Biz bize bu çalışma için onun kırmızı yonca parsellerden örnekleri kullanmak için izin için, merhum Dr Norm Taylor, Bölümü Bitki ve Kentucky Üniversitesi Toprak Bilimi teşekkür ederim. Bu proje Tarım Amerika Birleşik Devletleri Bakanlığı tarafından finanse edildi.

1.. Bitki Özü hazırlanması <ol><li> Pratense cv fenolik bileşiklerin çıkarılması için Kağan ve Flythe 10 Bkz. Kenland. </li><li> Diğer bitkilerde diğer bileşikler ayıklamak için, (pek tarif edilir) bitki veya metaboliti özel ekstraksiyon yöntemleri için fitokimyasal analizi literatürü kontrol veya geniş birçok bileşikleri izole böyle Khurram ve ark. 7,8 olanlar gibi protokoller için bakmak kutuplulukların aralığı. </li></ol> 2. İnce tabaka levhası hazırlanması <ol><li> Uzak gelişim bölgesinden adsorbe kirletici maddelerin hareket ettirmek amacıyla, bir veya daha fazla polar nötr çözücü maddeler içinde geliştirerek temiz TLC plakaları. <ol><li> Bir duman başlığı içinde, yeterli temizlik çözücü hazırlanması (etil asetat-metanol 2:1, örneğin 15-100 ml, v / v) TLC gelişmekte olan odasının alt, hem de bir TLC levhasının alt kenarı grubu kapsayacak odasının içine. </li><li> Ticari ürünler kullanınlikle mevcut cam TLC veya folyo kaplı Pyrex kaplardan ya da konserve kavanozu (kapaklı mevcut farklı boyutlarda,) odaları gelişmekte. </li><li> Alüminyum-ya da mevcut gelişmekte odasını uygun, çeşitli boyutlarda (20 cm x 20 cm ve daha küçük) gelip plastik destekli (esnek) silika jel plakaları kesmek için makas kullanın. (Dikkat:. Silis solunması halinde bir davlumbaz çalışın akciğer hasarına neden ve silis üzerine deri yağlarını önlemek için eldiven ile TLC plakaları işleyebilir.) </li><li> Odası duvarlarına yaslanmış üstleri ile, bölmenin içine plakaları yerleştirin. Plakalar birbirine temas etmemelidir. Bölmesi kapağı ve çözücü kılcal eylem tarafından plakasını yukarı hareket edelim. </li><li> Solvent levhaların üst ulaştığı zaman, odasından plakaları kaldırmak ve çözücü buharlaştırıldı kadar çeker ocak içinde bir ayakta durma konumunda düzenlemek. </li><li> Kirlilikler görünür altında sarı bir bant bakarak TLC plakasının üstüne yakın göç olmadığını görmek için kontrol edinışık, veya ultraviyole altında floresan bant (UV) ışık (Şekil 2B &quot;kirlilik ön&quot; veya IF bakınız). Levhanın çoğunluğu yine sarımsı bir renk varsa, temizleme işlemini tekrarlayın. </li><li> Odasından TLC plakaları ayrılmasından sonra, çözücü atın. Bakiye solvent Protokolü 2 odacığı kullanılarak önce tamamen buharlaşmasına izin verin. </li><li> Bir 20 cm x 20 cm plaka, ve x 10 cm plakalar 7 cm boyunca 5 dakika boyunca silis 16 üzerinde bileşiklerin göç etkileyebilir kalan nemi çıkarmak için 100 ° C&#39;de bir kurutma fırınında dik destek plakaları (10-15 min .) </li><li> 100 ° C kurutma fırını kullanılabilir durumda değilse, daha düşük sıcaklıklarda (60 ° C &#39;de, yani 40 dakika) daha uzun bir süre için bir ısı plakalar. </li><li> Plakalar kuruduktan sonra, yüklemeden önce çevre sıcaklığına soğumaya bırakın. </li></ol></li></ol> 3. Özü Ayrılık için Chambers geliştirilmesi hazırlanması <ol&gt; <li> Biraz kamara yükseklikten aşağıda filtre bir parça kağıt, ve genişliği yaklaşık yarım kamara çevresini kesmek için makas kullanın. Bu kağıt, böylece ayırımlar 1 çoğaltılabilmesini iyileştirilmesi, bölme duvar solvent ve solvent buharları ile odasını doyurmak çizmek için bir fitil gibi davranır. </li><li> Bir duman başlığı içinde, çözücü (bu çalışma için etil asetat-metanol 04:01, v / v) karışımı. Odacık içine dökün ve çözücü karışımı kapsamaktadır. Tüm fitil çözücü ile ıslak kadar odasına tabak koymak, oda doygunluk belirten bekleyin. </li></ol> 4. TLC Plakaların yükleme ve Geliştirme <ol><li> Hafifçe kalemle kökeni işaretleyin. TLC plakası emen yumuşak ve kolay zarar ise, kenarlarda işaretleri yapmak. Bileşikler plakaları TLC haznesine eklenir gelişmekte çözücünün yüzeyi üzerinde olmalıdır. </li><li> Yerine bulanık bir konsantre çözelti olması için yeterli organik çözücü (bu durumda, metanol) içerisinde özü çözülürsüspansiyon. </li><li> Plakanın yüzüne bir 1 cm sınır bırakarak bir mikrolitre şırınga ya da kılcal