Yazarlar dikkatle atılırlar WJ Looney kabul ediyorsunuz.

Akciğer TB şüphesi olan tüm hastalarda bakteriyolojik inceleme için en az iki balgam örneği sunmaları konusunda Verem Bakım devletler için Uluslararası Standartlar Standart 2. Balgam yüksek verim sahiptir, bu zamanda toplanan olarak mümkün olduğunda, en az bir sabah erken numune alınması gerekir. 11 Xpert MTB / assay RIF olarak indüklenen ya ekspektore balgamlari hazırlanan balgam örnekleri veya teksif çökel uygulanabilmektedir . olumlu veya olumsuz aside dirençli basil (ARB) yayma 6, 12, 13 deney var olan akciğer TB klinik şüphesi olduğu hastaların gelen örnekleri ile kullanılmak üzere tasarlanmıştır: 1) anti-tüberküloz tedavisi, 2 almamış ) &lt;7 tedavisinin gün, veya 3) Son 60 gün içinde tedavi almadım vardı. Bakteriyel DNA antimikrobiyal tedavi sonrası devam, çünkü ilaç tedavisi 7 etkilerinin izlenmesi için kullanılmaması gerektiğini unutmayın etmeyin. <pclass = &quot;jove_content&quot;&gt; enfeksiyon ajanlarını bulaştırma kapasitesine kullanılmış kartuşları da dahil olmak üzere klinik örneklerin, davranın. Böyle giyen koruyucu tek kullanımlık eldivenler, laboratuar önlüğü ve göz koruyucu gibi uygun önlemler, kullanın ve kurumunuzun güvenlik prosedürleri ve yönergeleri izleyin. 1. Ekspektore Balgam örnekleri Not: olduğu gibi Süreç tek seferde birçok örneği gibi, GeneXpert Dx Sistem testi çalıştırmak için kullanılabilir modülleri! <ol><li> Ilgili örnek kimliği ile her Xpert MTB / RIF kartuş etiketleyin. </li><li> Transferi 1.0 ml steril bir transferi pipet kullanarak konik, vidalı kapaklı tüpe balgam ekspektore. Alternatif olarak, tüm numune orijinal sızdırmaz balgam toplama kabı işlenebilir. </li><li> Steril bir aktarım pipet kullanılarak ekspektore balgam etmek; 2.0 ml Xpert MTB / RIF Örnek Reaktif (v / v 02:01) eklenir. </li><li> Kapağı değiştirin ve gayretle 10 tüp sallayın-20 Kez. Alternatif olarak, karışımın (30 sn) santrifüja edilebilir. </li><li> Tüp oda sıcaklığında 5 dakika boyunca dik bekletin. </li><li> Şiddetle 10-20 kat tüpü çalkalayın. Alternatif olarak, (30 sn) bir girdap kullanın. </li><li> Tüp oda sıcaklığında bir 10 dakika dik bekletin. </li><li> Örnekleri inceleyin: Numune balgam hiçbir görünür kümeleri ile sıvılaştırılmış edilmelidir. </li></ol> 2. Konsantre Sedimanlar Not: Süreç sadece GeneXpert Dx Sistemi olduğu gibi aynı anda çok sayıda numune olarak testleri çalıştırmak için kullanılabilir modülleri! <ol><li> Ilgili örnek kimliği ile her Xpert MTB / RIF kartuş etiketleyin. </li><li> Steril bir aktarım pipet kullanarak konik, vidalı kapaklı tüpe 1,5 ml Xpert MTB / RIF Örnek Reaktif aktarın. </li><li> Steril bir pipet kullanarak transferi Örnek Reaktif içeren tüp için en az 0.5 ml konsantre sediment ekleyin. </li><li> Kapağı değiştirin ve tüp v sallayınigorously 10-20 kat. Alternatif olarak, (30 sn) bir girdap kullanın. </li><li> Tüp oda sıcaklığında 5 dakika boyunca dik bekletin. </li><li> Şiddetle 10-20 kat tüpü çalkalayın. Alternatif olarak, (30 sn) bir girdap kullanın. </li><li> Tüp oda sıcaklığında bir 10 dakika dik bekletin. </li><li> Örnekleri inceleyin: Numune balgam hiçbir görünür kümeleri ile sıvılaştırılmış edilmelidir. </li></ol> 3. Xpert MTB / RIF Kartuş Yükleme Not: Kartuş için örnek ekleyerek 30 dakika içinde test başlayın! <ol><li> Xpert MTB / RIF kartuş ve numune ID etiketlerini kontrol edin. </li><li> Kartuş kapağını açın. </li><li> Sağlanan steril transferi pipet kullanarak, menisküs asgari işaretinin üstüne kadar transferi pipet içine sıvılaştırılmış örnek aspire ve Xpert MTB / RIF kartuş açık portuna örnek aktarmak. </li></ol> Not:Aerosol oluşumu riski en aza indirmek için yavaş yavaş dağılır! <ol start="4"><li> Kartuş kapağını kapatın. </li></ol> 4. Test Başlangıç Not: Teste başlamadan önce, GeneXpert Dx Sistemi GX2.1 yazılımı ile donatılmış olduğundan emin olun ve Xpert MTB / RIF testi yazılımı alınır 9! <ol><li> Bilgisayarınızı açın ve sonra GeneXpert Dx enstrüman açın. </li><li> Windows masaüstünde, GeneXpert Dx kısayol simgesine çift tıklayın. </li><li> Kullanıcı adı ve şifrenizi kullanarak GeneXpert Dx Sistemi yazılımı oturum açın. </li><li> GeneXpert Dx Sistem penceresinde, test Oluştur&#39;u tıklatın. Tarama Kartuş Barkod iletişim kutusu görüntülenir. </li><li> Örnek kimlik kutusuna tarama veya örnek kimliğini yazın. </li><li> Xpert MTB / RIF kartuş üzerindeki barkodu tarayın. Oluştur Testi penceresi görüntülenir. </li><li> Testi Başlat </strong&gt;, ve görünen iletişim kutusunda şifrenizi girin. </li><li> Yanıp sönen yeşil ışık ile cihaz modülü kapağını açın ve yazıcı kartuşu yükleyin. </li><li> Kapağını kapatın. Testi başlar ve ışık yanıp sönmek yerine sürekli yeşil kalır. Test tamamlandığında, ışığı söner. </li><li> Sistemin çalışma sonunda kapı kilidi