We thank Eli Jensen, Stefano Padilla, and Kasey Yturralde for assistance, and Karen London and anonymous reviewers of the manuscript. We thank Jake Baker and Karla Torres for video footage. Funding was provided to R.W.H by the NAU School of Forestry and NAU Technology and Research Initiative Fund (TRIF).

1. Phleom Seçimi ve Ağacından Kaldırma <ol><li> Belirli özelliklere sahip bir ağaç seçin. Çam dan Phleom toplayın (yani, cinsi Pinus ağaçlar) onlar birkaç milimetre kalınlığında farklı bir floem tabakası. 18,27 bir ağaç tespit edildikten sonra örneğin böcek saldırıları gibi başka herhangi bir kusurları olmadığını kontrol edin, birkaç alt dalları vardır var gibi ve / veya bir patojen görülmüyordu. Alternatif olarak, bu floem sandviç ladin ağaçlarına gibi kozalaklı ağaçlardan floem kullanımı. 9. diğer ağaç türleri gibi sert ağaç gibi floem çıkarılması için uygun olabilir. NOT: Büyük kronlar ile iğne yapraklı ağaçlar genellikle kalın floem dokusu var. Floem miktarını maksimize etmek için, bu gövde (bole) üzerine birkaç kusurları ve şubeleri var ağaçları kesmek en iyisidir. En iyi öz-budama çalışması olan çam türleri. Floem, tipik olarak, büyüme mevsimi boyunca kalın ve yere yakın gövdelerinde daha yukarı kalındır. Phleom remov bazen zordursonbahar ya da kış mevsiminde ağaçlardan e. </li><li> Aşağı bir ağaç kesmek veya floem dokusu elde etmek için yeni kesilmiş günlükleri kullanın. Ağaca zarar yanı sıra yakındaki ağaçları minimize edecek bir düşme yönünü seçin. Gövde kapalı kesim şube floem çıkarılması sırasında kabuğu materyallere daha kolay erişimi için. </li><li> Bir ağaç kesildiğinde (kesilen, yere düştü) keskin bir beraberlik bıçak (. Şekil 1A) ile gövde kapalı kabuğu kazıma başlar. Floem tabakası ulaşana kadar kapalı kabuğu bir alanı kazıyın. NOT: dış kabuğu rengi (. Şekil 1B) kuru ve koyu ise floem tabakası, tipik renk (örneğin, krem rengi) ve nemli hafiftir. Floeme kazımak için değil özel özen gösterin. Kabuklardan alan gereklidir floem birim (ler) büyüklüğüne bağlıdır kazındı. </li><li> Kabuğu kaldırıldıktan sonra, keskin bir bıçakla floem parçasının bir taslak kesti. Bıçak tüm yol ksilem (Şekil. 2A) keser emin olun. </li><li> Floem kaldırmak için dikkatlice floeme geri soymak için parmaklarınızı kullanarak floem parçasının bir köşesinde başlar. Ksilem kapalı floem kazıma yardımcı olmak için bir bıçak kullanın. Tüm parça kaldırılıncaya kadar floeme çekerek devam edin. NOT: Phleom genellikle yaz aylarında kolay ağacın soyulmaktadir. Kaldırmak son derece zordur floeme için bir spatula şeklinde aracı çaba yardımcı olabilir. </li><li> Steril bir torbaya hemen floem parça yerleştirin. En iyi sonuçlar için, vakum ziploc çanta kullanıyorsanız, çanta tüm havayı kaldırmak, çanta (Şekil. 2B) mühür veya. Bu, floem ömrünü artırmaktadır. İsteğe bağlı olarak, bir torba içinde floem çoklu parçalar yerleştirin. Biraz tazeliğini korumak için (1 ve 10C arasında) donma yukarıdaki hava sızdırmaz torbalarda saklayın floem. </li></ol> 2. Phleom Sandwich oluşturma <ol><li> Berrak akrilik, polikarbonat veya benzeri sert, saydam bir malzeme (örneğin, cam) biraz büyük iki eşit parçaya kesilirfloem birim (Şek. 2C) daha r. Akrilik yuvarlak kenarları Parafilm mührü kopmasını köşeleri önlemek için. Bu protokol. Kalınlığında şeffaf akrilik bir 1/8 kullanır. Not: kesilmiş parçaların boyutu konusu organizmanın ihtiyaç ve çalışma uzunluğuna bağlıdır. Örneğin, kabuk böceklerinin bir çifti aylık dönemde floem 4 dm 2 kullanır, ancak çalışma birkaç gün içinde yer alırsa sadece 1 dm2 gerekir. </li><li> Çalışma organizma (lar) girişine izin akrilik parçalarından biri bir delik delin. Deliklerin büyüklüğü ve sayısı, hedefler (Şek. 2D) bağlıdır. </li><li> Akrilik parçaları arasındaki floeme yerleştirmeden önce, akrilik yüzey (&gt;% 70 etanol) sterilize veya yeni akrilik kullanıyorsanız, folyoyu çıkarın. </li><li> Steril akrilik parçaları arasındaki floem taze parça yerleştirin. Floem iç veya dış yanı üzerindeki delik (ler), Orient akrilik parçası whichever gereklidir. Tipik olarak, giriş ağzına doğru floem (üzerinde kabuğu vardı taraf) dış yan yüz. </li></ol> 3. Phleom Sandwich Sızdırmazlık <ol><li> Floem sandviç etrafında geçici bir mühür oluşturmak için, içinde 2 kullanın. Floem sandviç (Res. 2C) kenarlarında çekti geniş Parafilm şeritler. Alternatif olarak, kenarları sızdırmazlık için bir poliviniliden klorür kaydırmak. 6. Daha sonra, floem için akrilik sıkılması için sandviç her bir tarafında bir kelepçe yerleştirin. Tüm yüzeyi akrilik ve floem (Şekil 2C) arasında hava boşluğu önlemek için aşağı kenetlenmiş olduğundan emin olun. Düzgün kenetlenmiş değil, örnekler akrilik ve floem arasında hareket edebilir. </li><li> Yarı-kalıcı mühür floem etrafında olmayan bir yapıştırma epoksi veya vazelin eklemek oluşturmak için. Materyal tamamen floeme çevreleyen emin olun. Sonra, cıvata ile kelepçeleri veya vidaları kullanın floem sıkı akrilik tutmak için (vaktinden delmenizi gerekebilir).Sandviç, yalnızca en fazla bir ya da iki ay için geçerli kalır. </li><li> Çalışma organizmaların oksijen ihtiyaçlarına bağlı olarak, sandviç bir veya daha fazla tarafında bir hava filtresi ekleyin. Bu hava floem sandviç içine girmek ancak floem su kaybını sınırlamak için izin verecektir. Biz de mantar ve bakteriyel kontaminasyon riskini azaltmak basit kömür filtreleri kullanın. </li><li> Irade giriş ve çıkış gerektiren çalışma örneklerinde, bir böcek içine delik odun veya benzeri malzeme ile akrilik parçalarından birini değiştirin. Larva devlet floem tabakası tamamlanmış bu ahşap deliciler gözlem için özellikle önemlidir, çünkü sonra, daha sonra ksilem içine taşıyordu. </li><li> Giriş delikleri çıkmadan test denekleri önlemek için, delikleri üzerinde küçük petri yemekler (veya diğer nesneleri, bant), engelleme kaçış yerleştirin. Bu mekanlarda ikamet organizmalar düşük ışık seviyelerinde alıştırmak olduğundan, karanlık bir odada veya kutu veya yer o da sandviç yerleştirmek için gerekli olabilirüstüne paque malzeme ışığı engellemek için. </li></ol> Phleom Sandwich 4. Gözlem organizmalar <ol><li> Floem sandviç (Şekil. 2B) girişi deliğe çalışma örneklerini tanıtmak. Kırmızı ışık veya düşük ayarda (Res. 2E) ayarlanmış beyaz ışık altında bir diseksiyon mikroskobu kullanılarak örneklerini görmek. </li><li> Floem Sandviç içinde örneklerin faaliyetleri veya büyüme kaydetmek için mikroskop bir kamera veya video kamera takın. Mikroskop merceğine (Res. 2E &amp; F) özel video kameralar takın. Kene, nematod ve Yalancı gibi çok küçük organizmalar için, mikroskop bağlı bir yüksek çözünürlüklü video kamera kullanın. </li><li> Sesleri kaydetmek için, floem sandviç giriş deliğine veya floem sandviç tarafında aracılığıyla mikrofonları yerleştirin. Giriş deliği küçük olduğundan, böyle bir dielektrik kondansatör mikrofon gibi küçük bir mikrofon kullanın. </li><li> Yan yüzeyden ve kaydetmek içinfloem sandviç bir piezo elemanı (Şekil. 3B) kullanın. Sesi oynatmak için, aynı piezo elemanı kullanın veya akrilik üst veya alt yüzeyine bir dokunsal transdüser (excitor) ekleyin. </li></ol>