mikropipetler ile dar şeritler halinde yük numuneleri ve standartları,. Bantları (davlumbaz plaka havalandırarak ya da yükleme olur) kurumasını bekleyin. </li><li> Örnek daha büyük bir konsantrasyon kurutuldu, bantlar yeniden yükleme örnekleri bir plaka, &quot;overspot&quot; ile ilgili gerekli ise. </li><li> Forseps ya da maşa ile, doymuş TLC odasının içine plaka (lar) ayarlayın. Bu nedenle bileşiğin göç yolunu değiştiren, temas noktalarında plakalara solvent sağlayabilir, çünkü levhalar fitil temas etmemelidir. Bölmesi kapağı ve plakalar geliştirmeye izin. </li></ol> 5. Biyolojik deney için Plakaların hazırlanması <ol><li> Çözücü, ön plakasının üstüne ulaşmadan TLC tankı plakasını (ler) çıkarın ve bir kalem ile çözücü ön yüksekliğini işaretleyiniz. Davlumbaz plaka kurumasını bekleyin. <ol><li> Ge olan aynı TLC odası, herhangi bir geri kalan TLC plakaları geliştirilmesitutulması halinde bir gün boyunca Ekseriyetle kullanılabilir kapatıldı. Odacık içinde çözücünün miktarı azalır, özellikle eğer TLC bölmesi için çözücü karışımı versiyonu. </li></ol></li><li> Plakalar kuru sonra, görünür veya UV ışık altında bantları görselleştirmek, ve bir kalem ile bantları tasvir. Lamba 254 nm (kısa dalga UV) ve 365 nm (uzun dalga UV) hem de eden bileşikleri tespit edebilir, özellikle de bir taşınabilir bir UV lambası ile bir görüntüleme odası, uygundur. Not: Bu noktada, ya da bir sonraki aşamada sonra, plakalar folyo ile kaplanmış, plastik sargı sarılmış olabilir ve -20 ° C&#39;de saklanır Maksimum saklama süresi bileşik istikrar bağlıdır. Silika nötr değildir, çünkü bazı bileşikler TLC plakası üzerinde süre düşebilir. </li><li> Plakaları fotoğraf veya çizin. <ol><li> Havai UV ve / veya görünür ışıkları ile donatılmış bir varsa bir jel biyomikroskop sistemi kullanın. </li><li> Hiçbir ticari biyomikroskop sistemi varsa, bir kutu içinde fotoğraf plakaları wi, karanlık bir kağıt veya bezle kaplıBir tripod üzerinde kamera seti ve taşınabilir UV ışığı inci 17 durmak bir halka kenetlenir. Hiçbir floresan göstergesi var tabak fotoğrafı çekerken, bant görünümünü 17 iyileştirmek için kamera lensi üzerinde bir mavi ışık filtresi kullanın. </li></ol></li><li> , Bantlar karakterize yardımcı bileşiği ve solvent ön tarafından seyahat mesafe ölçme ve ikinci (Şekil 2A) ile önceki bölünerek tutma faktörü (Rf) değerlerini hesaplamak için. </li></ol> 6. Bakteri kültürü ve Deneyi <ol><li> Hazırlayın ve anaerobik koşullarda ortamı aşılamak. Bu durumda kullanılan kültür James B. Russell, Cornell University, Ithaca, NY kültür koleksiyonundan elde edildi Clostridium sticklandii soyu SR oldu. <ol><li> Flythe ve Kagan 13 ve HAB medya açıklaması için malzeme listesine bakınız. </li></ol></li><li> Üslü veya sabit faza kültür büyütün. Steril anaerobik techniqu kullanınes anaerobik mikroorganizmalar ile çalışırken. </li><li> En az 60 ° C&#39;ye düşmüştür agar (a / h% 0.75) sıcaklığından sonra erimiş agar içine (% 1 v / v) kültürü inoküle İyice karıştırın ve hemen dökmek için (HAB medya için% 95 CO 2 -5% H 2 atmosfer) bir anaerobik odasına getirmek. </li><li> 15 mm x 100 mm plastik Petri kapları içine dökün ve katılaşmaya izin. </li><li> Makas ile, ilgi konusu grup (lar) ihtiva eden bölgeye TLC plaka kesti. Bantları TLC plakası üzerinde orijinal yönü izlemek için plaka desteğinde bantları işaretleme, agar plakaları üzerine yüz aşağı yatıyordu. Bir kontrol olarak agar plaka üzerine kullanılmayan bir TLC şeridi yatıyordu. </li><li> Agar, aşağı tarafı ağar, anaerobik odasındaki (24 saat, 39 ° C) inkübe. </li></ol> 7. Biyoanaliz Agar Plakaların Görselleştirme <ol><li> Anaerobik odası içinde iken forseps ile, agar levhalarından bantları çıkarın. </li><li> % 1 ekleme (w / v) tesu içinde hazırlanabilir trazolium kırmızı, agar plakalarının yüzeyleri üzerine damla damla eklenir. Kontrol plakası, anaerobik bölmeden çıkarmadan önce, tam olarak kırmızı olana kadar renk en az 20 dakika boyunca geliştirmek ya da izin verir. Anaerobik bakteri hemen havasız odadan çıkarıldıktan sonra canlılığı kaybetmeye başlar, ancak renk fazla 24 saat boyunca stabildir. </li><li> Görünür ışık altında fotoğraf. </li></ol>

