Extraction d'ADN communautaire à partir de colonies bactériennes

Overview

Source : Laboratoires du Dr Ian poivre et Dr Charles Gerba - Université de l’Arizona
Démonstration d’auteur : Luisa Ikner

Les méthodes traditionnelles d’analyse des communautés microbiennes dans les sols comportent habituellement soit culturels dosages utilisant la dilution et méthodologie sur médias sélectifs et différenciés ou dénombrement direct des essais de placage. Les comptes directs offrent des informations sur le nombre total de bactéries présentes, mais ne donnent aucune information sur le nombre ou la diversité des populations présentes au sein de la communauté. Dénombrements permettent d’énumération du total culturel ou certaines populations culturelles et donc fournissent des informations sur les différentes populations présentes. Toutefois, étant donné que moins de 1 % des bactéries du sol sont facilement cultivables, information culturelle offre seulement un morceau de l’image. La fraction réelle de la communauté qui peut être cultivée dépend le moyen choisi pour chefs culturels. N’importe quel support seul choisira pour les populations qui conviennent le mieux à ce support particulier.

Ces dernières années, les avantages d’étudier la communauté ADN extrait d’échantillons de sol sont apparues. Cette approche axée sur la non-culture est considérée comme plus représentatif de la communauté réelle présente qu’approches axées sur la culture. En plus de fournir des informations sur les types de populations présentes, cette approche peut également fournir des informations sur leur potentiel génétique. Comme avec n’importe quelle technique, il y a limites aux données qui peuvent être obtenues par extraction d’ADN. Donc, beaucoup de chercheurs maintenant utilise l’extraction d’ADN en conjonction avec des dénombrements directs et culturels afin d’optimiser les données obtenues auprès d’un échantillon environnemental.

Procedure

1. Extraction d’ADN bacterial Community

  1. Pour commencer la procédure, peser 100 g de sol tamisé. Ajouter ceci à un navire en polypropylène et ajouter 100 mL de tampon d’extraction, composée de tampon Tris modifié avec EDTA pour promouvoir la sortie de bactéries provenant de la matrice du sol, puis serrer à la main.
  2. Ensuite, peser 100 g de perles de verre et les ajouter à la cuve de mélange. Agiter l’échantillon pendant 5 min avec un filet battant périphérique ou agitateur oscillant mécanique pour 15

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Application and Summary

ADN de la communauté de colonies de culture ou extraites de sol peut être soumis à la bio-informatique et « omic » des approches qui permettent pour la caractérisation des bactéries au sein de l’échantillon originales. Les approches omic incluent métagénomique – détermination des « qui » est au sein de la Communauté par l’intermédiaire de séquençage des ARNr 16 s. Cela donne une estimation de la diversité au sein de la communauté.

Le nombre de cellules bactérienne...

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Tags
Bacterial Community DNA ExtractionMicrobial CommunitiesSoil BacteriaNon culture Based ApproachDNA Quality And QuantityBacterial DiversityFractionation MethodBlendingCentrifugationLysozymes

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1:18

Principles of Bacterial Community DNA Extraction

3:48

Bacterial Community DNA Extraction

7:35

Applications

9:32

Summary

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