This project was partially funded by a FAST (Faculty and Student Team) Award to TPP and JMC from EURECA (Center for Enhancing Undergraduate Research Experiences and Creative Activities) at Sam Houston State University.

Bütün hayvan deneyleri, IACUC protokolleri onayı ile yürütülmüştür, 14-05-05-1018-3-01 13-04-29-1018-3-01 ve 14-04-17-1018-3-01 numaralandırıldı. 1. Hayvan Koleksiyonu, Taşıma ve Etik Bakım <ol><li> 19 L kova içine küçük bir daldırma net ve yer kullanarak saha sitesinden (http://www.sms.si.edu/irlspec/Gambusia_affinis.htm de kimlik kılavuzu) için Gambusia affinis toplayın. türler tanımlamak için görsel denetim kullanın. </li><li> gölet su ile bir kova 2 d - 1 için istirahat balık. Daha sonra, bir köpürme airstone GAZ 25 ° C&#39;de yarım havuz suyu / yarım musluk suyu ile dolu 76 veya 189 L akvaryum tankları, içine balık aktarın. minimal kendi cilt mikrobiyomları rahatsız olarak balık tutarken küçük bir dip ağı kullanın. NOT: Balık yoğunluğu 20 balık / akvaryum suyuna 38 L daha yüksek olmalıdır. Balık deneme önce en az 5 gün boyunca akvaryuma acclimated. </li><li> balık başına pul gıda 5 mg ile günlük rejim üzerinde balık yemi. Ho12 saatlik aydınlık / 12 saat karanlık çevrimi ile LD balık. </li></ol> Tüm deneyler için 2. İlk Antibiyotik Pozlama <ol><li> Aynı akvaryum her deneyden tüm balık çizim, iki ayrı gruba yerleştirmek (tedavi: maruz antibiyotik ve kontrol: maruz kalmayan) 19 L kovalarda. Önceki veriler aynı akvaryumda balık topluluk bileşiminde az değişiklik cilt microbiomes homojenize olması gösterileri topladı. 12 </li><li> Deneyler sırasında, yapay gölet 2 L su balıkları tutmak (APW 0.33 g / L CaCl2, 0.33 g / L MgSO 4, 0.19 g / L NaHCO3) kullanımdan önce otoklavlanarak sterilize edilir. </li><li> dimetil sülfoksit (DMSO) içinde 50 mg / ml ekleyerek rifampisin antibiyotik stok çözelti hazırlayın. Rifampisin balık için toksik olan bir Örnek geniş spektrumlu bir antibiyotiktir. İnsanlarda ve farelerde, bu dokularda de dağıtmaktadır. </li><li> rifampisin stoktan nihai yönetmek3 gün boyunca tedavi edilen balıklar grubu antibiyotik maruz kalma APW 2 L 25 ug / ml konsantrasyonda. 3 gün sonra, kültürlenebilir cilt bakteri sayısı önceden muamele edilmiş balık derisi benzer geri unutmayın. </li><li> Buna paralel olarak, APW arıtılmamış balık grup tutmak ve bir kontrol grubu olarak su sütununa DMSO, eşit miktarda (APW bir L başına 0.5 mL) verir. </li><li> Deneyler 2 L bir kovaya üç günlük antibiyotik maruziyetini (veya kontrol) dönemi, transfer balık sonrasında antibiyotik kendisi doğrudan etkilerinden kaçınmak amacıyla, balık fenotipleri bir antibiyotik değişmiş mikrobiyomları etkilerini ölçmek için tasarlanmıştır olarak taze APW. <ol><li> Antibiyotik balık organları tarafından kaldırılır böylece 10 saat dinlenme süresi kullanın. Baz balığı üç gün bir antibiyotik 25 ug / mL maruz kalan deneyler Bu eliminasyon süresi. pithing ardından omurilik kırpma yoluyla balık Euthanize, daha sonra bir doku değirmeni kullanarak tüm vücudu homojenize.</li><li> agar petri merkezine 0.2 um&#39;lik filtreleme sonra süspansiyonun 50 uL yerleştirerek antibiyotik varlığını belirlemek. Küçük bir fişi kaldırır ağar, içine steril 200 ul pipet, bir baş aşağı basarak bu süspansiyon için bir delik açın. </li><li> Besin agar 20 mL ölçülen hacmi ile agar kullanın ve rifampisin duyarlı bir gösterge organizmanın, Bacillus subtilis, bir pamuklu çubuk kullanarak yayılır. 25 ° CO / N inkübe bir besin agar B. subtilis edinin ve pamuklu çubuk kullanarak bir koloni elde etmek. 25 ° C&#39;de gece boyunca inkübe edildikten sonra, bir inhibisyon bölgesini gözlemlemek balık dokularında antibiyotik varlığını gösterir. </li></ol></li></ol> 3. mikrobiyomu Ekstraksiyon <ol><li> 2 ml steril PBST (137 mM Na ile dolu steril 15 ml konik tüp içine balık koyarak dış mukozal epidermis bir cilt mikrobiyomları örneği Özü10 s duraklatma artışlarla 1 dakika için 10 bir ayarda CI, 10 mM fosfat,% 0.1 Tween-20, pH 7.4) çözeltisi ve vorteksleme. tampon içinde deterjan ve tuz çözeltisi içinde bakteri eşit bir dağılım teşvik eder. Karşılaştırılabilir sonuçlar% 0.85 serum fizyolojik ile buldum ama saf su ile bakteri sayımı düşürülmüştür. </li><li> Bir kurtarma kepçeye konik tüp balık aktarın. Cilt ekstraksiyon ölümcül tipik olarak% 10 daha düşüktür. Her iki durumda da, hemen ekstraksiyonu sonucunda boru içinde bakteri süspansiyonu analiz veya gelecekteki analiz için -80 ° C&#39;de 15,000 x g&#39;de ve mağaza oda sıcaklığında bir santrifüj içinde 2 dakika dönüş bakterilerin pelet. NOT: Tüm kültür ve biyokimyasal analizler derhal vardır; DNA ya da protein izolasyonu dondurulmuş numuneler arasında olabilir. </li><li> İlk steril bir petri balık koyun, bir bağırsak mikrobiyomları örneği almak için. pithing ardından, cerrahi makas ile başının arkasında doğrudan servikal omurilik kesilmesinin balık EuthanizeVe daha sonra dışarıdan% 70 etanol mendil ile vücut sterilize. </li><li> diseksiyonu sonrası, yemek borusu sonra anüs önce keserek tüm gut kaldırın. </li><li> uzunluğunda 2 mm ve konik bir tüp içinde, iki ml PBST solüsyonu içine tüm bölümleri yer - küçük bölümler halinde 1 gut kesin. 1 dakika boyunca vorteks sonra (bağırsak bölümleri hazırlamak değil dikkat çekmek) başka bir temiz tüpe süpernatant kaldırmak. NOT: kısım ya deri örnekleri için belirtilen önceki yöntemle direkt analizler için kullanılan ya da topak haline olabilir çıkarılan bağırsak bakterileri içermektedir. </li></ol> Belirli Patojen 4. Enfeksiyon Modeli Hazırlama ve Banyo <ol><li> Edwardsiella ictaluri (E. ictaluri) nin bulaşıcı bir soy elde edilir ve -80 ° C&#39;de saklandı kültür tutun. Gerilme 93 - virüslü bir yayın balığı izole bu çalışmada kullanılan 146, Mark Lawrence, Veteriner Koleji, Mississippi State Üniversitesi&#39;nden elde edildi. </li><li> streBakteri kültürüne 19 ağar E. ictaluri medya (EIM) olarak adlandırılan bir seçici ve diferansiyel medya ve 27 ° C&#39;de 2 gün süreyle inkübe üzerine ak E. ictaluri stok. </li><li> kültüründen saf izole koloni transferi ve besleyici sıvı 40 mL ihtiva eden bir 150 ml şişeye aşılamak (NB, 5 g / L pepton, 4 g / L biftek ekstresi). 27 ° C &#39;de 2 gün boyunca 150 rpm&#39;de bir çalkalama yerleştirin şişe. </li><li> Inkübasyondan sonra, istenen bulaşıcı doz hacimleri E. ictaluri kültürü kalibre etmek için 650 nm&#39;de 0.2 OD bir spektrometre okuma PBST bir kültür örneği sulandırmak. </li><li> Sonraki transferi hem de tedavi edilen balıklar doku ilaç temizlenmesi için yaklaşık 10 saat boyunca 130 taze yapay gölet ml su, veya APW ihtiva eden tek tek plastik kaplara ve işlenmemiş balık gruplarına (antibiyotik maruziyet 3 gün sonra). </li><li> Sonra iki gruptan, temiz APW 130 mL içeren 8-ons plastik bardaklar içine tekrar her balık transferi. </li&gt; <li> Her balık APW içine E. ictaluri kültürü 2,8 x 10 6 CFU / mL (banyo enfeksiyon modeli) içeren bir öldürücü doz vermek ve 24 saat süreyle 27 ° C inkübatör tutmak. </li><li> E. ictaluri Banyodan sonra, APW 130 mL yeni bardak içine ayrı ayrı balık transferi. </li><li> su yerine, bir hafta süresince rekor balık ölümlerinin ardından. Balık bu dönemde beslenen değildir. Yayın balığı aksine, Gambusia nedenle deneysel son nokta olarak ölümcül kullanmak gereklidir, enfeksiyonun dış belirti göstermektedir. </li></ol> Dışkı ve Toprak 5. polimikrobik Mücadelesi <ol><li> dışkı Tedavisi <ol><li> steril eldiven ve steril bir 50 ml konik tüp kullanarak, daha önceki iki hafta içinde antibiyotik almamış sağlıklı gönüllü denekten alınan taze insan dışkı edinin. </li><li> toplanmasından sonra steril bir plastik torba içinde dışkı toplamak ve daha sonra bir steril 15 ml C aktarmakonical tüp. 800 mg / mL - 500 bir stok çözelti elde etmek PBST içinde dışkı süspansiyon bir stok konsantrasyonu oluşturur. Bu kalın karışım açılış büyük olacak şekilde steril makas ile alt kesilmiş bir 1 ml veya daha büyük plastik pipet kullanarak aktarmak için en iyisidir. </li><li> muamele edilmiş ve muamele edilmemiş kontrol balık gruplarına ilk antibiyotik maruz bırakıldıktan sonra, 130 ml&#39;lik bir toplam hacim APW içine ya da 15 mg / mL ya da 10 mg / mL&#39;lik nihai konsantrasyonlarda dışkı süspansiyonu içeren tek tek plastik bardak ayrılır. 