<ol>
	<li>Stahl, E., Ashworth, M. R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Thin-layer chromatography. , (1969).</li><li>Marston, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thin-layer+chromatography+with+biological+detection+in+phytochemistry.">Thin-layer chromatography with biological detection in phytochemistry.</a> J. Chromatogr. A. 1218 (19), 2676-2683 .</li><li>Homans, A. L., Fuchs, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+bioautography+on+thin-layer+chromatograms+as+a+method+for+detecting+fungitoxic+substances.">Direct bioautography on thin-layer chromatograms as a method for detecting fungitoxic substances.</a> J. Chromatogr. 51, 327-329 .</li><li>Lund, B. M., Lyon, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+inhibitors+of+Erwinia+carotovora+and+E.+herbicola+on+thin-layer+chromatograms.">Detection of inhibitors of Erwinia carotovora and E. herbicola on thin-layer chromatograms.</a> J. Chromatogr. 110, 193-196 (1975).</li><li>Betina, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioautography+in+paper+and+thin-layer+chromatography+and+its+scope+in+the+antibiotic+field.">Bioautography in paper and thin-layer chromatography and its scope in the antibiotic field.</a> J. Chromatogr. A. 78, 41-51 (1973).</li><li>Weltzien, H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ein+biologischer+Test+f&#252;r+fungizide+Substanzen+auf+dem+Papierchromatogramm.">Ein biologischer Test f&#252;r fungizide Substanzen auf dem Papierchromatogramm.</a> Naturwissenschaften. 45, 288-289 (1958).</li><li>Khurram, M., Khan, A. M., Hameed, A., Abbas, N., Quayum, A., Inayat, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibacterial+activities+of+Dodonaea+viscosa+using+contact+bioautography+technique.">Antibacterial activities of Dodonaea viscosa using contact bioautography technique.</a> Molecules. 14 (3), 1332-1341 (2009).</li><li>Khurram, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+anticandidal+potential+of+Quercus+baloot+Griff.+using+contact+bioautography+technique.">Evaluation of anticandidal potential of Quercus baloot Griff. using contact bioautography technique.</a> Afr. J. Pharm. Pharmacol. 5 (12), 1538-1542 (2012).</li><li>Robinson, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Organic Constituents of Higher Plants. , (1963).</li><li>Kagan, I. A., Flythe, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Factors+affecting+the+separation+and+bioactivity+of+red+clover+(Trifolium+pratense)+extracts+assayed+against+Clostridium+sticklandii,+a+ruminal+hyper+ammonia-producing+bacterium.">Factors affecting the separation and bioactivity of red clover (Trifolium pratense) extracts assayed against Clostridium sticklandii, a ruminal hyper ammonia-producing bacterium.</a> Nat. Prod. Commun. 7 (12), 1605-1608 (2012).</li><li>Mattila, P., Kumpulainen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+free+and+total+phenolic+acids+in+plant-derived+foods+by+HPLC+with+diode-array+detection.">Determination of free and total phenolic acids in plant-derived foods by HPLC with diode-array detection.</a> J. Agric. Food Chem. 50 (13), 3660-3667 (2002).</li><li>Hamburger, M. O., Cordell, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+direct+bioautographic+TLC+assay+for+compounds+possessing+antibacterial+activity.">A direct bioautographic TLC assay for compounds possessing antibacterial activity.</a> J. Nat. Prod. 50 (1), 19-22 (1987).</li><li>Flythe, M., Kagan, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+effect+of+red+clover+(Trifolium+pratense)+phenolic+extract+on+the+ruminal+hyper+ammonia-producing+bacterium,+Clostridium+sticklandii.">Antimicrobial effect of red clover (Trifolium pratense) phenolic extract on the ruminal hyper ammonia-producing bacterium, Clostridium sticklandii.</a> Curr. Microbiol. 61, 125-131 .</li><li>Rahalison, L., Hamburger, M., Hostettmann, K., Monod, M., Frenk, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bioautographic+agar+overlay+method+for+the+detection+of+antifungal+compounds+from+higher+plants.">A bioautographic agar overlay method for the detection of antifungal compounds from higher plants.</a> Phytochem. Anal. 2 (5), 199-203 (1991).</li><li>Chomnawang, M. T., Trinapakul, C., Gritsanapan, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+antigonococcal+activity+of+Coscinium+fenestratum+stem+extract.">In vitro antigonococcal activity of Coscinium fenestratum stem extract.</a> J. Ethnopharmacol. 122, 445-449 (2009).</li><li>Stahl, E., Kaldewey, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spurenanalyse+physiologisch+aktiver,+einfacher+Indolderivate.">Spurenanalyse physiologisch aktiver, einfacher Indolderivate.</a> Hoppe-Seyler&#8217;s Z. Physiol. Chem. 323, 182-191 .</li><li>Kagan, I. A., Hammerschmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+ecotype+variability+in+camalexin+production+and+reaction+to+infection+by+Alternaria+brassicicola.">Arabidopsis ecotype variability in camalexin production and reaction to infection by Alternaria brassicicola.</a> J. Chem. Ecol. 28 (11), 2121-2140 (2002).</li><li>Kline, R. M., Golab, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+technique+in+developing+thin-layer+bioautographs.">A simple technique in developing thin-layer bioautographs.</a> J. Chromatogr. 18, 409-411 (1965).</li><li>Wedge, D. E., Nagle, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+2D-TLC+bioautography+method+for+the+discovery+of+novel+antifungal+agents+to+control+plant+pathogens.">A new 2D-TLC bioautography method for the discovery of novel antifungal agents to control plant pathogens.</a> J. Nat. Prod. 63 (8), 1050-1054 (2000).</li><li>Beck, A. B., Knox, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+acylated+isoflavone+glycosides+from+subterranean+clover+and+red+clover.">The acylated isoflavone glycosides from subterranean clover and red clover.</a> Aust. J. Chem. 24 (7), 1509-1518 (1971).</li><li>Kahn, R. A., Bak, S., Svendsen, I., Halkier, B. A., M&#248;ller, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+reconstitution+of+cytochrome+P450ox+and+in+vitro+reconstitution+of+the+entire+biosynthetic+pathway+of+the+cyanogenic+glucoside+dhurrin+from+sorghum.">Isolation and reconstitution of cytochrome P450ox and in vitro reconstitution of the entire biosynthetic pathway of the cyanogenic glucoside dhurrin from sorghum.</a> Plant Physiol. 115 (4), (1997).</li><li>Peterson, C. A., Edgington, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+estimation+of+the+fungicide+benomyl+using+a+bioautograph+technique.">Quantitative estimation of the fungicide benomyl using a bioautograph technique.</a> J. Agr. Food Chem. 17 (4), 898-899 (1969).</li></ol>

