Ministero dell&#39;Istruzione, dell&#39;Universita della ricerca (PRIN-2009K3RH7N_002) ve Marie Curie Intra-Avrupa Bursu (CYCLOGUO-298555) yanı sıra, &#39;Ücretsiz Kimyasal Biyoloji Radikaller ve COST Action ilgili COST Action CM0603 arasında sponsorluk Mali destek &quot;Biyomimetik Radikal Kimya&quot; konulu CM1201 şükranlarımızı sunarız.

1. Kolesteril esterler, mono-trans izomerleri sentezi <ol><li> 2-propanol içinde kolesteril esterler (linoleat veya Arakidonat kolesteril ester) (15 mM) eritilir. Daha iyi bir solubilizasyon için, numuneler argon altında 15 dakika sonike edildi. </li><li> (7 mM konsantrasyonuna ulaşmak için, tiyol ve bir 2 M stok çözeltiden) 2-propanol içinde 2-merkaptoetanol ekleme, bir kuvars reaktör fotokimyasal için çözelti aktarın. Çözelti içinde oksijen varlığı ortadan kaldırmak için 20 dakika süre ile argon ile reaksiyon karışımının yıkayın. </li><li> 22, bir 5.5W düşük basınçlı cıva lamba kullanarak, UV ışığı ile reaksiyon karışımının saçmak ± 2 ° C&#39;de 4 dak. Monitör tarafından analitik Ag-TLC (gümüş ince tabaka kromatografisi) deliller mono-trans kolesteril esterlerin oluşumu (kimyasal formüller için bakınız Şekil 1) için. TLC boyama seryum amonyum molibdat (CAM) çözüm plaka dökerek yürütülen ve noktalar ısıtma görünür olduğuplakası. Genel ürün verimi ile bir artış elde izomerizasyon bölgesinin diğer mermi gerçekleştirmek için yeniden kullanılabilir, başlangıç ​​materyali, tekrar elde edilmesi için, bir ilk aşamada, reaksiyon dindir. </li><li> 2-propanol birkaç ml ile yıkama aletin, bir yuvarlak tabanlı şişe içerisinde reaksiyon karışımı toplayın. Çözücü çıkarın ve literatürde tarif Ag-TLC ile kolesteril esterlerin mono-trans izomerleri hem de temizler. 5 kullanımlar mono-trans izomerleri için kolesteril linoleat eluent olarak heksan-dietil eter (9:1 v / v), ancak kullanım hekzan mono-trans kolesteril Arakidonat izomerleri-dietil eter-asetik asit (9:1:0,1 v / v). </li></ol> 2. İnsan Serum gelen Kolesteril Esterler Kesir İzolasyonu <ol><li> 1 ml tuzlu su ile insan serumu (kan santrifüjleme ile elde edilir) 1 ml seyreltin ve kalıntıya (örneğin, oksidasyon adducts) önlemek için, bir argon akışı altında bir ayırma hunisi içine çözelti dökülür. Ekleyin 10 ml kloroform-metanol (2: Üç kere 1 v / v). Albümin varlığı nedeniyle emülsiyon oluşumu sınırlandırmak için çok yavaş bir şekilde ayırma hunisi çalkalayın. </li><li> Tuzlu su (10 ml) ile bir defa yıkanır, organik katmanlar, daha sonra susuz sodyum sülfat üzerinde kuru bir argon akışı altında bir Erlenmeyer şişesi içinde toplamak. Sarı bir yağ (toplam plazma lipit fraksiyonu) vermek üzere döner buharlaştırma ile uçucu maddeler çıkarın. </li><li> Kloroform-metanol ve 1 ml (2:1 v / v), argon akımı altında, bir preparatif TLC üzerine yük ile ham yukarı çıkar ve süzücü olarak heksan-dietil eter (9:1 v / v) oluşan bir karışım kullanmak . Kolesteril ester fraksiyonu içeren silika kısmı kazıyın ve bir şişeye dökün. Sonra, kloroform-metanol (2:1 v / v) ile (3 x 5 ml) ile silis özü, organik tabakalar toplamak ve kolesteril esterler (genellikle yaklaşık 1.5 mg) saf fraksiyon vermek üzere buharlaştırma sonra çözücü çıkarın. </li><li> -20 ° C&#39;de argon ve deposunun altında alüminyum folyo kaplı, karanlık bir flakonda kolesteril esterleri tutun Kolesteril esters ışık ve oksijen duyarlıdır. </li></ol> 3. Raman Spektroskopisi ile Mono-trans Kolesteril Esterler Karakterizasyonu <ol><li> Bölüm 2&#39;de tarif edildiği gibi insan serumu (≥ 0.7 mg), kolesteril ester Özü, karbon tetraklorid (≤ 10 ul) ve bir şişe içinde bir yerde az bir miktar içinde çözülür. Raman sinyalini kolesteril ester analizlerine ilgi bölge ile örtüşmeyen çünkü CCl 4 çözücü olarak seçilir. </li><li> Bir tek cam pipet ile numune tutucu çözüm aktarın, sonra dikkatlice argon yavaş akımı ile çözücü çıkarın. Homojen bir yağlı film numune tutucusunun iç duvarı üzerinde oluşturulan sonra, ölçüm için araç içine ikinci yerleştirin. </li><li> Fourier kolesteril esterlerin Raman spektrumu doğrudan herhangi türevlendirme reaksiyon olmadan lipit özü elde edilir Dönüştürülmüş. Örnek üzerinde lazer güç örnek hasarı önlemek için &lt;100 mW. Taramaların toplam sayısıher spektrum için arka plan gürültüsünü en aza indirmek için ≥ 800 olduğunu. </li><li> Bu molekül (C = C modunda germe) içinde mevcut bulunan C = C çift bağının ikinci katkı yansıtır beri Raman spektrumunun 1,700-1,630 cm-1 dizi analiz edilmiştir. Bir eğri uydurma analizi böylece sağlayan, bu bölge üzerinde gerçekleştirilen yağlı alkil zinciri ve kolesterol halkası B çift bağı (bkz. Şekil 2) olarak cis ve trans çift bağ gelen bindirilmiş katkıları ayırt. </li><li> Doğru titreşim bandlarının sığdırmak için, bazı parametreler sabit veya makul sınırlar içinde kısıtlı olmalıdır. Yarı yükseklikte band genişlikleri en bilgisayar optimizasyon rutin ile tespit edilir ise bileşen doruk profilleri, Lorentz ve Gauss fonksiyonlarının doğrusal bir bileşimi olarak tarif edilmektedir. Bileşen tepe noktalarının sayısı ve konumu, aynı zamanda, bazı bileşen zayıf bantlar saptamaya olanak sağlar dördüncü türev spektrumları kullanılarak elde edilmiştir. Yana sinyaliBöylece, gürültü oranı çözünürlük ve sinyal arasında doğru uzlaşma elde edilir; sinyal farklılaşma üzerine bozulur dördüncü türev kullanılmasına engel olabilir, bir on dört noktada Savitsky-Golay fonksiyonu ile dördüncü türevleri düzeltti, avantajı vardır gürültü oranı . En iyi eğri uydurma mümkün olan en düşük c 2 değerleri elde edilir. </li><li> Trans izomerleri varlığı 1671 az bileşen ± 1 yağlı asit zinciri nedeniyle biraz daha düşük frekanslara doğru kaydırılır ek olarak cm-1, en ​​azından iki bileşenden, kolesterol ve C = C çift bağı ile ortaya çıkar. Plazma kolesteril ester Örnek Raman spektrumu Şekil 9&#39;da gösterilmiştir. Ilave kolesteril linoleat mono-ve trans izomerleri kolesteril linoleik asit ile belirli bir bölgede karşılaştırılması gösterilmektedir. </li></ol> 4. Yağ asidi metil esterleri (FAME) ve Gaz Kromatografisi ile Analizi Türevlendirme <ol><li> Eritmekargon altında alüminyum folyo ile kaplanmış bir şişe içinde koyu bir 1 M benzen-metanol içinde sodyum hidroksit çözeltisi (2:3 v / v) ile yer ve 0,5 ml kolesteril esterler (yaklaşık 1.5 mg). </li><li> Karışım eluent olarak heksan-dietil eter (9:1 v / v) karışımı kullanılarak TLC ile oda sıcaklığında ve monitör karıştırıldıktan bırakın. Tepki süresi genellikle 30 dakikadır, ancak dikkatli bir reaksiyon izlem gereklidir. Karşılık gelen metil ester oluşturduğu bir kere Aslında, reaksiyon bozulması ve yan ürünlerin oluşumunu önlemek için soğutulması gerekir. TLC metil esterlerin kantitatif oluşum göstermiştir. </li><li> 1 ml tuzlu su ilave edilerek reaksiyon karışımı gidermek ve n-heksan (3 x 2 mL) ile özü metil ester. Bir şişeye organik tabakalar toplayın ve daha sonra daha fazla saflaştırılmadan GC analizi için kullanılmıştır metil ester fraksiyonu vermek üzere döner buharlaştırma ile çözgen çıkarın. </li><li> N-hekzan minimum miktarı (genellikle 5 içinde 1 mg içinde çözülür metil ester0 ul) ve 60 m × 0.25 mm × 0.25 mikron (% 50-cyanopropyl)-methylpolysiloxane sütunu ile donatılmış GC enjekte. Aşağıdaki fırın programı ile alev iyonizasyon dedektörü (FID) kullanın: 165 sıcaklık başlangıç ​​° C, 1 artış izledi 3 dk süreyle basılı tutun ° C / 195 dak ° C kadar, ikinci bir takip 40 dakika için basılı tutun 10 artış ° C / 240 dakikaya kadar ° C, ve 10 dakika için de geçerlidir. Bir sabit basınç modu (29 psi) seçilir. Helyum hidrojen ya da taşıyıcı gaz olarak da kullanılabilir. Metil esterlerin özgün örnekleri arasında tutma süreleri ile karşılaştırılması ile belirlenmiştir. Şekil 10, plazma kolesterol esterleri elde ün bir temsili GC analizi gösterilmektedir. </li></ol> 5. Sentezi (5&#39;R) - ve (5&#39;S) -5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiadenosin <ol><li> 1 mM konsantrasyonuna ulaşmak için asetonitril içindeki bir 8-bromo-2&#39;-deoksiadenosin 33 mg (8-Br-taban taşı) (100 mi) eritilir. Fotoreaktör gaz akışı (Ar veya N2) düzenler ve Appa doldurun8-Br-taban taşı çözeltisi ile Ratus. </li><li> Fotoreaktör girişi için uygun boyutta bir septum hazırlayın ve bunun merkezi aracılığıyla inert gaz hattına bağlı bir iğne geçirin. Septum sistemini kapatın. 