Geliştirilmiş QM/MM Yöntemi, normal QM/MM simülasyonundaki basit sorunların üstesinden gelinir. Altı QM/MM Yöntemi QM bölgesi için seçilmiş montajı hızlandırır ve kimyasal reaksiyon yollarını yakalayarak reaksiyon koordinatını tanımlar. Bu protokolle, çift proton transferinin kimyasal reaksiyon yollarını başarıyla yakaladık ve suda kanıtlanmışlığın transfer mekanizması üzerinde döteryum ikame etkisi ortaya çıkartın.
Protokol, ilaç keşfinde ısı tanımlamada halojen iması veya döteryum ikamemizi araştırmak için kullanılabilir. Altı QM/MM Yönteminin en büyük avantajı, mukavemet reaksiyonu koordinatını tanımlamak veya reaksiyon mekanizmasını araştırırken kimyasal reaksiyon yolu için bir cihaz tanıtmak için buna ihtiyacımız ın olmadığıdır. reaksiyondan kaynaklanan olası reaksiyon yollarını belirlememizi sağlar.
Kullanılabilir ve yüksek düzeyde QM Yöntemi uzatılabilir ve çözelti kimyasal reaksiyon için reaksiyon mekanizması araştırmak için önemli bir araç haline gelebilir yöntemi. Bu yordamı başlatmak için runtype'ı 100, temp0'u 300, templow'u 260, temphigh'ı 1300 olarak ve giriş dosyasında 120.000 olarak ayarlayarak ön ayarları başlatın. Daha sonra, burada gösterildiği gibi uygun komutu sorun.
Önceden ayarlanmış aşamada, ortalama değerleri hesaplamak için her terimin enerjisini izleyin. Enerjiyi çıkarmak için grep Linux komutlarını kullanın. Md-giriş dosyasındaki ortalama enerjileri değiştirmek için, önceki komut satırının çıktısını temel alan ortalama enerjileri hesaplayın ve giriş dosyasındaki v-shift satırını yeni oluşturulan ortalamalarla değiştirin.
Optimizasyon adımını başlatmak için komutu yazarak QM4D programında uzaklıkları başlatın. Ardından, enerji yayılımını yetkisiz kullanım programıyla takın ve enerji dalgalanmasının sıcaklık aralığının en düşük ve en yüksek uçlarını kapsayabilmesini sağla. Optimizasyondan sonra, ofset adımının son nk değerlerini nk adlı yeni bir dosyaya kaydedin.
bu protokolde dat. Md-input dosyasını hazırlamak için, üretim simülasyonları adımını başlatmak için runtype'ı yeni giriş dosyasında bir olarak ayarlayın. Saklanan nk dosyası ile dosya adını nkfile nk olarak belirtin.
giriş dosyasında dat. Zaman adımlarının sayısı mevcut sistemlerde 6, 400, 000 olarak belirlenmiştir. Simülasyon sayacı sisteme bağlıdır, bu nedenle özel talebinize göre simülasyon statunu değiştirin.
Kendi sisteminiz için farklı durumlar arasında marjinal geçiş için kullanmak için uygun sayıda zaman adımı seçin. MD Simülasyonları başlatmak için uygun komut vererek, bu simülasyonda ilk üretim. Üretim aşamasında bağ oluşturma ve kırma işlemini izlemek için, simülasyon süresi boyunca H1N1 ve H1N2'nin mesafe değişikliklerini kontrol etmek için grep komutunu kullanın.
Aynı operasyon H2N3 ve H2N4 için de yapılabilir. Ardından, üretim simülasyonları sırasında birikmiş mesafe değerini kullanarak mesafe yayılımı takın. Grep komutu ile QM4D tarafından oluşturulan üretim çıktısı dosyasından reaksiyon koordinatlarını ve enerji terimlerini ayıklayın.
Verileri dört sütun halinde düzenleyin ve her zaman diliminde veri dosyasına yazın. Uygun komutu vererek serbest enerjiyi hesaplayın. Son olarak, serbest enerjiyi iki boyutlu yatay ayarı yansıtmak için uygun komutu yazın.
Mevcut protokolde porfirinde çift proton transfer süreci üzerindeki tek döteryum ikamesi etkisi incelenmiştir. QM alt sisteminin potansiyel enerjisi ve ön denge ve optimizasyon adımları sırasındaki su, QM bölgesinin enerjisinin çevrenin enerjisini etkilemeden daha geniş bir enerji aralığına genişletilmesinden emin olmak için kontrol edildi. Temsili mesafe ve açı değişiklikleri ve öngörülen serbest enerji değişiklikleri porfirin geometri ve proton transfer süreci üzerinde döteryum ikame etkisini karakterize etmek için kullanılmıştır.
Altı QM/MM Yöntemi, enerji alanında gelişmiş montaj sağlar. Belirtilen birleşme aralığı genişlemiş enerji dağılımı elde etmelidir. Bu yöntem sadece aktarabileceğiniz reaksiyon kanalının üst kısmını yakalamakla kalmıyor, aynı zamanda tepki mekanizmasından kaynaklanan norm reaksiyon durumlarından gelen tepki ürünlerini tanımlama potansiyeline de sahiptir.
Bu protokol, yoğun bir ortamda kimyasal reaksiyon mekanizmaları araştırmak için bir başlangıç noktası olarak hareket eder. Daha yüksek düzeydeki QM yöntemleri, gelecekte daha karmaşık sistemleri keşfetmek için Altı QM/MM Yöntemi ile kolayca birleştirilebilir.