Makalede ticari isimleri veya ticari ürünlerinin anılmasının özel bilgi sağlama amacıyla sadece ve USDA tarafından tavsiye veya onaylandığı anlamına gelmez. Yazarlar herhangi bir mali çıkarı beyan.

Bu protokol bileşikler alt-grup halinde bir özü ayrılması ve kontakt bioautography ile bu alt kümeleri test etmek için basit bir yöntem tarif etmektedir. Yöntem, belsoğukluğu neden olan bakteriler için inhibitör bitki metabolitleri için ekrana Chomnawang ve ark. 15 tarafından kullanılan birine oldukça benzer. Antimikrobiyal bitkisel bileşikler için ekrana kullanılan bioautography tipi testi mikroorganizma, laboratuar kurulumu ve biyodeney gerçekleştiren kişi (ler) tercihlerine ...

Bitkilerde antimikrobiyal bileşikler için tahlil, bir bitki ekstraktı bileşenlerinin ayrılması ve bu bileşenlerin, bir test mikroorganizmanın maruz bırakılması, ve mikroorganizmaların büyüme bileşiklerin herhangi biri ile inhibe olup olmadığının belirlenmesini gerektirir. Birçok bileşik düzlemsel bir yüzeye ayrılabilir, çünkü kağıt veya ince tabakalı kromatografi (PC veya TLC) ile Separations uygundur. Ayırma bazı bileşikler, adsorban (PC durumunda selüloz, ve TLC durumunda adsorbanların çeşitli) sıkıca bağlanması ve diğerlerine 1 daha az geçirme ile, polarite dayanmaktadır. Şekil 1, göreli pozisyonlarının bir örnek teşkil silis TLC plakası üzerinde ayrılmasından sonra, polar ve polar olmayan fenolik bileşikler. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1.jpg" /> Şekil 1. Bir silika ince tabakalı kromatografi (TLC) üzerinde plaka ayrıldıktan sonra farklı polariteye sahip bileşiklerin dağılımı gösteren bir diyagramdır. Kırmızı yonca (Trifolium pratense L.) fenolik bileşikler, bir örnek olarak kullanılmaktadır. Örneğin clovamide gibi Polar bileşikler, silika gibi bir polar adsorban için güçlü bir afiniteye sahip ve kökeni (OR) yakın devam ederken böyle bir çözücü önünde yakınındaki üç izoflavon (SF), bölme daha kolay çözücü içine daha az polar bileşikler, (su, asitler, bazlar ya da içerdiği sürece, silika daha az polar olan) ve daha uzak plaka yukarı göç ederler. Bir TLC plakası üzerinde bir ekstresinin ayrılmasından sonra, deney mikroorganizmalar bu nedenle bir özü 2&#39;nin aktif bileşenlerinin tanımlanmasını hız, plaka üzerinde tüm bileşiklere maruz kalabilir. , Bir mantar ya da bakteri kültürü kromatogramında maruz kalırsa, mikrobiyal büyüme büyüme inhibitörü olan alanlarda dışında her yerde ortaya çıkary bileşikler yer alır. Engel bölgeleri daha sonra mantar 3 uygulanmış olması halinde miselial büyüme ve büyüme içermeyen alanlar arasındaki kontrast gözlemleyerek ya da canlı hücreler 4 azaltılabilir ya da hidrolize edilmiş renk değiştiren bileşiklerle püskürtme ile görselleştirilebilir. Antimikrobiyal tahliller için kağıt veya ince tabakalı kromatogramların kullanımı ilk antibiyotik 5 ve mantar öldürücüler 3,6 uygulandı, ancak, bitki ekstreleri, sık sık bioautography olarak adlandırılan bu yöntemle antimikrobiyal bileşikler için taranmaktadır. Bu buluşta tarif edilen protokoller, ince tabakalı kromatogramların bioautography için de geçerlidir. Nispeten hızlıdır ve farklı adsorban (örneğin, silika, nişasta, alümina), hem de iyi bir çözünürlük ve hassasiyeti 1 sağlanması gerçekleştirilebilir, çünkü TLC yaygın olarak kullanılmaktadır. Bitki özleri birçok yönden TLC için hazırlanabilir. Yaygın yöntemler ALC açılan bitki materyali içerirörneğin muhtemelen bir asit veya baz 9 eklenmesiyle% 80 etanol 7,8 yanı ohol-su karışımları. Bir minimal hacimde TLC plakalarına tatbik edilebilir, böylece bir miktar su içerir ve muhtemelen, asidik veya bazik olan bu gibi çözgenler içinde, bir ekstre edilmesinden sonra, ekstreler konsantre edilmelidir. Alkol-su özleri konsantrasyonu, su ile karışmayan bir organik çözücü 8 ile ya da etil asetat-etil eter (1:1, v / v) 10,11 gibi çözücülerin bir karışımı ile bölünmesi ile elde edilebilir. Farklı bitki metabolitleri, kutupları bağlı olarak, farklı bir organik çözücü içine ekstre edilmektedir. Bu bitki, organik asitler ya da bazlar, bu aşamada, organik çözücüler ile ekstre emin olmak için, bir alkol-su ekstrenin pH yükseltilmiş veya daha sonra da nondissociated formları haline ayrışmış analitlerin dönüştürmek için bir suda çözünür bir asit veya baz ile düşürülebilir nötr organik çözücü 9 çözünür. Organik faz daha sonra e olabilir,indirgenmiş basınç altında ya da azot altında vaporated ve TLC için istenen hacme ayarlanabilir. Ekstrenin pH nötr solventler, küçük bir nihai hacme, önceki ayırma TLC plakası üzerinde ekstraktın buharlaştırılması içine analitlerin bölünmesi nedeniyle biyolojik tayin mikroorganizmalar için öldürücü olması pek mümkün değildir. Mantar ve bakteri her ikisi de 2, bitki ekstrelerinin bioautography test mikroorganizmalar gibi kullanılır. Bir besleyici çözelti içinde plakalar üzerine püskürtülür ve birkaç gün 3 boyunca nemli bir ortamda inkübe bu tür Cladosporium cucumerinum gibi bazı mantarlar, sporları, (ayrı önleyici bileşikler ile alanlardan) TLC plakalar üzerinde filizlenmesi. C. karanlık miselyum noninhibitory bölgeler üzerinde cucumerinum misel büyüme serbest bölgelere keskin bir kontrast sağlar. Bakteriler ile aynı şekilde 4,12 ince tabakalı kromatografi (TLC) plakaları uygulanmış olsa da, bakteriler, TLC üzerinde dökülüragar plaka yüzeyleri 13,14 bindirmeleri. Örneğin Candida albicans gibi maya, hem de 14 agar kaplamalar olarak uygulanabilir. Seçenek olarak ise, TLC levhaları, bakteri ya da maya 8 10,15, kontak bioautography 2 olarak bilinen bir yöntem ile aşılanmış agar üzerine yüzü aşağı yerleştirilebilir. Bu, kırmızı yonca (Trifolium pratense ev. Kenland) için antimikrobiyal fenolik bileşiklerin taranması için temas bioautography için bir yöntem tarif eder. Test mikroorganizma Clostridium sticklandii, bir rumen hiper amonyak üreten bakteri (HAB) ve anaerob zorunlu olduğunu. Kullanılan ayırma ekstrenin tüm bileşenlerini gidermek de, böylece olası antimikrobiyal bileşiklerin havuz daralma, antimikrobiyal aktivite bölgelerin belirlenmesini kolaylaştırır. Protokol TLC 1 için standart yöntemler kullanmaktadır. Bu protokol, aynı zamanda kültür obli için gerekli olan bazı teknikler açıklanmaktadırBöyle bir tahlil için kapı anaeroblar canlı hücreler 2,4 lekeleyen bir tetrazolyum tuzu ile temas bioautography 15 ve bir görselleştirme yöntemi, bir kullanım.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="739">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Silica F254 TLC plates, aluminum-backed, 0.2 mm thickness, 20 &#215; 20 cm</td>
			<td>EMD Chemicals&#160;</td>
			<td>5554/7</td>
			<td>These plates are coated with silica that contains an indicator fluorescing at 254 nm.&#160; Compounds absorbing at that wavelength appear dark on a fluorescent green background.&#160; Alternative sources include Analtech, Selecto Scientific, Fluka.&#160; Adsorbents other than silica may be needed.&#160; Plastic-backed plates may be suitable, depending on the solvents to be used.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp, heavy-duty scissors&#160;</td>