<ol>
	<li>Aukema, B. H., Raffa, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Behavior+of+adult+and+larval+Platysoma+cylindrical.+(Coleoptera:+Histeridae)+and+larval+Medetera+bistriata.+(Diptera:+Dolichopodidae)+during+subcortical+predation+of+Ips+pini+(Coleoptera:+Scolytidae).">Behavior of adult and larval Platysoma cylindrical. (Coleoptera: Histeridae) and larval Medetera bistriata. (Diptera: Dolichopodidae) during subcortical predation of Ips pini (Coleoptera: Scolytidae).</a> J Insect Behav. 17, 115-128 (2004).</li><li>Bedard, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+number+of+larval+instars+and+the+appropriate+length+of+the+larval+stadia+of+Dendroctonus+pseudotsugae.+Hopk.,+with+a+method+for+their+determination+in+relation+to+other+bark+beetle.">The number of larval instars and the appropriate length of the larval stadia of Dendroctonus pseudotsugae. Hopk., with a method for their determination in relation to other bark beetle.</a> J Econ Entomol. 26, 128-134 (1933).</li><li>Bridges, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitrogen-fixing+bacteria+associated+with+bark+beetles.">Nitrogen-fixing bacteria associated with bark beetles.</a> Microb Ecol. 7, 131-137 (1981).</li><li>Cardoza, Y. J., Klepzig, K. D., Raffa, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteria+in+oral+secretions+of+an+endophytic+insect+inhibit+antagonistic+fungi.">Bacteria in oral secretions of an endophytic insect inhibit antagonistic fungi.</a> Ecol Entomol. 31, 636-635 (2006).</li><li>Cardoza, Y. J., Moser, J. C., Klepzig, K. D., Raffa, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multipartite+symbioses+among+fungi,+mites,+nematodes,+and+the+spruce+beetle,+Dendroctonus+rufipennis.">Multipartite symbioses among fungi, mites, nematodes, and the spruce beetle, Dendroctonus rufipennis.</a> Environ Entomol. 37, 956-963 (2008).</li><li>Chen, H. -. F., Salcedo, C., Sun, J. -. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Male+mate+choice+by+chemical+cues+leads+to+higher+reproductive+success+in+a+bark+beetle.">Male mate choice by chemical cues leads to higher reproductive success in a bark beetle.</a> Animal Behavior. 83, 421-427 (2012).</li><li>Dodds, K. J., Graber, C., Stephen, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Facultative+intra+guild+predation+by+larval+Cerambycidae+(Coleoptera)+on+bark+beetle+larvae+(Coleoptera:+Scolytidae).">Facultative intra guild predation by larval Cerambycidae (Coleoptera) on bark beetle larvae (Coleoptera: Scolytidae).</a> Environmental Entomology. 30, 17-22 (2001).</li><li>Franklin, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+technique+for+studying+the+insect+parasites+of+Dendroctonus+frontalis.+and+other+bark+beetles+(Coleoptera:+Scolytidae).">A technique for studying the insect parasites of Dendroctonus frontalis. and other bark beetles (Coleoptera: Scolytidae).</a> Journal of Georgia Entomology Society. 2, 43-44 (1967).</li><li>Gries, G., Pierce, H. D., Lindgren, B. S., Borden, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+techniques+for+capturing+and+analyzing+semiochemicals+for+Scolytid+beetles+(Coleoptera:+Scolytidae).">New techniques for capturing and analyzing semiochemicals for Scolytid beetles (Coleoptera: Scolytidae).</a> J Econ Entomol. 81, 1715-1720 (1988).</li><li>Hofstetter, R. W., Moser, J. C., McGuire, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+of+the+mite+Schizosthetus+lyriformis.+(Acari:+Parasitidae)+preying+on+bark+beetle+eggs+and+larvae.">Observations of the mite Schizosthetus lyriformis. (Acari: Parasitidae) preying on bark beetle eggs and larvae.</a> Entomology. News. 120, 397-400 (2009).</li><li>Hofstetter, R. W., Klepzig, K. D., Coulson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+11:+Mutualists+and+Phoronts+of+the+Southern+Pine+Beetle.">Chapter 11: Mutualists and Phoronts of the Southern Pine Beetle.</a> United States Dept. of Agriculture Forest Service, Southern Research Station General Technical Report SRS-140. , 161-181 (2011).</li><li>Hofstetter, R. W., Dunn, D. D., McGuire, R., Potter, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+acoustic+technology+to+reduce+bark+beetle+reproduction).">Using acoustic technology to reduce bark beetle reproduction).</a> Pest Manag Sci. 70, 24-27 (2014).</li><li>Hopping, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+rearing+Ips.">Techniques for rearing Ips.</a> De Geer (Coleoptera: Scolytidae). Can Entomol. 93, 1050-1063 (1961).</li><li>Hougardy, E., Gregoire, J. -. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleptoparasitism+increases+the+host+finding+ability+of+a+polyphagous+parasitoid+species,+Rhopalicus+tutela+(Hymenoptera:+Pteromalidae).">Cleptoparasitism increases the host finding ability of a polyphagous parasitoid species, Rhopalicus tutela (Hymenoptera: Pteromalidae).</a> Behav Ecol Sociobiol. 55, 184-189 (2003).</li><li>Kaston, B. J., Riggs, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+the+larvae+of+the+native+elm+bark+beetle.">Studies on the larvae of the native elm bark beetle.