CUT&RUN Sıralama Verilerinin Giriş Analizi ve Doğrulanması

Araştırmamız, tekrarlayan DNA elementlerinin kanserin başlangıcı ve ilerlemesindeki rolünü araştırıyor. Bu unsurların kanser başlatma mekanizmalarında doğrudan yer alıp almadığını ve eğer öyleyse, bu bilgileri hasta sonuçlarını iyileştirmek için kullanıp kullanamayacağımızı soruyoruz. Transkripsiyonel veya translasyon sonrası kromatin değişiklikleri gibi epigenetik faktörlerin özelliğini ve değişikliklerini ve kromatin üzerindeki spesifik lokalizasyondaki bağlanmayı ve hem toplu hem de tek hücreli çözünürlükte savunma proteini tarafından yakalanan DNA veya RNA dizilerini yakalamak için birçok yeni nesil dizileme teknolojisi ve analitik boru hattı geliştirilmiştir.

Alanımızdaki araştırmaları ilerletmek için kullanılan teknolojiler, kromatin üzerindeki modifiye histonların veya transkripsiyon faktörlerinin genomik konumlarını haritalayabilen teknolojilerdir. Amaçlarımız doğrultusunda, bu teknoloji şemsiyesi içindeki en uygun teknik, CUT & RUN adı verilen bir tekniktir. Halka açık birçok CUT&RUN analiz hattı, analizin akışını anlamak ve projeleri için kendi analiz hattını geliştirmek isteyen biyoinformatik yeni başlayanlar için nispeten karmaşıktır.

Ancak CUT & RUN analiz hattımız, akışı anlamak ve yayın kalitesi verilerini elde etmek ve biyoinformatik deneyimini oluşturmak için değiştirmek için çok daha kolay olan tek bir program dilinde adım adım geliştirilmiştir. Kronik çift sarmallı RNA ekspresyonunun kanser gelişiminde biyomimikri kaçırma ve immünoterapi oranlarını nasıl etkilediği ve TP53 proteininin kronik çift sarmallı RNA ekspresyonunu ve biyomimikri kaçışını nasıl düzenleyebileceği sorusunun cevabını bulmak için kilit öneme sahibiz. Ve sonunda, kronik çift sarmallı RNA ekspresyonunu ve biyomimikri kaçırma sürecini anlayarak ve hedefleyerek immünoterapiye dirençli kanseri nasıl tedavi edebileceğimizi anlamak istiyoruz.