Başlamak için, terminale komutu yazarak sıkıştırılmış analiz işlem hattını GitHub'dan indirin. İndirdikten sonra, zip dosyasını açmak için komutu girin. Açma işlemi tamamlandıktan sonra, zip dosyasını kaldırın ve sıkıştırılmış klasör adını değiştirin.
Ardından, çalışma dizinindeki tüm kabuk komut dosyaları için yürütülebilir izinleri ayarlayın. Kullanılabilir seçeneklerden uygun yükleme kabuğu komut dosyasını bulun. Script_01_Installation.sh adlı bir komut dosyası arayın.
Terminali açın ve aktif terminalde kullanılan varsayılan kabuğu kontrol etmek için echo SHELL yazın. Bash varsayılan kabuk değilse, terminalde chsh s yazarak ayarlayın. Terminale hızlı kuyruk indirme komut dosyasını yazın veya komut dosyasını terminale sürükleyin ve enter tuşuna basın.
Komut dosyasını çalıştırdıktan sonra, hata mesajları için günlük dosyasını kontrol edin. Şimdi, terminale kırpma komut dosyasını girin ve çalıştırın. Ardından, terminalde bowtie2 dizin oluşturma betiğini yazın ve çalıştırın.
Son olarak, bowtie2 eşleme komut dosyasını çalıştırın ve enter tuşuna basın. Terminalde bam filtreleme ve sıralama betiğini yazın ve çalıştırın. Ardından, terminale uygun komutu yazıp enter tuşuna basarak bam'ı BEDPE, BED ve bedGraph biçimlerine dönüştürün.
SRPMC yöntemini kullanarak normalleştirme gerçekleştirin, ardından ekleme boyutu analiz betiğini çalıştırın. Terminaldeki MACS komutunu kullanarak yoğun arama gerçekleştirin. Ardından, SEACR kullanarak zirve araması komutunu yazın ve enter tuşuna basın.
Terminalde uygun komutu kullanarak tepe BED dosyaları oluşturun ve ardından tepe noktalarını filtreleyin. Ardından, MACS tepe noktalarını birleştirme komutunu girin. SEACR tepe noktalarını birleştirmek için terminale komutu yazın.
Bir korelasyon grafiği oluşturun ve terminalde temel bileşen analizi için komutu çalıştırın. Ardından, uygun komutu kullanarak farklı yöntemleri karşılaştıran bir Venn şeması oluşturun. Kopyalar için bir Venn şeması oluşturmak için komutu girin.
Son olarak, odaklanmış bir tepe merkezi ısı haritası oluşturun. Ardından, tam bir tepe merkezi ısı haritası oluşturun.
