Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Nous tenons à remercier les membres du Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) pour offrir des commentaires et des conseils pour le projet. En particulier, nous tenons à remercier John Dill, Brian Fisher et David Darvill. Nous tenons également à remercier les membres du laboratoire de Kollmann pour leur soutien et des discussions utiles. Ce travail a été soutenu en partie par l&#39;Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Institut national de santé Grant AI50023 N01; subventions des RCE AllerGen 07-07-A1A et B2B, et la Fondation Michael Smith pour la recherche en santé. TRK est soutenu en partie par une bourse de carrière dans les sciences biomédicales de l&#39;annonce du Burroughs Wellcome Fund par une subvention des Instituts canadiens de recherche en santé Formation Programme de santé des enfants canadiens clinicien-chercheur, en partenariat avec Sick Kids Foundation-, Child and Family Research Institute ( Colombie-Britannique), Femmes et Enfants Health Research Institute (Alberta), et au Manitoba Institute of Child Health.

1. Exploration de l&#39;analyse comparative sur le Tableau <ol><li> Vous disposez d&#39;un ensemble de données et que vous voulez explorer les différentes relations entre les colonnes dans les données. <ol><li> (Figure 1) Importer les données en cliquant sur «Se connecter aux données». Choisissez le type de source de données et suivez les instructions pour importer vos données. </li><li> (Figure 1) Assurez-vous que le plateau des dimensions contient des colonnes catégorielles tout le plateau de mesures conti...

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	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

L&#39;avènement de la technologie à haut débit dans la recherche biomédicale moderne, conduit à une explosion des données de recherche qui nécessite un moyen plus efficace de l&#39;analyse. Visuel Analytics (VA) est la science du raisonnement analytique facilité par les interfaces visuelles interactives (1). L&#39;approche VA restaure la puissance analytique dans les mains de l&#39;analyste humains, contrairement à l&#39;approche traditionnelle de détecter des modèles par ordinateur. Visuel d&#39;analyse a é...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visuel Analytics (VA) a émergé comme une nouvelle manière d&#39;analyser grande base de données grâce à l&#39;affichage visuel interactif. Nous avons démontré l&#39;utilité et la souplesse d&#39;une approche de VA dans l&#39;analyse des ensembles de données biologiques. Des exemples de ces ensembles de données en immunologie incluent la cytométrie de flux, les données Luminex, et le génotypage (par exemple, single nucleotide polymorphism) des données. Contrairement à l&#39;approche de visualisation d&#39;information traditionnels, VA restaure la puissance d&#39;analyse dans les mains de l&#39;analyste, en permettant à l&#39;analyste de se livrer en temps réel processus d&#39;exploration de données. Nous avons choisi le logiciel VA appelé Tableau après avoir évalué plusieurs outils VA. Deux types de tâches d&#39;analyse d&#39;analyse au sein et entre les ensembles de données ont été démontrées dans la vidéo de présentation en utilisant une approche appelée analyse appariés. L&#39;analyse par paires, comme défini dans VA, est une approche d&#39;analyse dans lequel un expert outil de VA travaille côte à côte avec un expert du domaine lors de l&#39;analyse. L&#39;expert du domaine est celui qui comprend la signification des données, et pose les questions que les données recueillies pourraient adresse. L&#39;expert outil crée ensuite des visualisations pour aider à trouver des modèles dans les données qui pourraient répondre à ces questions. Le court temps de latence entre la génération d&#39;hypothèses et de l&#39;affichage visuel rapide des données est le principal avantage d&#39;une approche VA.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visuel Analytics (VA) est une nouvelle approche d&#39;analyse des données de manière interactive. Dans cette vidéo, nous abordons le problème de surcharge de données provoquée par haut-débit les expériences biologiques, et de proposer VA comme une solution à ces problèmes. La vidéo démontre l&#39;analyse au sein et entre les ensembles de données immunologiques utilisant un outil appelé VA Tableau.

Faciliter l&#39;analyse des données immunologiques avec Visual techniques analytiques

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Drug faciliter la découverte: Un test automatisé inflammation Haute-contenu chez le poisson zèbre

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Recherche

Immunologie et infection

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualisation du immunologique Synapse par double couleur Temps-dépendants émission stimulée épuisement (STED) nanoscopie

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Une cellule endothéliale Planar Modèle for Imaging Dynamics Synapse immunologique

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analyse des Lymphocytes extravasation L&#39;utilisation d&#39;un<em&gt; In vitro</em&gt; Modèle de la barrière hématoencéphalique humaine

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT : Une Interface graphique pour simplifier Analysis of High-Dimensional Data de cytométrie en flux

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Combinant l’analyse de l’ADN dans une Extraction de Virion brut avec l’analyse de l’ARN des feuilles infectées pour découvrir de nouveaux génomes de Virus

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Utilisation complémentaire des techniques microscopiques et de la lecture de fluorescence dans l'étude des interactions Cryptococcus-Amoeba

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic meurtre dosage pour évaluer les réponses immunologiques contre les bactéries pathogènes

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Application de perturbations de massage cohérentes sur les veaux de souris et surveillance des changements de pression intramusculaire qui en résultent

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Fonctionnalisation des cantilevers de microscope de force atomique avec des cellules simples-T ou une seule particule pour la spectroscopie immunologique de force unicellulaire

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...