30 dakika için inert gaz yıkayın. </li><li> 22, bir 125 W orta basınçlı cıva buharlı lamba kullanarak, UV ışığı ile irradyasyona uğratırlar ± 2 ° C&#39;de 15 dakika boyunca, bir 250 ml yuvarlak dipli bir şişeye çözelti toplamak. 10 ml asetonitril ile yıkanır ve fotoreaktör aynı şişe içinde yıkama suyu toplamak. </li><li> 1 M NH4 OH çözelti ile ham tepkime karışımının gidermek ve döner buharlaştırıcıda çözücü buharlaşır. </li><li> Bilinen şartlar altında analitik sütun ile yüksek performans sıvı kromatografisi analizi (HPLC-UV) (enstrümantasyon bölümüne bakınız) çalıştırmak ve referans bileşikleri ile profil karşılaştırmak. </li><li> Aşağıdaki sol kullanılarak bir analitik sütun (enstrümentasyon bölümüne bakınız) ile, yüksek performanslı sıvı kromatografisi analizi (HPLC-UV) çalıştırmadelikleri ve gradyanlar: 2 mM amonyum format gibi bir çözücü ve asetonitril çözücü B: 1 ml / dak ve 2.2 dk ulaşılır% 0 çözücü B&#39;den% 0.3 çözücü B için degrade akış hızını ayarlamak için kullanılır. 4.8 dakika içinde 4.0 dak, daha sonra% 1 çözücü B, sonra% 0.8 çözücü B. 6 dakika içinde% 8 çözücü B gidin 9 dakika 1% çözücü B kalın ve. 4 dak% 10 çözücü B&#39;ye gidin ve% 30 çözücü B&#39;ye 5 dakika içinde ve diğer 5 dakika süreyle% 30 solvent B kalır sonra. İki farklı şişeler içinde iki diastereomerik ürün karşılık gelen pik kromatografik toplayın. </li><li> UV spektrofotometrede iki toplanan fraksiyonların absorbansı ölçülür ve Lambert-Beer yasası (A absorbans A = εlC, ε sönüm katsayısı ve l hücrenin uzunluğu) dayalı kesin miktarını hesaplamak. (260 nm&#39;de 15.400 M -1 cm -1) (Dado) 2&#39;-deoksiadenozin ve sönüm katsayısı ε kullanın. </li></ol> 6. Sentezi (5&#39;R) -, bird (5&#39;S) -5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiguanozin <ol><li> Sırasıyla, 1 mM ve 2mM konsantrasyonuna ulaşmak için damıtılmış su (100 mi) içinde 8-bromo-2&#39;-deoksiguanosin 35 mg (8-Br-dGuo) ve sodyum iyodür (NaI) 30 mg eritilir. Fotoreaktör bağlı atıl gaz (Ar ya da N 2) akışını düzenleyen ve reaksiyon çözeltisi ile fotoreaktör doldurun. </li><li> (B adımına) işlem 5&#39;te tarif edilen reaksiyon karışımı Degass. </li><li> 22, bir 125 W orta basınçlı cıva buharlı lamba kullanarak, UV ışığı ile irradyasyona uğratırlar ± 2 ° C&#39;de 30 dakika süre ile, 250 ml&#39;lik yuvarlak dipli bir şişeye çözelti toplamak. 10 ml su ile yıkanır ve fotoreaktör aynı şişe içinde yıkama suyu toplamak. </li><li> 1 M NH4 OH çözelti ile ham tepkime karışımının gidermek ve vakum altında çözücü buharlaşır. </li><li> (G adım e) Prosedür 5 açıklandığı gibi analiz gerçekleştirin. (260 nm&#39;de 11.700 M -1 cm -1) (dGuo) 2&#39;-deoksiguanozin ve sönüm katsayısı ε kullanın. </li></ol> 7. İzotop Etiketli Pürin (5&#39;R) Sentezi - ve (5&#39;S) -5 &#39;,8-cyclonucleosides <ol><li> 15 N izotopik olarak etiketlenmiş pürin nükleosit 1mM sulu çözelti (damıtılmış su), 2 ml hazırlayın ([15N 5] taban taşı veya [15N 5] dGuo) bir septum kapaklı bir cam şişeye (4 ml) içinde. </li><li> Septum kapaklı flakon bağlayın ve flakon alt ulaşır septumda bir iğne aracılığıyla gaz hattı (çözüm doygunluğu için N 2 O) bağlayın. Septum kap içinde bir başka kısa iğne gaz çıkışı olarak çalışır. </li><li> 30 dk N 2 O ile çözümü yıkayın. Gaz akışı çok düşük olduğu için düzenlenir. </li><li> Çıkış iğne birinci dışarı alınır ve 1 &#39;den sonra ve uzun bir şişe içinde küçük bir basınç elde etmek için, aşağıdaki edilir. </li><li> 8 saat (bir doz oranı ca. 4,5 Gy / dak &#39;lık temelinde hesaplanmıştır) için gama radyoliz aygıtı içinde çözelti koyun. </li><li> Reaksiyon 1 M NH4 ile söndürmeden sonra ham </sub&gt; çözüm OH. </li><li> Bilinen şartlar altında 6 yüksek performanslı sıvı kromatografik analizi (HPLC-UV) çalıştırın ve standart referanslar kromatogram karşılaştırın. </li></ol> 8. DNA Sulu çözeltilerin Gama Radyoliz <ol><li> 0.5 mg / dana timus DNA, bir ml solüsyon (damıtılmış su) 1 ml hazırlayın ve kap bir septum ile bir cam şişeye (2 ml) içinde koydu. </li><li> (Adım bd) prosedür 7&#39;de tarif edildiği gibi reaksiyona Degass. </li><li> 30 dk (doz / kuru ca. 4,5 Gy / dak &#39;lık temelinde hesaplanmıştır) için gama radyoliz aygıtı içinde çözelti koyun. </li></ol> 9. DNA&#39;nın enzimatik sindiriminden <ol><li> DNA 80 ug ihtiva eden bir Eppendorf tüpü için, nükleaz P1, fosfodiesteraz II, 300 mM sodyum asetat (pH 5.6) ve 10 mM çinko klorür, 20 ul içinde 20 nmol EHNA, 0.01 U-8 U ekleyin. 48 saat süreyle 37 ° C&#39;de inkübe karışım. </li><li> Sonraki alkalin fosfataz 8 U oluşan bir karışım, phosphodiesteras 0.02 U eklemeke I, karışım sindirim ile 0.5 M Tris-HCl tampon (pH 8.9), 40 ul. Örnek 2 saat süreyle 37 ° C&#39;de inkübe edilir. </li><li> Karışım,% 10 formik asit ilave edilerek nötralize edilir. </li><li> Bir Amicon Ultra-0.5 santrifüj filtre cihazı (kesim noktası 3 kDa) için örnek aktarın, tridistilled H 2 O 200 ul ekleyin 15 dakika boyunca 14.000 xg&#39;de santrifüj rotor içine Ultra filtre yerleştirin. Sonra mikrosantrifüj tüp Ultra filtre cihazı ayırın. Mikrosantrifüj tüp enzim ücretsiz bir çözüm Lyophilize. </li></ol> 10. Analiz öncesinde DNA Sample Tuz Giderme <ol><li> Analitik kolon ile yüksek performanslı sıvı kromatografik analizi (HPLC-UV) (enstrümentasyon bölümüne bakınız) bilinen aşağıdaki şartlar. 6 çalıştırın </li><li> H2O 20 ul içinde liyofilize sindirilmiş DNA çözülür ve HPLC-UV olarak enjekte edilir. </li><li> Tuz elüsyon (ilk dakika) sonra sağ ve elüsyon tim önce bir flakon örnek toplayınkromatografik programın sonuna kadar ilk nükleozid (5&#39;R-cdGuo), e. </li><li> Örnek liyofilize edildi ve 20 ul su içinde resolubilized edilir. </li></ol> 11. LC-MS/MS Kantitatif Analiz <ol><li> Analitik yöntem ve detektör MS (ESI) için yükleme yöntemi ile analiz başlamadan önce HPLC-MS/MS (üçlü dört kutuplu) hazırlayın. 6 </li><li> Prosedür 7 de hazırlanan numune içinde izotopik olarak etiketlenmiş bileşikleri karışımı 1 ul ekle. </li><li> Distile su içinde çivili sindirilmiş DNA çözeltisi 20 ul enjekte edilir. </li><li> Elde edilen kromatografik veri referans bileşikleri ile önceki ayarlama bazında ele alınmaktadır. Bir temsilci HPLC adenozin ve 2&#39;-deoksiribonükleosidler ve oksidatif ve siklo türevleri guanozin Şekil 11&#39;de gösterilmiştir içeren çalıştırın. </li></ol>

