Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

我々はプロジェクトのためのコメントやアドバイスを提供するためのビジュアル分析（VIVA）のバンクーバー研究所のメンバーに感謝したいと思います。特に、我々はジョンディル、ブライアンフィッシャー、デビッドダービルに感謝します。我々はまた彼らのサポートと有用な議論をKollmann研究室のメンバーに感謝したいと思います。アレルゲンNCE助成金07 - A1Aと07 - B2Bを;この作品は、アレルギーと国立感染症研究所、健康グラントN01 AI50023の国立研究所によって部分的にサポートされていましたし、健康研究のためのマイケルスミス財団。 TRKは病気 - キッズ基金、子ども家庭総合研究所と共同でカナダの母子保健臨床医科学プログラムにおける保健研究訓練助成金のためのカナダの協会によってバローズウェルカムファンドの広告から生物医学科学のキャリア賞、（によって部分的にサポートされていますブリティッシュコロンビア州）、女性と子どもの健康研究所（アルバータ州）、及び母子保健のマニトバ大学。

1。タブローで探査ベースの分析<ol><li>あなたは、データセットを持っていて、データ内の列の間に様々な関係を探求したい。 <ol><li> （図1）&quot;は、データへの接続&quot;をクリックして、データセットをインポートします。データソースの種類を選択して、データセットをインポートする手順に従ってください。 </li><li> （図1）対策の棚は、データセットから数値列が含まれている間寸法?...

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	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

現代の生物医学研究におけるハイスループット技術の出現は、分析のより効率的な方法を必要とする研究データの爆発につながった。視覚的な分析（VA）は、インタラクティブな視覚インタフェース（1）により促進分析推論の科学である。 VAのアプローチは、コンピュータによってパターンを検出する従来のアプローチとは逆に人間のアナリストの手で分析能力を、復元します。視覚的な分?...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

視覚的な分析（VA）は、インタラクティブな視覚的なディスプレイを介して大規模なデータセットを分析する新しい方法として浮上している。我々は、ユーティリティと生物学的データセットの分析のVAアプローチの柔軟性を示した。免疫学におけるこれらのデータセットの例としては、フローサイトメトリー、ルミネックスのデータ、およびジェノタイピング（例えば、一塩基多型）のデータが含まれています。伝統的な情報の可視化のアプローチとは対照的に、VAは、アナリストは、リアルタイムのデータの探査のプロセスに関与できるようにすることで、アナリストの手で分析力を復元。我々は、いくつかのVAツールを評価した後、タブローというVAソフトウェアを選択する。解析作業データセット内との間で分析の2つのタイプは、アプローチペア解析と呼ばれるを使用してビデオのプレゼンテーションで示された。 VAで定義されているようなペアの分析には、、VAツールの専門家が分析中に、ドメイン専門家とのサイドバイサイドの動作する​​分析手法です。ドメインの専門家は、データの重要性を理解し、収集したデータは対応するかもしれないという疑問を求める人です。ツールの専門家は、これらの質問に答える可能性のあるデータのパターンを見つけることができるようにビジュアライゼーションを作成します。仮説生成とデータの迅速な視覚的な表示との間の短い遅れ時間は、VA方式の主な利点です。

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

視覚的な分析（VA）は、対話的にデータを分析の新しいアプローチです。このビデオでは、我々はハイスループット生物学的実験によってもたらされるデータの過負荷の問題を議論し、そのような問題に対する解決策として、VA提案する。ビデオでは、内と場札と呼ばれるVAツールを使用して免疫学的データセット間の分析を示しています。

ビジュアル分析手法と免疫学的データの解析を容易に

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

ゼブラフィッシュで自動化されたハイコンテンツ炎症アッセイ：創薬を促進する

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

デュアルカラータイム·ゲーティッド誘導放出枯渇（STED）ナノスによる免疫シナプスの可視化

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

イメージング免疫学的シナプスダイナミクス内皮平面内細胞モデル

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

使用してリンパ球血管外漏出の分析<em&gt;インビトロ</em&gt;ヒト血液脳関門のモデル

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: 高次元フローサイトメトリー データの分析を合理化するためのグラフィカル ユーザー インターフェイス

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

新しいウイルスのゲノムを発見する感染葉からの RNA の解析とウイルス粒子粗抽出 DNA の結合解析

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

クリプトコッカスの研究における顕微鏡技術と蛍光読解の補完的利用-アメーバ相互作用

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

病原性細菌に対する免疫学的応答を評価するための Opsonophagocytic 殺害アッセイ

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

マウス子牛に対する一貫したマッサージ様摂動の適用と、結果として生じる筋肉内圧変化のモニタリング

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

免疫学的単一細胞力分光法のための単一T細胞または単一粒子による原子間力顕微鏡片持ちの機能化

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...