serbest bırakana kadar bekleyin, sonra modül kapı açın ve kartuşu çıkarın. </li><li> Kurumunuzun standart uygulamalara göre uygun çöp konteynerleri kullanılan kartuş atın. </li></ol> 5.. Temsilcisi Sonuçlar Her Xpert MTB / RIF kartuş MTB kompleksi ve RIF direncinin algılama gibi hedef bakteriler, yeterli işlem için kontrol etmek ve PCR reaksiyonunda inhibitörü varlığında (ler) izlemek için bir örnek işleme kontrolü (SPC) için reaktifler içeren . Prob Check Control (PCC) PCR tüp dolum, reaktif rehidrasyon doğrularkartuşu, prob bütünlüğü ve boya kararlılık. Xpert MTB / RIF testinde 9 primerler 81 baz çifti &quot;çekirdek&quot; bölgesini içeren rpoB geni bir kısmını yükseltmek. Moleküler işareti olarak bilinir Beş farklı renkte Flourogenik nükleik asit hibridizasyon probları, tüm 81-bp çekirdekli sorgularız. 14 Her moleküler işaret hedef dizisi vahşi tip rpoB farklıysa bu hedefine bağlamak değil, böylece özel olarak tasarlanmıştır Bir tek nükleotid ikamesi gibi azar dizisi. Bunlar, hedeflerine, yani, yabanıl tür rpoB sekansı bağlanmıştır yalnızca moleküler işaretçileri floresansı yana deneyde, beş renklerin her birinin yokluğu ile ilişkili olan çekirdek bölgede korunmuş yabani tipteki sekansı ve mutasyonlar arasındaki ayrım RIF direnci. 6 SPC olumsuz bir örnek pozitif olmalı ve pozitif bir örnek negatif veya pozitif olabilir. TestSPC negatif test tespit değilse sonuç &quot;geçersiz&quot; olacaktır. PCR reaksiyonu başlamadan önce, GeneXpert Dx Sistemi boncuk rehidrasyon, reaksiyon-tüp dolum, prob bütünlüğü ve boya istikrarı izlemek için problardan floresans sinyal ölçer. Problardan floresans sinyal atanan kabul kriterlerini karşılıyorsa, PCC geçer. Ölçülen sonuçlar floresan sinyalleri ve gömülü hesaplama algoritmaları GeneXpert Dx Sistem tarafından yorumlanır ve Sonuçları penceresinde 9 görüntülenir, aşağıda belirtilmiştir: MTB Tespit: MTB hedef DNA tespit edildiğinde; her iki denetim, SPC ve PCC, atanan kabul kriterleri karşılamaktadır. Alt Ct değerlerini DNA örneğinin daha yüksek bir başlangıç ​​konsantrasyonu temsil eder; yüksek Ct değerlerini DNA örneğinin daha düşük bir konsantrasyon temsil eder. MTB DETECTED sonuçlarında &quot;RIF Direniş DETECTED&quot; (Şekil 1A), (&quot;RIF direnç saptanmamıştır&quot; <strong&gt; Şekil 1B), ya da &quot;RIF Direniş BELİRSİZ&quot; ayrı bir satırda görüntülenir. MTB Algılanmadı: MTB hedef DNA tespit değildir; her iki denetim, SPC ve PCC, atanan kabul kriterleri (Şekil 2) buluşuyor. Geçersiz: MTB varlığı veya yokluğu tespit edilemeyen: SPC kabul kriterlerine uymuyorsa, yani örnek düzgün işlenmedi, veya PCR inhibe edilmiştir (Şekil 3). Not: Ekstra numune ile tekrar test! Hata: (FAIL) başarısız PCC sonuçlarından biri veya daha fazlası. MTB ve SPC Hem NO SONUÇ gösterilecek. Not: Ekstra numune ile tekrar test! PCC (PASS) geçerse, hata bir sistem bileşeni hatası neden olmaktadır. Şekil 1: MTB hedef DNA tespit edildiğinde; her iki denetim, SPC ve PCC, atanan kabul kriterleri karşılamaktadır. Alt Ct değerleri daha yüksek bir başlangıç ​​temsilDNA örneğinin konsantrasyonu; yüksek Ct değerlerini DNA örneğinin daha düşük bir konsantrasyon temsil eder. MTB DETECTED sonuçlarında &quot;BELİRSİZ RIF Direniş&quot; ayrı bir satırda gösterir (Şekil 1B) &quot;RIF Direniş DETECTED&quot;, ya da, (Şekil 1A) &quot;RIF direnç saptanmamıştır.&quot; <img alt="Şekil 1A" src="/files/ftp_upload/3547/3547fig1A.jpg" /> . Şekil 1A MTB DETECTED; RIF Direnç 81-bp RIF rpoB geni direnç belirleyici bölgesi (RRDR) yani sadece yabani tip nükleik asit dizisi, DETECTED DEĞİL mevcuttu 6. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3547/3547fig1A.jpg" target="_blank">büyük rakam görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 1B" src="/files/ftp_upload/3547/3547fig1B.jpg" /> . Şekil 1B MTB DETECTED; RIF Direnç algılandı. Pozisyonları kapsayan, Probe B (ok) terk tamamlayın R 513-517<html> RpoB geni RDR. 6 örnekte, kısmi sıralama rpoB gen mutasyonu D516V tespit edildiğini ortaya koymuştur. 8 <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3547/3547fig1Blarge.jpg" target="_blank">büyük rakam görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/3547/3547fig2.jpg" /> Şekil 2 MTB hedef DNA tespit edilmedi;.. Her iki denetim, SPC ve PCC, atanan kabul kriterlerini karşılayan <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3547/3547fig2large.jpg" target="_blank">büyük rakamı görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 3" src="/files/ftp_upload/3547/3547fig3.jpg" /> Örnek düzgün işlenmiş değil çünkü, SPC kabul kriterlerine uymayan ya da PCR inhibe çünkü:. MTB Şekil 3 Geçersiz test sonucu, yani varlığı veya yokluğu tespit edilemez.3547fig3large.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; büyük rakamı görmek için buraya tıklayın.