</a> J Econ Entomol. 30, 98-108 (1937).</li><li>Kinn, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+cycle+of+Dendrolaelaps+neodisetus.+(Mesostigmata:+Digamasellidae),+a+nematophagous+mite+associated+with+pine+bark+beetles+(Coleoptera:+Scolytidae).">Life cycle of Dendrolaelaps neodisetus. (Mesostigmata: Digamasellidae), a nematophagous mite associated with pine bark beetles (Coleoptera: Scolytidae).</a> Environ Entomol. 13, 1141-1144 (1984).</li><li>Kinn, D. N., Miller, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phloem+sandwich+unit+for+observing+bark+beetles,+associated+predators,+and+parasites.">A phloem sandwich unit for observing bark beetles, associated predators, and parasites.</a> USDA FS Res. Notes SO-269. , 3 (1981).</li><li>Lieutier, F., Day, K. R., Battisti, A., Gregoire, J. -. C., Evans, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bark and wood boring insects in living trees in Europe, a synthesis. , 569 (2004).</li><li>Massey, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+nematode+parasites+and+associates+on+bark+beetles+in+the+United+States.">The influence of nematode parasites and associates on bark beetles in the United States.</a> Bulletin of the Entomology Society of America. 12, 384-386 (1966).</li><li>Moser, J. C., Roton, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mites+associated+with+southern+pine+bark+beetles+in.">Mites associated with southern pine bark beetles in.</a> Allen Parish, Louisiana. Can Entomol. 103, 1775-1798 (1971).</li><li>Mills, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+natural+enemies+of+scolytids+infesting+conifer+bark+in+Europe+in+relation+to+the+biological+control+of+Dendroctonus.+spp+in+Canada.">The natural enemies of scolytids infesting conifer bark in Europe in relation to the biological control of Dendroctonus. spp in Canada.</a> Biocontrol News Information. 4, 305-328 (1983).</li><li>Nagel, W. P., Fitzgerald, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Medetera+aldrichii.+larval+feeding+behavior+and+prey+consumption+[Dipt.:+Dolichopodidae].">Medetera aldrichii. larval feeding behavior and prey consumption [Dipt.: Dolichopodidae].</a> Entomophaga. 20, 121-127 (1975).</li><li>Paine, T., Raffa, K., Harrington, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+among+scolytid+bark+beetles,+their+associated+fungi,+and+live+host+conifers.">Interactions among scolytid bark beetles, their associated fungi, and live host conifers.</a> Annu Rev Entomol. 42, 179-206 (1997).</li><li>Reeve, J. D., Coulson, R. N., Klepzig, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predators+of+the+southern+pine+beetle.">Predators of the southern pine beetle.</a> Southern Pine Beetle II. , 153-160 .</li><li>Reid, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+behavior+of+the+mountain+pine+beetle,+Dendroctonus+monticolae.+Hopkins,+during+mating,+egg+laying+and+gallery+construction.">The behavior of the mountain pine beetle, Dendroctonus monticolae. Hopkins, during mating, egg laying and gallery construction.</a> Can Entomol. 90, 505-509 (1958).</li><li>Taylor, A. D., Hayes, J. L., Roton, L., Moser, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phloem+sandwich+allowing+attack+and+colonization+by+bark+beetles+(Coleoptera:+Scolytidae)+and+associates.">A phloem sandwich allowing attack and colonization by bark beetles (Coleoptera: Scolytidae) and associates.</a> J. Entomol. Soc. Amer. 27, 101-116 (1992).</li><li>Yu, C. C., Tsao, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gallery+construction+and+sexual+behavior+in+the+southern+pine+beetle,+Dendroctonus+frontalis.+Zimm.+(Coleoptera:+Scolytidae).">Gallery construction and sexual behavior in the southern pine beetle, Dendroctonus frontalis. Zimm. (Coleoptera: Scolytidae).</a> Georgia Entomology Society. 2, 95-98 (1967).</li><li>Yturralde, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Acoustic+Ecology+of+Bark+Beetles+and+Bed+Bugs.">The Acoustic Ecology of Bark Beetles and Bed Bugs.</a> PhD. Dissertation. , 323 (2013).</li><li>Wermelinger, B., Seifert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+temperature+dependent+development+of+the+spruce+bark+beetle+Ips+typographus+(L.)+(Col.,+Scolytidae).">Analysis of the temperature dependent development of the spruce bark beetle Ips typographus (L.) (Col., Scolytidae).</a> Journal of Applied Entomology. 122, 185-191 (1998).</li><li>Whitney, H. S., Mitton, J. B., Sturgeon, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relationships+between+bark+beetles+and+symbiotic+organisms.">Relationships between bark beetles and symbiotic organisms.</a> Bark Beetles in North American Conifers. , 183-211 (1982).</li><li>Wood, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+bark+and+ambrosia+beetles+of+North+and+Central+America+(Coleoptera:+Scolytidae),+a+taxonomic+monograph.">The bark and ambrosia beetles of North and Central America (Coleoptera: Scolytidae), a taxonomic monograph.</a> , 1359 (1982).</li></ol>

