Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
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우리는 프로젝트에 대한 의견과 조언을 제공을위한 비주얼 분석 (VIVA)의 밴쿠버 연구소의 구성원을 감사드립니다. 특히, 우리는 존 딜, 브라이언 피셔, 데이비드 다빌 감사하고 싶습니다. 우리는 또한 그들의 지원과 도움이 토론에 대한 Kollmann 실험실의 구성원을 감사드립니다. 이 작품은 국립 알레르기 연구소 전염성 질환, 건강 그랜트 N01 AI50023 국립 연구소에 의해 부분적으로 지원되었다; 알레르기 항원의 제정신의 보조금 07 - A1A 및 07 - B2B 및 건강 연구에 대한 마이클 스미스 재단. TRK는 식 - 어린이 재단, 어린이 가정 연구소와 협력 캐나다 어린이 보건 임상 과학 프로그램의 보건 연구 교육 그랜트를 위해 캐나다의 연구소에 의해 버로우즈 웰컴 펀드 광고에서 의생명 과학의 경력 수상 (에 의해 일부 지원 브리티시 컬럼비아), 여성과 어린이 건강 연구소 (앨버타) 및 아동 보건 연구소 마니토바.

1. 테이블오을 탐험 기반 분석 <ol><li> 당신은 데이터 세트를 당신은 데이터 내의 열 사이의 다양한 관계를 탐험 싶어요. <ol><li> (그림 1) &#39;데이터에 연결&#39;을 클릭하여 DataSet을 가져옵니다. 데이터 원본 유형을 선택하고 데이터 집합을 가져올 지침을 따르십시오. </li><li> (그림 1) 측정 선반은 DataSet에서 숫자 컬럼을 포함하는 동안 크기의 선반이 범주에 속하는 열이 포함되어 있는지 확인합니다...

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	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

현대 생물 의학 연구에 높은 처리량 기술의 출현은 분석보다 효율적인 방법을 필요로 연구 데이터의 폭발되었다. 영상 분석 (VA)는 인터랙티브 비주얼 인터페이스 (1)에 의해 촉진 분석 추론의 과학이다. VA 방식은 컴퓨터에 의해 패턴을 감지하는 전통적인 접근에 반하는 인간 분석의 손에있는 분석 능력을 복원합니다. 영상 분석은 이러한 국방 연구 (1) 허리케인 동향 (2) 등 다양한 분야의 연구에 ?...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

영상 분석 (VA)는 인터랙티브 영상 디스플레이를 통해 대형 데이터 세트를 분석하는 새로운 방법으로 떠오르고있다. 우리는 유틸리티 및 생물 학적 데이터 세트의 분석에 VA 방식의 유연성을 보여주었다. 면역학에서 이러한 데이터 세트의 예는 유동세포계측법, Luminex 데이터, genotyping (예 : 단일 염기 다형성) 데이터를 포함합니다. 전통적인 정보 시각화 방식과는 반대로, VA는 분석이 실시간 데이터 탐사 과정에 참여할 수 있도록함으로써 애널리스트의 손에 분석 능력을 복원합니다. 우리는 몇 가지 VA 도구를 평가 후 테이블오라는 VA 소프트웨어를 선택했습니다. 분석 작업 집합 내의 사이 분석의 두 가지 유형의 접근 이점 분석라는 사용하여 비디오 프레 젠 테이션에서 시연했다. 로 VA에 정의된 결합하여 분석, VA 도구 전문가는 분석 도중에 도메인 전문가와 함께 나란히 작동하는 분석 방법입니다. 도메인 전문가는 데이터의 중요성을 이해하고, 수집된 데이터가 주소에있는 것 같은 그런 질문을 한 것입니다. 도구 전문가 그런 다음 질문에 대답 수있는 데이터의 패턴을 찾을 수 있도록 시각화를 생성합니다. 가설 생성 및 데이터의 빠른 영상 표시 사이의 짧은 지연 시간은 VA 방식의 큰 장점입니다.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

영상 분석 (VA)는 대화식으로 데이터를 분석하는 새로운 접근 방식입니다. 이 비디오에서는, 우리는 높은 처리량 생물학 실험에 의해 가져온 데이터 과부하 문제를 논의하고, 그러한 문제에 대한 솔루션으로 VA를 만나볼 수 있습니다. 비디오 이내에 테이블오라는 VA 도구를 사용하여 면역 데이터 세트 사이의 분석을 보여줍니다.

비주얼 분석 기법과 면역 데이터 분석을 촉진

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

촉진 약물 디스커버리 : Zebrafish의 자동화된 하이 컨텐츠 염증 분석

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

연구

면역학 및 감염병학

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

이중 색깔 시간 게이트 자극 방출 고갈 (STED) Nanoscopy에 의한 면역 시냅스의 시각화

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

이미징 면역 시냅스 역학에 대한 내피 평면 셀 모델

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

를 사용하여 림프구 혈관 외로 유출 분석<em&gt; 체외</em&gt; 인간의 혈액 - 뇌 장벽의 모델

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: 높은 차원 Cytometry 데이터의 분석을 합리화 하기 위한 그래픽 사용자 인터페이스

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

새로운 바이러스 게놈을 발견 감염 된 잎에서 RNA 분석 원유 Virion 추출에 DNA의 결합 분석

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

크립토코커스-아메바 상호 작용 을 연구할 때 현미경 기술과 형광 읽기의 상호 보완적 사용

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic 살해 분석 결과 세균성 병원 체에 대 한 면역학 응답을 평가 하

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

마우스 종아리에 일관된 마사지와 같은 섭동을 적용하고 근육 내 압력 변화를 모니터링

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

단일 T 세포또는 면역 학적 단세포 힘 분광학을 위한 단입자를 가진 원자력 현미경 캔틸레버의 기능화

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...