<ol>
	<li>Sudre, P., Dam, t. e. n., Chan, G., C, A., Kochi, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tuberculosis+in+the+present+time:+a+global+overview+of+the+tuberculosis+situation.">Tuberculosis in the present time: a global overview of the tuberculosis situation.</a> World Health Organisation Document WHO/TUB/91. 158, 1-47 (1991).</li><li>World Health Organisation. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+tuberculosis+control:+epidemiology,+strategy,+financing.">Global tuberculosis control: epidemiology, strategy, financing.</a> WHO report 2010. , (2010).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The global plan to stop TB, 2006-2015. , (2006).</li><li>Morris, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+mechanisms+of+multiple+drug+resistance+in+clinical+isolates+of+Mycobacterium+tuberculosis.">Molecular mechanisms of multiple drug resistance in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis.</a> J. Infect. Dis. 171, 954-960 (1995).</li><li>Traore, H., Fissette, K., Bastian, I., Devleeschouwer, M., Portaels, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+rifampicin+resistance+in+Mycobacterium+tuberculosis+isolates+from+diverse+countries+by+a+commercial+line+probe+assay+as+aninitial+indicator+of+multidrug+resistance.">Detection of rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates from diverse countries by a commercial line probe assay as aninitial indicator of multidrug resistance.</a> Int. J. Tuberc. Lung Dis. 4, 481-484 (2000).</li><li>Helb, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Detection+of+Mycobacterium+tuberculosis+and+Rifampin+Resistance+by+Use+of+On-Demand+Near-Patient+Technology.">Rapid Detection of Mycobacterium tuberculosis and Rifampin Resistance by Use of On-Demand Near-Patient Technology.</a> J. Clin. Microbiol. 48, 229-237 (2010).</li><li>Blakemore, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Analytical+Performance+of+the+Xpert+MTB/RIF.">Evaluation of the Analytical Performance of the Xpert MTB/RIF.</a> Assay. J. Clin. Microbiol. 48, 2495-2501 (2010).</li><li>Telenti, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+rifampicin-resistance+in+Mycobacterium+tuberculosis.">Detection of rifampicin-resistance in Mycobacterium tuberculosis.</a> Lancet. 341, 647-650 (1993).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> GeneXpert Dx System Operator Manual. , (2011).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> International Standards for Tuberculosis Care (ISTC). , (2009).</li><li>Boehme, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Molecular+Detection+of+Tuberculosis+and+Rifampin+Resistance.">Rapid Molecular Detection of Tuberculosis and Rifampin Resistance.</a> N. Engl. J. Med. 363, 1005-1015 (2010).</li><li>Marlowe, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cepheid+Xpert+MTB/RIF+assay+for+the+Direct+Detection+of+Mycobacterium+tuberculosis+Complex+from+Respiratory+Specimens.">Evaluation of the Cepheid Xpert MTB/RIF assay for the Direct Detection of Mycobacterium tuberculosis Complex from Respiratory Specimens.</a> J. Clin. Microbiol. 49, 1621-1623 (2011).</li><li>El-Hajj, H. H., Marras, S. A. M., Tyagi, S., Kramer, F. R., Alland, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+rifampin+resistance+in+Mycobacterium+tuberculosis+in+a+single+tube+with+molecular+beacons.">Detection of rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis in a single tube with molecular beacons.</a> J. Clin. Microbiol. 39, 4131-4137 (2001).