<ol>
	<li>Ferreri, C., Chatgilialoglu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Membrane+lipidomics+and+the+geometry+of+unsaturated+fatty+acids:+from+biomimetic+models+to+biological+consequences.">Membrane lipidomics and the geometry of unsaturated fatty acids: from biomimetic models to biological consequences.</a> Methods Molecular Biology. 579, 391-412 (2009).</li><li>Chatgilialoglu, C., Ferreri, C., Terzidis, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purine+5',8-cyclonucleoside+lesions:+chemistry+and+biology.">Purine 5',8-cyclonucleoside lesions: chemistry and biology.</a> Chemical Society Reviews. 40 (3), 1368-1382 (2011).</li><li>Chatgilialoglu, C., Ferreri, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation-induced+reductive+modifications+of+sulfur-containing+amino+acids+within+peptides+and+proteins.">Radiation-induced reductive modifications of sulfur-containing amino acids within peptides and proteins.</a> Journal of Proteomics. 74 (11), 2264-2273 (2011).</li><li>Chatgilialoglu, C., Ferreri, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trans+lipids:+the+free+radical+path.">Trans lipids: the free radical path.</a> Accounts Chemical Research. 38 (6), 441-448 (2005).</li><li>Melchiorre, M., Torreggiani, A., Chatgilialoglu, C., Ferreri, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+markers+of+geometrical+radical+stress:+synthesis+of+mono-trans+cholesteryl+esters+isomers+and+detection+in+human+plasma.">Lipid markers of geometrical radical stress: synthesis of mono-trans cholesteryl esters isomers and detection in human plasma.</a> Journal of the American Chemical Society. 133 (38), 15184-15190 (2011).</li><li>Wang, J., Yuan, B., Guerrero, C., Bahde, R., Gupta, S., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+Oxidative+DNA+Lesions+in+Tissues+of+Long-Evans+Cinnamon+Rats+by+Capillary+High-Performance+Liquid+Chromatography-Tandem+Mass+Spectrometry+Coupled+with+Stable+Isotope-Dilution+Method.">Quantification of Oxidative DNA Lesions in Tissues of Long-Evans Cinnamon Rats by Capillary High-Performance Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry Coupled with Stable Isotope-Dilution Method.</a> Analytical Chemistry. 83 (6), 2201-2209 (2011).</li><li>Boussicault, F., Kaloudis, P., Caminal, C., Mulazzani, Q. G., Chatgilialoglu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fate+of+C5'+radicals+of+purine+nucleosides+under+oxidative+conditions.">The fate of C5' radicals of purine nucleosides under oxidative conditions.</a> Journal of the American Chemical Society. 130 (26), 8377-8385 (2008).</li><li>Ferreri, C., Kratzsch, S., Brede, O., Marciniak, B., Chatgilialoglu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trans+lipids+formation+induced+by+thiols+in+human+monocytic+leukemia+cells.">Trans lipids formation induced by thiols in human monocytic leukemia cells.</a> Free Radicals Biology &amp; Medicine. 38 (9), 1180-1187 (2005).</li><li>Zambonin, L., Ferreri, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Occurrence+of+trans+fatty+acids+in+rats+fed+a+trans-free+diet:+a+free+radical-mediated+formation.">Occurrence of trans fatty acids in rats fed a trans-free diet: a free radical-mediated formation.</a> Free Radicals Biology &amp; Medicine. 40 (9), 1549-1556 (2006).</li><li>Puca, A. A., Andrew, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatty+acids+profile+of+erythrocyte+membranes+as+possible+biomarker+of+longevity.">Fatty acids profile of erythrocyte membranes as possible biomarker of longevity.</a> Rejuvenation Research. 11 (1), 63-72 (2008).</li><li>Belmadoui, N., Boussicault, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation-induced+formation+of+purine+5',8-cyclonucleosides+in+isolated+and+cellular+DNA:+high+stereospecificity+and+modulating+effect+of+oxygen.">Radiation-induced formation of purine 5',8-cyclonucleosides in isolated and cellular DNA: high stereospecificity and modulating effect of oxygen.</a> Organic &amp; Biomolecular Chemistry. 8 (14), 3211-3219 (2010).</li><li>Chatgilialoglu, C., Bazzanini, R., Jimenez, L. B., Miranda, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=(5'S)-+and+(5'R)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine:+mechanistic+insights+on+the+2'-deoxyguanosin-5'-yl+radical+cyclization.">(5'S)- and (5'R)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine: mechanistic insights on the 2'-deoxyguanosin-5'-yl radical cyclization.</a> Chemical Research in Toxicology. 20 (12), 1820-1824 (2007).</li><li>Wang, J., Clauson, C. L., Robbins, P. D., Niedernhofer, L. J., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+oxidative+DNA+lesions+8,5'-cyclopurines+accumulate+with+aging+in+a+tissue-specific+manner.">The oxidative DNA lesions 8,5'-cyclopurines accumulate with aging in a tissue-specific manner.</a> Aging Cell. 11 (4), 714-716 (2012).</li><li>Ferreri, C., Chatgilialoglu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+fatty+acid-based+functional+lipidomics+in+the+development+of+molecular+diagnostic+tools.">The role of fatty acid-based functional lipidomics in the development of molecular diagnostic tools.</a> Expert Review of Molecular Diagnostics. 12 (7), 767-780 (2012).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Doğal olarak geometrik trans izomerleri ile cis doymamış yağ asitleri meydana gelen dönüştürme biyolojik ortamında radikal stres üretimi ile bağlantılı bir dönüşümdür. Yağ asitleri içerir Hücre zarı lipitleri, radikal stres için uygun bir biyolojik hedef ve önce her durumda analitik protokolleri değerlendiren hücre kültürleri, hayvanlar ve insanlarda endojen cis-trans fosfolipidler izomerizasyon okudu. 8-10 nekrotizan bu dönüşümü farklı radikal gerilimli şartlar altında thiyl radikalleri oluşturmak mümkün tiyoller, tiyoeterler ve disülfitler, yani isomerizing ajan (Şekil 3) de dahil olmak üzere S-ihtiva eden bileşikler, çeşitli tarafından meydana gelebilir. Bu makalede gösterilen örnek, tam lipoprotein metabolizmasında rol plazma lipit tanınmış bir kısmını, temsil kolesteril esterleri, bir sınıf üzerinde odaklanır. Yağ asitleri ve Cho arasındaki bağlantı esterlesterol fosfatidilkolin gliserol kısmının pozisyon 2&#39;den kolesterol, yağ asitlerinin transferi, transferaz enzimi lesitin kolesterol açil (LCAT) tarafından katalize edilen bir adım sentezlenir. Bu nedenle, plazma kolesterol esterleri kesinlikle membran lipid ciro ile bağlı ve çoklu doymamış yağ fosfatidilkolinler tipik olarak asitleri (PUFA), yani linoleik ve araşidonik asit nispeten yüksek oranlarda içerirler. Lipoprotein oluşumu kardiyovasküler ve metabolik hastalıklar yer almaktadır. Serbest radikaller ile doğal kolesteril esterlerinin reaktivitesi (yapıları için bakınız Şekil 1) gelen trans geometrik izomerleri dönüştürdü edilebilir linoleat çift bağların ve Arakidonat artıkları, ortaya çıkabilir. Biyolojik örneklerde trans kolesteril ester içeriğinin Karakterizasyonu biyolojik gelişimi için ilginçtir. Bir dolaylı metodoloji cholestery dönüşümünü içerirl esterleri plazmadan gelen yağ asidi metil esterleri (FAME) ve gaz kromatografik protokolleri ile ayırma izole. Bu durumda, cis ve trans yağ asidi metil esterlerinin standart referans kalibrasyon numuneleri, trans içeriğinin miktarının belirlenmesi izin vermek için, gerçekleştirilir. Kolesteril ester kütüphane üzerinde yapılan analitik çalışma dayanarak, (bkz. Şekil karşılık gelen FAME daha fazla türevlendirme olmaksızın, aynı zamanda plazma izole kolesteril ester fraksiyonu üzerinde direkt olarak gerçekleştirilebilir Raman spektroskopisi dayanan bir yöntem uygulamak için önerilen 2 ve 9). Şimdi hiçbir başarılı yöntemler olarak yerine kolesteril ester hidroperoksitler tarafından açıklanan ayrı cis ve HPLC ile lipit içeren yağ asidi trans izomerleri, açıklanan kadar fazlalaştı. Şimdiye kadar, indirekt gaz kromatografik yöntem şimdiye kadar hala en uygun yöntemdir. Bu yöntem, ilk olarak nicel olarak değerlensağlıklı kişiden izole edilmiş plazma kolesterol esterleri elde edilen mono-trans içeriği tirme sağlandı. Alevli İyonlaştırma Dedektörü (FID) tespit edilebilirliği arasında sınırı kullanılarak tatmin edici olan (ppb) ve bileşiklerin nanomolar miktarları tespit edilmiştir. 5. Farklı algılama sistemleri ile bu sınır bile düşürülebilir. Kolesteril esterleri, iyonizan radyasyon etkisi lineer bir cevap uygulanan doz göreceli elde edilip, daha ileri çalışmalar meselesidir. İkinci bir örnek olarak, DNA serbest radikal hasar ile elde edilebilir modifiye nükleosit seçtik. Hidroksil radikalleri (HO •) DNA için kimyasal modifikasyonlar neden kabiliyeti açısından en çok zararlı Reaktif oksijen (ROS) olduğu bilinmektedir. Tek veya birden fazla lezyon ökaryotik hücrelerde çekirdek ve mitokondri içinde yer aldığını, DNA üzerinde oluşabilir. DNA oksidatif oluşturulan hasarların ana sınıflarının tanımlanması ve ölçülmesi appropr gerektiriranalitik protokolleri kurmak amacıyla moleküler kütüphaneler geciktim. Bu taban ve serbest radikal saldırının ortaya şeker parçalan arasına ek bir kovalent bağa sahip, pürin 5 olan en küçük tandem lezyonlar, &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiribonükleosidler üzerindeki ilgi odaklanmıştır. Bileşikler, 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiadenosin ve 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiguanozin 5&#39;R ve 5 &#39;diyasteromerik formlarda (şekil 5) içinde mevcut bulunmaktadır. Serbest radikal gerilme göstergesi olmak için potansiyel önemli araştırma konusu olmuştur. 2 Gerçekten de, DNA HO maruz kaldığında • şeker C5 &#39;pozisyonundan radikal hidrojen soyutlama bu tandem lezyonların oluşumuna yol açan olası olaylar biridir. Pürin 5 &#39;,8-cyclonucleosides oksijen fizyolojik düzeyde oksijen şeklinde olmaması gidiş 1-12 lezyonlar / 10 6 nükleosit / Gy arasında değişen enzimatik sindirimi γ-ışınlanmış DNA örnekleri HPLC-MS/MS diastereomerler by toplamı olarak ölçülebilir benn dokular, diastereomerik oranı 5&#39;R / 5&#39;S ~ 5 için 4 ve 3 ~ &#39;,8-cdAdo ve 5&#39; ,8-cdGuo, sırasıyla (Şekil 11). 11. O fazlalaştı ediliyor ki, radyasyon dozu ve arasındaki ilişkiyi hücresel DNA tespit 5 &#39;,8-cdAdo ve 5&#39; ,8-cdAdo lezyonlar anlaşılır olmaktan uzaktır. 2kGy ışınlama göre tek bir deney, deney rapor kesin olarak kabul edilemez. Bu tür ve dört lezyonların kantitatif analitik 11 ilave deneyler, böylesine bir ilişki tanımlanması için gereklidir. Bu lezyonların saptanması ve daha popüler oksidatif dönüşümler (örneğin 8-oxo-2&#39;-deoksiguanozin, 8-oxodGuo gibi) oksidatif metabolizma sırasında hem lezyonların önemini kanıtlayan, yoğun araştırmaların konusudur. 6,13 HPLC kullanımı -MS/MS (üçlü kuadrupol) dört lezyonlar için yakın 30fmol bir algılama sınırı vardır. Son gelişmeler enstrüman süreden tarafından attomol düzeylerinin tespit limitleri ulaşmak için iddia edilenCER. Çok yeni literatüre göre, 6 analitik prosedürler MS / MS / MS (iyon tuzak) ya MS / MS (üçlü dört kutuplu) kullanılan bir tespit limitleri karşılamak için numune ve zenginleştirme uygun temizleme dahil etmek zorunda bizim durumumuzda. Bileşikler 1-4 Biyolojik temelli sentetik prosedürler 8-bromopurine altında türevleri ya da fotoliz başlayarak hazırlanmıştır. 7,12 Bu işlemler, bir radikal çağlayan 5 oluşumu DNA hasar mekanizma taklit eden tepkime &#39;,8-cdAdo ve 5&#39; içermez ,8-cdGuo lezyonlar. Biyolojik açılardan bakıldığında, bu lezyonlar DNA onarım mekanizmaları bu lezyonlar gelen genetik materyali korumak için yetersiz olduğunu kanıtlar sağlayarak, bir doku belirli bir şekilde (karaciğer&gt; böbrek&gt; beyin) yaşla birikimi olduğu tespit edilmiştir. 13. Nitekim, nükleotid eksizyon onarımı (NER) tek yolunun şu anda bu lezyonların onarımı için tanımlanır. 2 Iki sınıfŞekil 1 ve 5&#39;te gösterilen bileşiklerin es, şu anda ticari olarak mevcut değildir ancak literatürde tarif edilen sentetik stratejiler tarafından ticari kullanım için, bu bileşiklerin hazırlanması için zor değildir. Kimyasal biyoloji çalışmaları tarafından sağlanan multidisipliner yaklaşım sadece biyolojik ortamda meydana gelen yeni mekanizmalar belirlenmesinde büyük bir değeri vardır, ama aynı zamanda sonuçta sağlık ve korunma stratejileri yenilik getiren, biyolojik keşif ve teşhis için temel bir katkı sağlar. 14. Kimyasal katkı onlar öngörülebilir olabilir zaman belirsizlikleri ve başarısızlıkları azaltarak tedavi ve beslenme ya müdahale tasarımının optimum rasyonelleştirilmesi, izin bekleniyor metabolik profil için entegre platformları ve paneller oluşturma, moleküler tıp başarılı gelişimi için gereklidir.