25 ° C&#39;de bir kuluçka bardak tutun. </li><li> 2 gün boyunca yakın gözlemle fekal pozlama sırasında kayıt balık ölümleri. </li></ol></li><li> toprak Tedavisi <ol><li> Zengin organik humus 2 kg (mikropların en yüksek yoğunluğu ve çeşitliliği içermelidir) yaklaşık 7 - - 1 toplayın 15 cm aşağı derinlikte ve temiz bir plastik kap içine koyun. Toprak koleksiyonu izleyen iki gün içinde kullanılması gerektiğini unutmayın. </li><li> Korkunçctly ilk maruziyet süresinden sonra, APW 130 ml toprak 18.2 g ihtiva eden tek tek plastik kaplara antibiyotik tedavi edilen ve edilmeyen balık iki grupları ayrılır. balık eklemeden önce elle su kuyusundan toprak karıştırın. partiküllerin çoğu askıya alma ve fincanın dibinde kalmaz. </li><li> 25 ° C &#39;de 3 gün süre ile balık Açığa ve mortaliteye kaydedin. </li></ol></li></ol> 6. Osmotik Stres Mücadelesi <ol><li> Yukarıda tarif edildiği gibi, bir 10 saat dinlenme dönemi izler muameleden sonra, APW 150 mL 17.5 mg / mL (300 mM) NaCl içeren ayrı bir bardak içine balık tek tek ele. Bu balık kontrol etmek tamamen öldürücü olmayan deniz suyu tipik tuzluluk, (&lt;% 50) yarısı ama etkili osmotik düzenleme gerektiren, güçlü streslidir. </li><li> 36 saatlik bir süre boyunca balık ölümlerinin için gözlemleyin. </li></ol> 7. Nitrat Toksisite Mücadelesi <ol><li> Antibiyotik tanitima sonra 10 saat süreyle istirahat balıkbir sodyum nitrat konsantrasyonu içeren tek tek kaplara ure ve ayrı bir balık ya da 10 mg / ml (118 mM) veya APW 130 mL, 17.5 mg / ml (206 mM). </li><li> Düşük doz için mortalite 4 üzerinde d ve yüksek doz için 1 gün boyunca rekor. </li></ol> Bireyselleştirilmiş veya gruplanmış Fish 8. Büyüme Analizi <ol><li> kova gruplar olarak tamamlayın 3 gün antibiyotik maruz kalma ya da kontrol dönemi. </li><li> Bireysel için, 150 ml APW her biri 8-oz Strafor bardak doldurmak kabına bireysel balık transferi ve ilk değerlendirme için toplam vücut ağırlığı kaydedin. <ol><li> hem işlenmiş ve işlenmemiş gruplarındaki tüm balıklar için tekrarlayın. zaman açık bardak balık yemek olmaz çünkü yerine şeffaf plastik bardak beyaz Strafor bardak kullanın. </li></ol></li><li> balık başına iki pelet standart diyet ile günlük balık besleyin. pelet bireysel kitle düşük varyans (3.53 ± 0.42 mg her veya% 8 varyasyon), yolaçan çünkü topaklar gevreği yerine kullanılmıştırGıda benzer miktarlarda alan balıklarda g. görsel meyvelerin granül kaydederek tüketiminin izlenmesi. Tüketim oranları% 80 üzerinde tipik vardı. </li><li> 4 hafta boyunca her hafta sonunda, balık ağırlığı belirlemek. Taze APW ile yeni bir fincan hazırlayın bir denge üzerine yerleştirin ve ağırlığı kaydedin. Ardından, orijinal bardaktan bir daldırma net bir balık dökün ve sonra tekrar tartılır yeni fincan içine aktarın. Balık stresi önlemek için işlenmez. </li><li> Gruplar için, bir 19 L kovaya APW 2 L yerleştirin ve ölçek daralayın. Daha sonra grubun toplam ağırlığı kaydetmek, yeni APW kova içine aktarırken her iki grupta da birlikte balık tutmak. Tutanak balık grubu ağırlığı, yeni bir kovaya aktararak bir ay zaman aralığında her hafta. </li></ol> 9. Gut Transit Zaman <ol><li> floresein-etiketli 70 kDa anyonik dekstran kullanın. Dekstran önemli ölçüde sindirilmiş ve bağırsak tabaka boyunca absorbe edilmesi için çok büyük değil, dolayısıyla geçit bağırsak transit zamanı ölçmek olacaktır.Etiketli dekstran balık yemi dahil oldu. </li><li> steril 1.7 ml&#39;lik bir tüp içine steril deiyonize su, 360 uL ve jelatin 52 mg (% 13 solüsyon) ekleyin ve yer tüp 60 ° C sıcaklıkta bir blok üzerinde jelatin eriyene dek tamamen çözülür. <ol><li> bir havan ve havan tokmağı ve balık yağı 20 uL ile birlikte, tüp, bu toz, 40 mg ilave kullanılarak ince bir toz halinde öğütmek balığı gıda pullar. Karıştırma işleminden sonra, FITC-dekstran 1.6 mg ekleyin. </li></ol></li><li> ul laboratuarlarında Parafilm üzerine düşer 20 içine sıcak sıvı karışımı koyun ve onları hızlı bir şekilde serin ve katılaşmaya edelim. onlar çok sert balık yemek için haline gelmeden damla kadar 4 gün boyunca saklanabilir. Mağaza sonra nemlendirilmiş damla tutan bir kapalı plastik kutuda, içinde steril su süzülüyor bir petri, yarısı üzerine Parafilm koyarak buzdolabında düşer. </li><li> Sadece beslenme önce, çeyrek jilet kullanarak bölüme düşer. Styro balık acclimatebesleme olmadan bireysel olarak 2 gün boyunca köpük bardak (Not: Sadece maruz kalmamış kontrol balık kullanılmıştır). balık ile kap içine gıda dört çeyrek yerleştirin ve her yemek yiyecek kaç adet 30 dakika boyunca balık gözlemlemek. </li><li> Izleme dönemi başlayacak bir daldırma net kullanarak APW 80 mL bardak içine ayrı ayrı balık aktarmak için. Her 2 saat hafifçe elle APW girdap, ve daha sonra 4 ° C de, etiketlenmiş bir 1.7 mL bir tüp içinde 1 ml bir örnek ve mağaza alır. 36 saat boyunca numune almak. </li><li> Deneyin tamamlanmasından sonra, aynı anda tüm örneklerin bir floresan spektrofotometre ile kayıt floresans. bir küvet içine tüm 1 ml örnek yerleştirin ve 520 nm ve 495 nm &#39;de bir eksitasyon ve emisyon ile ölçülen floresan kaydedin. </li></ol>