</li><li>Hillemann, D., Ruesch-Gerdes, S., Boehme, C., Richter, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+molecular+detection+of+extrapulmonary+tuberculosis+by+automated+GeneXpert+MTB/RIF+system.">Rapid molecular detection of extrapulmonary tuberculosis by automated GeneXpert MTB/RIF system.</a> J. Clin. Microbiol. 49, 1202-1205 (2011).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Xpert MTB / RIF test bir tek, ekspektore balgam veya konsantre sediment ya, MTB ve RIF direncinin aynı anda saptanması için numune dekontaminasyon, eller serbest kullanım, on-board örnek işleme ve ultra-hassas hemi-nested PCR entegre , sistem kullanımı kolay. Testin tespit analitik sınır 131 CFU / ml balgam olduğu bulunmuştur. 6 Ct değerleri ve MTB hücrelerin sayısı arasında log-doğrusal bir ilişki 10 Şubat-10 Temmuz CFU / ml &#39;den balgam geçerlidir sunulmaktadır. Klinik MTB konsantrasyonlarda test lineer aralığındaki tüm düşmek gibi, tahlil bakteri yükünün yarı-niceliksel tahminler sağlar. 7 testi sadece orta laboratuar altyapı ve eğitim gerektirir. Tespit sınırı konvansiyonel mikroskopi göre daha düşük bir büyüklükte en az iki siparişler yatmaktadır. 6 Spesifiklik mükemmeldir. Dahası, RIF-DAYANIKLI eşzamanlı algılamat MTB ilaca dirençli TB çağında nokta-bakım test ortamında önemli bir avantajdır. 3 Klinik pulmoner TBC tanısı için test performansı üzerinde sadece sınırlı yayınlanan verilerin bugüne kadar mevcut 12;. 13 kültürüne göre şüpheli pulmoner TB hastalarının balgam MTB tespit Xpert MTB / RIF testi genel klinik duyarlılık% 97.6 oldu referans olarak. Ve 1462 hasta toplam bu beş çalışma alanlarında (; Baku, Azerbaycan;; Cape Town ve Durban, Güney Afrika Mumbai, Hindistan, Lima, Peru) yer prospektif çok merkezli çalışmanın bulguları vardı. Çalışma grubundaki kültür ile doğrulanmış TB genel test öncesi olasılığı% 50.7 idi. Duyarlılığı yayma ve kültür pozitif vakaları için% 99.8 ve smear-negatif, kültür pozitif vakalar için% 90.2 idi. Akciğer TB ile HIV pozitif hastalar arasında, MTB / RIF testinin hassasiyeti gibi% 98.4 ile karşılaştırıldığında,% 93.9 oldu. Kültür göre HIV-negatif hastaların düşük TB prevalansının bir ortamda 12, MTB tespiti için genel anlaşma% 89 idi; duyarlılığı sırasıyla, yayma negatif örnekler için yayma pozitif ve% 72 için% 98 idi ve özgüllük mükemmel oldu. 13 tedavi edilmemiş balgam testleri ve konsantre çökeller üzerinde olanlar arasında duyarlılık açısından belirgin bir fark yoktu. 12 Aynı çalışmada, MTB / RIF testte 209 211 hastada (% 99.1 duyarlılık) ve in RIF direnci tespit sıralama sonuçları dikkate alınmıştır RIF duyarlılık ile tüm 506 hastada (% 100 özgüllük). 12 Yazarlar bulgular muhtemel olduğunu öne sürerek, vaka tespiti ve RIF direnci ayrımcılık, hem de performans farklı siteler arasında benzer olduğunu bulundu yaygın olarak uygulanabilir. Ayrıca 12 gibi bronko-alveolar lavaj ve bronş gibi balgam dışında solunum yolu örneklerinde konsantre çökelleri,l salgıları, benzer duyarlılık ve özgüllük ile test edilmiştir. test performansı üzerinde 13 Veri ekstra pulmoner TBC test ortaya çıkmaktadır. 15 Küresel TB kontrolü acilen noktası bakım ayarları. MTB algılamak için kullanılan 3 Şu nükleik asit çoğaltma yöntemleri, emek-yoğun karmaşık hızlı yeni TB olgularının tanı ve evrensel erişim RIF dirençli MTB algılanmasına izin etkili araçlara ihtiyacı ve teknik olarak zor. Xpert MTB / RIF testi bunu göze mümkün olacak şartıyla, bu ayarlara TB ve ilaç direnci, her ikisi için de, standart hassas ve çok özel tanı testi getirmek için bir potansiyele sahiptir. Erişimini kolaylaştırmak amacıyla, Yenilikçi Diagnostics (BUL) Vakfı Xpert MTB / RIF testi için önemli fiyat indirimleri konusunda çalışmalar yapmaktadır. Indirim için uygun ülkeler listesinde birlikte Şu BUL-anlaşmalı fiyatları, web üzerinde mevcuttur. 10 </sup&gt;