Serbest radikallerin reaktivitesi yaşlanma ve enflamasyon gibi birçok biyolojik olaylar için muazzam önemini ortaya çıkarmıştır. Günümüzde, serbest radikaller ve hasar onarım kontrolü için temel mekanizmaları ve tasavvur etkili stratejiler anlamak için, daha fazla ve daha belirgin bu tepkime katılan her kimyasal adımın açıklanması gerekmektedir olmasıdır. Kimyasal çalışmalarda katkısı esastır, ancak farklı süreçlerin superimposition karmaşıklaştırır ve sonuçları ve ilgili sonuçların incelenmesi bozan beri biyolojik ortamda doğrudan çalışma, zor olabilir. Bu nedenle, biyolojik olarak ilgili koşullar altında serbest radikal reaksiyonları modelleme strateji biyoloji kimyasal mekanizmaları araştırma içinde bir basamaktır haline gelmiştir. Son on yıl içinde bizim grup biyomimetik koşullarda serbest radikal süreçlerin modelleri geliştirilmiştir. Özellikle biz trdoymamış yağ asitleri, nükleosidlerin ve sülfür içeren amino asitlerin biyolojik ilgili dönüşümleri visaged ve sağlık durumunun biyolojik olarak değerlendirilir ve valide edilecek parça koydum. 1-4 Bizim genel yaklaşım üç modülden oluşmaktadır: <ul><li> Uygun bir şekilde değiştirilmiş biyomoleküller erişim sağlar Organic Synthesis,. Sentetik planı da böylece biomimetic radikal kimyası ilkedir ilgi biyolojik süreç, simüle edebilecek koşullar uygulanarak, biyolojik ortamda meydana gelen serbest radikal süreçleri simüle etmek için tasarlanmış olabilir. Biyomimetik modellerinde reaksiyon ortamı su veya hidrofilik ve hidrofobik bölmeleri bir arada bulunması nedeniyle bir heterojen bir ortamdır. Biomimetic modelleri ile çalışmak avantaj muhtemelen keşfetmek, reaktivite ve ürünleri daha ayrıntılı incelenebilir bilinen reaksiyon ortakları, sadeleştirilmiş bir çevreye sahip olmaktıryeni kimyasal yollar. Bu adımı itibaren mekanik ve kinetik bilgiler elde edilebilir; </li><li> Moleküler kütüphaneleri düzenlemek ve daha karmaşık biyolojik ortam recognition.in kolaylaştırmak için modifiye biyomoleküllerin yapısal ve kimyasal bilgi sağlama ürünlerinin saflaştırılması, analiz ve karakterizasyonu. Protokoller örneğin biyolojik örnekler türetilmiş olanlar gibi bileşiklerin kompleks karışımlar çözme görünümünde de oluşturulmuştur; </li><li> Biyolojik hücre kültürleri kullanılarak in vitro deneylerde yoluyla elde edilen örneklerin, hayvan ve insanlarda in vivo çalışmalarda kullanarak Biyomarker gelişme. Biyomimetik modelleri geliştirilmiştir protokoller sonra farklı koşullar altında serbest radikal dönüşümleri tasavvur etmek için, numunelerin analizi gibi uygulanır. Sentez tarafından geliştirilen moleküler kütüphaneler yaşam bilimleri buluşları için muazzam bir yardımcı vardır. Bilgileri serbest radikal dönüşümler giv toplandıE fırsatı onarım ve önleme stratejileri anlamaya. Sonuç Veritabanları biyolojik önemi yanı sıra muhtemel ilişkili faktörlerin çok değişkenli analizi ile dikkatli bir şekilde değerlendirilmesi için de kullanılabilir. </li></ul> Kolesteril esterleri ve pürin 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiribonükleosidler: Biz bu yaklaşımı akredite alakalı biyobelirteçlerin iki sınıf seçti.

