Tüm multiomik giriş veri setlerini giriş verileri klasörüne ekleyerek başlayın. Burada stabil, kronik ve akut koroner sendromlu hastalardan elde edilen verileri içerirler. Verileri önceden işlemek için klasör sembolüne tıklayın, ardından yapılandırma klasörüne erişmek için mofa_workflow komut dosyalarına ve yapılandırmalara çift tıklayın.
Açmak için veri yapılandırma CSV dosyasına çift tıklayın. Değer sütununa, giriş verilerinin ve sonuç klasörlerinin yollarını girin. Yapılandırma adı-değeri sütununda, kaydedilen tüm dosyalar için dosya uzantısı olarak eklenecek bir ad belirtin.
Değişiklikleri kaydetmek için üst kısımdaki menüden Dosya ve CSV Dosyasını Kaydet'i seçin. Ardından, sol taraftaki gezinme menüsünü kullanarak, komut dosyaları klasörüne gitmek için komut dosyalarına tıklayın. 00_Configuration_Update üzerine çift tıklayın.
ipynb başlatma not defterini açmak için. Komut dosyasını çalıştırmak için, üst kısımdaki Çekirdeği Yeniden Başlat ve Tüm Hücreleri Çalıştır düğmesine tıklayın ve ardından açılır pencerede Yeniden Başlat'a tıklayın. Konfigürasyonlar klasörüne gitmek için konfigürasyonlara çift tıklayın.
Ardından 01_Pre_Processing_SC_Data üzerine çift tıklayın. Dosyayı açmak için CSV'yi seçin. Otomatik olarak doldurulan değerleri doğrulayın, değişiklikleri kaydetmek için üst kısımdaki menüden Dosya ve CSV dosyasını kaydet'i seçin.
Ardından sol taraftaki gezinme menüsünü kullanın ve komut dosyaları klasörüne gitmek için komut dosyalarına tıklayın. 01_Prepare_Pseudobulk üzerine çift tıklayın. Not defterini açmak için ipynb.
Komut dosyasını çalıştırmak için, üst kısımdaki Çekirdeği Yeniden Başlat ve Tüm Hücreleri Çalıştır düğmesine tıklayın ve ardından açılır pencerede Yeniden Başlat'a tıklayın. Şekiller klasörüne gitmek için, önce şekillere, sonra da 01_figures üzerine çift tıklayın. Yeni oluşturulan grafiği açın, genel bakış FIG01_Amount_of_Cells.
Ardından, örnek başına çok düşük hücre sayısına sahip hücre tipi kümelerini belirlemek için grafiği inceleyin. Sonraki adımlarda dışlamak için bu küme kimliklerinin adlarını not edin. Yapılandırma klasörüne geri dönmek için noktalara tıklayın ve yapılandırmalara çift tıklayın.
Ardından dosyayı 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv açın. Önceki adımda dışlama için tanımlanan tüm küme kimliklerini, cell_type_exclusion sütununda virgülle ayırarak ekleyin. Değişiklikleri kaydetmek için üst kısımdaki menüden Dosya ve CSV Dosyasını Kaydet'i seçin.
Şimdi dosyayı 02_Pre_Processing_Configuration açın. CSV ve veri giriş klasörüne dahil edilen ve bu klasörde depolanan her veri kümesi için ön işleme yapılandırmasını ayarlayın. Hangi ön işleme adımlarının uygulanması gerektiğine bağlı olarak sütunlardaki parametreleri gerektiği gibi ayarlayın.
Dosya ve CSV Dosyasını Kaydet'i seçerek değişiklikleri kaydedin. Scripts klasörüne gitmek için scripts'e tıklayın. Not defterini 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb'yi açın.
Üst kısımdaki Çekirdeği Yeniden Başlat ve Tüm Hücreleri Çalıştır düğmesine tıklayın ve ardından açılır pencerede Yeniden Başlat'a tıklayın. Ardından, oluşturulan 02_results klasörüne gidin. Klasör sembolüne tıklayın, ardından sonuçlara çift tıklayın ve 02_results.
Dosya 02_Combined_Data, yapılandırma adı, birleşik işlem öncesi veri giriş dosyasını içeren ENTEGRE CSV'yi içerdiğini doğrulayın.