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif / Ekipman </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td></tr><tr><td> Xpert MTB / RIF testi </td><td> Sefeid </td><td> GXMTB/RIF-10 </td></tr><tr><td> Transferi pipetler </td><td> Sarstedt </td><td> 86.1172.001 </td></tr><tr><td> Konik tüpleri, 15 mL, 120 x 17 mm, PS </td><td> Sarstedt </td><td> 62.553.542 </td></tr></tbody></table>

diagnosing pulmonary tuberculosis with the xpert mtb/rif test

Mycobacterium tuberculosis (MTB) nedeniyle Tüberküloz (TB) önemli bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir: enfeksiyon dünya nüfusunun 1 üçte birine kadar etkiler ve yaklaşık iki milyon insan her yıl TB tarafından öldürülüyor yüksek kaliteli 2 Evrensel erişim. , tüm TB hastalar için hasta odaklı tedavi Stop TB Stratejisinin DSÖ&#39;nün vurgulanıyor. 3 güvenilir ilaç direnci test sonuçlarına göre solunum yolu örneklerinde ve ilaç tedavisi ile MTB hızlı tespiti, bu stratejinin başarılı bir şekilde uygulanması için bir önkoşuldur. Ancak, dünyanın birçok alanda, TB tanısı hala duyarsız, kötü standart balgam mikroskop yöntemle gerçekleştirilir. Etkisiz TB algılama ve ilaca dirençli MTB suşların ortaya çıkması ve iletim giderek küresel TB kontrol aktivitelerinin tehlikeye. 2 Küresel ölçekte - - stand akciğer TB Etkin tanı durumu gerektirirardized, MTB kompleks ve rifampisin (RIF) gibi önemli antibiyotik direnç hem doğrudan algılama sağlayacak, kullanımı kolay ve güçlü tanılama araçları. İkinci sonuç çok ilaca dirençli MTB (MDR TB) için bir belirteç olarak hizmet verebilir ve güvenilir test sonuçları hızlı kullanılabilirliği&gt; MDR-TB izolatların% 95. 4, 5 bildirilmiştir Sesi doğrudan hasta yönetimi çevirmek olasıdır sonuçta, her hasta tedavi ve toplumda TB bulaşma zincirini kıracak kararlar. 2 Sefeid Kullanıcı (Sunnyvale, CA, USA) Xpert MTB / RIF testi 6, 7, dikkat çekici bir şekilde yukarıda belirtilen taleplerini karşılar. It) balgam veya teksif sedimentlerde MTB karmaşık DNA tespiti 1 için bir nükleik asitlerin amplifikasyon testidir ve 2) rpoB geni RIF direnci ile ilişkili mutasyonların tespiti 8 Bu Sefeid Kullanıcı GeneXpert Dx ile kullanılmak üzere tasarlanmıştır. Sistem thde entegre ve örnek işleme, nükleik asit amplifikasyon ve real-time PCR ve ters transkriptaz PCR kullanarak hedef dizilerinin tespiti otomatikleştirir. Sistem bir enstrüman oluşur, kişisel bilgisayar, barkod tarayıcı ve testleri çalışan ve sonuçları görüntülemek için önceden yüklenmiş yazılımlar. 9 Bu PCR&#39;da tutun ve PCR işlemi ev sahipliği atılabilir Xpert MTB / RIF kartuşları tek kullanım kullanmaktadır. Kartuşları bağımsız olduğu için, örnekleri arasında çapraz kontaminasyon elimine edilir. MTB algılamak için kullanılan 6 Şu nükleik asit çoğaltma yöntemleri, karmaşık emek-yoğun, ve teknik olarak zor vardır. Xpert MTB / RIF testi bunu göze mümkün olacak şekilde, evrensel erişim noktası ayarlarını bakımı 3 TB ve ilaç direnci hem de, standart hassas ve çok özel tanı testi getirmek için bir potansiyele sahiptir. Erişimini kolaylaştırmak amacıyla, Yenilikçi Diagnostics Vakfı (BUL) anlamlı müzakere etticant fiyat indirimleri. Indirim için uygun ülkeler listesinde birlikte Şu BUL-anlaşmalı fiyatları, web üzerinde mevcuttur. 10

Watch this Scientific Journal Video about Diagnosing Pulmonary Tuberculosis with the Xpert MTB/RIF Test at JoVE.com

Diagnosing Pulmonary Tuberculosis with the Xpert MTB/RIF Test

Xpert MTB / RIF testi aynı anda tespiti için numune dekontaminasyon, eller serbest kullanım, on-board örnek işleme ve ultra-hassas hemi-nested PCR entegre<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</emYaklaşık iki saat içinde ekspektore balgam veya teksif sediment ya&gt; ve rifampisin direnci,. Test standardize ve sadece orta laboratuvar altyapı ve eğitim gerektirir.

Xpert MTB / RIF Testi ile Akciğer Tüberkülozu Tanısı

Tuberculosis (TB) due to Mycobacterium tuberculosis (MTB) remains a major public health issue: the infection affects up to one third of the world ...

diagnosing-pulmonary-tuberculosis-with-the-xpert-mtbrif-test

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

79.8K Görüntüleme.  University of Bern. Xpert MTB / RIF testi aynı anda tespiti için numune dekontaminasyon, eller serbest kullanım, on-board örnek işleme ve ultra-hassas hemi-nested PCR entegre Mycobacterium tuberculosis ve rifampisin direnci,. Test standardize ve sadece orta laboratuvar altyapı ve eğitim gerektirir.

Video: Diagnosing Pulmonary Tuberculosis with the Xpert MTB/RIF Test

Growth of Mycobacterium tuberculosis Biofilms

Mycobacterium tuberculosis, the etiologic agent of human tuberculosis, has an extraordinary ability to survive against environmental stresses including antibiotics. Although stress tolerance of M. tuberculosis is one of the likely contributors to the 6-month long chemotherapy of tuberculosis 1, the molecular mechanisms underlying this characteristic phenotype of the pathogen remain unclear. Many microbial species have evolved to survive in stressful environments by self-assembling in highly organized, surface attached, and matrix encapsulated structures called biofilms 2-4. Growth in communities appears to be a preferred survival strategy of microbes, and is achieved through genetic components that regulate surface attachment, intercellular communications, and synthesis of extracellular polymeric substances (EPS) 5,6. The tolerance to environmental stress is likely facilitated by EPS, and perhaps by the physiological adaptation of individual bacilli to heterogeneous microenvironments within the complex architecture of biofilms 7.
In a series of recent papers we established that M. tuberculosis and Mycobacterium smegmatis have a strong propensity to grow in organized multicellular structures, called biofilms, which can tolerate more than 50 times the minimal inhibitory concentrations of the anti-tuberculosis drugs isoniazid and rifampicin 8-10. M. tuberculosis, however, intriguingly requires specific conditions to form mature biofilms, in particular 9:1 ratio of headspace: media as well as limited exchange of air with the atmosphere 9. Requirements of specialized environmental conditions could possibly be linked to the fact that M. tuberculosis is an obligate human pathogen and thus has adapted to tissue environments. In this publication we demonstrate methods for culturing M. tuberculosis biofilms in a bottle and a 12-well plate format, which is convenient for bacteriological as well as genetic studies. We have described the protocol for an attenuated strain of M. tuberculosis, mc27000, with deletion in the two loci, panCD and RD1, that are critical for in vivo growth of the pathogen 9. This strain can be safely used in a BSL-2 containment for understanding the basic biology of the tuberculosis pathogen thus avoiding the requirement of an expensive BSL-3 facility. The method can be extended, with appropriate modification in media, to grow biofilm of other culturable mycobacterial species.
Overall, a uniform protocol of culturing mycobacterial biofilms will help the investigators interested in studying the basic resilient characteristics of mycobacteria. In addition, a clear and concise method of growing mycobacterial biofilms will also help the clinical and pharmaceutical investigators to test the efficacy of a potential drug.