No conflicts of interest declared

Floem sandviç eklembacaklılar, mikrop ve floem dokuların yaşayan diğer küçük organizmaların giriş ve gözlem için izin verir. Bu teknik, yeni keşifler sonuçlandı 1,7,8,9,17,18 ve davranışları daha iyi bir anlayış, yaşamı tarih özellikleri, gelişimi ve ağaç floem içinde organizmaların etkileşimleri. sandviç protokolü Burada anlatılan 1,5,10 geçmiş tasarımları bir melez olduğunu ve kolayca minimum ekipman ve malzeme ile inşa edilen bir ekonomik sandviç sağlayacaktır. Cam, akrilik veya polikarbonat parçaları yeniden kullanılabilir ve tek tüketim maddeleri Parafilm ve floem bulunmaktadır. Protokoldeki tüm adımlar önemli olmakla birlikte, bazı adımlar başarı yüksek derecede sağlamak için sıkı takip edilmelidir. İlk olarak, bir ağaç dalları, serbest ya da görece serbest dalının bir bölüme sahip olduğu yerleştirilmelidir. Birçok şubesi var Ağaçlar tıraş zor ve y olacakfloeme çıkartırken her dal etrafında kesmek gerekir gibi ield birkaç canlı floem adet. Daha sonra, floem hava maruz kalmasını en aza indirmek için önemlidir. Biz hızlı uzaklaştırılması üzerine bir torba içinde her floem parça yerleştirin. 3-6 adet yok olduktan sonra, bir vakumlu torba içine transfer edilir; Biz alanda bir araç aküsünden kapalı mühürleyen çalıştırmak için bir güç çevirici kullanın. Son bu protokolü yürütülmesi sandviç mantar üremesini azaltacak zaman akrilik parçaları ve genel temizlik hijyen. Bu genişletilmiş gözlemler için özellikle önemlidir. Yukarıda zikredildiği gibi, floem sandviç tertibatının sınırlamalar vardır. Floem katmanlı ince olduğu için, tipik haliyle, floem kalır sadece küçük organizmalar sandviç içine sokulabilir. Odun deliciler gibi büyük böcekler (yani, Buprestid, Cerambycid tür) tanıttı ve onların yaşam döngüsünün erken safhalarında için görülebilir. Bu zaman aralığı, genellikle ikiye sınırlıdırÜç hafta; Bu noktadan sonra larvalar pupa için içine sıkmak ksilem ahşap gerektirir. Buna karşılık, cins Ips özellikle bu kabuk böcekleri için, tam bir yaşam döngüsü görülmektedir dahil edilebilir bir yetişkin böceği içine çiftleşme, yumurtadan çıkan yavrular, beslenme, pupa ve eclosion. Bu noktada sandviçin canlılığı, genellikle desikasyonu ve mantar büyümesi nedeniyle dışarı atılır. 28 Ek olarak, bu cihazın, böcekler açık ve doğal kolonize veya floem sandviç çıkmak için izin vermez. 27 Bizim protokol boyut, şekil ve kullanılan floem türü açısından esnektir. Kısa çalışmalar az floem malzeme gerektiren ve sandviç boyutu buna göre ölçeklendirilebilir. Birçok kozalaklı türler floem sandviç floem vericisi olarak kullanılmaktadır (örneğin, kızılçam çam 12, Douglas-köknar 2, ladin, 29 loblolly çam 27, longleaf çam 27). Sandviç malzemeler de değişmiş olabilir; exgeniş bir cam tabak yerine, akrilik ve epoksi ya da bunun yerine Parafilm bant kullanılabilir. Bu protokolün en zor kısmı floem giderilmesi işlemidir. Birbirlerinin yanında ağaçlar floem kaldırmak ne kadar zor farklılık gösterebilir. Bir ağaç zor floem sahip olduğunda, sabır önemlidir. Bu durumlarda, dikkatli sert ksilem ve süngerimsi floem arasında bir bıçak çalıştırın. Bu işlem ağacını zarını gibi tam anlamıyla hissediyor. Temel sandviç tekniği mastering sonra, protokole değişiklikler uygun özel ihtiyaçlarına yardımcı olabilir. Örneğin, floem bertaraf edilmesi için gereken teknikleri üzerinde durulacaktır göre, daha büyük parçalar uzaklaştırılmıştır ve daha büyük sandviç oluşturmak için de kullanılabilir. Ayrıca, değişiklikler kimyasal emisyonları (Res. 3A), ya da kayıt veya oynatma sesleri (Res. 3B) izlemek için, örneğin özel araçlar, ek delik karşılamak için yapılabilir. Değişiklikler, yarı kalıcı floem korunması ve organının sağlamak için yapılabilirizm, ya da daha sonra ücretsiz izin organizma geçici gözlemleri için.

