Lekeli IMAT lipid damlacığı ölçümlerinin miktarını belirlemeye başlamak için ImageJ'de Konfokal Yığınlar'ı açın. Görüntü'yü, ardından Ayarla'yı ve ardından Eşik'i seçerek Threshold User Interface'i açın. Kullanıcı arabiriminde, eşik türü olarak Modlararası'nı seçin ve Koyu Arka Plan'ın seçili olduğundan emin olun.
Ardından bir eşik algoritması çalıştırmak için Uygula'ya tıklayın. İşlem, ardından İkili ve Su Havzası'nı seçerek dokunan lipit damlacıklarını ayırmak için havza algoritmasını çalıştırın. Yığındaki tüm görüntüleri işlemek ve düz beyazın daha geniş alanlarını bölen ince siyah bir çizgi eklemek için iletişim kutusunda Evet'i seçin.
Maksimum ve minimum parçacık boyutlarını ayarlamak için, orijinal görüntüyü açın ve Oval aracını kullanarak görünümdeki en küçük ve en büyük lipid damlacığının ana hatlarını çizin. Ardından, T.Select, Analyze (Analiz) ve ardından Set Measurements (Ölçümleri Ayarla) yazarak bu şekilleri ROI Manager'a ekleyin. İletişim kutusunda ayarları seçin, Yalnızca alan'ı işaretleyin ve Tamam'ı tıklatın. Ardından ROI Yöneticisi'nden Ölçüm'ü seçin.
Boyut aralığı olarak bu sonuçlar penceresindeki iki alan ölçüsünü kullanın ve parçacıkları analiz edin. Parçacıkları analiz algoritması ile ilgilenilen bölgeyi veya ROI'leri belirlemek. Analiz Et'i ve ardından Parçacıkları Analiz Et'i seçin.
Seçim ayarlarını yapmak için bir iletişim kutusu açılır. ROI Ölçümlerinin çıktısını almak için Analiz Et'i, ardından Ölçümleri Ayarla'yı seçin ve Alan, Centroid, Elips'e Sığdır, ve Yığın Konumu'nu seçin. Tamam'a tıklayın. Ardından ROI Yöneticisi'nden Ölçüm'ü seçin.
Sonuç tablosundaki veriler seçilebilir ve daha fazla analiz için Excel'e kopyalanabilir. Bireysel lipid damlacık ölçümlerinin ve dağılımının ayrıntılı bir değerlendirmesi için, BODIPY floresan etiketli lipid damlacıkları konfokal mikroskopi ile görüntülendi. Eşikleme ve şekil segmentasyonu, her bir lipit damlacığı için yatırım getirisi oluşturmak için iyi bir ilk geçiş sağladı.
Ancak, hataları düzeltmek için manuel düzenlemeler gerekiyordu. Görüntüde soluk görünen derin lipid damlacıkları, ImageJ'deki Oval aracı kullanılarak elle eklenebilir. Yanlışlıkla tek bir ROI olarak tanımlanan bir grup lipid damlacığı, orijinal ROI'nin silinmesi ve birden fazla yeni ROI ile değiştirilmesiyle de düzeltilebilir.
Tek bir lipid damlacığının birden fazla dilimde benzersiz bir yatırım getirisi olarak tanımlandığı durumlarda, yinelenen yatırım getirileri tek bir yatırım getirisinde birleştirildi.