<table border="1">
<tbody>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>MATERIALS</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cholesteryl linoleate &ge;98%</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>C0289-100 mg</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cholesteryl arachidonate&ge;95% </td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>C8753-25mg</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 2-mercaptoethanol</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>M6250-100 ml</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 2-propanol</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>34965-1L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Methanol 215 SpS </td>
 <td>Romil</td>
 <td> H409-2,5 L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Ethanol</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>02860-2.5L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Chloroform SpS</td>
 <td>Romil</td>
 <td>H135 2,5 L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> n-Hexane 95% SpS</td>
 <td>Romil</td>
 <td> H389 2,5 L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Acetonitrile 230 SpS</td>
 <td>Romil</td>
 <td>H047 2,5 L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Dichloromethane SpS</td>
 <td>Romil</td>
 <td>H2022,5 L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Carbon tetrachloride</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>107344-1L </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sodium iodide</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>383112-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sodium hydrogen carbonate</td>
 <td>Carlo Erba</td>
 <td>478536-500 g </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Diethyl ether</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td> 309966-1L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> NaCl</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>S7653-5KG</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> NaOH solid</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>221465-25G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> NH4OH sol. 28%-30%</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>221228-1L-A</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Acetic acid</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>320099-500ML</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Ammonium Cerium(IV)sulfate dihydride</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>221759-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Ammonium Molybdate tetrahydrate</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>A7302-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sulfuric Acid 95%-98%</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>320501-1L</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Silver Nitrate</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>209139-25G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sodium sulfate anhydrous</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>238597-500G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Nuclease P-I from penicillium citrinum</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>N8630-1VL</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Phosphodiesterase II type I-sa </td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>P9041-10UN</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Erythro-9-(2-hydroxy-3-nonyl)adenine, hc</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>E114-25MG</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Phosphatase alkaline type VII-t from*bov</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>P6774-1KU</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Phosphodiesterase I type VI</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>P3134-100MG</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Deoxyribonuclease II type IV from*porcin</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>D4138-20KU</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Trizma(r) base, biotechnology performanc ce</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>T6066-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> EDTA</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>E1644-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Succinic acid bioxtra</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>S3674-250G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Calcium chloride</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>C5670-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Formic acid, 98 %</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>06440-100ML</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit with Ultracel-3 membrane</td>
 <td>Millipore</td>
 <td>UFC500324</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 8-Bromo-2'-deoxyguanosine</td>
 <td>Berry &amp; Associates</td>
 <td>PR3290-1 g</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 8-Bromo-2'-deoxyadenosine</td>
 <td>Berry &amp; Associates</td>
 <td>PR3300-1 g</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sodium iodide</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>383112-100G</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Sodium hydrogen carbonate</td>
 <td>Carlo Erba</td>
 <td>478536-500 g </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 2'-deoxyguanosine:H2O (U-15N5, 96-98%)</td>
 <td>Cambridge Isotope Laboratories, Inc</td>
 <td>CILNLM-3899-CA-0.1</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> 2'-deoxyadenosine (U-15N5, 98%) 95%+ CHEMICAL PURITY</td>
 <td>Cambridge Isotope Laboratories, Inc</td>
 <td>CILNLM-3895-0.1</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Nitrous oxide (N2O) </td>
 <td>Air Liquide </td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td> Deoxyribonucleic acid from calf thymus</td>
 <td>Sigma Aldrich</td>
 <td>D4522-5MG</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>EQUIPMENT</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>60Co-Gammacell</td>
 <td>AECL- Canada </td>
 <td>220</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Immersion well reaction medium pressure 125 watts </td>
 <td>Photochemical reactors ltd</td>
 <td>Model 3010</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Evaporating flask 250 ml</td>
 <td>Heidolph</td>
 <td>P/N NS 29/32 514-72000-00</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Luna 5 &mu;m C18(2) 100 &Aring;, LC Column 250 x 4.6 mm </td>
 <td>Phenomenex</td>
 <td>00A-4252-E0 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Alltima C8 Column 250 x 10 mm 5 &mu;m</td>
 <td>Grace</td>
 <td>88081</td>
 <td>Semipreparative</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>SecurityGuard Kit</td>
 <td>Phenomenex</td>
 <td>KJ0-4282</td>
 <td>Analytical holder kit and accessories</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Holder for 10.0 mm ID cartridges</td>
 <td>Phenomenex</td>
 <td>AJ0-7220</td>
 <td>Semipreparative holder </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>10.0 mm ID cartridges </td>
 <td>Phenomenex</td>
 <td>AJ0-7221 </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>High-performance liquid chromatography (HPLC) </td>
 <td>Agilent</td>
 <td>1100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>LC/MS/MS </td>
 <td>Applied Biosystems</td>
 <td>4000QTRAP System</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tandem mass ESI spectrometer </td>
 <td>(Bruker Daltonics) </td>
 <td>Esquire 3000 plus </td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Vial 2-4 ml </td>
 <td>SUPELCO </td>
 <td>Cod 27516</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Vial 4 ml </td>
 <td>SUPELCO </td>
 <td>Cod 27517</td>
 <td></td>
 </tr>
</tbody>
</table>

free radicals in chemical biology: from chemical behavior to biomarker development

Yaşam bilimleri serbest radikallerin katılımı sürekli zamanla artmıştır ve çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerde bağlı olmuştur. Bu konu hayat, sağlık ve yaşlanma kalitesinin iyileştirilmesi uygulamaları ile biyoloji ve tıp fiziksel, biyolojik ve biyoorganik kimya uzanan, çeşitli bilimsel alanlardan kucaklar. Multidisipliner becerileri bilgisi temel süreçlerinin ve mekanizmalarının açıklanması önemli bir rol oynayan biyolojik çevre ve kimyasal radikal süreçlerin çok yönlü tam bir soruşturma için gereklidir. Biz mekanik yollar ve ürünler hakkında bilgi veren, biyolojik süreçler ile serbest radikal kimyasal reaktivite bağlanmak mümkün bir kimyasal biyoloji yaklaşım geliştirdi. Bu yaklaşımın temel reaksiyon anlayışlar elde, sulu sistemlerde biyomoleküle davranışı (lipidler, nükleik asitler ve proteinler) incelemek için biomimetic modelleri tasarım hem de bir geçiş yolus serbest radikal reaksiyon ürünlerinin moleküler kütüphaneler kadar bina. Bu bağlamda buluş başarılı bir şekilde biyolojik için kullanılabilir ve örnek bileşiklerin iki sınıf ile sağlanır: sentezlenmiş ve insan plazma içinde tespiti için referans olarak kullanılmaktadır kolesteril esterleri, mono-trans izomerleri, pürin ve 5 &#39;,8-siklo-2 &#39;-deoksiribonükleosidler, hazırlanmış ve DNA örnekleri bu tür lezyonların tespiti için protokolde referans olarak kullanılan, iyonlaştırıcı radyasyonun sonra veya farklı sağlık koşulları elde edilmiştir.

