Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Wir möchten die Mitglieder des Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) für das Anbieten Kommentare und Ratschläge für das Projekt danken. Insbesondere möchten wir John Dill, Brian Fisher, und David Darvill danken. Wir möchten auch die Mitglieder des Kollmann Labor für ihre Unterstützung und hilfreiche Diskussionen danken. Diese Arbeit wurde teilweise durch National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institute of Health Grants N01 AI50023 unterstützt; Allergen NCE Grants 07-A1A und 07-B2B, und die Michael Smith Foundation for Health Research. TRK ist zum Teil durch ein Career Award in der Biomedical Science an der Burroughs Wellcome Fund einer Anzeige von einer kanadischen Institute for Health Research Training Grant in kanadischen Child Health Clinician Scientist Program, in Zusammenarbeit mit Sick-Kids-Stiftung, Kinder-und Family Research Institute unterstützt ( British Columbia), Frauen und Kinder Health Research Institute (Alberta) und Manitoba Institute of Child Health.

1. Exploration-based Analysis auf Tableau <ol><li> Sie haben einen Datensatz, und Sie möchten die verschiedenen Beziehungen zwischen den Spalten in den Daten zu entdecken. <ol><li> (Abbildung 1) Import des Datensatzes durch einen Klick auf &quot;Daten Connect &#39;. Wählen Sie den Typ der Datenquelle und folgen Sie den Anweisungen auf Ihrem Datensatz zu importieren. </li><li> (Abbildung 1) Stellen Sie sicher, dass die Abmessungen Regal kategorische Spalten enthält, während die Maßnahmen Regal enthält numerische ...

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	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

Das Aufkommen von High-Throughput-Technologien in der modernen biomedizinischen Forschung führte zu einer Explosion der Forschung Daten, die eine effizientere Methode zur Analyse erfordert. Visual Analytics (VA) ist die Wissenschaft der analytischen Argumentation interaktiven visuellen Schnittstellen (1) erleichtert. Die VA-Ansatz stellt die analytische Kraft in den Händen der Menschen Analyst, im Gegensatz zu den traditionellen Ansatz, um Muster von Computer zu erkennen. Visual Analytics hat Forschung in verschiedene...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visual Analytics (VA) hat als einen neuen Weg, um große Datensätze durch interaktive Visualisierung analysieren entstanden. Wir zeigten den Nutzen und die Flexibilität eines VA-Ansatz in der Analyse von biologischen Datensätzen. Beispiele für diese Datensätze in der Immunologie zählen Durchflusszytometrie, Luminex Daten und Genotypisierung (zB Single-Nukleotid-Polymorphismus)-Daten. Im Gegensatz zu den traditionellen Informationsvisualisierung Ansatz, stellt die Analyse VA Macht in den Händen von Analysten, indem der Analytiker in Echtzeit Daten Exploration Prozess zu engagieren. Wir haben uns für die VA Software namens Tableau nach der Auswertung mehrerer VA-Tools. Zwei Arten der Analyse Aufgaben Analyse innerhalb und zwischen den Datensätzen wurden in der Video-Präsentation mit einem Ansatz namens gepaart Analyse nachgewiesen. Gepaart Analyse, wie in VA definiert, ist eine Analyse-Ansatz, in dem ein VA-Tool-Experte arbeitet Seite an Seite mit einem Domain-Experte bei der Analyse. Die Domain-Experte ist derjenige, der die Bedeutung der Daten versteht, und stellt die Fragen, die die gesammelten Daten könnten Adresse. Das Tool-Experte erstellt dann Visualisierungen zu helfen, finden Sie Muster in den Daten, die diese Fragen beantworten könnte. Die kurze Verzögerungszeit zwischen der Hypothese Generation und die schnelle visuelle Darstellung der Daten ist der Hauptvorteil eines VA-Ansatz.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visual Analytics (VA) ist ein neuer Ansatz zur Analyse von Daten interaktiv. In diesem Video sprechen wir die Daten Überlastung Problem durch High-Throughput-biologische Experimente gebracht werden, und schlagen VA als eine Lösung für dieses Problem nicht. Das Video demonstriert Analyse innerhalb und zwischen den immunologischen Datensätze mit einem VA-Tool namens Tableau.

Erleichterung der Analyse der immunologischen Daten mit Visual analytischen Techniken

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Die Erleichterung Drug Discovery: Eine automatisierte High-Content-Assay Entzündung im Zebrafisch

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Forschung

Immunologie und Infektion

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualisierung der immunologischen Synapse von Dual Color Zeitgesteuerte Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoskopie

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Ein Endothelial Planar Zellmodell für Imaging immunologischen Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analyse von Lymphozyten-Extravasation einer Verwendung<em&gt; In Vitro</em&gt; Modell des Barrier Menschliches Blut-Hirn

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Eine grafische Benutzeroberfläche für die Straffung der Analyse hochdimensionaler Cytometry Daten

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Kombination von Analyse von DNA in eine grobe Virion-Extraktion mit der Analyse der RNA aus den infizierten Blättern, entdecken neue Virus-Genom

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Komplementärer Einsatz von mikroskopischen Techniken und Fluoreszenzlesen beim Studium von Cryptococcus-Amoeba-Interaktionen

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic Tötung Assay Immunreaktionen gegen bakterielle Krankheitserreger zu bewerten

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Anwendung konsistenter massageähnlicher Störungen an Mauskälbern und Überwachung der daraus resultierenden intramuskulären Druckänderungen

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Funktionalisierung von Atomkraftmikroskop-Auslegern mit Einzel-T-Zellen oder Einzelpartikeln für die immunologische Einzelkraftspektroskopie

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...