<ol>
	<li>Panda, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Short-Term+Effect+of+Antibiotics+on+Human+Gut+Microbiota.">Short-Term Effect of Antibiotics on Human Gut Microbiota.</a> PloS ONE. 9 (4), 95476 (2014).</li><li>Perez-Cobas, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microbiota+disturbance+during+antibiotic+therapy:+a+multi-omic+approach.">Gut microbiota disturbance during antibiotic therapy: a multi-omic approach.</a> Gut. 62 (11), 1591-1601 (2013).</li><li>Theriot, C. M., Young, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+and+metabolic+interactions+between+the+gastrointestinal+tract+and+Clostridium+difficile+infection.">Microbial and metabolic interactions between the gastrointestinal tract and Clostridium difficile infection.</a> Gut Microbes. 5 (1), 86-95 (2014).</li><li>Buffie, C. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+microbiome+reconstitution+restores+bile+acid+mediated+resistance+to+Clostridium+difficile.">Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile.</a> Nature. 517, 205-208 (2015).</li><li>Sekirov, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic-Induced+Perturbations+of+the+Intestinal+Microbiota+Alter+Host+Susceptibility+to+Enteric+Infection.">Antibiotic-Induced Perturbations of the Intestinal Microbiota Alter Host Susceptibility to Enteric Infection.</a> Infect Immun. 76 (10), 4726-4736 (2008).</li><li>Looft, T., Allen, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collateral+effects+of+antibiotics+on+mammalian+gut+microbiomes.">Collateral effects of antibiotics on mammalian gut microbiomes.</a> Gut Microbes. 3 (5), 463-467 (2012).</li><li>Magnadottir, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+immunity+of+fish.">Innate immunity of fish.</a> Fish Shellfish Immunol. 20 (2), 137-151 (2006).</li><li>Gomez, D., Sunyer, J., Salinas, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mucosal+immune+system+of+fish:+the+evolution+of+tolerating+commensals+while+fighting+pathogens.">The mucosal immune system of fish: the evolution of tolerating commensals while fighting pathogens.</a> Fish Shellfish Immunol. 35 (6), 1729-1739 (2013).</li><li>Nunes, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+Effects+of+Tetracycline+Exposure+in+the+Freshwater+Fish+Gambusia+holbrooki:+Antioxidant+Effects,+Neurotoxicity+and+Histological+Alterations.">Acute Effects of Tetracycline Exposure in the Freshwater Fish Gambusia holbrooki: Antioxidant Effects, Neurotoxicity and Histological Alterations.</a> Arch Environ Contam Toxicol. 68 (2), 331-381 (2014).</li><li>Fryxell, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sex+ratio+variation+shapes+the+ecological+effects+of+a+globally+introduced+freshwater+fish.">Sex ratio variation shapes the ecological effects of a globally introduced freshwater fish.</a> Proc Biol Sci. , 22 (2015).</li><li>Nunes, B., Miranda, M. T., Correia, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Absence+of+effects+of+different+types+of+detergents+on+the+cholinesterase+activity+and+histological+markers+of+mosquitofish+(Gambusia+holbrooki)+after+a+sub-lethal+chronic+exposure.">Absence of effects of different types of detergents on the cholinesterase activity and histological markers of mosquitofish (Gambusia holbrooki) after a sub-lethal chronic exposure.</a> Environ Sci Pollu Res Int. , 1-8 (2016).</li><li>Leonard, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Skin+Microbiome+of+Gambusia+affinis+Is+Defined+and+Selective.">The Skin Microbiome of Gambusia affinis Is Defined and Selective.</a> Adv Microbiol. 4, 335-343 (2014).</li><li>Carlson, J. M., Hyde, E. R., Petrosino, J. F., Manage, A. B. W., Primm, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+host+effects+of+Gambusia+affinis+with+an+antibiotic-disrupted+microbiome.">The host effects of Gambusia affinis with an antibiotic-disrupted microbiome.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 178, 163-168 (2015).</li><li>Karsi, A., Gulsoy, N., Corb, E., Dumpala, P. R., Lawrence, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+bioluminescence-based+mutant+screening+strategy+for+identification+of+bacterial+virulence+genes.">High-throughput bioluminescence-based mutant screening strategy for identification of bacterial virulence genes.</a> Appl Environ Microbiol. 75 (7), 2166-2175 (2009).</li><li>Hawke, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Edwardsiellosis+caused+by+Edwardsiella+ictaluri+in+Laboratory+Populations+of+Zebrafish+Danio+rerio.">Edwardsiellosis caused by Edwardsiella ictaluri in Laboratory Populations of Zebrafish Danio rerio.</a> J Aquat Anim Health. 25 (3), 171-183 (2013).</li><li>Petrie-Hanson, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+Zebrafish+Danio+rerio+as+a+Model+for+Enteric+Septicemia+of+Catfish+(ESC).">Evaluation of Zebrafish Danio rerio as a Model for Enteric Septicemia of Catfish (ESC).</a> J Aquat Anim Health. 19 (3), 151-158 (2007).</li><li>Fultz, R. S., Primm, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Laboratory+Module+for+Host-Pathogen+Interactions:+America's+Next+Top+Model.">A Laboratory Module for Host-Pathogen Interactions: America's Next Top Model.</a> J. Microbiol. Biol. Educ. 11, (2010).</li><li>Uliano, E., Cataldi, M., Carella, F., Migliaccio, O., Iaccarino, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+acute+changes+in+salinity+and+temperature+on+routine+metabolism+and+nitrogen+excretion+in+gambusia+(Gambusia+affinis)+and+zebrafish+(Danio+rerio).">Effects of acute changes in salinity and temperature on routine metabolism and nitrogen excretion in gambusia (Gambusia affinis) and zebrafish (Danio rerio).</a> Comp Biochem Physiol A. 157, 283-290 (2010).</li><li>Shotts, E. B., Waltman, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+medium+for+the+selective+isolation+of+Edwardsiella+ictaluri.">A medium for the selective isolation of Edwardsiella ictaluri.</a> J Wildl Dis. 26, 214-218 (1990).</li><li>Under animal toxicity studies, sodium chloride entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank Available from: <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016)</li><li>Under animal toxicity studies, sodium nitrate entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank Available from: <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016)</li><li>Under animal toxicity studies, sodium nitrite entry. TOXNET - Hazardous Substances Data Bank Available from: <a target="_blank" href="https://toxnet.nlm.nih.gov/">https://toxnet.nlm.nih.gov/</a> (2016)</li><li>Vilz, T. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+Assessment+of+Intestinal+Motility+and+Gut+Wall+Inflammation+in+Rodents:+Analyses+in+a+Standardized+Model+of+Intestinal+Manipulation.">Functional Assessment of Intestinal Motility and Gut Wall Inflammation in Rodents: Analyses in a Standardized Model of Intestinal Manipulation.</a> J Vis Exp. (67), e4086 (2012).</li><li>Katoh, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=International+Harmonization+of+Laboratory+Animals.">International Harmonization of Laboratory Animals.</a> National Research Council (US) International Committee of the Institute for Laboratory Animal Research. Microbial Status and Genetic Evaluation of Mice and Rats: Proceedings of the 1999 US/Japan Conference. , (2000).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