Kozalaklı floem ve kabuğu dokular organizmaların binlerce ev sahibi vardır. Phloeophagy, iç kabuklarından floem dokularında beslenme, genellikle ağaçlar içinde yaşayan kabuk böceklerinin, woodborers, ve diğer birçok omurgasız ve mikrobiyal takson ile ilişkili bir alışkanlıktır 23 Kabuk böcekleri. (Coleoptera: Curculionidae) geliştirmek ve dışında floem içinde yaşayan yetişkinler yeni ev sahibi ağaçları amaçlayan kısa dönemleri. 31 Kabuk böcekleri yoğun ağaçların 18,19 üzerindeki ekonomik etkileri nedeniyle çalışılmıştır, ancak ağaç malzemelerin içinde böceklerin doğrudan davranışsal gözlemler sınırlı olmuştur. 4 Ayrıca, galerileri kabuk böceklerinin tarafından inşa . türlerin sayısız habitat haline mantarların 30 11 Geniş numaraları, bakteriler 3, akarlar 10,21, ve nematodlar diğer yırtıcı ve parazit eklembacaklılar ile birlikte 16,19 22,24 floem malzemeyi yaşamaktadır. Burada sağlanan tekniklerikabuk böcekleri, akarları ve tipik subkortikal ortamlarda yaşayan ahşap deliciler doğrudan gözlem için izin verir. Protokole hafif değişiklikler mantarlar ve bakteriler çalışma yapılabilir. Ağaç dokular içinde Kabuk böcekleri ve ilişkili organizmalar kullanılarak çalışılmıştır &quot;floem sandviç.&quot; Bu tekniğin erken kullanımı Dendroctunus (arka yüzünde Douglas-köknar böceğinin larva dönemi gözlemlemek için kullanılan 1933, için edebiyat kalma bulunabilir farklı malzemeler kullanılabilir hale olarak pseudotsugae). 2 floem sandviç birçok derivasyon geçti. Başlangıçta, bu cihaz, elastik bantlar ile birbirine bastırıldığı iki cam levha arasına yerleştirilen ve floem bir parça oluşturmaktadır. 2. Daha sonra, kelepçeler, bant, yapıştırıcı, plastik ve diğer malzemeler sandviçin yapımında kullanılmıştır. 13,14 Burada anlatılan 15,17,26,28 protokol geçmiş tasarımları üzerinde bazı iyileştirmeler sunuyor. Örneğin, içindeGeçmişte, test türü cam veya plastik levhaları arasında, sandviç yan alındı. Bu bir yöne galerilerinin yapımını kısıtlı. Üst plakasında giriş deliklerinin kullanımı test türü doğal galeri inşaatı başlatmak için büyük bir özgürlük sağlar. Sunulan protokol diğer bir avantajı kolay bir kaç araç ile imal edilebilir, basitleştirilmiş bir tasarımdır. Floem sandviç kullanımı beslenme davranışı, üreme, gelişme doğrudan gözlem için izin verdi, ve organizmaların etkileşimleri aksi mümkün olmazdı ki. 1,5, 22 Bu yöntem aynı zamanda K-12 eğitim ve bilim için mükemmel bir araçtır programlar ve görüntüler. Dan yorumlamak zor ya da el yazmalarının rapor değil floem sandviç yaratılması birçok incelikleri vardır. Bir floem sandviç üretiminin görsel (örneğin, bir video) tanımı gereklidir ve olacağına inanıyoruzbilim adamları ve phloeophagous organizmaları okuyan ilgilenen eğitimciler için değerli. Bizim protokol eklembacaklılar, mikrop ve floem dokuların yaşayan diğer organizmaları gözlemlemek için basit ve ucuz bir yol sağlar.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Draw blade</td>
			<td>Big Horn Brand&#160;</td>
			<td>20265</td>
			<td>11&#8221; blade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fillet Knife</td>
			<td>American Angler</td>
			<td>30530</td>
			<td>9&#8221; blade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate</td>
			<td>Nexan</td>
			<td>GE-33</td>
			<td>0.093 in. thickness</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm M</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S37441</td>
			<td>2&#8221; wide</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clamps</td>
			<td>Pony Jaw Opening</td>
			<td>3201-HT-K</td>
			<td>4&#8221; x 1&#8221;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum Sealer&#160;</td>
			<td>FoodSaver</td>
			<td>V2840,&#160;</td>
			<td>VacLoc vacuum&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>and bags</td>
			<td></td>
			<td>FSFSBF0742-015</td>
			<td>bags in rolls</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

technique for studying arthropod and microbial communities within tree tissues

Phloem tissues of pine are habitats for many thousands of organisms. Arthropods and microbes use phloem and cambium tissues to seek mates, lay eggs, rear young, feed, or hide from natural enemies or harsh environmental conditions outside of the tree. Organisms that persist within the phloem habitat are difficult to observe given their location under bark. We provide a technique to preserve intact phloem and prepare it for experimentation with invertebrates and microorganisms. The apparatus is called a &#8216;phloem sandwich&#8217; and allows for the introduction and observation of arthropods, microbes, and other organisms. This technique has resulted in a better understanding of the feeding behaviors, life-history traits, reproduction, development, and interactions of organisms within tree phloem. The strengths of this technique include the use of inexpensive materials, variability in sandwich size, flexibility to re-open the sandwich or introduce multiple organisms through drilled holes, and the preservation and maintenance of phloem integrity. The phloem sandwich is an excellent educational tool for scientific discovery in both K-12 science courses and university research laboratories.

Yukarıda açıklanan protokol, bir ağacın kabuğundan altında şifreli bir ortamda yaşamak organizmaları gözlemlemek için bir araştırmacı sağlayacaktır. Bu deneyde bu tekniği. 12 kullanır bizim laboratuvarından bir temsilci çalışma açıklayan bu tekniğin kullanımını göstermek için, floem sandviç (Şek üreme çıkışı, tünel mesafesi ve kabuk böceklerinin sağkalım üzerine akustik tedavilerin etkilerini gözlemlemek için kullanıldı . Şekiller 2E ve 2F). Floem sandviç kullanımı ile mümkün böcekleri doğrudan gözlem, birkaç ilginç bulgular ortaya çıkarmıştır. İlk olarak, bir işaretleyici her 24 saat ile akrilik böcekleri &#39;yerini işaretleme günlük tünel mesafeleri kaydedildi. Bu süreç floem sandviç olmadan gizli olurdu ses tedavilerde anlamlı farklılıklar ortaya. Sonra, özel bir ses uygulamaları ile yumurta üretiminde bir azalma gözlemlemişlerdir. E izin floem sandviç mobil doğasıgg gözlemler böcekleri bozmadan bir mikroskop altında tamamlanacak. Bu gözlemler esnasında, biz mikroskop bağlı bir yüksek çözünürlüklü kamera ile böceği yumurtlama davranışı ele geçirdi. Diğer önemli gözlemler arkadaşları öldürülmesi ve özellikle akustik tedavileri ile ilişkili uçuş başlatılmasını dahil. Floem sandviç tahlil akustik tedavilere kabukböcekleri yanıtların bizim çalışmamızda çok önemliydi. Bir ağacın kabuğu altında gözlemlemek imkansız olurdu Bu keşifler, kabuk böceği salgınını mücadele için yönetim seçeneklerini geliştirmeye değerli katkıları vardır. <img alt="Şekil 1," src="/files/ftp_upload/50793/50793fig1highres.jpg" /> Şekil 1. A) Araçlar ağacının kabuğunu çıkarmak gerekiyordu. Ürünler 1 ve 2 ağacın kapalı kabuğu kazımak için kullanılan beraberlik bıçaklar vardır. Ürün 3 (balta) ve 4 (çekme testere) şube kaldırmak için yararlıdıryakın tıraş alanı. B) beraberlik bıçakların kullanımı ağacının kabuğunu çıkarmak için. Kırmızımsı kabuğu altında floem ışık rengini dikkat edin. <img alt="Şekil 2," src="/files/ftp_upload/50793/50793fig2highres.jpg" /> Şekil 2. A) kabuğundan sonra floem çıkarılması ağacı. B) vakum mühürlü torba. C) kelepçeler birlikte akrilik parçaları tutan ve Parafilm etrafında kirlenmeyi ve floem kuruma önlemek için kenarları ile Phleom sandviç saklanan Taze floem kazındı. D ) Bark böceği yakın delik floem sandviç gözlemlemek için mikroskobu kullanarak) akrilik. E içine delinmiş. floem Sandviç içinde kabuk böceklerinin F) Video ekranı. <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/50793/50793fig3highres.jpg" /> Şekil 3. <strong&gt; A) floem sandviç böcekleri Feromon edinimi. Hava floem Sandviç içinde çam böcekleri bir piezo-elektrik transdüser (resmin merkezi) aracılığıyla Süper-Q emici. B) Kayıt ve ses oynatmayı içeren tüpler aracılığıyla çekti ediliyor.

