Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Bu araştırma çabası, ağ farmakolojisi ve gen ekspresyonu omnibus (GEO) veri kümelerinin sinerjik bir entegrasyonunu kullanarak topikal ilaç uygulama mekanizmasını aydınlatmaya çalıştı. Bu makalede anüs egzamasının tedavisinde ShiDuGao'nun (SDG) uygulanabilirliği, hedefi ve mekanizması değerlendirilmiştir.
Anüs egzaması, anüs çevresini etkileyen kronik ve tekrarlayan inflamatuar bir cilt hastalığıdır. Lezyonlar öncelikle anal ve perianal deride meydana gelirken, perine veya genital bölgeye de uzanabilir. ShiDuGao'nun (SDG) anal kaşıntıya, eksüdasyon kontrolüne, nem azaltmaya ve cilt onarımına karşı önemli onarıcı özelliklere sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, SDG'nin anal egzama üzerindeki genetik hedefleri ve farmakolojik mekanizmaları henüz tam olarak aydınlatılmamış ve tartışılmamıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada ağ farmakolojik bir yaklaşım kullanılmış ve gen hedeflerini araştırmak için gen ekspresyon omnibus (GEO) veri kümeleri kullanılmıştır. Ek olarak, bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) kuruldu ve bunun sonucunda "ilaç-hedef-hastalık" etkileşim ağı içinde 59'u merkez gen olarak kabul edilen 149 hedefin tanımlanması sağlandı.
Perianal egzama tedavisinde SDG'nin gen fonksiyonu, Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) analizi kullanılarak değerlendirildi. Daha sonra, ağ farmakolojik analizinde tanımlandığı gibi SDG'nin anti-perianal egzama fonksiyonu ve potansiyel yolu, moleküler yerleştirme metodolojisi kullanılarak doğrulandı. Anüs egzamasının tedavisinde SDG hedefli genler ve proteinlerle ilişkili biyolojik süreçler, diğerlerinin yanı sıra öncelikle sitokin aracılı yanıtları, inflamatuar yanıtları ve lipopolisakkarite yanıtları kapsar. Yol zenginleştirme ve fonksiyonel açıklama analizlerinin sonuçları, SDG'nin Shigellosis ve herpes simpleks virüs 1 enfeksiyon yolaklarını düzenleyerek anal egzamanın önlenmesinde ve yönetilmesinde çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Ağ farmakolojisi ve GEO veri tabanı analizi, anal egzama tedavisinde, özellikle TNF ve MAPK sinyal yollarında çok önemli merkez hedefleri olan TNF, MAPK14 ve CASP3'ü modüle ederek SDG'nin çok hedefli doğasını doğrulamaktadır. Bu bulgular, SDG'nin anal egzama için terapötik mekanizması hakkında daha fazla araştırma için net bir yön sağlarken, bu zayıflatıcı durum için etkili bir tedavi yaklaşımı olma potansiyelini vurgulamaktadır.
Anal egzama, perianal bölgeyi ve mukozayı etkileyen, çeşitli klinik belirtiler gösteren alerjik bir cilt rahatsızlığıdır1. Karakteristik semptomlar arasında anal eritem, papüller, kabarcıklar, erozyon, eksüdalar ve kabuklanma bulunur. Bu belirtiler çoğunlukla etkilenen bölgenin çizilmesi, kalınlaşması ve pürüzlülüğü nedeniyle ortaya çıkar2.
Hastalığın uzun sürmesi, tekrarlayan ataklar ve zorlu tedavi ile karakterize edilen anal egzama, hastaların fiziksel ve zihinsel sağlığı üzerinde olumsuz etkilere neden olabilir3. Anal egzamanın patogenezi henüz net değildir ve modern tıp, lokal anal lezyonlar, diyet, çevre, genetik ve diğer faktörlerle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir4. Anal egzama tedavisi, tahriş edici maddeler ve potansiyel alerjenlerle temastan kaçınmanın yanı sıra, esas olarak iltihabı önleme, alerji önleme ve kaşıntıyı hafifletme gibi yöntemlere odaklanır5.
SDG, anal egzama ve diğer anal durumların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. SDG, anal cilt eksüdasyonunu düzenler, nemi azaltır, anal cildi onarır ve kaşıntıyı etkili bir şekilde ele alır 6,7,8. Ayrıca, SDG, perianüs mikrobiyotasını düzenleme ve böylece anüs egzamasını iyileştirme potansiyeline sahiptir 9,10.