			<td>any sewing supply company</td>
			<td>similar to Fiskars&#160; 175800-1002</td>
			<td>For cutting TLC plates.&#160; A paper cutter with a sharp blade can be used as well.&#160; Do not inhale silica dust.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Drying oven at 100 &#176;C (mechanical convection)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>PR305225M</td>
			<td>Quincy Lab, Inc, Chicago, IL (www.quincylab.com); Cascade Technical Sciences, Hillsboro, OR (www.cascadetek.com)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TLC chamber</td>
			<td>Kimble Chase&#160;</td>
			<td>416180-0000</td>
			<td>Alternative sources:&#160; Aldrich. Pyrex beakers or preserving jars can be used for small plates (i.e. 5 &#215; 10 cm).&#160; Cover with aluminum foil (jar lids may contain material extractable by solvent vapors).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50-&#181;L syringe with flat needle tip</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>80965</td>
			<td>For loading amounts of standard or sample exceeding 5-10 &#181;L.&#160; Alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>micropipets</td>
			<td>Drummond</td>
			<td>2-000-001</td>
			<td>For loading small amounts of standards or samples.&#160; Alternative sources:&#160; VWR.&#160; Also, Pasteur pipets can be stretched to a thinner diameter with a butane torch.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter paper (#1 grade)</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>1001 917</td>
			<td>Serves as a chamber wick.&#160; Other grades of filter paper are OK.&#160; This size can be trimmed for the chambers holding 20 &#215; 20 cm plates.&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beaker tongs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-186</td>
			<td>For putting plates in and out of a large TLC chamber.&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flat-edge forceps&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-275</td>
			<td>For putting plates in and out of a small chamber.&#160;&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Small portable UV lamp with 4-Watt or 6-Watt bulbs for short- and long-wave UV light illumination (254 and 365 nm, respectively)</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>95-0271-01</td>
			<td>Alternate sources: Spectronics Corporation (www.spectroline.net)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Viewing cabinet for use with hand-held UV lamp</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>Chromato-Vue C-10E</td>
			<td>UV-active bands are more easily circled if plates can be set in here.&#160; Alternate sources: Spectronics Corporation.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photodocumentation system with overhead UV lamp and visible lamp</td>
			<td>Kodak&#160;</td>
			<td>Gel Logic 200</td>
			<td>&#160;Alternate sources: Ultraviolet Products (www.uvp.com).&#160; See protocol for homemade alternative.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anaerobic Chamber, Type A, Vinyl</td>
			<td>Coy&#160;</td>
			<td>7150000</td>
			<td>This chamber is appropriate for anaerobic bacteria, like Clostridium sticklandii, as described. &#160;However, growth conditions must be tailored to organism used in the assay.&#160; A biosafety cabinet and other precautions should be taken if pathogenic organisms are used. Alternate sources: Anaerobe Systems, BioRad, Plas Labs, others&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetrazolium red</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T8877</td>
			<td>Alternate sources: MP Biomedicals, Santa Cruz Biotechnology, Alfa Aesar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Ingredients for HAB media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxamine &#183; 2 HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9380</td>
			<td>For this and for all the other reagents in this table, alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Riboflavin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R4500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiamine HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T3902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nicotinamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N3376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium D-Pantothenate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8731</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipoic Acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T5625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>p-Aminobenzoic acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Folic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8798</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B4639</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalamine&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C3607</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxal HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5669</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;E6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;F8263</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zinc sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z0251</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manganese chloride &#183; 4 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B6768</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalt chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;C8661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copper chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>459097</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nickel chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>203866</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium molybdate &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>331058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Trypticase (Pancreatic digest of casein)</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>B11921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate monobasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sodium carbonate &#183; H2O&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>S636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>50841063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate &#183; 6 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>7791-18-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cysteine HCl</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>19464780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate dibasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P290</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP358</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

thin-layer chromatographic (tlc) separations and bioassays of plant extracts to identify antimicrobial compounds