Bazı zorluklar ilaç balık dokularında tükenmiş olması için antibiyotik tedavisinden sonra temiz APW bir dinlenme dönemi gerektirmektedir. dinlenme süresi atlanır sonra antibiyotik varlığı tahlil bakterilere maruz kalma içerir, özellikle sonuçları karıştırabilir. olacağını antibiyotik pozlama sırasında ev sahibi, ön deneyler izleme mikrobiyomları bileşimi (16S profil veya tüm genom dizileme) ve nüfus yoğunluğunun (qPCR aracılığıyla 16S kantitatif) üzerindeki mikropların toplam sayı...

Antibiyotikler bir mikrobiyal topluluk dengesizliği anlamına dysbiosis giden insan mikrobiyomu bozabilir olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik tedavileri sonrasında Mikrobiyota en kompozisyon değişiklik özellikle gut 1, 2, toplumun çeşitliliğini alt kilit üyelerini azaltmak ve toplum metabolizmasını değiştirmek için gösterilmiştir. Bağırsak mikrobiyomları Antibiyotik rahatsızlık Clostridium difficile 3, 4 ve Salmonella 5 kolonizasyon direnci azaltabilir. Buna ek olarak, mikrobiyota bozulması çok sayıda sendrom ve insanlarda hastalık gelişimi ile bağlantılıdır (örn antibiyotik ilişkili enterokolit, enflamasyonlu bağırsak hastalığı, metabolik hastalıklar, vb.). Antibiyotikler de yaygın büyüme hızlandırıcı olarak tarımda uygulananÇiftlik ve kümes hayvanları üretimi 6. Bu güçlü araçlar kullanılması antibiyotik direnci hızlı bir artışın yanı sıra bozulur mikrobiyomu etkilerinde belirgin olarak meskun ev ile olan karşılıklı yan etkiler olmadan değildir. Birçok çalışma, geniş spektrumlu antibiyotik kullanımı uzun ömürlü Mikrobiyota yapısı ve işlevi için sonuçları henüz bir antibiyotik kesintiye mikrobiyomları etkileyen konak fizyolojisi yan etkileri vardır desteklenecek henüz sadece spekülasyonlar sahip olduğunu göstermiştir. Ev sahibi, Mikrobiyota ve antibiyotik arasındaki karşılıklı etkileşim özlü bir şekilde anlaşılmaktadır uzaktır. Bu nedenle, basit ve daha çözülebilir modeli oldukça kompleks bir memeli sistemi aydınlatan avantajlıdır. bağırsaktaki dahil insanlarda mukozal yüzeyler, aynı zamanda en yüksek yoğunluk ve mikropların çeşitliliğini ve en mahrem mikrop-konak ilişkileri liman. Balık teklifler s mukozal cilt mikrobiyomlarıbir model sistem olarak Everal avantajlar. Teleostei (kemikli balıklar) Teleost&#39;un hem doğuştan var ve kommensal bakteriyel topluluklar 7 ile bir ilişki birlikte geliştiğini bağışıklık sistemini elde ettiği Omurgalılar anlamı dahilinde sapmak için erken soylarından biridir. Balık cilt payları gibi fizyolojik fonksiyonlar, bağışıklık bileşenleri ve mukus üreten hücrelerin 8 düzenlenmesi olarak memelilerin tip 1 mukozal yüzeylerinde, pek çok özellikleri. balık derisi mukoza yüzeyi dış konumu deneysel işlemek için kolay ve örnek bir mikrobiyomları sunmaktadır. Batı Sivrisinek, Gambusia affinis (G. affinis), çiftleşme ve toksikoloji 9, 10, 11 incelenmesi için, geçmişte kullanılan bir model, balıktır. bir istilacı türler olarak vahşi küçük boyutu, nüfus bolluk göz önüne alındığında, m<html> inimal bakım maliyeti ve dayanıklı doğa, biz bir mukozal mikrobiyomları model olarak G. affinis geliştirdik. Dahası, Gambusia balıklarının nadirdir doğuran memeliler, genç yaşamak doğurma fizyolojisini paylaşıyoruz. Biz Gambusia 12 profilleme 16S kullanarak balık derisi, normal Mikrobiyota anda en kapsamlı çalışmayı tamamladı. Daha fazla çalışmalar deri ve bağırsak Mikrobiyota bozulması geniş spektrumlu antibiyotik 13 kullanarak aşağıdaki ana bilgisayarda üç olumsuz etkilerini göstermiştir. Beş farklı etkiler antibiyotik maruz aşağıdaki balık incelendi. mikrobiyomları en köklü konak fayda patojenlerin rekabet dışlama olduğunu. Balık patojen Edwardsiella ictaluri ticari yayın balığı çiftliklerinde 14 enterik septisemi salgınlar neden olduğu bilinmektedir. E. ictaluri da öldürücü zebrafish enfekte ettiği gösterilmiştirclass = &quot;xref&quot;&gt; 15, 16 ve Gambusia 17. su sütunu bu patojenle bir zorluk hariç bir ölçüsü olarak kullanılabilir. bağımsız bir patojene karşı duyarlılığa Karşılaştırma olarak, karışık organizmaların yüksek yoğunlukta maruz kalma sırasında hayatta kalma da gerçekleştirilmiştir. Dışkı ve organik zengin toprak mikrobiyal toplulukların sık karşılaşılan kaynak olarak kullanıldı. Bakteriyel bağırsak topluluk gerçekleştiren başka kurulmuş rol dolayısıyla ev sahibi genel beslenme alımını etkileyen, besin işleme ve enerji hasat olduğunu. beslenme brüt ölçümü olarak, balık vücut ağırlığı standart bir diyet beslenen bir ay önce ve sonra karşılaştırılmıştır. ortalama kontrol balık ay içinde ağırlık kazandı iken, ortalama kilo kaybı olarak balık antibiyotik ile tedavi edilen. kilo eksikliğinin mekanizması net değildir. Olası bir katkı faktörü bağırsakta gıda geçiş zamanı. Bir GI motivasıflı yöntemi geçiş zamanı belirlemek için Zebra balığı (Adam Zengin, SUNY Brockport, kişisel iletişim) uyarlanmıştır. antibiyotik ile tedavi edilen balıklar değiştirilmiş transit zamanı varsa henüz tespit edilmemiştir. Tüm organizmalar, özellikle balık, doğal ortamda yaşanan ortak bir meydan okuma ozmotik stres. Gambusia akut tuzluluğa 18 yüksek konsantrasyonlarda vurguladı zaman çabuk adapte gösterilmiştir. Şaşırtıcı bir şekilde, sergilenen bir antibiyotik değişmiş mikrobiyomları balık yüksek tuz stresine hayatta indirdi. Bu yeni fenotip mekanizması soruşturma altında. Özellikle akvaryumlarında su hayvanları, başka ortak stres, toksik azot formları (amonyak, nitrat, nitrit ve) &#39;dir. nitrat karşı hayatta kalma antibiyotik ile tedavi edilen ve kontrol balıklar arasında anlamlı bir farklılık yoktu. Bu makalede yer alan yöntemler, zebra olarak Gambusia veya benzeri balık model organizma, kullanılabilirbalık ve Medaka, deneysel manipülasyon aşağıdaki balık fenotipleri ölçmek için.

<table><tbody><tr><td>Rifampicin</td><td>Calbiochem</td><td>557303-1GM</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Nitrate</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5506</td><td></td></tr><tr><td>Fluorescein-labeled 70 kDa anionic dextran</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>D1823</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate-buffered Saline (PBS) tablets</td><td>Calbiochem</td><td>6500-OP</td><td>tablets dissolve in water to make PBS</td></tr></tbody></table>

examination of host phenotypes in gambusia affinis following antibiotic treatment

The commonality of antibiotic usage in medicine means that understanding the resulting consequences to the host is vital. Antibiotics often decrease host microbiome community diversity and alter the microbial community composition. Many diseases such as antibiotic-associated enterocolitis, inflammatory bowel disease, and metabolic disorders have been linked to a disrupted microbiota. The complex interplay between host, microbiome, and antibiotics needs a tractable model for studying host-microbiome interactions. Our freshwater vertebrate fish serves as a useful model for investigating the universal aspects of mucosal microbiome structure and function as well as analyzing consequential host effects from altering the microbial community. Methods include host challenges such as infection by a known fish pathogen, exposure to fecal or soil microbes, osmotic stress, nitrate toxicity, growth analysis, and measurement of gut motility. These techniques demonstrate a flexible and useful model system for rapid determination of host phenotypes.

Antibiyotik maruz 13 balık ana etkilerini incelemek için kullanılan deneysel sistemin genel şematik diyagramıdır Şekil 1A temsil balık deri (Şekil 1B) ve barsak (Şekil 1C) microbiomes ayıklanması için bir teknik içerir. önceki verileri, toplam deri kültürlenebilir sayısı tedavinin erken düşer iken, 3 gün sonra tedavi öncesi seviyelere geri döndü ortaya koymaktadır çünkü üç gün maruz...

Watch this Scientific Journal Video about Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment at JoVE.com

Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment

Bu çalışma, bir antibiyotik ile cilt ve bağırsak mikrobiyomları toplulukları kompozisyon değiştirilmesinden model balık konak üzerindeki etkilerini ortaya çıkarmak için yöntemler içerir.

Ana fenotipleri incelenmesi halinde<em&gt; Gambusia affinis</em&gt; Takiben Antibiyotik Tedavisi

The commonality of antibiotic usage in medicine means that understanding the resulting consequences to the host is vital. Antibiotics often decrease host ...

examination-host-phenotypes-gambusia-affinis-following-antibiotic

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment

7.6K Görüntüleme.  Sam Houston State University.  Bu çalışma, bir antibiyotik ile cilt ve bağırsak mikrobiyomları toplulukları kompozisyon değiştirilmesinden model balık konak üzerindeki etkilerini ortaya çıkarmak için yöntemler içerir. 

Video: Examination of Host Phenotypes in Gambusia affinis Following Antibiotic Treatment

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying Salmonella-host interactions are&#160;important to elucidate the molecular pathogenesis of Salmonella infection. The Gentamicin protection assay to phenotype Salmonella association, invasion and replication in phagocytic cells was adapted to allow high-throughput screening to define the roles of deletion mutants of Salmonella enterica serotype Typhimurium in host interactions using RAW 264.7 murine macrophages. Under this protocol, the variance in measurements is significantly reduced compared to the standard protocol, because wild-type and multiple mutant strains can be tested in the same culture dish and at the same time. The use of multichannel pipettes increases the throughput and enhances precision. Furthermore, concerns related to using less host cells per well in 96-well culture dish were addressed. Here, the protocol of the modified in vitro Salmonella invasion assay using phagocytic cells was successfully employed to phenotype 38 individual Salmonella deletion mutants for association, invasion and intracellular replication. The in vitro phenotypes are presented, some of which were subsequently confirmed to have in vivo phenotypes in an animal model. Thus, the modified, standardized assay to phenotype Salmonella association, invasion and replication in macrophages with high-throughput capacity could be utilized more broadly to study bacterial-host interactions.

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

A high-throughput assay to in vitro phenotype Salmonella or other bacterial association, invasion, and replication in phagocytic cells with high-throughput capacity was developed. The method was employed to evaluate Salmonella gene knockout mutant strains for their involvements in host-pathogen interactions.

Fenotipinin yüksek verim Deneyi<em&gt; Salmonella enterica</em&gt; Typhimurium Derneği, Invasion, ve Makrofagların Çoğaltma

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as an infection model to study the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen interactions.&#160;The ease of obtaining large numbers of embryos, their accessibility due to external development, their optical transparency as well as the availability of a wide panoply of genetic/immunological tools and transgenic reporter line collections, contribute to the versatility of this model.&#160;In this respect, the present manuscript describes the use of zebrafish as an&#160;in vivo&#160;model system to investigate the chronology of Mycobacterium abscessus infection. This human pathogen can exist either as smooth (S) or rough (R) variants, depending on cell wall composition, and their respective virulence can be imaged and compared in zebrafish embryos and larvae. Micro-injection of either S or R fluorescent variants directly in the blood circulation via the caudal vein, leads to chronic or acute/lethal infections, respectively. This biological system allows high resolution visualization and analysis of the role of mycobacterial cording in promoting abscess formation. In addition, the use of fluorescent bacteria along with transgenic zebrafish lines harbouring fluorescent macrophages produces a unique opportunity for multi-color imaging of the host-pathogen interactions. This article describes detailed protocols for the preparation of homogenous M. abscessus inoculum and for intravenous injection of zebrafish embryos for subsequent fluorescence imaging of the interaction with macrophages. These techniques open the avenue to future investigations involving mutants defective in cord formation and are dedicated to understand how this impacts on M. abscessus pathogenicity in a whole vertebrate.

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos

Optically transparent zebrafish embryos are widely used to study and visualize in real time the interactions between pathogenic microorganisms and the innate immune cells. Micro-injection of Mycobacterium abscessus, combined with fluorescence imaging, is used to scrutinize essential pathogenic features such as cord formation in zebrafish embryos.

Görüntüleme Patogenez ve Cording Deşifre ve<em&gt; Mycobacterium abscessus</em&gt; Zebra balığı Embriyolar

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as an infection model to study the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen ...

GF Zebra Balığı Modellerinin Optimize Edilmesi: Üretim, Bakım ve Mikrobiyal Çalışmalar

Generation, Maintenance, and Identification of Germ-Free Zebrafish Models from Larvae to Juvenile Stages

Zebrafish serve as valuable models for research on growth, immunity, and gut microbiota due to their genomic similarities with mammals, transparent embryos developed in a relatively clean chorion environment, and extremely rapid development of larvae compared to rodent models. Germ-free (GF) zebrafish (Danio rerio) are crucial for evaluating pollutant toxicity and establishing human-like disease models related to microbial functions. In comparison to conventionally raised (CR) models (fish in common husbandry), GF zebrafish allow for more accurate manipulation of the host microbiota, aiding in determining the causal relationship between microorganisms and hosts. Consequently, they play a critical role in advancing our understanding of these relationships. However, GF zebrafish models are typically generated and researched during the early life stages (from embryos to larvae) due to limitations in immune function and nutrient absorption. This study optimizes the generation, maintenance, and identification of early GF zebrafish models without feeding and with long-term feeding using GF food (such as Artemia sp., brine shrimp). Throughout the process, daily sampling and culture were performed and identified through multiple detections, including plates and 16S rRNA sequencing. The aseptic rate, survival, and developmental indexes of GF zebrafish were recorded to ensure the quality and quantity of the generated models. Importantly, this study provides details on bacterial isolation and infection techniques for GF fish, enabling the efficient creation of GF fish models from larvae to juvenile stages with GF food support. By applying these procedures in biomedical research, scientists can better understand the relationships between intestinal bacterial functions and host health.

Yazar Spotlight: Mikrobiyota-Konak İlişkisi Çalışmaları için Mikropsuz Zebra Balığı Oluşturma

This protocol outlines the primary steps for obtaining germ-free (GF) fish embryos and maintaining them from larvae until the juvenile stage, including sampling and detecting their sterile status. The use of GF models with infection is important for understanding the role of microbes in host health.

Larvalardan Gençlik Dönemlerine Kadar Mikropsuz Zebra Balığı Modellerinin Üretimi, Bakımı ve Tanımlanması

Zebrafish serve as valuable models for research on growth, immunity, and gut microbiota due to their genomic similarities with mammals, transparent ...

Gelişim Biyolojisi

Quantitative Polymerase Chain Reaction-based Analyses of Murine Intestinal Microbiota After Oral Antibiotic Treatment

The gut microbiota has a central influence on human health. Microbial dysbiosis is associated with many common immunopathologies such as inflammatory bowel disease, asthma and arthritis. Thus, understanding the mechanisms underlying microbiota-immune system crosstalk is of crucial importance. Antibiotic administration, while aiding pathogen clearance, also induces drastic changes in the size and composition of intestinal bacterial communities which can have an impact on human health. Antibiotic treatment in mice recapitulates the impact and long-term changes in human microbiota from antibiotic treated patients, and enables investigation of the mechanistic links between changes in microbial communities and immune cell function. While several methods for antibiotic treatment of mice have been described, some of them induce severe dehydration and weight-loss complicating the interpretation of the data. Here, we provide two protocols for oral antibiotic administration which can be used for long-term treatment of mice without inducing major weight-loss. These protocols make use of a combination of antibiotics that target both Gram-positive and Gram-negative bacteria and can be provided either ad libitum in the drinking water or by oral gavage. Moreover, we describe a method for the quantification of microbial density in fecal samples by qPCR which can be used to validate the efficacy of the antibiotic treatment. The combination of these approaches provides a reliable methodology for the manipulation of the intestinal microbiota and the study of the effects of antibiotic treatment in mice.

Here we provide detailed protocols for the oral administration of antibiotics to mice, collection of fecal samples, DNA extraction and quantification of fecal bacteria by qPCR.

Oral antibiyotik tedavisinden sonra fare bağırsak Microbiota nicel polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı analiz

The gut microbiota has a central influence on human health. Microbial dysbiosis is associated with many common immunopathologies such as inflammatory ...

Using the Protozoan Paramecium caudatum as a Vehicle for Food-borne Infections in Zebrafish Larvae

Due to their transparency, genetic tractability, and ease of maintenance, zebrafish (Danio rerio) have become a widely-used vertebrate model for infectious diseases. Larval zebrafish naturally prey on the unicellular protozoan Paramecium caudatum. This protocol describes the use of P. caudatum as a vehicle for food-borne infection in larval zebrafish. P. caudatum internalize a wide range of bacteria and bacterial cells remain viable for several hours. Zebrafish then prey on P. caudatum, the bacterial load is released in the foregut upon digestion of the paramecium&#160;vehicle, and the bacteria colonize the intestinal tract. The protocol includes a detailed description of paramecia maintenance, loading with bacteria, determination of bacterial degradation and dose, as well as infection of zebrafish by feeding with paramecia. The advantage of using this method of food-borne infection is that it closely mimics the mode of infection observed in human disease, leads to more robust colonization compared to immersion protocols, and allows the study of a wide range of pathogens. Food-borne infection in the zebrafish model can be used to investigate bacterial gene expression within the host, host-pathogen interactions, and hallmarks of pathogenicity including bacterial burden, localization, dissemination and morbidity.

Using the Protozoan Paramecium caudatum as a Vehicle for Food-borne Infections in Zebrafish Larvae

Zebrafish (Danio rerio) are becoming a widely-used vertebrate animal model for microbial colonization and pathogenesis. This protocol describes the use of the protozoan Paramecium caudatum as a vehicle for food-borne infection in zebrafish larvae. P. caudatum readily internalizes bacteria and get taken up by larval zebrafish through natural preying behavior.

Protozoon Terliksi Hayvan caudatum zebra balığı larva gıda kaynaklı enfeksiyonlar için bir araç olarak kullanma

Due to their transparency, genetic tractability, and ease of maintenance, zebrafish (Danio rerio) have become a widely-used vertebrate model for ...

Quantitative Examination of Antibiotic Susceptibility of Neisseria gonorrhoeae Aggregates Using ATP-utilization Commercial Assays and Live/Dead Staining

The emergence of antibiotic resistant Neisseria gonorrhoeae (GC) is a worldwide health threat and highlights the need to identify individuals who fail treatment. This Gram-negative bacterium causes gonorrhea exclusively in humans. During infection, it is able to form aggregates and/or biofilms. The minimum inhibitory concentration (MIC) test is used for to determine susceptibility to antibiotics and to define appropriate treatment. However, the mechanism of the eradication in vivo and its relationship to laboratory results are not known. A method that examines how GC aggregation affects antibiotic susceptibility and shows the relationship between aggregate size and antibiotic susceptibility was developed. When GC aggregate, they are more resistant to antibiotic killing, with bacteria in the center surviving ceftriaxone treatment better than those in the periphery. The data indicate that N. gonorrhoeae aggregation can reduce its susceptibility to ceftriaxone, which is not reflected using the standard agar plate-based MIC methods. The method used in this study will allow researchers to test bacterial susceptibility under clinically relevant conditions.

Quantitative Examination of Antibiotic Susceptibility of Neisseria gonorrhoeae Aggregates Using ATP-utilization Commercial Assays and Live/Dead Staining

A simple ATP-measuring assay and live/dead staining method were used to quantify and visualize Neisseria gonorrhoeae survival after treatment with ceftriaxone. This protocol can be extended to examine the antimicrobial effects of any antibiotic and can be used to define the minimal inhibitory concentration of antibiotics in bacterial biofilms.

Nicel muayene, antibiyotik duyarlılık Neisseria gonorrhoeae toplamları kullanarak ATP-kullanımı ticari deneyleri ve canlı/ölü boyama

The emergence of antibiotic resistant Neisseria gonorrhoeae (GC) is a worldwide health threat and highlights the need to identify individuals who fail ...

Infection of Zebrafish Larvae with Aspergillus Spores for Analysis of Host-Pathogen Interactions

Invasive aspergillosis (IA) is one of&#160;the most common fungal infections among immunocompromised individuals. Despite the availability of antifungal drugs, IA can cause &#62;50% mortality in infected immunocompromised patients. It is crucial to determine both host and pathogen factors that contribute to infection susceptibility and low survival rates in infected patients in order to develop novel therapeutics. Innate immune responses play a pivotal role in recognition and clearance of Aspergillus spores, though little is known about the exact cellular and molecular mechanisms. Reliable models are required to investigate detailed mechanistic interactions between the host and pathogen. The optical clarity and genetic tractability of zebrafish larvae make them an intriguing model&#160;to study host-pathogen interactions of multiple human bacterial and fungal infections in a live and intact host. This protocol describes a larval zebrafish Aspergillus infection model. First, Aspergillus spores are isolated and injected into the zebrafish hindbrain ventricle via microinjection. Then, chemical inhibitors such as immunosuppressive drugs are added directly to the larval water. Two methods to monitor the infection in injected larvae are described, including the 1) homogenization of larvae for colony forming unit (CFU) enumeration and 2) a repeated, daily live imaging setup. Overall, these techniques can be used to mechanistically analyze the progression of Aspergillus infection in vivo and can be applied to different host backgrounds and Aspergillus strains to interrogate host-pathogen interactions.

Infection of Zebrafish Larvae with Aspergillus Spores for Analysis of Host-Pathogen Interactions

This protocol describes an Aspergillus infection model in zebrafish larvae. Aspergillus spores are microinjected into the hindbrain of larvae, and chemical treatment is used to induce immunosuppression. Infection progression is monitored via a daily imaging setup to monitor fungal growth and immune responses as well as enumeration of live spores by colony forming unit plating.

Konakçı-Patojen Etkileşimlerinin Analizi için Zebra Balığı Larvalarının Aspergillus Sporları ile Enfeksiyonu

Invasive aspergillosis (IA) is one of&#160;the most common fungal infections among immunocompromised individuals. Despite the availability of antifungal ...

Çoklu İlaç Akış Sistemlerini Karakterize Etmek için Tek Kopyalı Gen İfadesi

Characterizing Multidrug Efflux Systems in Acinetobacter baumannii Using an Efflux&#45;Deficient Bacterial Strain and a Single&#45;Copy Gene Expression System

Acinetobacter baumannii is recognized as a challenging Gram-negative pathogen due to its widespread resistance to antibiotics. It is crucial to comprehend the mechanisms behind this resistance to design new and effective therapeutic options. Unfortunately, our ability to investigate these mechanisms in A. baumannii is hindered by the paucity of suitable genetic manipulation tools. Here, we describe methods for utilizing a chromosomal mini-Tn7-based system to achieve single-copy gene expression in an A. baumannii strain that lacks functional RND-type efflux mechanisms. Single-copy insertion and inducible efflux pump expression are quite advantageous, as the presence of RND efflux operons on high-copy number plasmids is often poorly tolerated by bacterial cells. Moreover, incorporating recombinant mini-Tn7 expression vectors into the chromosome of a surrogate A. baumannii host with increased efflux sensitivity helps circumvent interference from other efflux pumps. This system is valuable not only for investigating uncharacterized bacterial efflux pumps but also for assessing the effectiveness of potential inhibitors targeting these pumps.

Yazar Spotlight: Akış Eksikliği Olan Bir Bakteri Suşu ve Tek Kopyalı Gen Ekspresyon Sistemi Kullanarak Antibiyotik Direnci Araştırmasını İlerletmek

We describe a facile procedure for the single-copy chromosomal complementation of an efflux pump gene using a mini-Tn7-based expression system into an engineered efflux-deficient strain of Acinetobacter baumannii. This precise genetic tool allows for controlled gene expression, which is key for the characterization of efflux pumps in multidrug resistant pathogens.

Acinetobacter baumannii'de Akış Eksikliği Olan Bir Bakteri Suşu ve Tek Kopyalı Gen Ekspresyon Sistemi Kullanılarak Çoklu İlaç Akış Sistemlerinin Karakterize Edilmesi

Acinetobacter baumannii is recognized as a challenging Gram-negative pathogen due to its widespread resistance to antibiotics. It is crucial to comprehend ...

Ana fenotipleri incelenmesi halinde

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Fenotipinin yüksek verim Deneyi

Görüntüleme Patogenez ve Cording Deşifre ve

Larvalardan Gençlik Dönemlerine Kadar Mikropsuz Zebra Balığı Modellerinin Üretimi, Bakımı ve Tanımlanması

Larvalardan Gençlik Dönemlerine Kadar Mikropsuz Zebra Balığı Modellerinin Üretimi, Bakımı ve Tanımlanması

Larvalardan Gençlik Dönemlerine Kadar Mikropsuz Zebra Balığı Modellerinin Üretimi, Bakımı ve Tanımlanması

Oral antibiyotik tedavisinden sonra fare bağırsak Microbiota nicel polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı analiz

Protozoon Terliksi Hayvan caudatum zebra balığı larva gıda kaynaklı enfeksiyonlar için bir araç olarak kullanma

Nicel muayene, antibiyotik duyarlılık Neisseria gonorrhoeae toplamları kullanarak ATP-kullanımı ticari deneyleri ve canlı/ölü boyama

Konakçı-Patojen Etkileşimlerinin Analizi için Zebra Balığı Larvalarının Aspergillus Sporları ile Enfeksiyonu

Acinetobacter baumannii'de Akış Eksikliği Olan Bir Bakteri Suşu ve Tek Kopyalı Gen Ekspresyon Sistemi Kullanılarak Çoklu İlaç Akış Sistemlerinin Karakterize Edilmesi