Izomerizasyon işlemi biyolojik ortamda serbest radikal stres şartları altında oluşabilir bu saldırının birinci ürün olarak Şekil 1 &#39;de gösterildiği gibi mono-trans izomerler ve linoleik arachidonic asit, temin eden kolesteril esterleri özellikle de tarif edilmiştir. 5 Şekil 3&#39;te, cis-trans izomerizasyonu çift bağ da dahil kimyasal mekanizma gösterilmektedir. Radikal kaynağı S-merkezli radikaller göze genel bir şekilde belirtilir. Açıklanan protokoller ise radikal kaynağı homolitically tiyol molekülü RSH yılında SH bağ mevcut kırmak mümkün UV ışık. Şekil 4, insan plazması içinde değiştirilmiş lipid sınıfı ve bunların saptanması için üç sentez adımları protokolü özetlenmektedir: sentez bir biyomimetik serbest radikal işlemi temsil eder ve aynı zamanda geometrik için bir tek-kap uygun bir giriş içerirpozisyonel izomerlerin herhangi bir kirlenme olmadan rical izomerleri, izolasyon ve arıtma protokolü takip eder. Çeşitli analitik yöntemler mono-trans kolesteril ester kütüphanesi trans izomer içeriği ve karakterizasyonu yüksek bir hassas algılama için uygulanabilir. Özellikle, Raman Spektroskopisi (Şekil 2 ve Şekil 9) türevlendirme olmadan direkt olarak kolesteril ester fraksiyonu üzerinde gerçekleştirilebilir. İkinci örnek, endişe pürin 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiribonükleosidler, pozisyon şeker kısmının C5 &#39;ve şeker ve taban arasında bir kovalent bağ oluşumu daha sonraki serbest radikallerin etkisi ile yaratılan DNA lezyonlar kısımları. Dört yapılar elde edilebilir, yani, 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiadenosin ve 5 &#39;,8-siklo-2&#39; dir deoksiguanozin-, hem 5&#39;R ve 5 &#39;diyasteromerik formlarda (Şekil 5) de mevcut. Şekil 6 to reaksiyon mekanizması gösterilmektedir, karşılık gelen bir C8-içi seçici 2&#39;-deoxyadenosin-5&#39;-il radikal 7 karşılayabilme C5 &#39;pozisyonundaki bir hidrojen atomu özetler radikal 6, vermek üzere 8-bromopurine türevlerinin 5 fotoliz içerir. Radikal 7 aralığı 10 5 -10 6 s-1, 2 nihai ürünler 9 vermek üzere heteroaromatik bir radikal 8 oksidazyon ile de sabit bir oran ile siklizasyon uğrar. 2&#39;-deoksiadenosin ve 2&#39;-deoksiguanozin su ile radyoliz tarafından üretilen hidroksil radikalinin reaksiyon, (10) ca oluştuğu tespit edilmiştir. C5 &#39;konumundan hidrojen soyutlama yoluyla% 10. 7 Pürin 5 kütüphaneleri için, kimyasal biyoloji yaklaşım &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiribonükleosidler (etiketlenmiş bileşikleri de dahil olmak üzere) oligonükleotidler de bu lezyonlar belirlenmesi ile hem de va elde edilen DNA örnekleri olarak, Şekil 7 &#39;de gösterilmiştirgibi rious kaynakları, örneğin, radikal stres şartları taklit olarak, iyonize edici radyasyon koşullar altında muamele. Şekil 8 de, tipik bir fotoreaktör ekipman gösterilmektedir. Cihaz, uygun bir çözgen içinde çözülür bileşiklerin ışınlama için olanak sağlar. Bu, aşağıdakilerden oluşur: i) atıl gaz (alt) ve gaz çıkışı için iki giriş ve reaktifler için ek giriş ile donatılmış reaksiyon odasına, ii) uygun bir cıva lamba ihtiva eden bir dahili bölme bir soğutma sistemine bağlı ve bir cam eklem vasıtasıyla reaksiyon odasına yerleştirilir elektrik gücü kullanır. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="6.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50379/50379fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50379/50379fig1.jpg" /> Şekil 1. Kolesteril linoleat ve Arakidonat mono-trans izomerleri anlamına gelir. <p class="jove_content" fo:keep-together.within-page = &quot;always&quot;&gt; <img alt="Şekil 2," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50379/50379fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50379/50379fig2.jpg" /> Şekil 2. Raman spektroskopisi ile mono-trans izomerleri için insan serumu ve doğrudan analizi kolesteril esterleri. <img alt="Şekil 3" fo:content-width="4in" fo:src="/files/ftp_upload/50379/50379fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50379/50379fig3.jpg" /> Şekil 3,. Bu ek-yok etme işlemi thiyl radikalleri tarafından çift bağların cis-trans izomerizasyonu yol açar. <img src="/files/ftp_upload/50379/50379fig4.jpg" alt="Şekil 4," /> Şekil 4. Serbest radikal stres belirteç olarak mono-trans kolesteril esterlerin gelişimi için üç adım protokolü. <img alt="Şekil 5," fo:content-width="6.5in" fo: src = src = &quot;/ files/ftp_upload/50379/50379fig5.jpg&quot; / &quot;/ files/ftp_upload/50379/50379fig5highres.jpg&quot;&gt; Şekil 5,. Dört pürin 5 &#39;,8-siklo-2&#39;-deoxyribonucleoside diastereoizomerler. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50379/50379fig5large.jpg" target="_blank">büyük bir rakam görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 6" fo:content-width="6.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50379/50379fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50379/50379fig6.jpg" /> Şekil 6. C5 Nesil &#39;radikaller, ya 5 fotoliz veya HO • radikalleri ile 10 reaksiyon ve pürin 5 mekanizması tarafından&#39; ,8-siklo-2 &#39;deoxyribonucleoside oluşumu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50379/50379fig6large.jpg" target="_blank">büyük bir rakam görmek için buraya tıklayın</a> . <img src="/files/ftp_upload/50379/50379fig7.jpg" alt="Şekil 7" /> Şekil 7. Protokol fBazı radikal tabanlı DNA lezyonları veya kimlik; mtDNA: Mitokondriyal DNA, nDNA: nükleer DNA. <img src="/files/ftp_upload/50379/50379fig8.jpg" alt="Şekil 8," /> Şekil 8. Fotokimyasal reaktör. <img src="/files/ftp_upload/50379/50379fig9.jpg" alt="Şekil 9" /> 9 Şekil. Plazma kolesterol ester Temsilcisi Raman spektrumu. Kolesteril linoleat ve kolesteril mono-trans linoleik asit izomerleri ile belirli bir bölgenin içerlek karşılaştırıldığında. <img src="/files/ftp_upload/50379/50379fig10.jpg" alt="Şekil 10" /> 10 Şekil. FAME Temsilcisi GC analizi plazma kolesterol esterleri elde. <img alt="Şekil 11" fo:content-width="4.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50379/50379fig11highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50379/50379fig11.jpg" /> &lt;&gt; Şekil 11 güçlü. Örnek HPLC 2&#39;-deoksiadenozin içeren çalıştırmak ve oksidatif ve pürin 5 ile birlikte 2&#39;deoxyguanosine &#39;,8-siklo-2&#39;-deoksiribo nükleosidlerin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50379/50379fig11large.jpg" target="_blank">büyük bir rakam görmek için buraya tıklayın</a> .

Watch this Scientific Journal Video about Free Radicals in Chemical Biology: from Chemical Behavior to Biomarker Development at JoVE.com

Free Radicals in Chemical Biology: from Chemical Behavior to Biomarker Development

Radikal tabanlı biomimetic kimya biyolojik gelişimi için gerekli bina-up kütüphaneler uygulanmıştır.

Kimyasal Biyoloji Serbest Radikaller: Kimyasal Davranış den Biyomarker Kalkınma

The involvement of free radicals in life sciences has constantly increased with time and has been connected to several physiological and pathological ...

free-radicals-chemical-biology-from-chemical-behavior-to-biomarker

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Chemistry

Organic Chemistry

Unit 1

Radical Chemistry

Alkene Structure and Reactivity

SCIENTISTS IN ACTION

20.1K Görüntüleme.  Consiglio Nazionale delle Ricerche. Radikal tabanlı biomimetic kimya biyolojik gelişimi için gerekli bina-up kütüphaneler uygulanmıştır.