Bitki antimikrobiyal bileşikler için ortak bir elek (örneğin, bakteri veya mantarların suyu içinde veya agar), mikroplar için zaman büyümeye izin veren mikrobiyal süspansiyonlar için kromatogramlar maruz bırakılması, kağıt ya da ince-tabaka kromatografisi (PC veya TLC) ile ayırma bitki özleri oluşmaktadır nemli bir ortam, ve mikrobik büyüme bölgeleri görselleştirme. Bioautography olarak bilinen bu tarama yönteminin, etkinliği, kromatografik ayırma kalitesi ve mikrobiyal kültür koşulları ile alınan bakım hem de bağlıdır. Bu kağıt asit fermente bakterileri amino yeni bir uygulama ile TLC ve temas bioautography için standart protokoller açıklanmaktadır. Ekstre esnek (alüminyum destekli), silika TLC plakaları üzerinde ayrılmış ve bantlar ultraviyole (UV) ışık altında görselleştirilebilir. Bölgeleri Test mikroorganizma ile aşılanmış agar üzerine kesilmiş ve yüzü aşağı inkübe edilir. İnhibitör grupları agar plaka lekeleme ile görselleştirildis ile tetrazolyum kırmızı. Yöntem, kırmızı yonca ayrılmasından (Trifolium pratense ev. Kenland) fenolik bileşikler ve Clostridium sticklandii, sığır işkembe özgüdür bir hiper amonyak üreten bir bakterinin (HAB) karşı aktivite için, bunların yapılan tarama uygulanır. TLC yöntemleri (aerobik veya anaerobik), hem de mantar bitki özleri ve diğer bakteri türleri arasında, çok çeşitli kültür koşulları için geçerlidir türün büyüme gereklerine uyacak şekilde tadil edilmiş halinde, test organizmalarının olarak kullanılabilir.

Kırmızı yonca (Trifolium pratense ev. Kenland) ekstreler fenolik bileşikleri ihtiva eden, temsili silis TLC ayrımı, Şekil 2 &#39;de gösterilmiştir. Etil asetat-heksan içinde kırmızı yonca özütünün ayrılması (9:1, v / v), 8.5 cm den fazla, beş bantları, tam olarak kökenli çözülmüş bir (Şekil 2A) ile sonuçlanmıştır. Bununla birlikte, Şekil 2B, kırmızı yonca özütü (aynı çeşidinden, ancak aynı çiftlikte ayrı bir arsa yet...

Watch this Scientific Journal Video about Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds at JoVE.com

Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Yöntem bitki özleri, ince katman kromatografisi (TLC) ile ayırma antibakteriyel metabolitlerin tespit etmek için iletişim bioautography açıklanmaktadır. Yöntem sığır işkembe için yerel aşırı amonyak üreten bakteri (HAB) inhibe kırmızı yonca fenolik bileşiklerin taranması uygulanır.

İnce tabaka kromatografi (TLC) Ayırımı ve bitki özleri Biyodenemeler Antimikrobiyal Bileşikler tanımak

A common screen for plant antimicrobial compounds consists of separating plant extracts by paper or thin-layer chromatography (PC or TLC), exposing the ...

thin-layer-chromatographic-tlc-separations-bioassays-plant-extracts

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Analytical Chemistry

Chemistry

Unit 1

Thin-layer Chromatographic (TLC) Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Principles of Chromatography

SCIENTISTS IN ACTION

67.3K Görüntüleme.  United States Department of Agriculture.  Yöntem bitki özleri, ince katman kromatografisi (TLC) ile ayırma antibakteriyel metabolitlerin tespit etmek için iletişim bioautography açıklanmaktadır. Yöntem sığır işkembe için yerel aşırı amonyak üreten bakteri (HAB) inhibe kırmızı yonca fenolik bileşiklerin taranması uygulanır. 

Video: Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Profiling the Triacylglyceride Contents in Bat Integumentary Lipids by Preparative Thin Layer Chromatography and MALDI-TOF Mass Spectrometry

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune system that is protective against pathogenic microbes. Abnormal sebum production and chemical composition are also a clinical symptom of specific skin diseases. Sebum contains a complex mixture of lipids, including triacylglycerides, which is species-specific. The broad chemical properties exhibited by diverse lipid classes hinder the specific determination of sebum composition. Analytical techniques for lipids typically require chemical derivatizations that are labor-intensive and increase sample preparation costs. This paper describes how to extract lipids from mammalian integument, separate broad lipid classes by thin-layer chromatography, and profile the triacylglyceride contents using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. This robust method enables a direct determination of the triacylglyceride profiles among species and individuals, and it can be readily applied to any taxonomic group of mammals.

Mammalian integument contains solvent-extractable lipids that can provide chemical compositions characteristic of individual species. This paper presents a routine method for separating broad lipid classes isolated from integumentary tissues using thin layer chromatography and determining the triacylglyceride profile by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.

Hazırlayıcı ince tabaka kromatografisi ve MALDI-TOF kütle spektrometresi ile Bat Örtü Lipidler triasilgliseridler İçeriği profil

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune ...