Growth of Mycobacterium tuberculosis Biofilms

Mycobacterium tuberculosis forms drug tolerant biofilms when cultured in certain conditions. Here we describe methods for culturing M. tuberculosis biofilms and determining the frequency of drug tolerant persisters. These protocols will be useful for further studies into the mechanisms of drug tolerance in M. tuberculosis.

Büyüme Mycobacterium tuberculosis Biyofilmler

Mycobacterium tuberculosis, the etiologic agent of human tuberculosis, has an extraordinary ability to survive against environmental stresses including ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Right Ventricular Systolic Pressure Measurements in Combination with Harvest of Lung and Immune Tissue Samples in Mice

The function of the right heart is to pump blood through the lungs, thus linking right heart physiology and pulmonary vascular physiology. Inflammation is a common modifier of heart and lung function, by elaborating cellular infiltration, production of cytokines and growth factors, and by initiating remodeling processes 1.
Compared to the left ventricle, the right ventricle is a low-pressure pump that operates in a relatively narrow zone of pressure changes. Increased pulmonary artery pressures are associated with increased pressure in the lung vascular bed and pulmonary hypertension 2. Pulmonary hypertension is often associated with inflammatory lung diseases, for example chronic obstructive pulmonary disease, or autoimmune diseases 3. Because pulmonary hypertension confers a bad prognosis for quality of life and life expectancy, much research is directed towards understanding the mechanisms that might be targets for pharmaceutical intervention 4. The main challenge for the development of effective management tools for pulmonary hypertension remains the complexity of the simultaneous understanding of molecular and cellular changes in the right heart, the lungs and the immune system.
Here, we present a procedural workflow for the rapid and precise measurement of pressure changes in the right heart of mice and the simultaneous harvest of samples from heart, lungs and immune tissues. The method is based on the direct catheterization of the right ventricle via the jugular vein in close-chested mice, first developed in the late 1990s as surrogate measure of pressures in the pulmonary artery5-13. The organized team-approach facilitates a very rapid right heart catheterization technique. This makes it possible to perform the measurements in mice that spontaneously breathe room air. The organization of the work-flow in distinct work-areas reduces time delay and opens the possibility to simultaneously perform physiology experiments and harvest immune, heart and lung tissues.
The procedural workflow outlined here can be adapted for a wide variety of laboratory settings and study designs, from small, targeted experiments, to large drug screening assays. The simultaneous acquisition of cardiac physiology data that can be expanded to include echocardiography5,14-17 and harvest of heart, lung and immune tissues reduces the number of animals needed to obtain data that move the scientific knowledge basis forward. The procedural workflow presented here also provides an ideal basis for gaining knowledge of the networks that link immune, lung and heart function. The same principles outlined here can be adapted to study other or additional organs as needed.

A specific and rapid protocol to simultaneously investigate right heart function, lung inflammation, and the immune response is described as a learning tool. Video and figures describe physiology and microdissection techniques in an organized team-approach that is adaptable to be used for small to large sized studies.

Akciğer ve Fareler immün Doku Örneklerinde Hasat ile kombinasyon Sağ Ventrikül Sistolik Basınç Ölçümleri

The function of the right heart is to pump blood through the lungs, thus linking right heart physiology and pulmonary vascular physiology. Inflammation is ...

An Experimental Model to Study Tuberculosis-Malaria Coinfection upon Natural Transmission of Mycobacterium tuberculosis and Plasmodium berghei

Coinfections naturally occur due to the geographic overlap of distinct types of pathogenic organisms. Concurrent infections most likely modulate the respective immune response to each single pathogen and may thereby affect pathogenesis and disease outcome. Coinfected patients may also respond differentially to anti-infective interventions. Coinfection between tuberculosis as caused by mycobacteria and the malaria parasite Plasmodium, both of which are coendemic in many parts of sub-Saharan Africa, has not been studied in detail. In order to approach the challenging but scientifically and clinically highly relevant question how malaria-tuberculosis coinfection modulate host immunity and the course of each disease, we established an experimental mouse model that allows us to dissect the elicited immune responses to both pathogens in the coinfected host. Of note, in order to most precisely mimic naturally acquired human infections, we perform experimental infections of mice with both pathogens by their natural routes of infection, i.e. aerosol and mosquito bite, respectively.

An Experimental Model to Study Tuberculosis-Malaria Coinfection upon Natural Transmission of Mycobacterium tuberculosis and Plasmodium berghei

Tuberculosis and malaria are two of the most prevalent infections in humans and major causes of morbidity and mortality in impoverished populations in the tropics. We established an experimental model system to study outcome of malaria-tuberculosis coinfection in mice after challenge with both pathogens via their natural route of infection.

Doğal İletim üzerine Tüberküloz-Sıtma Koenfeksiyonu Çalışması için Deneysel Bir Model Mycobacterium tuberculosis Ve Plasmodium berghei</i

Coinfections naturally occur due to the geographic overlap of distinct types of pathogenic organisms. Concurrent infections most likely modulate the ...

Isolation and Characterization of Neutrophils with Anti-Tumor Properties

Neutrophils, the most abundant of all white blood cells in the human circulation, play an important role in the host defense against invading microorganisms. In addition, neutrophils play a central role in the immune surveillance of tumor cells. They have the ability to recognize tumor cells and induce tumor cell death either through a cell contact-dependent mechanism involving hydrogen peroxide or through antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC). Neutrophils with anti-tumor activity can be isolated from peripheral blood of cancer patients and of tumor-bearing mice. These neutrophils are termed tumor-entrained neutrophils (TEN) to distinguish them from neutrophils of healthy subjects or na&#239;ve mice that show no significant tumor cytotoxic activity. Compared with other white blood cells, neutrophils show different buoyancy making it feasible to obtain a &#62; 98% pure neutrophil population when subjected to a density gradient. However, in addition to the normal high-density neutrophil population (HDN), in cancer patients, in tumor-bearing mice, as well as under chronic inflammatory conditions, distinct low-density neutrophil populations (LDN) appear in the circulation. LDN co-purify with the mononuclear fraction and can be separated from mononuclear cells using either positive or negative selection strategies. Once the purity of the isolated neutrophils is determined by flow cytometry, they can be used for in vitro and in vivo functional assays. We describe techniques for monitoring the anti-tumor activity of neutrophils, their ability to migrate and to produce reactive oxygen species, as well as monitoring their phagocytic capacity ex vivo. We further describe techniques to label the neutrophils for in vivo tracking, and to determine their anti-metastatic capacity in vivo. All these techniques are essential for understanding how to obtain and characterize neutrophils with anti-tumor function.

Neutrophils play an important role not only in host defense against invading microorganisms, but are also involved in the immune surveillance of tumor cells. Here, we describe techniques related to the isolation of neutrophils with anti-tumor properties and methods for monitoring anti-tumor neutrophil function in vitro and in vivo.

Anti-tümör özelliklere sahip izole edilmesi ve nötrofil Karakterizasyonu

Neutrophils, the most abundant of all white blood cells in the human circulation, play an important role in the host defense against invading ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte extravasation might result in pathophysiological changes in the CNS. Thus, investigation of lymphocyte migration into the CNS is important to understand inflammatory CNS diseases and to develop new therapy approaches. Here we present an in vitro model of the human blood-brain barrier to study lymphocyte extravasation. Human brain microvascular endothelial cells (HBMEC) are confluently grown on a porous polyethylene terephthalate transwell insert to mimic the endothelium of the blood-brain barrier. Barrier function is validated by zonula occludens immunohistochemistry, transendothelial electrical resistance (TEER) measurements as well as analysis of evans blue permeation. This model allows investigation of the diapedesis of rare lymphocyte subsets such as CD56brightCD16dim/- NK cells. Furthermore, the effects of other cells, cytokines and chemokines, disease-related alterations, and distinct treatment regimens on the migratory capacity of lymphocytes can be studied. Finally, the impact of inflammatory stimuli as well as different treatment regimens on the endothelial barrier can be analyzed.

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Here, we describe a human blood-brain barrier model enabling to investigate lymphocyte transmigration into the central nervous system in vitro.

Bir kullanma Lenfosit Ekstravazasyonunun analizi<em&gt; İn Vitro</em&gt; İnsan Kan-beyin bariyeri Model

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

An In Vitro Caseum Binding Assay that Predicts Drug Penetration in Tuberculosis Lesions

The eradication of tuberculosis disease requires drug regimens that can penetrate the multiple layers of complex pulmonary lesions. Drug distribution in the caseous cores of cavities and lesions is especially crucial because they harbor subpopulations of drug-tolerant bacteria also commonly referred to as persisters. Existing methods for the measurement of drug penetration in tuberculosis lesions involve costly and time-consuming in vivo pharmacokinetic studies coupled to bioanalytical or imaging techniques. The in vitro measurement of drug binding to caseum macromolecules was proposed as an alternative to such techniques since this binding hinders the passive diffusion of drug molecules through caseum. Rapid equilibrium dialysis is a fast and reliable system for performing plasma protein and tissue binding studies. In this protocol, we used a rapid equilibrium dialysis (RED) device to measure drug binding to homogenates of caseum that is excised from the lesions and cavities of tuberculosis-infected rabbits. The protocol also describes how to generate a surrogate matrix from lipid loaded THP-1 macrophages to use in place of caseum. This caseum/surrogate binding assay is an important tool in tuberculosis drug discovery and can be adapted to help study drug distribution in lesions or abscesses caused by other diseases.

An In Vitro Caseum Binding Assay that Predicts Drug Penetration in Tuberculosis Lesions

Here we describe a rapid equilibrium dialysis (RED) method to measure drug binding to caseum from pulmonary tuberculosis lesions and cavities. The protocol is also used with a foamy macrophage-derived matrix that is an effective surrogate to caseum.

bir<em&gt; In vitro</emTüberküloz Lezyonlarında İlaç Penetrasyonunu Öngören Caseum Bağlanma Testi

The eradication of tuberculosis disease requires drug regimens that can penetrate the multiple layers of complex pulmonary lesions. Drug distribution in ...

Intraperitoneal Glucose Tolerance Test, Measurement of Lung Function, and Fixation of the Lung to Study the Impact of Obesity and Impaired Metabolism on Pulmonary Outcomes

Obesity and respiratory disorders are major health problems. Obesity is becoming an emerging epidemic with an expected number of over 1 billion obese individuals worldwide by 2030, thus representing a growing socioeconomic burden. Simultaneously, obesity-related comorbidities, including diabetes as well as heart and chronic lung diseases, are continuously on the rise. Although obesity has been associated with increased risk for asthma exacerbations, worsening of respiratory symptoms, and poor control, the functional role of obesity and perturbed metabolism in the pathogenesis of chronic lung disease is often underestimated, and underlying molecular mechanisms remain elusive. This article aims to present methods to assess the effect of obesity on metabolism, as well as lung structure and function. Here, we describe three techniques for mice studies: (1) assessment of intraperitoneal glucose tolerance (ipGTT) to analyze the effect of obesity on glucose metabolism; (2) measurement of airway resistance (Res) and respiratory system compliance (Cdyn) to analyze the effect of obesity on lung function; and (3) preparation and fixation of the lung for subsequent quantitative histological assessment. Obesity-related lung diseases are probably multifactorial, stemming from systemic inflammatory and metabolic dysregulation that potentially adversely influence lung function and the response to therapy. Therefore, a standardized methodology to study molecular mechanisms and the effect of novel treatments is essential.