Video: Free Radicals in Chemical Biology: from Chemical Behavior to Biomarker Development

Isolation and Chemical Characterization of Lipid A from Gram-negative Bacteria

Lipopolysaccharide (LPS) is the major cell surface molecule of gram-negative bacteria, deposited on the outer leaflet of the outer membrane bilayer. LPS can be subdivided into three domains: the distal O-polysaccharide, a core oligosaccharide, and the lipid A domain consisting of a lipid A molecular species and 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid residues (Kdo). The lipid A domain is the only component essential for bacterial cell survival. Following its synthesis, lipid A is chemically modified in response to environmental stresses such as pH or temperature, to promote resistance to antibiotic compounds, and to evade recognition by mediators of the host innate immune response. The following protocol details the small- and large-scale isolation of lipid A from gram-negative bacteria. Isolated material is then chemically characterized by thin layer chromatography (TLC) or mass-spectrometry (MS). In addition to matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) MS, we also describe tandem MS protocols for analyzing lipid A molecular species using electrospray ionization (ESI) coupled to collision induced dissociation (CID) and newly employed ultraviolet photodissociation (UVPD) methods. Our MS protocols allow for unequivocal determination of chemical structure, paramount to characterization of lipid A molecules that contain unique or novel chemical modifications. We also describe the radioisotopic labeling, and subsequent isolation, of lipid A from bacterial cells for analysis by TLC. Relative to MS-based protocols, TLC provides a more economical and rapid characterization method, but cannot be used to unambiguously assign lipid A chemical structures without the use of standards of known chemical structure. Over the last two decades isolation and characterization of lipid A has led to numerous exciting discoveries that have improved our understanding of the physiology of gram-negative bacteria, mechanisms of antibiotic resistance, the human innate immune response, and have provided many new targets in the development of antibacterial compounds.

Isolation and characterization of the lipid A domain of lipopolysaccharide (LPS) from gram-negative bacteria provides insight into cell surface based mechanisms of antibiotic resistance, bacterial survival and fitness, and how chemically diverse lipid A molecular species differentially modulate host innate immune responses.

Gram-negatif bakterilerin izolasyonu ve Lipid A kimyasal karakterizasyonu

Lipopolysaccharide (LPS) is the major cell surface molecule of gram-negative bacteria, deposited on the outer leaflet of the outer membrane bilayer. LPS ...

Kimya

Preparation of Hydrophobic Metal-Organic Frameworks via Plasma Enhanced Chemical Vapor Deposition of Perfluoroalkanes for the Removal of Ammonia

Plasma enhanced chemical vapor deposition (PECVD) of perfluoroalkanes has long been studied for tuning the wetting properties of surfaces. For high surface area microporous materials, such as metal-organic frameworks (MOFs), unique challenges present themselves for PECVD treatments. Herein the protocol for development of a MOF that was previously unstable to humid conditions is presented. The protocol describes the synthesis of Cu-BTC (also known as HKUST-1), the treatment of Cu-BTC with PECVD of perfluoroalkanes, the aging of materials under humid conditions, and the subsequent ammonia microbreakthrough experiments on milligram quantities of microporous materials. Cu-BTC has an extremely high surface area (~1,800 m2/g) when compared to most materials or surfaces that have been previously treated by PECVD methods. Parameters such as chamber pressure and treatment time are extremely important to ensure the perfluoroalkane plasma penetrates to and reacts with the inner MOF surfaces. Furthermore, the protocol for ammonia microbreakthrough experiments set forth here can be utilized for a variety of test gases and microporous materials.

Herein the procedures for plasma enhanced chemical vapor deposition of perfluoroalkanes on microporous materials such as metal-organic frameworks to enhance their stability and hydrophobicity are described. Furthermore, breakthrough testing of milligram quantities of samples is described in detail.

Plazma ile Hidrofobik Metal-Organik Altyapıları hazırlanması Amonyak Kaldırma için perfluorobütanlar Kimyasal Buhar Kaplama Geliştirilmiş

Plasma enhanced chemical vapor deposition (PECVD) of perfluoroalkanes has long been studied for tuning the wetting properties of surfaces. For high ...

An Inverse Analysis Approach to the Characterization of Chemical Transport in Paints

The ability to directly characterize chemical transport and interactions that occur within a material (i.e., subsurface dynamics) is a vital component in understanding contaminant mass transport and the ability to decontaminate materials. If a material is contaminated, over time, the transport of highly toxic chemicals (such as chemical warfare agent species) out of the material can result in vapor exposure or transfer to the skin, which can result in percutaneous exposure to personnel who interact with the material. Due to the high toxicity of chemical warfare agents, the release of trace chemical quantities is of significant concern. Mapping subsurface concentration distribution and transport characteristics of absorbed agents enables exposure hazards to be assessed in untested conditions. Furthermore, these tools can be used to characterize subsurface reaction dynamics to ultimately design improved decontaminants or decontamination procedures. To achieve this goal, an inverse analysis mass transport modeling approach was developed that utilizes time-resolved mass spectroscopy measurements of vapor emission from contaminated paint coatings as the input parameter for calculation of subsurface concentration profiles. Details are provided on sample preparation, including contaminant and material handling, the application of mass spectrometry for the measurement of emitted contaminant vapor, and the implementation of inverse analysis using a physics-based diffusion model to determine transport properties of live chemical warfare agents including distilled mustard (HD) and the nerve agent VX.

In this paper, a procedure for quantifying the mass transport parameters of chemicals in various materials is presented. This process involves employing an inverse-analysis based diffusion model to vapor emission profiles recorded by real-time, mass spectrometry in high vacuum.

Boyalar Kimyasal Ulaştırma Karakterizasyonu bir Ters Analizi Yaklaşımı

The ability to directly characterize chemical transport and interactions that occur within a material (i.e., subsurface dynamics) is a vital component in ...

Development of a Backbone Cyclic Peptide Library as Potential Antiparasitic Therapeutics Using Microwave Irradiation

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is a major effort to target PPIs in basic research and in the pharmaceutical industry. Protein-protein interfaces are usually large, flat, and often lack pockets, complicating the discovery of small molecules that target such sites. Alternative targeting approaches using antibodies have limitations due to poor oral bioavailability, low cell-permeability, and production inefficiency.
Using peptides to target PPI interfaces has several advantages. Peptides have higher conformational flexibility, increased selectivity, and are generally inexpensive. However, peptides have their own limitations including poor stability and inefficiency crossing cell membranes. To overcome such limitations, peptide cyclization can be performed. Cyclization has been demonstrated to improve peptide selectivity, metabolic stability, and bioavailability. However, predicting the bioactive conformation of a cyclic peptide is not trivial. To overcome this challenge, one attractive approach it to screen a focused library to screen in which all backbone cyclic peptides have the same primary sequence, but differ in parameters that influence their conformation, such as ring size and position.
We describe a detailed protocol for synthesizing a library of backbone cyclic peptides targeting specific parasite PPIs. Using a rational design approach, we developed peptides derived from the scaffold protein Leishmania receptor for activated C-kinase (LACK). We hypothesized that sequences in LACK that are conserved in parasites, but not in the mammalian host homolog, may represent interaction sites for proteins that are critical for the parasites&#39; viability. The cyclic peptides were synthesized using microwave irradiation to reduce reaction times and increase efficiency. Developing a library of backbone cyclic peptides with different ring sizes facilitates a systematic screen for the most biological active conformation. This method provides a general, fast, and facile way to synthesize cyclic peptides.

A simple and general method for the synthesis of cyclic peptides using microwave irradiation is outlined. This procedure enables the synthesis of backbone cyclic peptides with a collection of different conformations while retaining the side chains and the pharmacophoric moieties., and therefore, allows to screen for the bioactive conformation.

Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans. De-starched wheat endosperm cell walls were isolated as an alcohol-insoluble residue (AIR)1 and sequentially extracted with water (W-sol Fr) and 1 M KOH containing 1% NaBH4 (KOH-sol Fr) as described by Ratnayake et al. (2014)2. Two different approaches (see summary in Figure 1) are adopted. In the first, intact W-sol AXs are treated with 2AB to tag the original RE backbone chain sugar residue and then treated with an endoxylanase to generate a mixture of 2AB-labelled RE and internal region reducing oligosaccharides, respectively. In a second approach, the KOH-sol Fr is hydrolyzed with endoxylanase to first generate a mixture of oligosaccharides which are subsequently labelled with 2AB. The enzymically released ((un)tagged) oligosaccharides from both W- and KOH-sol Frs are then methylated and the detailed structural analysis of both the native and methylated oligosaccharides is performed using a combination of MALDI-TOF-MS, RP-HPLC-ESI-QTOF-MS and ESI-MSn. Endoxylanase digested KOH-sol AXs are also characterized by nuclear magnetic resonance (NMR) that also provides information on the anomeric configuration. These techniques can be applied to other classes of polysaccharides using the appropriate endo-hydrolases.

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the structural characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans by tagging the RE with 2 aminobenzamide prior to enzymatic (endoxylanase) hydrolysis and then analysis of the resultant oligosaccharides using mass spectrometry (MS) and nuclear magnetic resonance (NMR).

Enzimatik, kimyasal (Metilasyon) ve Fiziksel (Kütle Spektrometre, Nükleer Manyetik Rezonans) Teknikleri Kullanarak Bitki Duvar heteroksilanlar sıralanması

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

From Molecules to Materials: Engineering New Ionic Liquid Crystals Through Halogen Bonding

Herein, we demonstrate that a bottom-up approach, based on halogen bonding (XB), can be successfully applied for the design of a new type of ionic liquid crystals (ILCs). Taking advantages of the high specificity of XB for haloperfluorocarbons and the ability of anions to act as XB-acceptors, we obtained supramolecular complexes based on 1-alkyl-3-methylimidazolium iodides and iodoperfluorocarbons, overcoming the well-known immiscibility between hydrocarbons (HCs) and perfluorocarbons (PFCs). The high directionality of the XB combined with the fluorophobic effect, allowed us to obtain enantiotropic liquid crystals where a rigid, non-aromatic, XB supramolecular anion acts as mesogenic core.
X-ray structure analysis of the complex between 1-ethyl-3-methylimidazolium iodide and iodoperfluorooctane showed the presence of a layered structure, which is a manifestation of the well-known tendency to segregation of perfluoroalkyl chains. This is consistent with the observation of smectic mesophases. Moreover, all the reported complexes melt below 100 &#176;C, and most are mesomorphic even at room temperature, despite that the starting materials were non-mesomorphic in nature.
The supramolecular strategy reported here provides new design principles for mesogen design allowing a totally new class of functional materials.

A protocol for the synthesis of a new type of mesogens, based on the halogen-bonded supramolecular anion [CnF2n+1-I&#183;&#183;&#183;I&#183;&#183;&#183;I-CnF2n+1]&#8722;, is reported.

Malzemeler molekülleri üzerinden: yeni iyonik sıvı kristaller halojen yoluyla mühendislik

Herein, we demonstrate that a bottom-up approach, based on halogen bonding (XB), can be successfully applied for the design of a new type of ionic liquid ...

Preparation of Chitosan-based Injectable Hydrogels and Its Application in 3D Cell Culture

The protocol presents a facile, efficient, and versatile method to prepare chitosan-based hydrogels using dynamic imine chemistry. The hydrogel is prepared by mixing solutions of glycol chitosan with a synthesized benzaldehyde terminated polymer gelator, and hydrogels are efficiently obtained in several minutes at room temperature. By varying ratios between glycol chitosan, polymer gelator, and water contents, versatile hydrogels with different gelation times and stiffness are obtained. When damaged, the hydrogel can recover its appearances and modulus, due to the reversibility of the dynamic imine bonds as crosslinkages. This self-healable property enables the hydrogel to be injectable since it can be self-healed from squeezed pieces to an integral bulk hydrogel after the injection process. The hydrogel is also multi-responsive to many bio-active stimuli due to different equilibration statuses of the dynamic imine bonds. This hydrogel was confirmed as bio-compatible, and L929 mouse fibroblast cells were embedded following standard procedures and the cell proliferation was easily assessed by a 3D cell cultivation process. The hydrogel can offer an adjustable platform for different research where a physiological mimic of a 3D environment for cells is profited. Along with its multi-responsive, self-healable, and injectable properties, the hydrogels can potentially be applied as multiple carriers for drugs and cells in future bio-medical applications.

Here we describe a facile preparation of chitosan-based injectable hydrogels using dynamic imine chemistry. Methods to adjust the hydrogel&#8217;s mechanical strength and its application in 3D cell culture are presented.

Kitosan-esaslı enjekte edilebilir Hydrogels ve kendi uygulamasında 3D hücre kültürü hazırlanması

The protocol presents a facile, efficient, and versatile method to prepare chitosan-based hydrogels using dynamic imine chemistry. The hydrogel is ...

One-pot Microwave-assisted Conversion of Anomeric Nitrate-esters to Trichloroacetimidates

The goal of the following procedure is to provide a demonstration of the one-pot conversion of a 2-azido-1-nitrate-ester to a trichloroacetimidate glycosyl donor. Following azido-nitration of a glycal, the product 2-azido-1-nitrate ester can be hydrolyzed under microwave-assisted irradiation. This transformation is usually achieved using strongly nucleophilic reagents and extended reaction times. Microwave irradiation induces hydrolysis, in the absence of reagents, with short reaction times. Following denitration, the intermediate anomeric alcohol is converted, in the same pot, to the corresponding 2-azido-1-trichloroacetimidate.

A 2-azido-1-nitrate-ester can be converted to the corresponding 2-azido-1-trichloroacetimidate in a one-pot procedure. The goal of the manuscript is to demonstrate utility of the microwave reactor in carbohydrate synthesis.

One-pot mikrodalga destekli dönüşüm anomerik nitrat-esterleri Trichloroacetimidates

The goal of the following procedure is to provide a demonstration of the one-pot conversion of a 2-azido-1-nitrate-ester to a trichloroacetimidate ...

Constructing Thioether/Vinyl Sulfide-tethered Helical Peptides Via Photo-induced Thiol-ene/yne Hydrothiolation

Here, we describe a detailed protocol for the preparation of thioether-tethered peptides using on-resin intramolecular/intermolecular thiol-ene hydrothiolation. In addition, this protocol describes the preparation of vinyl-sulfide-tethered peptides using in-solution intramolecular thiol-yne hydrothiolation between amino acids that possess alkene/alkyne side chains and cysteine residues at i, i+4 positions. Linear peptides were synthesized using a standard Fmoc-based solid-phase peptide synthesis (SPPS). Thiol-ene hydrothiolation is carried out using either an intramolecular thio-ene reaction or an intermolecular thio-ene reaction, depending on the peptide length. In this research, an intramolecular thio-ene reaction is carried out in the case of shorter peptides using on-resin deprotection of the trityl groups of cysteine residues following the complete synthesis of the linear peptide. The resin is then set to UV irradiation using photoinitiator 4-methoxyacetophenone (MAP) and 2-hydroxy-1-[4-(2-hydroxyethoxy)-phenyl]-2-methyl-1-propanone (MMP). The intermolecular thiol-ene reaction is carried out by dissolving Fmoc-Cys-OH in an N,N-dimethylformamide (DMF) solvent. This is then reacted with the peptide using the alkene-bearing residue on resin. After that, the macrolactamization is carried out using benzotriazole-1-yl-oxytripyrrolidinophosphonium hexafluorophosphate (PyBop), 1-hydroxybenzotriazole (HoBt), and 4-Methylmorpholine (NMM) as activation reagents on the resin. Following the macrolactamization, the peptide synthesis is continued using standard SPPS. In the case of the thio-yne hydrothiolation, the linear peptide is cleaved from the resin, dried, and subsequently dissolved in degassed DMF. This is then irradiated using UV light with photoinitiator 2,2-dimethoxy-2-phenylacetophenone (DMPA). Following the reaction, DMF is evaporated and the crude residue is precipitated and purified using high-performance liquid chromatography (HPLC). These methods could function to simplify the generation of thioether-tethered cyclic peptides due to the use of the thio-ene/yne click chemistry that possesses superior functional group tolerance and good yield. The introduction of thioether bonds into peptides takes advantage of the nucleophilic nature of cysteine residues and is redox-inert relative to disulfide bonds.

We present a protocol for the construction of thioether/vinyl sulfide-tethered helical peptides using photo-induced thiol-ene/thiol-yne hydrothiolation.

Thioether/vinil sülfür-gergin helisel peptidler fotoğraf yolu ile indüklenen Thiol-KD/yne Hydrothiolation oluşturmak

Here, we describe a detailed protocol for the preparation of thioether-tethered peptides using on-resin intramolecular/intermolecular thiol-ene ...

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity of cells within a test tube. By obviating the need to maintain the viability of the cell, and by eliminating the cellular barrier, CFPS has been foundational to emerging applications in biomanufacturing of traditionally challenging proteins, as well as applications in rapid prototyping for metabolic engineering, and functional genomics. Our methods for implementing an E. coli-based CFPS platform allow new users to access many of these applications. Here, we describe methods to prepare extract through the use of enriched media, baffled flasks, and a reproducible method of tunable sonication-based cell lysis. This extract can then be used for protein expression capable of producing 900 &#181;g/mL or more of super folder green fluorescent protein (sfGFP) in just 5 h from experimental setup to data analysis, given that appropriate reagent stocks have been prepared beforehand. The estimated startup cost of obtaining reagents is $4,500 which will sustain thousands of reactions at an estimated cost of $0.021 per &#181;g of protein produced or $0.019 per &#181;L of reaction. Additionally, the protein expression methods mirror the ease of the reaction setup seen in commercially available systems due to optimization of reagent pre-mixes, at a fraction of the cost. In order to enable the user to leverage the flexible nature of the CFPS platform for broad applications, we have identified a variety of aspects of the platform that can be tuned and optimized depending on the resources available and the protein expression outcomes desired.

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

This protocol details the steps, costs, and equipment necessary to generate E. coli-based cell extracts and implement in vitro protein synthesis reactions within 4 days or less. To leverage the flexible nature of this platform for broad applications, we discuss reaction conditions that can be adapted and optimized.

Escherichia coli-boş hücre Protein sentezi dayalı: sağlam, esnek ve erişilebilir platform teknolojisi için iletişim kuralları

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity ...