Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

We would like to thank the members of Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) for offering comments and advice for the project. In particular, we would like to thank John Dill, Brian Fisher, and David Darvill. We would also like to thank the members of the Kollmann lab for their support and helpful discussions. This work was supported in part by National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institute of Health Grant N01 AI50023; AllerGen NCE Grants 07-A1A and 07-B2B; and the Michael Smith Foundation for Health Research. T.R.K. is supported in part by a Career Award in the Biomedical Science from the Burroughs Wellcome Fund ad by a Canadian Institutes for Health Research Training Grant in Canadian Child Health Clinician Scientist Program, in partnership with Sick-Kids Foundation, Child and Family Research Institute (British Columbia), Women and Children's Health Research Institute (Alberta), and Manitoba Institute of Child Health.

1. अन्वेषण आधारित झांकी पर विश्लेषण <ol><li> आप एक डाटासेट है और आप स्तंभों के बीच डेटा के भीतर विभिन्न रिश्तों का पता लगाने चाहते हैं. <ol><li> (चित्रा 1) &#39;डेटा से कनेक्ट करें&#39; पर क्लिक करके डाटासेट आयात करें. डेट?...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

आधुनिक जैव चिकित्सा अनुसंधान में उच्च throughput प्रौद्योगिकी के आगमन के अनुसंधान डेटा है कि विश्लेषण के एक अधिक कुशल तरीके की आवश्यकता है के एक विस्फोट करने के लिए नेतृत्व. दृश्य विश्लेषिकी (VA) के इंटरैक्टि?...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

दृश्य विश्लेषिकी (VA) के इंटरैक्टिव दृश्य प्रदर्शन के माध्यम से बड़े डेटासेट के विश्लेषण के लिए एक नया तरीका के रूप में उभरा है. हम जैविक डेटासेट के विश्लेषण में एक VA दृष्टिकोण की उपयोगिता और लचीलापन का प्रदर्शन किया. इम्मुनोलोगि में इन डेटासेट के उदाहरण प्रवाह cytometry, Luminex डेटा, और जीनोटाइपिंग (उदाहरण के लिए, एकल nucleotide बहुरूपता) डेटा शामिल हैं. परंपरागत जानकारी के दृश्य दृष्टिकोण के विपरीत, वीए विश्लेषक वास्तविक समय डाटा अन्वेषण की प्रक्रिया में संलग्न करने की अनुमति द्वारा विश्लेषण विश्लेषक के हाथों में सत्ता restores. हम वीए कई वीए उपकरण मूल्यांकन के बाद झांकी नामक सॉफ्टवेयर चयनित. विश्लेषण के भीतर और डेटासेट के बीच विश्लेषण कार्यों के दो प्रकार के वीडियो प्रस्तुति का उपयोग कर एक दृष्टिकोण बुलाया बनती विश्लेषण में प्रदर्शन किया गया. बनती विश्लेषण, वीए में परिभाषित के रूप में, जिसमें एक VA उपकरण विशेषज्ञ विश्लेषण के दौरान एक डोमेन विशेषज्ञ के साथ पक्ष द्वारा साइड काम करता है एक विश्लेषण दृष्टिकोण है. डोमेन विशेषज्ञ जो डेटा के महत्व को समझता है, और सवाल है कि एकत्र आंकड़ों का पता हो सकता है पूछता है. उपकरण विशेषज्ञ तो visualizations मदद करने के लिए डेटा में पैटर्न है कि इन सवालों का जवाब हो सकता है लगता है बनाता है. परिकल्पना पीढ़ी और डेटा की तेजी से दृश्य प्रदर्शन के बीच कम अंतराल के समय एक VA दृष्टिकोण का मुख्य लाभ है.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

दृश्य विश्लेषिकी (VA) के अंतःक्रियात्मक डेटा विश्लेषण के लिए एक नया दृष्टिकोण है. इस वीडियो में, हम डेटा अधिभार उच्च throughput जैविक प्रयोगों के द्वारा पर लाया समस्या पर चर्चा, और ऐसी समस्या के लिए एक समाधान के रूप में वीए प्रस्ताव. वीडियो के भीतर और प्रतिरक्षाविज्ञानी डेटासेट के बीच एक VA झांकी नामक उपकरण का उपयोग विश्लेषण दर्शाता है.

Visual विश्लेषणात्मक तकनीकों के साथ रोग प्रतिरक्षण डेटा के विश्लेषण की सुविधा

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

एक स्वचालित उच्च सामग्री zebrafish में सूजन परख को सुगम ड्रग डिस्कवरी

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

दोहरी रंग समय gated प्रेरित उत्सर्जन रिक्तीकरण (STED) nanoscopy द्वारा रोग प्रतिरक्षण Synapse के दृश्य

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

इमेजिंग रोग प्रतिरक्षण Synapse गतिशीलता के लिए एक endothelial Planar सेल मॉडल

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

लिम्फोसाइट परिस्त्राव के विश्लेषण से एक का उपयोग करना<em&gt; इन विट्रो</em&gt; मानव रक्त मस्तिष्क बाधा के मॉडल

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: उच्च आयामी Cytometry डेटा के विश्लेषण को व्यवस्थित करने के लिए एक ग्राफिकल यूजर इंटरफेस

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

नए वायरस जीनोम की खोज करने के लिए संक्रमित पत्तियों से आरएनए के विश्लेषण के साथ एक क्रूड विरिअन निष्कर्षण में डीएनए के विश्लेषण का मेल

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

क्रिप्टोकॉकस-अमीबा इंटरेक्शन के अध्ययन में सूक्ष्म तकनीक और फ्लोरोसेंट रीडिंग का पूरक उपयोग

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

बैक्टीरियल रोगजनकों के खिलाफ Immunological प्रतिक्रियाओं का आकलन करने के लिए Opsonophagocytic हत्या परख

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

माउस Calves पर लगातार मालिश की तरह perturbations के आवेदन और परिणामी इंट्रामस्क्युलर दबाव परिवर्तन की निगरानी

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

एकल-टी सेल या इम्यूनोलॉजिकल सिंगल-सेल फोर्स स्पेक्ट्रोस्कोपी के लिए सिंगल-पार्टिकल के साथ परमाणु बल माइक्रोस्कोप कैनटाइलवर्स का कार्यात्मककरण

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...