The incidence of obesity is rising and increases the risk of chronic lung diseases. To establish the underlying mechanisms and preventive strategies, well-defined animal models are needed. Here, we provide three methods (glucose-tolerance-test, body plethysmography, and lung fixation) to study the effect of obesity on pulmonary outcomes in mice.

Mayi glikoz tolerans testi, akciğer işlev ölçümü ve akciğer fiksasyonu obezite ve pulmoner sonuçlar üzerine Engelli metabolizma etkisini incelemek için

Obesity and respiratory disorders are major health problems. Obesity is becoming an emerging epidemic with an expected number of over 1 billion obese ...

Imaging Mycobacterium tuberculosis in Mice with Reporter Enzyme Fluorescence

Reporter enzyme fluorescence (REF) utilizes substrates that are specific for enzymes present in target organisms of interest for imaging or detection by fluorescence or bioluminescence. We utilize BlaC, an enzyme expressed constitutively by all M. tuberculosis strains. REF allows rapid quantification of bacteria in lungs of infected mice. The same group of mice can be imaged at many time points, greatly reducing costs, enumerating bacteria more quickly, allowing novel observations in host-pathogen interactions, and increasing statistical power, since more animals per group are readily maintained. REF is extremely sensitive due to the catalytic nature of the BlaC enzymatic reporter and specific due to the custom flourescence resonance energy transfer (FRET) or fluorogenic substrates used. REF does not require recombinant strains, ensuring normal host-pathogen interactions. We describe the imaging of M. tuberculosis infection using a FRET substrate with maximal emission at 800 nm. The wavelength of the substrate allows sensitive deep tissue imaging in mammals. We will outline aerosol infection of mice with M. tuberculosis, anesthesia of mice, administration of the REF substrate, and optical imaging. This method has been successfully applied to evaluating host-pathogen interactions and efficacy of antibiotics targeting M. tuberculosis.

Imaging Mycobacterium tuberculosis in Mice with Reporter Enzyme Fluorescence

We describe the optical imaging of mice infected with Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) using reporter enzyme fluorescence (REF). This protocol facilitates the sensitive and specific detection of M. tuberculosis in pre-clinical animal models for pathogenesis, therapeutics and vaccine research.

Mycobacterium tüberküloz ile muhabir enzim Floresans farelerde görüntüleme

Reporter enzyme fluorescence (REF) utilizes substrates that are specific for enzymes present in target organisms of interest for imaging or detection by ...

Co-immunoprecipitation Assay for Studying Functional Interactions Between Receptors and Enzymes

Receptor-associated enzymes are the major mediators of cellular activation. These enzymes are regulated, at least in part, by physical interactions with cytoplasmic tails of the receptors. The interactions often occur through specific protein domains and result in activation of the enzymes. There are several methods to study interactions between proteins. While co-immunoprecipitation is commonly used to study domains that are required for protein-protein interactions, there are no assays that document the contribution of specific domains to activity of the recruited enzymes at the same time. Accordingly, the method described here combines co-immunoprecipitation and an on-bead enzymatic activity assay for simultaneous evaluation of interactions between proteins and associated enzymatic activation. The goal of this protocol is to identify the domains that are critical for physical interactions between a protein and enzyme and the domains that are obligatory for complete activation of the enzyme. The importance of this assay is demonstrated, as certain receptor protein domains contribute to the binding of the enzyme to the cytoplasmic tail of the receptor, while other domains are necessary to regulate the function of the same enzyme.

Here, we present a protocol for co-immunoprecipitation and an on-bead enzymatic activity assay to simultaneously study the contribution of specific protein domains of plasma membrane receptors to both enzyme recruitment and enzyme activity.

Reseptörleri ve enzimler arasındaki işlevsel etkileşimler çalışmak için Co-immunoprecipitation tahlil

Receptor-associated enzymes are the major mediators of cellular activation. These enzymes are regulated, at least in part, by physical interactions with ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of massage on skeletal muscles, the molecular mechanisms behind are poorly understood. We have recently developed a simple device to apply local cyclical compression (LCC), which can generate intramuscular pressure waves with varying amplitudes. Using this device, we have demonstrated that LCC modulates inflammatory responses of macrophages in situ and alleviates immobilization-induced muscle atrophy. Here, we describe protocols for the optimization and application of LCC as a massage-like intervention against immobilization-induced inflammation and atrophy of skeletal muscles of mouse hindlimbs. The protocol that we have developed can be useful for investigating the mechanism underlying beneficial effects of physical exercise and massage. Our experimental system provides a prototype of the analytical approach to elucidate the mechanical regulation of muscle homeostasis, although further development needs to be made for more comprehensive studies.

Here we describe the protocols for applying defined mechanical loads to mouse calves and for monitoring the concomitant intramuscular pressure changes. The experimental systems that we have developed can be useful for investigating the mechanism behind the beneficial effects of physical exercise and massage.

Fare Buzağılarına Tutarlı Masaj Benzeri Pertürbasyonların Uygulanması ve Bunun Sonucu Kas içi Basınç Değişikliklerinin İzlenmesi

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...