Kimya

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic isotopes are typically incorporated metabolically to improve the sensitivity and allow for sequential resonance assignment. Reductive 13C-methylation is an alternative labeling method for proteins that are not amenable to bacterial host over-expression, the most common method of isotope incorporation. Reductive 13C-methylation is a chemical reaction performed under mild conditions that modifies a protein&#39;s primary amino groups (lysine &#949;-amino groups and the N-terminal &#945;-amino group) to 13C-dimethylamino groups. The structure and function of most proteins are not altered by the modification, making it a viable alternative to metabolic labeling. Because reductive 13C-methylation adds sparse, isotopic labels, traditional methods of assigning the NMR signals are not applicable. An alternative assignment method using mass spectrometry (MS) to aid in the assignment of protein 13C-dimethylamine NMR signals has been developed. The method relies on partial and different amounts of 13C-labeling at each primary amino group. One limitation of the method arises when the protein&#39;s N-terminal residue is a lysine because the &#945;- and &#949;-dimethylamino groups of Lys1 cannot be individually measured with MS. To circumvent this limitation, two methods are described to identify the NMR resonance of the 13C-dimethylamines associated with both the N-terminal &#945;-amine and the side chain &#949;-amine. The NMR signals of the N-terminal &#945;-dimethylamine and the side chain &#949;-dimethylamine of hen egg white lysozyme, Lys1, are identified in 1H-13C heteronuclear single-quantum coherence spectra.

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Two methods for assigning the &#945;- and &#949;-dimethylamine nuclear magnetic resonance signals of a reductively 13C-methylated N-terminal lysine are described. One method utilizes the pH-induced selectivity of the reductive methylation reaction, and the other uses aminopeptidase to selectively remove the N-terminal lysine.

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic ...

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The analysis of volatile and oxidation sensitive compounds by mass spectrometry is not easily achieved, as all state-of-the-art mass spectrometric methods require at least one sample preparation step, e.g., dissolution and dilution of the analyte (electrospray ionization), co-crystallization of the analyte with a matrix compound (matrix-assisted laser desorption/ionization), or transfer of the prepared samples into the ionization source of the mass spectrometer, to be conducted under atmospheric conditions. Here, the use of a sample inlet system is described which enables the analysis of volatile metal organyls, silanes, and phosphanes using a sector field mass spectrometer equipped with an electron impact ionization source. All sample preparation steps and the sample introduction into the ion source of the mass spectrometer take place either under air-free conditions or under vacuum, enabling the analysis of compounds highly susceptible to oxidation. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes, which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique. The principle of operation is presented in this video.

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique.

Soğuk Giriş Sistemi ve Electron Impact Kütle Spektrometresi kullanarak Uçucu ve Oksidasyon Hassas Bileşiklerin Analizi

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans. De-starched wheat endosperm cell walls were isolated as an alcohol-insoluble residue (AIR)1 and sequentially extracted with water (W-sol Fr) and 1 M KOH containing 1% NaBH4 (KOH-sol Fr) as described by Ratnayake et al. (2014)2. Two different approaches (see summary in Figure 1) are adopted. In the first, intact W-sol AXs are treated with 2AB to tag the original RE backbone chain sugar residue and then treated with an endoxylanase to generate a mixture of 2AB-labelled RE and internal region reducing oligosaccharides, respectively. In a second approach, the KOH-sol Fr is hydrolyzed with endoxylanase to first generate a mixture of oligosaccharides which are subsequently labelled with 2AB. The enzymically released ((un)tagged) oligosaccharides from both W- and KOH-sol Frs are then methylated and the detailed structural analysis of both the native and methylated oligosaccharides is performed using a combination of MALDI-TOF-MS, RP-HPLC-ESI-QTOF-MS and ESI-MSn. Endoxylanase digested KOH-sol AXs are also characterized by nuclear magnetic resonance (NMR) that also provides information on the anomeric configuration. These techniques can be applied to other classes of polysaccharides using the appropriate endo-hydrolases.

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the structural characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans by tagging the RE with 2 aminobenzamide prior to enzymatic (endoxylanase) hydrolysis and then analysis of the resultant oligosaccharides using mass spectrometry (MS) and nuclear magnetic resonance (NMR).

Enzimatik, kimyasal (Metilasyon) ve Fiziksel (Kütle Spektrometre, Nükleer Manyetik Rezonans) Teknikleri Kullanarak Bitki Duvar heteroksilanlar sıralanması

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

On-line Analysis of Nitrogen Containing Compounds in Complex Hydrocarbon Matrixes

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The composition of heavy crude oils and shale oils varies substantially depending on the origin of the mixture. In particular they contain an increased amount of nitrogen containing compounds compared to the conventionally used sweet crude oils. As nitrogen compounds have an influence on the operation of thermal processes occurring in coker units and steam crackers, and as some species are considered as environmentally hazardous, a detailed analysis of the reactions involving nitrogen containing compounds under pyrolysis conditions provides valuable information. Therefore a novel method has been developed and validated with a feedstock containing a high nitrogen content, i.e., a shale oil. First, the feed was characterized offline by comprehensive two-dimensional gas chromatography (GC &#215; GC) coupled with a nitrogen chemiluminescence detector (NCD). In a second step the on-line analysis method was developed and tested on a steam cracking pilot plant by feeding pyridine dissolved in heptane. The former being a representative compound for one of the most abundant classes of compounds present in shale oil. The composition of the reactor effluent was determined via an in-house developed automated sampling system followed by immediate injection of the sample on a GC &#215; GC coupled with a time-of-flight mass spectrometer (TOF-MS), flame ionization detector (FID) and NCD. A novel method for quantitative analysis of nitrogen containing compounds using NCD and 2-chloropyridine as an internal standard has been developed and demonstrated.

A method combining comprehensive two-dimensional gas chromatography with nitrogen chemiluminescence detection has been developed and applied to on-line analysis of nitrogen containing compounds in a complex hydrocarbon matrix.

