Source : Laboratoires du Dr Ian poivre et Dr Charles Gerba - Université de l’Arizona
Démonstration d’auteur : Luisa Ikner

Les méthodes traditionnelles d’analyse des communautés microbiennes dans les sols comportent habituellement soit culturels dosages utilisant la dilution et méthodologie sur médias sélectifs et différenciés ou dénombrement direct des essais de placage. Les comptes directs offrent des informations sur le nombre total de bactéries présentes, mais ne donnent aucune information sur le nombre ou la diversité des populations présentes au sein de la communauté. Dénombrements permettent d’énumération du total culturel ou certaines populations culturelles et donc fournissent des informations sur les différentes populations présentes. Toutefois, étant donné que moins de 1 % des bactéries du sol sont facilement cultivables, information culturelle offre seulement un morceau de l’image. La fraction réelle de la communauté qui peut être cultivée dépend le moyen choisi pour chefs culturels. N’importe quel support seul choisira pour les populations qui conviennent le mieux à ce support particulier.

Ces dernières années, les avantages d’étudier la communauté ADN extrait d’échantillons de sol sont apparues. Cette approche axée sur la non-culture est considérée comme plus représentatif de la communauté réelle présente qu’approches axées sur la culture. En plus de fournir des informations sur les types de populations présentes, cette approche peut également fournir des informations sur leur potentiel génétique. Comme avec n’importe quelle technique, il y a limites aux données qui peuvent être obtenues par extraction d’ADN. Donc, beaucoup de chercheurs maintenant utilise l’extraction d’ADN en conjonction avec des dénombrements directs et culturels afin d’optimiser les données obtenues auprès d’un échantillon environnemental.