates yokluğu ELVd RNA, RNA-RNA amplifikasyon bu bakteri hücreleri içinde eksikliği gösterilir. İlginçtir, viroid molekülünün belirli bir konumda Contegra RNA'ları ekleme döngüsel viroid kaynaklı RNA'ların12birikimi ılımlı bir etkisi vardı. Bu gözlem bize rekombinant RNA'ların bakterilerde büyük miktarlarda üretmek için bir yöntem öngörülüyor yaptı. Bu yöntemde, faiz RNA'lar için karşılık gelen cDNAs ELVd cDNA eklenir ve elde edilen chimeric RNA güçlü bir bünye organizatörü E. coli ifade edilir. Sistemin çalışması için E. coli patlıcan tRNA ligaz ifade etmek için bir plazmid ile birlikte dönüştürülmesi gerekir. ELVd elde edilen birim daha uzun transkript katıştırılmış hammerhead çokluğunun tarafından işlenir ve uygun termini ile elde edilen monomerleri tanınır ve ortak ifade tRNA ligaz tarafından circularized. Bu şekilde ilgi RNA çok kararlı bir dairesel iskele viroid dairesel molekülünün oluşan eklenir. Bu rekombinant chimeric RNA en büyük ihtimal daha fazla bir Ribonükleoprotein tRNA ligaz ile etkileşimi aracılığıyla karmaşık oluşumu tarafından E. coli hücrelerin içinde stabilize. Bu yöntemi kullanarak (bkz: protokolü aşağıdaki), RNA aptamers, saç tokası RNA'ların ve diğer yapısal RNA'ların edilmiş kolayca litre başına miligram E. coli kültür düzenli laboratuvar koşullarında onlarca miktarda üretilen ve alarak homojenliği için saf Döngüsellik12avantajı.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protokol

1. plazmid İnşaat

  1. PCR (veya Ters transkripsiyon bir RNA şablonundan yola PCR) yükseltmek RNA ifade plazmid derlemeye izin vermek için 5' uzantısıyla primerler kullanılarak ilgi karşılık gelen cDNA. İstenmeyen mutasyonlar önlemek için yüksek sadakat DNA polimeraz kullanın.
    1. CDNA ifade plazmid Gibson derleme20tarafından eklemek için aşağıdaki 5' uzantıları PCR astar ekle: ileri, 5'-tctccccctcccaggtactatccccttXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'; geri, 5'-ccctcctagggaacacatccttgaXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'; X nükleotit homolog faiz RNA terminal sonuna kadar temsil eder.
    2. 30 için kuluçkaya s 98 ° C'de 10 30 döngüsü tarafından takip 98 ° c, 30 s s 55 ° C ve 30 s 72 ° C ve 10 dk 72 ° C'de son bir uzantısı
  2. Plazmid pLELVd-BZB 10 U türü IIS Restriksiyon enzimi BPI ile in Özet 100 ng ben 0,5 ml 20 µL tepki olarak 37 ° C'de 1 h için G (10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM MgCl2, 50 mM NaCl arabellekte tüp 0.1 mg/mL BSA).
    Not: Tüm plazmid yazarın isteğine sağlanmaktadır. BPI Bbs için eşdeğer ben.
  3. PCR ve sindirim ürünleri TAE arabelleği (40 mM Tris, 20 mM asetik asit, 1 mM EDTA, pH 7.2) % 1'özel jel elektroforez ile ayırın. Jel 15dk için 0,5 µg/mL arasında etidyum bromür 200 mL içinde sallayarak leke. UV transilluminator kullanarak DNA görselleştirmek ve güçlendirilmiş cDNA ve bir neşter bıçak kullanarak BPI -sindirmek plazmid (2046 bp) karşılık gelen grup kesti.
    Not: BPI Ben pLELVd-BZB hazım da serbest bırakmak LacZ mavi-beyaz muhabir için karşılık gelen bir 528 bp ürün.
  4. Silika jel sütunları (DNA kurtarma seti malzemeleri tablojel) kullanarak jel parçaları DNA'lar elute ve DNA toplama göre spektrofotometrik analiz ölçmek.
  5. Güçlendirilmiş cDNA ve sindirilmiş plazmid kullanarak bir Gibson derleme tepki kadar ayarla. Vektör karşı Ekle203 kat molar fazlalığı kullanın. 1s 50 ° c için kuluçkaya ve reaksiyon ürünleri bir silika jel sütun (DNA temiz ve yoğunlaştırıcı kiti Malzemeler tablo) kullanarak arındırmak.
  6. Electroporate yetkili Gibson derleme tepkimden arıtılmış ürünleri kullanmak E. coli DH5α hücreleri. 1-mm Elektroporasyon cuvettes kullanarak, aşağıdaki ayarlar uygulanır: 1,500 V ve 5 Bayan Incubate catabolite baskı ile süper optimize et suyu içinde 37 ° C'de 1 h için (SOC; 20 g/L tryptone, 5 g/L maya ekstresi, 0.5 g/M NaCl, 2.5 mM KCl, 10 mM MgCl2 20 mM glikoz, pH 7,0) sıvı orta ve sonra yayılmasını Luria-Bertani üzerine (LB; 10 g/L tryptone, 5 g/L maya ekstresi, 10 g/M NaCl) agar (% 1.5) içeren 50 µg/mL ampisilin tabaklar.
    1. Dönüştürülmüş E. coli için karşılık gelen kolonileri için ekran büyük olasılıkla INSERT, electroporated hücreleri kaplama önce 15 dk dahil klonlar yayılmış olarak 50 mg/mL 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside (X-gal) içinde 30 µL dimethylformamide. Tabak gecede 37 ° C'de kuluçkaya
  7. Beyaz sömürgeler almak ve sıvı LB medya 37 ° C'de gecede büyümek. Arındırmak bir miniprep kullanarak plazmid ( Tablo malzemelerigörmek) kiti ve boyutlarının TAE arabelleği % 1'özel jel elektroforez tarafından analiz.
  8. Elektroforetik geçiş pLELVd-BZB denetimine göre temel olasılıkla rekombinant plazmid seçin. Astar 5'-CCTTTTTCAATATTATTGAAGC-3 kullanarak sıralama tarafından seçilen plazmid dizi Onayla ' ve 5'-GATGCTCGTCAGGGGGGCGGAG-3' pLELVd-BZB tüm ifade kasete kuşatın.
    Not: Bu plazmid faiz cDNA tarafından değiştirilir LacZ marker ile 528 bp polylinker içerdiğini unutmayın. Kısıtlama eşleme şu rekombinant plazmid seçmek için yardımcı olabilir.