Yapay zeka ve büyük veri alanında yeni ve disiplinler arası, son teknoloji bir biyoinformatik yaklaşım olan ağ farmakolojisi, geleneksel Çin tıbbının derinlemesine araştırılmasını sağlar. Bu disiplin, ilaçlar ve hastalıklar arasındaki moleküler korelasyon kurallarının ekolojik ağ perspektifinden sistemik olarak açıklanmasını vurgulamaktadır. Bitki özlerindeki temel aktif bileşenlerin tanımlanması, küresel etki mekanizmalarının deşifre edilmesi, ilaç kombinasyonlarının formüle edilmesi ve reçete uyumluluğunun incelenmesi dahil olmak üzere çeşitli yönlerden kapsamlı bir şekilde benimsenmiştir. Geleneksel Çin reçeteleri, çok bileşenli ve çok hedefli nitelikleri sergiler ve bu da ağ farmakolojisi alanına önemli ölçüde uyarlanabilirliklerini gösterir. Bu metodoloji tarafından yönlendirilen, karmaşık geleneksel Çin tıbbı sistemlerinin incelenmesinde yeni bakış açıları ortaya çıkmış ve klinik uygulama rasyonalizasyonu ve ilaç yeniliği için sağlam teknik destek sağlamıştır 11,12,13,14.
Bu çalışmanın amacı, anal egzama tedavisinde SKH'nin etkinlik mekanizmasını araştırmaktır. Bu araştırma çabası, ağ farmakolojisi ve GEO veri kümelerinin sinerjik bir entegrasyonunu kullanarak topikal ilaç uygulama mekanizmasını aydınlatmaya çalıştı. Bulgular, anüs egzamasının tedavisinde SDG'nin etkinliği ve altında yatan mekanizmalar hakkında değerli bilgiler sağlamakta ve bu durum için etkili bir terapötik yaklaşım olma potansiyelini göstermektedir. Çalışmanın ayrıntılı iş akış şeması Şekil 1'de sunulmuştur.
Bu çalışma etik kurul onayı ve katılım onayı anlamına gelmemektedir. Bu çalışmada kullanılan veriler gen veri tabanlarından elde edilmiştir.
1. Hastalık hedeflerinin tahmini
2. Aktif bileşenlerin seçimi
3. PPI ağının inşası ve çekirdek proteinlerin taranması
4. İlaç-bileşen-hastalık-hedef ağının oluşturulması
5. GO ve KEGG zenginleştirme analizi
6. GEO gen çipi veri kümesi analizi
7. Moleküler yerleştirme
Anüs egzaması ile ilişkili genler, SDG hedef genleri ve ortak hedefler
Toplam 958 potansiyel gen adayı Genecard'larda ve 634'ü OMIM veritabanlarında taranırken, kopyalar hariç tutuldu. Anal egzama ile ilgili genler hakkında kapsamlı bir anlayış elde etmek için, birden fazla veri tabanından elde edilen bulgular birleştirildi ve toplam 958 farklı gen elde edildi. Sonuç olarak, anal egzamaya özgü bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) titizlikle formüle edildi. SDG, indigo natural...
Atopik dermatit, egzama ile altta yatan mekanizmaları paylaşan spesifik bir egzama şeklidir. Bu durumla ilişkili olduğuna inanılan hub genleri TNF, MAPK14 ve CASP3'tür. SDG'nin anal egzama üzerindeki terapötik etkileri, esas olarak bu üç hub geni17 aracılığıyla TNF ve MAPK sinyal yolları üzerindeki etkisine atfedilir.
SDG beş farklı ilaç içerir: indigo naturalis, altın selvi, kalsine alçıtaşı, kalamin ve Çin Gall'i. Geleneksel Çin tıbbında,...
Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.
Hiç kimse.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
AutoDockTools | AutoDock | https://autodocksuite.scripps.edu/adt/ | |
Cytoscape 3.9.1 | Cytoscape | https://cytoscape.org/ | |
GeneCards database | GeneCards | https://www.genecards.org | |
GEO database | National Center for Biotechnology Information | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | |
GEO2R tool | National Center for Biotechnology Information | https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/ | |
Metascape | Metascape | https://metascape.org/ | |
Online Mendelian inheritance in man database | OMIM | https://www.omim.org | |
RCSB protein database | RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) | http://www.pdb.org/ | |
STRING database | STRING | https://string-db.org/ | |
Swiss ADME database | Swiss Institute of Bioinformatics | http://www.swissadme.ch/index.php | |
Traditional Chinese Medicine system's pharmacology database (TCMSP) | Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform | http://tcmspw.com/tcmsp.php | |
Venny2.1 | BioinfoGP | https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır