Un método QM/MM mejorado supera problemas simples en la simulación normal de QM/MM. El método Six QM/MM acelera el ensamblaje seleccionado para la región QM y puede capturar las vías de reacción química que dan como resultado la definición de la coordenada de reacción. Con este protocolo, capturamos con éxito una vía de reacción química de doble transferencia de protones y una revelación de un efecto de sustitución de deuterio en un mecanismo de transferencia de la provenencia en el agua.
El protocolo se puede utilizar para explorar halógenos o nuestra sustitución de deuterio en la identificación de calor en el descubrimiento de fármacos. La principal ventaja del Método Six QM/MM es que, no lo necesitamos para definir la coordenada de reacción de salmuera o introducir un dispositivo para la vía de reacción química al explorar el mecanismo de reacción. nos permiten identificar posibles vías de reacción que a partir de reaccionar.
El método que se puede utilizar y extender a un método QM de alto nivel y podría convertirse en una herramienta importante para investigar el mecanismo de reacción para la reacción química en solución. Para comenzar este procedimiento, inicie los ajustes preestablecidos estableciendo runtype como 100, temp0 como 300, templow como 260, temphigh como 1300 y step as 120, 000 en el archivo de entrada. Entonces, publique el comando apropiado tal y como se muestra aquí.
Durante la etapa preestablecida, supervise la energía de cada término para calcular los valores medios. Utilice los comandos grep Linux para extraer la energía. Para modificar las energías medias en el archivo md-input, calcule las energías medias en función de la salida de la línea de comando anterior y modifique la línea v-shift en el archivo de entrada con los promedios recién generados.
Inicie desplazamientos en el programa QM4D escribiendo el comando para iniciar el paso de optimización. A continuación, conecte la propagación de energía con el programa de gracia y asegúrese de que la fluctuación de energía puede cubrir los extremos más bajos y más altos del rango de temperatura. Después de la optimización, guarde los valores nk finales del paso offset en un nuevo archivo que se denomina nk.
dat en este protocolo. Para preparar el archivo de entrada md, establezca el tipo de ejecución como uno en el nuevo archivo de entrada para iniciar el paso de simulaciones de producción. Especifique el nombre de archivo con el archivo nk almacenado como nkfile nk.
dat en el archivo de entrada. El número de pasos de tiempo se estableció como 6, 400 000 en los sistemas actuales. El contador de simulación depende del sistema, así que cambie la estadística de simulación en función de su demanda específica.
Seleccione un número adecuado de pasos de tiempo para utilizar para la transición marginal entre diferentes estados para su propio sistema. Inicialice la producción en estas simulaciones, emitiendo el comando adecuado para iniciar simulaciones MD. Para supervisar el proceso de formación y rotura de enlaces durante la fase de producción, utilice el comando grep para comprobar los cambios de distancia de H1N1 y H1N2 a lo largo del tiempo de simulación.
La misma operación se puede llevar a cabo para H2N3 y H2N4. A continuación, conecte la propagación de distancia utilizando el valor de distancia acumulado durante las simulaciones de la producción. Extraiga las coordenadas de reacción y los términos de energía del archivo de salida de producción generado por QM4D mediante el comando grep.
Organice los datos en cuatro columnas y escríbalos en el archivo de datos en cada período de tiempo. Calcule la energía libre emitiendo el comando adecuado. Por último, para proyectar la energía libre en el paisaje bidimensional, escriba el comando adecuado.
El efecto único de sustitución de deuterio en el proceso de transferencia de doble protones en porficeno se examinó en el protocolo actual. La energía potencial del subsistema QM, y el agua durante los pasos de pre-equilibrio y optimización se comprobaron para asegurarse de que la energía de la región QM se había ampliado a un rango de energía más amplio, sin afectar la energía del medio ambiente. Los cambios representativos de distancia y ángulo, y los cambios de energía libre proyectados se utilizaron para caracterizar el efecto de sustitución de deuterio en el proceso de transferencia de geometría y protones de porficeno.
El método Six QM/MM logra un montaje mejorado en el espacio de energía. El rango de fusión especificado debería lograr una distribución de energía amplia. Este método no sólo captura la parte superior del canal de reacción que tienes puede transferir, sino que también tiene un potencial de identificación de productos de reacción de estados de reacción de norma resultado del mecanismo de reacción.
Este protocolo actúa como punto de partida para investigar los mecanismos de reacción química en un entorno condensado. Los métodos QM de nivel superior se pueden combinar fácilmente con el método Six QM/MM para explorar sistemas más complejos en el futuro.