2. RNA ifade

  1. Co-electroporate (1.6 koşullara bakınız) seçilen E. coli süzün (E. coli BL21 veya BL21 türevi) ile pLELVd BZB ilgi ve plazmid p15LtRnlSm RNA ortak ifade etmek için karşılık gelen cDNA içeren türev Patlıcan tRNA ligaz. E. coli RNase III21yoksun, HT115(DE3) RNA'ların uzun çift iplikçikli bölgeleri ile ifade etmek için kullanın.
    Not: Her iki RNA ilgi ve tRNA ligaz mRNA transkripsiyonu E. coli RNA polimeraz tarafından. Bu lysogen varlığı hiçbir zararlı etkisi yoktur rağmen hiçbir DE3 lysogen için hızlı T7 RNA polimeraz e.coli suşu gerekir.
  2. SOC sıvı ortamda 37 ° C'de 1 h kuluçka sonra 50 µg/mL ampisilin ve 34 µg/mL kloramfenikol içeren LB katı orta electroporated bakteri plaka. Gecede 37 ° C'de kuluçkaya
  3. Bir koloni almak ve bir 1 L aşılamak Erlenmeyer şişesi 250 mL sıvı müthiş suyu (TB) orta ile şaşkın (12 g/L tryptone, 24 g/L maya ekstresi, %0,4 gliserol, 0,17 M KH2PO4ve 0,72 M K2HPO4), 50 µg/mL ampisilin içeren ve 34 µg/mL kloramfenikol. 37 ° C'de (devir/dakika) dakikada 180 devrimler, güçlü sallayarak ile kuluçkaya. Bakteri 12 ve 16 s arasında kültür aşı sonra hasat.

