Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Vorremmo ringraziare i membri di Vancouver Istituto di Visual Analytics (VIVA) per offrire commenti e consigli per il progetto. In particolare, vorremmo ringraziare John Dill, Brian Fisher e David Darvill. Vorremmo anche ringraziare i membri del laboratorio Kollmann per il sostegno e utili discussioni. Questo lavoro è stato sostenuto in parte dal National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanità di Grant N01 AI50023; Borse di NCE Allergen 07-07-A1A e B2B, e il Michael Smith Fondazione per la Ricerca Sanitaria. TRK è sostenuto in parte da un Premio alla carriera nella scienza biomedica dal annuncio Burroughs Wellcome Fondo da un Istituti canadesi per Grant formazione per la ricerca in sanità canadese Health Program Scientist Bambino Clinico, in collaborazione con Sick-Kids Foundation, Child and Family Research Institute ( British Columbia), Donne e salute dei bambini Research Institute (Alberta), e Manitoba Institute of Child Health.

1. Esplorazione a base di analisi su Tableau <ol><li> Hai un set di dati e si desidera esplorare le varie relazioni tra le colonne all&#39;interno dei dati. <ol><li> (Figura 1) Importare il set di dati cliccando su &#39;Connect ai dati&#39;. Scegliere il tipo di origine dati e seguire le istruzioni per importare i set di dati. </li><li> (Figura 1) Verificare che la mensola dimensioni contiene colonne categorico, mentre la mensola misure contiene colonne numeriche dal set di dati. A volte una colonna dimensione come id...

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	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

L&#39;avvento della tecnologia high-throughput nella moderna ricerca biomedica portato a un&#39;esplosione dei dati di ricerca che richiede un modo più efficiente di analisi. Visual analytics (VA) è la scienza del ragionamento analitico facilitato da interfacce visuali interattivi (1). L&#39;approccio VA ripristina la potenza analitica nelle mani di analista umano, in contrasto con l&#39;approccio tradizionale di individuare modelli di computer. Analisi visiva è stata applicata alla ricerca in vari campi, come la dif...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visual analytics (VA) è emerso come un nuovo modo di analizzare insieme di dati di grandi dimensioni attraverso interattivo di visualizzazione. Abbiamo dimostrato l&#39;utilità e la flessibilità di un approccio VA nell&#39;analisi dei set di dati biologici. Esempi di questi set di dati in immunologia comprendono citometria a flusso, i dati di Luminex, e la genotipizzazione (ad esempio, singolo polimorfismo del nucleotide) di dati. Contrariamente all&#39;approccio tradizionale visualizzazione delle informazioni, VA ripristina la potenza di analisi nelle mani di analista, consentendo l&#39;analista di impegnarsi in tempo reale processo di esplorazione dei dati. Abbiamo scelto il software VA chiamato Tableau dopo aver valutato diversi strumenti VA. Due tipi di attività di analisi di analisi all&#39;interno e tra i set di dati sono state dimostrate nel video di presentazione con un approccio chiamato analisi associati. Analisi appaiati, come definito in VA, è un approccio di analisi in cui un esperto strumento VA lavora fianco a fianco con un esperto di dominio durante l&#39;analisi. L&#39;esperto di dominio è colui che capisce il significato dei dati, e pone le domande che i dati raccolti potrebbero affrontare. L&#39;esperto strumento crea poi visualizzazioni per aiutare a trovare modelli nei dati che potrebbero rispondere a queste domande. Il breve intervallo di tempo tra la generazione di ipotesi e la visualizzazione rapida visiva dei dati è il principale vantaggio di un approccio VA.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visual analytics (VA) è un nuovo approccio di analisi dei dati in modo interattivo. In questo video si discute il problema di sovraccarico di dati causata da esperimenti biologici high-throughput, VA e proporre come soluzione a tale problema. Il video mostra l&#39;analisi all&#39;interno e tra le serie di dati immunologici usando uno strumento chiamato Tableau VA.

Facilitare l&#39;analisi dei dati immunologici con Visual tecniche analitiche

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Facilitare Drug Discovery: un sistema automatico di alta Tenore infiammazione in Zebrafish

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Ricerca

Immunologia e infezioni

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualizzazione della immunologica Synapse da Dual Color Time-gated emissione stimolata Depletion (STED) Nanoscopia

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Un modello cellule endoteliali Planar for Imaging immunologiche Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

L&#39;analisi dei linfociti stravaso utilizzo di un<em&gt; In Vitro</em&gt; Modello del Sangue-Cervello umano Barriera

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Un'interfaccia utente grafica per semplificare l'analisi dei dati Cytometry alto-dimensionali

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Combinando l'analisi di DNA in un'estrazione di greggio virione con l'analisi del RNA dalle foglie infette per scoprire nuovi Virus genomi

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Uso complementare di tecniche microscopiche e lettura di fluorescenza nello studio delle interazioni Cryptococcus-Amoeba

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Anticorpli uccisione test per valutare le risposte immunologiche contro batteri patogeni

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Applicazione di perturbazioni costanti simili a massaggi sui vitelli per topi e monitoraggio dei conseguenti cambiamenti di pressione intramuscolare

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Funzionalizzazione dei cantilever a microscopio a forza atomica con cellule A T singole o a particella singola per la spettroscopia immunologica a forza a cella singola

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...