Watch this Scientific Journal Video about Technique for Studying Arthropod and Microbial Communities within Tree Tissues at JoVE.com

Technique for Studying Arthropod and Microbial Communities within Tree Tissues

We provide a technique to preserve intact tree phloem and prepare it for observation. We create an apparatus called a phloem sandwich that allows for the introduction and observation of arthropods, microbes, and other organisms that inhabit phloem tissues.

Ağaç Dokuların içinde eklembacaklı ve Mikrobiyal Toplulukları incelenmesi için Tekniği

Phloem tissues of pine are habitats for many thousands of organisms.  Arthropods and microbes use phloem and cambium tissues to seek mates, lay eggs, rear ...

technique-for-studying-arthropod-microbial-communities-within-tree

Research

JoVE Journal

Environment

10.3K Görüntüleme.  Northern Arizona University. We provide a technique to preserve intact tree phloem and prepare it for observation. We create an apparatus called a phloem sandwich that allows for the introduction and observation of arthropods, microbes, and other organisms that inhabit phloem tissues. 

Video: Technique for Studying Arthropod and Microbial Communities within Tree Tissues

Waste Water Derived Electroactive Microbial Biofilms: Growth, Maintenance, and Basic Characterization

The growth of anodic electroactive microbial biofilms from waste water inocula in a fed-batch reactor is demonstrated using a three-electrode setup controlled by a potentiostat. Thereby the use of potentiostats allows an exact adjustment of the electrode potential and ensures reproducible microbial culturing conditions. During growth the current production is monitored using chronoamperometry (CA). Based on these data the maximum current density (jmax) and the coulombic efficiency (CE) are discussed as measures for characterization of the bioelectrocatalytic performance. Cyclic voltammetry (CV), a nondestructive, i.e. noninvasive, method, is used to study the extracellular electron transfer (EET) of electroactive bacteria. CV measurements are performed on anodic biofilm electrodes in the presence of the microbial substrate, i.e. turnover conditions, and in the absence of the substrate, i.e. nonturnover conditions, using different scan rates. Subsequently, data analysis is exemplified and fundamental thermodynamic parameters of the microbial EET are derived and explained: peak potential (Ep), peak current density (jp), formal potential (Ef) and peak separation (&#916;Ep). Additionally the limits of the method and the state-of the art data analysis are addressed. Thereby this video-article shall provide a guide for the basic experimental steps and the fundamental data analysis.

Chronoamperometric growth of anodic electroactive microbial biofilms in a fed-batch reactor using a three-electrode setup, controlled by a potentiostat, is demonstrated. The extracellular electron transfer is characterized using cyclic voltammetry in the presence of the electron donor and in the absence of the electron donor. Fundamental data analysis is demonstrated.

Büyüme, Bakım ve Temel Karakterizasyonu: Atık Su Elektroaktif mikrobiyel filmlerin Türetilmiş

The growth of anodic electroactive microbial biofilms from waste water inocula in a fed-batch reactor is demonstrated using a three-electrode setup ...

Çevre

Methods for Facilitating Microbial Growth on Pulp Mill Waste Streams and Characterization of the Biodegradation Potential of Cultured Microbes

The kraft process is applied to wood chips for separation of lignin from the polysaccharides within lignocellulose for pulp that will produce a high quality paper. Black liquor is a pulping waste generated by the kraft process that has potential for downstream bioconversion. However, the recalcitrant nature of the lignocellulose resources, its chemical derivatives that constitute the majority of available organic carbon within black liquor, and its basic pH present challenges to microbial biodegradation of this waste material. Methods for the collection and modification of black liquor for microbial growth are aimed at utilization of this pulp waste to convert the lignin, organic acids, and polysaccharide degradation byproducts into valuable chemicals. The lignocellulose extraction techniques presented provide a reproducible method for preparation of lignocellulose growth substrates for understanding metabolic capacities of cultured microorganisms. Use of gas chromatography-mass spectrometry enables the identification and quantification of the fermentation products resulting from the growth of microorganisms on pulping waste. These methods when used together can facilitate the determination of the metabolic activity of microorganisms with potential to produce fermentation products that would provide greater value to the pulping system and reduce effluent waste, thereby increasing potential paper milling profits and offering additional uses for black liquor.

Industrial wastes can be collected and modified to analyze microbial growth. Lignocellulose extraction techniques provide components to analyze specific biodegradation ability. Gas chromatography-mass spectrometry identifies fermentation products of microorganisms grown on pulping waste. These methods determine the metabolic capacity of microorganisms to degrade pulping waste.

The kraft process is applied to wood chips for separation of lignin from the polysaccharides within lignocellulose for pulp that will produce a high ...

Transcript and Metabolite Profiling for the Evaluation of Tobacco Tree and Poplar as Feedstock for the Bio-based Industry

The global demand for food, feed, energy, and water poses extraordinary challenges for future generations. It is evident that robust platforms for the exploration of renewable resources are necessary to overcome these challenges. Within the multinational framework MultiBioPro we are developing biorefinery pipelines to maximize the use of plant biomass. More specifically, we use poplar and tobacco tree (Nicotiana glauca) as target crop species for improving saccharification, isoprenoid, long chain hydrocarbon contents, fiber quality, and suberin and lignin contents. The methods used to obtain these outputs include GC-MS, LC-MS and RNA sequencing platforms. The metabolite pipelines are well established tools to generate these types of data, but also have the limitations in that only well characterized metabolites can be used. The deep sequencing will allow us to include all transcripts present during the developmental stages of the tobacco tree leaf, but has to be mapped back to the sequence of Nicotiana tabacum. With these set-ups, we aim at a basic understanding for underlying processes and at establishing an industrial framework to exploit the outcomes. In a more long term perspective, we believe that data generated here will provide means for a sustainable biorefinery process using poplar and tobacco tree as raw material. To date the basal level of metabolites in the samples have been analyzed and the protocols utilized are provided in this article.