3. RNA çıkarma ve arıtma

  1. Analitik amaçlı 2 mL aliquots kültür arzu etmek zaman puan almak ve 14.000 x g 2 dk. atma süpernatant için de santrifüj kapasitesi ve TE arabelleği (10 mM Tris-HCl, pH 8.0 ve 1 mM EDTA) 50 µL hücrelerde vortexing tarafından resuspend.
    1. Bir birim (50 µL) (su ile doymuş ve pH 8.0 Tris-HCl, pH 8.0 ile equilibrated) fenol 1:1 (v/v) karışımı ekleyin ve kloroform. Tarafından dinç vortexing hücreler kırmak ve sulu ve organik aşamaları Santrifüjü 14.000 x gde 5 min için tarafından ayrı.
    2. Toplam bakteri RNA içeren sulu aşamaları (üst) dikkatli bir şekilde kurtarmak.
      Not:-20 ° c daha sonraki analiz için hazırlıklar depolanabilir.
  2. Partiye hazırlık amacıyla kültür 250 mL santrifüj şişe ve 14.000 x g için 10 dk. atma süpernatant hücreleri aşağı spin içine dökün. Hücreleri 30 mL su resuspending tarafından yıkayın. Bir santrifüj tüpü aktarmak ve spin hücreleri tekrar aynı koşullar altında aşağı.
  3. Süpernatant atın ve 10 mL Kromatografi arabelleği (50 mM Tris-HCl, pH 6.5, 150 mM NaCl, 0.2 mM EDTA) hücrelerde vortexing tarafından resuspend.
    Not: Şu anda, hücreleri arıtma her an devam etmek için-20 ° C'de donmuş olabilir.
  4. Taze veya çözdürülen bakteriyel hazırlık kullanarak, hücreleri 1 birim (10 mL) ekleyerek fenol: kloroform break (bkz. Adım 3.2) ve vortexing şiddetle.
  5. 12.000 x g, 10 dk santrifüj kapasitesi, sulu faz yeniden elde etmek ve aynı koşullar altında kloroform 1 hacmi (10 mL) ile yeniden ayıklayın.
    Not: RNA hazırlık bu aşamada-20 ° C'de muhafaza edilebilir.
  6. Daha fazla toplam bakteri RNA anyon-Satım Kromatografi tarafından arındırmak. RNA hazırlık bir 45 µm şırınga filtre ve 1 mL diethylethanolamine (DEAE) sütun üzerindeki yükü üzerinden filtre.
    1. Kromatografi arıtma için 1 mL/dk debi sıvı kromatografi sistemi kullanın. Yükleme örnek önce sütun Kromatografi arabellek 10 mL ile equilibrate (bkz. Adım 3.3 kompozisyon için).
    2. Örnek yüklemek ve sütun Kromatografi arabellek 10 mL ile yıkayın. RNA elüsyon arabellek (50 mM Tris-HCl, pH 6.5, 1 M NaCl, 0.2 mM EDTA) ile 20 mL elute ve 1 mL aliquots toplamak.
      Not: RNA hızlı bir şekilde ilk kesirler elutes. Sütunu daha da purifications için yeniden kullanılabilir. Bunun için sütun 10 mL su ile yıkayın ve % 20 etanol içinde 4 ° C'de depolayın.
  7. Rekombinant RNA E. coli içinde dairesel formda biriken önemli bir bölümünü beri bu özellik arıtma homojenliği12kazançlı. Dairesel RNA'ların doğrusal karşıtları sigara denaturing ve (8 M üre) koşulları12,22denaturing birleştiren iki boyutlu polyacrylamide jel elektroforez tarafından (2D sayfa) ayırın.

4. RNA Analizi

  1. %5 polyacrylamide jel hazırlamak (37.5:1 acrylamyde:N, N'- methylenebisacrylamide, kütle oranı) TBE tampon (89 mM Tris, 89 mM Borik asit, 2 mM EDTA) içeren 8 M üre içinde.
  2. Mix 20 µL RNA hazırlıkların arabellek (% 98'i formamide, 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA, %0.0025 bromophenol mavi ve %0.0025 ksilen cyanol), yükleme 1 birim (20 µL) ile 95 ° c Isıtma bloğundaki 1,5 dk için kuluçkaya ve serin buz üzerinde oturtun.
  3. Polyacrylamide jel örneklerinde yük ve Elektroforez jel boyutları (140 x 130 2,5 h için 2 mm jelleri x 200 V çalıştırmakÖrneğin,) bağlı olarak uygun koşullar çalıştırın. 15 dakika içinde 0,5 µg/mL arasında etidyum bromür jel leke, su ile yıkayın ve UV ışığı altında RNA görselleştirmek.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Sonuçlar

Rekombinant RNA E. coli ELVd kaynaklı sistem12kullanarak üretmek için faiz RNA bir ELVd RNA iskele aşılı. Bu chimeric RNA E. colipatlıcan tRNA ligaz boyunca ortak ifade. İşlenen, i ciddi ve circularized sonra chimeric dairesel RNA, RNA ilgi içinden dışarı çıkar, büyük olasılıkla bir Ribonükleoprotein bakteri hücreleri ( dikkat çekici konsantrasyon ulaşır ortak ifade patlıcan enzim ile karmaşık formla...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Tartışmalar

ELVd sırası ve yapısı gereksinimleri tanıma patlıcan tRNA ligaz ile ilgili araştırma yaparken, biz liderliğindeki viroid dairesel büyük beklenmedik bir birikimi olmayan ana bilgisayar E. coli hem moleküllerin Co bu ifadeyi fark formları bakteri hücreleri19. Biz viroid RNA E. coli olarak büyük birikimi en büyük olasılıkla son derece kararlı bir RNA molekülü, nispeten küçük gibi ortak ifade sonucu olduğunu anladım (333 nt), son derece dayalı eşleştiri...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Açıklamalar

Yazarlar bu protokol için açıklanan teknoloji olmuştur ilan (bizi Patent No patentli EP14382177.5, PCT/EP2015/060912).

Teşekkürler

Bu eser hibe BIO2017-83184-R ve BIO2017-91865-EXP gelen İspanyol "gayri resmi" de Ciencia, Innovación y Universidades (ortak sermayeli FEDER fonlar) tarafından desteklenmiştir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Malzemeler

NameCompanyCatalog NumberComments
Phusion High-Fidelity DNA polymeraseThermo ScientificF530S
Bpi IThermo ScientificER1011
AgaroseConda8010D1 low EEO
TrisPanReac AppliChemA1086,1000
Acetic acidPanReac AppliChem131008.1214
EDTASigma-AldrichE5134-500G
Ethidium bromidePanReac AppliChemA1152,00251%
Zymoclean Gel DNA RecoveryZymo ResearchD4001
NanoDropThermoFisher ScientificND-3300
NEBuilder HiFi DNA Assembly Master MixNew England BioLabsE2621S
DNA Clean & ConcentratorZymo ResearchD4003
EporatorEppendorf4309000019
Escherichia coli DH5αInvitrogen18265-017
TryptoneIntron BiotechnologyBa2014
Yeast extractIntron Biotechnology48045
NaClPanReac AppliChem131659.1211
AgarIntron Biotechnology25999
AmpicillinPanReac AppliChemA0839,0010
X-galDuchefaX1402.1000
N,N-DimethylformamidePanReac AppliChem131785.1611
NucloSpin PlasmidMacherey-Nagel22740588.250
Escherichia coli BL21(DE3)Novagen69387-3
Escherichia coli HT115(DE3)Ref. Timmons et al., 2001
ChloramphenicolDuchefaC 0113.0025
GlycerolPanReac AppliChem122329.121187%
KH2PO4PanReac AppliChem131509.1210
K2HPO4PanReac AppliChem122333.1211
HClPanReac AppliChem131020.1211
PhenolScharlauFE0479100090%
ChloroformPanReac AppliChemA3691,1000
Filtropur S 0.2Sarstedt83.1826.001
HiTrap DEAE Sepharose FF columnGE Healthcare Life Sciences17-5055-01
ÄKTAprime plus liquid chromatography systemGE Healthcare Life Sciences11001313
AcrylamydePanReac AppliChemA1089,10002K
N,N’-methylenebisacrylamideSigma-AldrichM7279-100G
UreaPanReac AppliChem146392.1211
Boric acidPanReac AppliChemA2940,1000
FormamidePanReac AppliChemA0937,2500
Bromophenol blueSigma-AldrichB8026-5G
Xylene cyanolSigma-AldrichX4126-10G
N,N′-Bis(acryloyl)cystamineSigma-AldrichA4929-5G

Referanslar

  1. Wang, J., et al. Current Research on Non-Coding Ribonucleic Acid (RNA). Genes. 8 (12), (2017).
  2. Hamada, M. In silico approaches to RNA aptamer design. Biochimie. 145, 8-14 (2018).
  3. Bobbin, M. L., Rossi, J. J. RNA Interference (RNAi)-Based Therapeutics: Delivering on the Promise? Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 56, 103-122 (2016).
  4. Airs, P. M., Bartholomay, L. C. RNA Interference for Mosquito and Mosquito-Borne Disease Control. Insects. 8 (1), 4(2017).
  5. Ponchon, L., Dardel, F. Large scale expression and purification of recombinant RNA in Escherichia coli. Methods. 54 (2), 267-273 (2011).
  6. Kikuchi, Y., Umekage, S. Extracellular nucleic acids of the marine bacterium Rhodovulum sulfidophilum and recombinant RNA production technology using bacteria. FEMS Microbiology Letters. 365 (3), fnx268(2018).
  7. Ponchon, L., Dardel, F. Recombinant RNA technology: the tRNA scaffold. Nature Methods. 4 (7), 571-576 (2007).
  8. Batey, R. T. Advances in methods for native expression and purification of RNA for structural studies. Current Opinion in Structural Biology. 26, 1-8 (2014).
  9. El Khouri, M., et al. Expression and Purification of RNA-Protein Complexes in Escherichia coli. Methods in Molecular Biology. 1316, 25-31 (2015).
  10. Ponchon, L., et al. Co-expression of RNA-protein complexes in Escherichia coli and applications to RNA biology. Nucleic Acids Research. 41 (15), e150(2013).
  11. Umekage, S., Kikuchi, Y. In vitro and in vivo production and purification of circular RNA aptamer. Journal of Biotechnology. 139 (4), 265-272 (2009).
  12. Daròs, J. -A., Aragonés, V., Cordero, T. A viroid-derived system to produce large amounts of recombinant RNA in Escherichia coli. Scientific Reports. 8 (1), 1904(1904).
  13. Daròs, J. A. Viroids: small noncoding infectious RNAs with the remakable ability of autonomous replication. Current Research Topics in Plant Virology. , Springer International Publishing Switzerland. 295-322 (2016).
  14. Flores, R., Hernández, C., Martínez de Alba, A. E., Daròs, J. A., Di Serio, F. Viroids and viroid-host interactions. Annual Review of Phytopathology. 43, 117-139 (2005).
  15. Di Serio, F., et al. ICTV Virus Taxonomy Profile: Avsunviroidae. The Journal of General Virology. 99 (5), 611-612 (2018).
  16. Nohales, M. A., Flores, R., Daròs, J. A. Viroid RNA redirects host DNA ligase 1 to act as an RNA ligase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (34), 13805-13810 (2012).
  17. Nohales, M. A., Molina-Serrano, D., Flores, R., Daròs, J. A. Involvement of the chloroplastic isoform of tRNA ligase in the replication of viroids belonging to the family Avsunviroidae. Journal of Virology. 86 (15), 8269-8276 (2012).
  18. Daròs, J. A. Eggplant latent viroid: a friendly experimental system in the family Avsunviroidae. Molecular Plant Pathology. 17 (8), 1170-1177 (2016).
  19. Cordero, T., Ortolà, B., Daròs, J. A. Mutational Analysis of Eggplant Latent Viroid RNA Circularization by the Eggplant tRNA Ligase in Escherichia coli. Frontiers in Microbiology. 9 (635), (2018).
  20. Gibson, D. G., et al. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nature Methods. 6 (5), 343-345 (2009).
  21. Timmons, L., Court, D. L., Fire, A. Ingestion of bacterially expressed dsRNAs can produce specific and potent genetic interference in Caenorhabditis elegans. Gene. 263 (1-2), 103-112 (2001).
  22. Schumacher, J., Randles, J. W., Riesner, D. A two-dimensional electrophoretic technique for the detection of circular viroids and virusoids. Analytical Biochemistry. 135 (2), 288-295 (1983).
  23. Hansen, J. N., Pheiffer, B. H., Boehnert, J. A. Chemical and electrophoretic properties of solubilizable disulfide gels. Analytical Biochemistry. 105 (1), 192-201 (1980).
  24. Giguère, T., Adkar-Purushothama, C. R., Bolduc, F., Perreault, J. P. Elucidation of the structures of all members of the Avsunviroidae family. Molecular Plant Pathology. 15 (8), 767-779 (2014).
  25. López-Carrasco, A., et al. The transcription initiation sites of eggplant latent viroid strands map within distinct motifs in their in vivo RNA conformations. RNA Biology. 13 (1), 83-97 (2016).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Yeniden Basımlar ve İzinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi

Izin talebi

Daha Fazla Makale Keşfet

Biyokimyasay 141rekombinant RNAdairesel RNAviroidtRNA ligazRNA aptamerEscherichia coli

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Gizlilik

Kullanım Şartları

İlkeler

Araştırma

Eğitim

JoVE Hakkında

Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır