Zebra balığı larvalarından izole edilen bağırsak hücrelerinde floresanla aktive edilen hücre sıralaması veya FACS yapmak için, akış sitometresine 3.000 hücre kaydederek sıralanan hücre popülasyonunun kapılarını ayarlamak için vahşi tip bütün larva örneğini kullanın. 100 mikronluk bir nozul kullanın ve Sıralama Hassasiyetini 4 Yönlü Saflık olarak ayarlayın. %5 fetal buzağı serumu içeren 200 mikrolitre PBS içeren toplama tüpünü faks makinesine koyun.
İzole edilmiş bağırsaklardan hazırlanan hücre süspansiyonunu yükleyin ve ölü hücrelerdeki çiftleri hariç tuttuktan sonra, canlı veya DAPI-negatif tek hücreleri toplama tüpüne ayırın. Hücre ayırma işleminden sonra toplama tüpünü buz üzerinde tutun ve tripan mavisi ile canlılık kontrolü yapın. Bir hemositometre ile süspansiyondaki hücre sayısını sayın.
Hücreler artık tek hücreli RNA dizilimi için işlenmeye hazırdır. Örnek başına yaklaşık 20.000 hücre kullanın.