Plant biomass offers a renewable resource for multiple products, including fuel, feed, food, and a variety of materials. In this paper we investigate the properties of tobacco tree (Nicotiana glauca) and poplar as suitable sources for a biorefinery pipeline.

Bio-tabanlı Sanayi Feedstock olarak Tütün Ağacı ve Kavak Değerlendirme transkript ve metabolit profil

The global demand for food, feed, energy, and water poses extraordinary challenges for future generations. It is evident that robust platforms for the ...

A Technical Perspective in Modern Tree-ring Research - How to Overcome Dendroecological and Wood Anatomical Challenges

Dendroecological research uses information stored in tree rings to understand how single trees and even entire forest ecosystems responded to environmental changes and to finally reconstruct such changes. This is done by analyzing growth variations back in time and correlating various plant-specific parameters to (for example) temperature records. Integrating wood anatomical parameters in these analyses would strengthen reconstructions, even down to intra-annual resolution. We therefore present a protocol on how to sample, prepare, and analyze wooden specimen for common macroscopic analyses, but also for subsequent microscopic analyses. Furthermore we introduce a potential solution for analyzing digital images generated from common small and large specimens to support time-series analyses. The protocol presents the basic steps as they currently can be used. Beyond this, there is an ongoing need for the improvement of existing techniques, and development of new techniques, to record and quantify past and ongoing environmental processes. Traditional wood anatomical research needs to be expanded to include ecological information to this field of research. This would support dendro-scientists who intend to analyze new parameters and develop new methodologies to understand the short and long term effects of specific environmental factors on the anatomy of woody plants.

Here we present a protocol outlining how to sample wooden specimens for the overall assessment of their growth structures. Macro- and microscopic preparation and visualization techniques necessary to generate well-replicated and highly resolved wood anatomical and dendroecological dataset, are described are described.

Modern Ağaç halkası Araştırma A Teknik Perspektif - Dendroekolojik ve Ahşap Anatomik Zorluklar Üstesinden Nasıl

Dendroecological research uses information stored in tree rings to understand how single trees and even entire forest ecosystems responded to ...

Watershed Planning within a Quantitative Scenario Analysis Framework

There is a critical need for tools and methodologies capable of managing aquatic systems within heavily impacted watersheds. Current efforts often fall short as a result of an inability to quantify and predict complex cumulative effects of current and future land use scenarios at relevant spatial scales. The goal of this manuscript is to provide methods for conducting a targeted watershed assessment that enables resource managers to produce landscape-based cumulative effects models for use within a scenario analysis management framework. Sites are first selected for inclusion within the watershed assessment by identifying sites that fall along independent gradients and combinations of known stressors. Field and laboratory techniques are then used to obtain data on the physical, chemical, and biological effects of multiple land use activities. Multiple linear regression analysis is then used to produce landscape-based cumulative effects models for predicting aquatic conditions. Lastly, methods for incorporating cumulative effects models within a scenario analysis framework for guiding management and regulatory decisions (e.g., permitting and mitigation) within actively developing watersheds are discussed and demonstrated for 2 sub-watersheds within the mountaintop mining region of central Appalachia. The watershed assessment and management approach provided herein enables resource managers to facilitate economic and development activity while protecting aquatic resources and producing opportunity for net ecological benefits through targeted remediation.

There is a critical need for tools and methodologies capable of managing aquatic systems in the face of uncertain future conditions. We provide methods for conducting a targeted watershed assessment that enables resource managers to produce landscape-based cumulative effects models for use within a scenario analysis management framework.

Bir Kantitatif Senaryo Analizi Çerçevesinde Planlama Havza

There is a critical need for tools and methodologies capable of managing aquatic systems within heavily impacted watersheds. Current efforts often fall ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The purpose of this manuscript is to provide detail on how to rapidly sample soil, rhizosphere, and endosphere of replicated field trials and analyze changes that may occur in the microbial communities due to sample type, treatment, and plant genotype. The experiment used to demonstrate these methods consists of replicated field plots containing two, pure, warm-season grasses (Panicum virgatum and Andropogon gerardii) and a low-diversity grass mixture (A. gerardii, Sorghastrum nutans, and Bouteloua curtipendula). Briefly, plants are excavated, a variety of roots are cut and placed in phosphate buffer, and then shaken to collect the rhizosphere. Roots are brought to the laboratory on ice and surface sterilized with bleach and ethanol (EtOH). The rhizosphere is filtered and concentrated by centrifugation. Excavated soil from around the root ball is placed into plastic bags and brought to the lab where a small amount of soil is taken for DNA extractions. DNA is extracted from roots, soil, and rhizosphere and then amplified with primers for the V4 region of the 16S rRNA gene. Amplicons are sequenced, then analyzed with open access bioinformatics tools. These methods allow researchers to test how the microbial community diversity and composition varies due to sample type, treatment, and plant genotype. Using these methods along with statistical models, the representative results demonstrate there are significant differences in microbial communities of roots, rhizosphere, and soil. Methods presented here provide a complete set of steps for how to collect field samples, isolate, extract, quantify, amplify, and sequence DNA, and analyze microbial community diversity and composition in replicated field trials.

Excavation of plant roots from the field as well as processing of samples into endosphere, rhizosphere, and soil are described in detail, including DNA extraction and data analysis methods. This paper is designed to enable other laboratories to use these techniques for the study of soil, endosphere, and rhizosphere microbiomes.

Yalıtım ve mikrobiyal topluluklarda toprak, rizosferde ve kökleri çok yıllık çim deneylerde Analizi

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Assessing the Particulate Matter Removal Abilities of Tree Leaves

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on collecting various sized particulate matter (PM) retained on leaf surfaces. We further characterized the retention efficiency of leaves to various sized PM, which will help to assess the abilities of urban trees to remove PM from ambient air quantitatively. 
Taking three broadleaf tree species (Ginkgo biloba, Sophora japonica, and Salix babylonica) and two needleleaf tree species (Pinus tabuliformis and Sabina chinensis) as the research objects, leaf samples were collected 4 days (short PM retention period) and 14 days (long PM retention period) after the latest rainfall. PM retained on the leaf surfaces was collected by means of WC, BC, and UC in sequence. Then, retention efficiencies of leaves (AEleaf) to three types of the various sized PM, including easily removable PM (ERP), difficult-to-remove PM (DRP), and totally removable PM (TRP), were calculated. Only around 23%-45% of the total PM retained on leaves could be cleaned off and collected by WC. When the leaves were cleaned through WC+BC, the underestimation of the PM retention capacity of different tree species was in the range of 29%-46% for various sized PM. Almost all PM retained on leaves could be removed if UC was supplemented to WC+BC. 
In conclusion, if the UC was complemented after the conventional cleaning methods, more PM on leaf surfaces could be eluted and collected. The procedure developed in this study can be used for assessing the PM removal abilities of different tree species.

The ultrasonic cleaning method was applied to elute the particulate matter (PM) retained on leaf surfaces after PM was eluted by the conventional cleaning methods (water cleaning only or water cleaning plus brush cleaning). The methodology can help to improve the estimation accuracy for PM retention capacity of leaves.

Ağaç partiküler madde kaldırma yeteneklerini değerlendirmek bırakır

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on ...

Characterizing Microbiome Dynamics &#8211; Flow Cytometry Based Workflows from Pure Cultures to Natural Communities

The investigation of pure cultures and monitoring of microbial community dynamics is vital to understand and control natural ecosystems and technical applications driven by microorganisms. Next generation sequencing methods are widely utilized to resolve microbiomes, but they are generally resource and time intensive and deliver mostly qualitative information. Flow cytometric microbiome analysis does not suffer from those disadvantages and can provide relative subcommunity abundances and absolute cell numbers at-line. Although it does not deliver direct phylogenetic information, it can enhance the analysis depth and resolution of sequencing approaches. In sharp contrast to medical applications in both research and routine settings, flow cytometry is still not widely used for microbiome analysis. Missing information on sample preparation and data analysis pipelines may create an entry barrier for the researchers facing microbiome analysis challenges that would often be textbook flow cytometry applications. Here, we present three comprehensive workflows for pure cultures, complex communities in clear medium and complex communities in challenging matrices, respectively. We describe individual sampling and fixation procedures and optimized staining protocols for the respective sample sets. We elaborate the cytometric analysis with a complex research centered and an application focused bench top device, describe the cell sorting procedure and suggest data analysis packages. We furthermore propose important experimental controls and apply the presented workflows to the respective sample sets.

Characterizing Microbiome Dynamics &amp;#8211; Flow Cytometry Based Workflows from Pure Cultures to Natural Communities

Flow cytometric analysis has proven valuable for investigating pure cultures and monitoring microbial community dynamics. We present three comprehensive workflows, from sampling to data analysis, for pure cultures and complex communities in clear medium as well as in challenging matrices, respectively.

Karakteristik Microbiome Dynamics-akış sitometresi doğal topluluklar için iş akışları saf kültürler dayalı

The investigation of pure cultures and monitoring of microbial community dynamics is vital to understand and control natural ecosystems and technical ...

Automated 3D Optical Coherence Tomography to Elucidate Biofilm Morphogenesis Over Large Spatial Scales

Biofilms are a most successful microbial lifestyle and prevail in a multitude of environmental and engineered settings. Understanding biofilm morphogenesis, that is the structural diversification of biofilms during community assembly, represents a remarkable challenge across spatial and temporal scales. Here, we present an automated biofilm imaging system based on optical coherence tomography (OCT). OCT is an emerging imaging technique in biofilm research. However, the amount of data that currently can be acquired and processed hampers the statistical inference of large scale patterns in biofilm morphology. The automated OCT imaging system allows covering large spatial and extended temporal scales of biofilm growth. It combines a commercially available OCT system with a robotic positioning platform and a suite of software solutions to control the positioning of the OCT scanning probe, as well as the acquisition and processing of 3D biofilm imaging datasets. This setup allows the in situ and non-invasive automated&#160;monitoring of biofilm development and may be further developed to couple OCT imaging with macrophotography and microsensor profiling.

Microbial biofilms form complex architectures at interphases and develop into highly scale-dependent spatial patterns. Here, we introduce an experimental system (hard- and software) for the automated acquisition of 3D optical coherence tomography (OCT) datasets. This toolset allows the non-invasive and multi-scale characterization of biofilm morphogenesis in space and time.

Büyük Uzamsal Ölçekler Üzerinde Biyofilm Morfogenezini Açıklamak için Otomatik 3D Optik Koherens Tomografisi

Biofilms are a most successful microbial lifestyle and prevail in a multitude of environmental and engineered settings. Understanding biofilm ...

Using Caenorhabditis elegans for Studying Trans- and Multi-Generational Effects of Toxicants

Information about toxicities of chemicals are essential in their application and waste management. For chemicals at low concentrations, the long-term effects are very important in judging their consequences in the environment and on human health. In demonstrating long-term influences, effects of chemicals over generations in recent studies provide new insight. Here, we describe protocols for studying effects of chemicals over multiple generations using free-living nematode Caenorhabditis elegans. Two aspects are presented: (1) trans-generational (TG) and (2) multi-generational effect studies, the latter of which is separated to multi-generational exposure (MGE) and multi-generational residual (MGR) effect studies. The TG effect study is robust with a simple purpose to determine whether chemical exposure to parents can result in any residual consequences on offspring. After the effects are measured on parents, sodium hypochlorite solutions are used to kill the parents and keep the offspring so as to facilitate effect measurement on the offspring. The TG effect study is used to determine whether the offspring are affected when their parent is exposed to the pollutants. The MGE and MGR effect study is systematical used to determine whether continuous generational exposure can result in adaptive responses in offspring over generations. Careful pick-up and transfer are used to distinguish generations to facilitate effect measurement on each generation. We also combined protocols to measure locomotion behavior, reproduction, lifespan, biochemical and gene expression changes. Some example experiments are also presented to illustrate the trans- and multi-generational effect studies.

Using Caenorhabditis elegans for Studying Trans- and Multi-Generational Effects of Toxicants

Trans- and multi-generational effects of persistent chemicals are essential in judging their long-term consequences in the environment and on the human health. We provide novel detailed methods for studying trans- and multi-generational effects using free-living nematode Caenorhabditis elegans.

Toxicants Trans ve çok jenerasyonel etkileri okumak için Caenorhabditis elegans kullanma

Information about toxicities of chemicals are essential in their application and waste management. For chemicals at low concentrations, the long-term ...