Karmaşık Hidrokarbon Matrisler içinde İçeren Bileşiklerin Azot On-line Analizi

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic acids containing three to six carbons), such as malate and citrate, are critical to the proper functioning of many biological systems, where they function in cellular respiration and can serve as indicators of cell health. In foods, organic acid content can have significant impact on taste, with increased SCCA levels resulting in a sour or &#34;acid&#34; taste. Because of this, methods for the rapid analysis of organic acid levels are of particular interest to the food and beverage industries. Unfortunately, however, most methods used for SCCA quantification are dependent on time-consuming protocols requiring the derivatization of samples with hazardous reagents, followed by costly chromatographic and/or mass spectrometric analyses. This method details an alternate method for the detection and quantification of organic acids from plant material and food samples using free zonal capillary electrophoresis (CZE), sometimes simply referred to as capillary electrophoresis (CE). CZE provides a cost-effective method for measuring SCCAs with a low limit of detection (0.005 mg/ml). This article details the extraction and quantification of SCCAs from plant samples. While the method provided focuses on measurement of SCCAs from coffee beans, the method provided can be applied to multiple plant-based food materials.

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

This article presents a method for the detection and quantification of organic acids from plant material using free zonal capillary electrophoresis. An example of the potential application of this method, determining the effects of a secondary fermentation on organic acid levels in coffee seeds, is provided.

Bitki Doku Organik Asit belirlememize Kılcal Elektroforez kullanma: Bir Test Case incelenmesi<em&gt; Coffea arabica</em&gt; Tohumlar

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

Raman and IR Spectroelectrochemical Methods as Tools to Analyze Conjugated Organic Compounds

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule on the vibrational level of energy. Raman and IR spectroelectrochemistry can be used for advanced characterization of the structural changes in the organic electroactive compounds. Here, the step-by-step analysis by means of Raman and IR spectroelectrochemistry is shown. Raman and IR spectroelectrochemical techniques provide complementary information about structural changes occurring during an electrochemical process, i.e. allows for the investigation of redox processes and their products. The examples of IR and Raman spectroelectrochemical analysis are presented, in which the products of the redox reactions, both in solution and solid state, are identified.

A protocol of step-by-step Raman and IR spectroelectrochemical analysis is presented.

Raman ve IR spektroelektrokimyasal yöntemleri araçları olarak konjuge organik bileşikler çözümlemek için

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule ...

Using Cyclic Voltammetry, UV-Vis-NIR, and EPR Spectroelectrochemistry to Analyze Organic Compounds

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance (EPR) or ultraviolet-visible and near-infrared (UV-Vis-NIR) spectroscopies, we obtain useful information such as electron affinity, ionization potential, band-gap energies, the type of charge carriers, and degradation information that can be used to synthesize stable organic electronic devices. In this study, we present electrochemical and spectroelectrochemical methods to analyze the processes occurring in active layers of an organic device as well as the generated charge carriers.

In this article, we describe electrochemical, electron paramagnetic resonance, and ultraviolet-visible and near-infrared spectroelectrochemical methods to analyze organic compounds for application in organic electronics.

Çevrimsel Voltammetry, UV-VIS-NIR ve EPR Spectroelectrochemistry organik bileşikleri analiz kullanarak

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance ...

Electrophoretic Crystallization of Ultrathin High-performance Metal-organic Framework Membranes

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports (polymer, ceramic, metal, carbon, and graphene). We developed a novel crystallization technique, which is termed the ENACT approach: the electrophoretic nuclei assembly for the crystallization of highly intergrown thin films (ENACT). This approach allows for a high density of heterogeneous nucleation of MOFs on a chosen substrate via the electrophoretic deposition (EPD) directly from the precursor sol. The growth of well-packed MOF nuclei leads to a highly intergrown polycrystalline MOF film. We show that this simple approach can be used for the synthesis of thin, intergrown zeolite imidazole framework (ZIF)-7 and ZIF-8 films. The resulting 500 nm-thick ZIF-8 membranes show a considerably high H2 permeance (8.3 x 10-6 mol m-2 s-1 Pa-1) and ideal gas selectivities (7.3 for H2/CO2, 15.5 for H2/N2, 16.2 for H2/CH4, and 2655 for H2/C3H8). An attractive performance for C3H6/C3H8 separation is also achieved (a C3H6 permeance of 9.9 x 10-8 mol m-2 s-1 Pa-1 and a C3H6/C3H8 ideal selectivity of 31.6 at 25 &#176;C). Overall, the ENACT process, owing to its simplicity, can be extended to synthesize intergrown thin films of a wide range of nanoporous crystalline materials.

A simple, reproducible, and versatile approach for the synthesis of intergrown, polycrystalline metal-organic framework membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports is presented.

Elektroforetik kristalizasyon Ultrathin yüksek performanslı Metal organik Framework membranlar

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and ...

Design, Synthesis, and Photochemical Properties of Clickable Caged Compounds

Caged compounds enable the photo-mediated manipulation of the cell physiology with high spatiotemporal resolution. However, the limited structural diversity of currently available caging groups and the difficulties in synthetic modification without sacrificing their photolysis efficiencies are obstacles to expanding the repertoire of caged compounds for live cell applications. As the chemical modification of coumarin-type photo-caging groups is a promising approach for the preparation of caged compounds with diverse physical and chemical properties, we report a method for the synthesis of clickable caged compounds that can be modified easily with various functional units via the copper(I)-catalyzed Huisgen cyclization. The modular platform molecule contains a (6-bromo-7-hydroxycoumarin-4-yl)methyl (Bhc) group as a photo-caging group, which exhibits a high photolysis efficiency compared to those of the conventional 2-nitrobenzyls. General procedures for the preparation of clickable caged compounds containing amines, alcohols, and carboxylates are presented. Additional properties such as the water solubility and cell targeting ability can be readily incorporated into clickable caged compounds. Furthermore, the physical and photochemical properties, including the photolysis quantum yield, were measured and were found to be superior to those of the corresponding Bhc caged compounds. The described protocol could therefore be considered a potential solution for the lack of structural diversity in the available caged compounds.

A protocol for the synthesis and measurement of the photochemical properties of modular caged compounds with clickable moieties is presented.