Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Gostaríamos de agradecer aos membros do Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) para oferecer comentários e sugestões para o projeto. Em particular, gostaríamos de agradecer a John Dill, Brian Fisher, e David Darvill. Gostaríamos também de agradecer aos membros do laboratório Kollmann pelo apoio e discussões úteis. Este trabalho foi financiado em parte pelo Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas, Instituto Nacional de Saúde Grant N01 AI50023; Grants Allergen NCE 07-07-A1A e B2B, eo Michael Smith Fundação para a Pesquisa em Saúde. TRK é suportado, em parte, por um Prémio Carreira na Ciência Biomédica da ad Burroughs Wellcome Fund por um Canadian Institutes for Health Research Grant Formação em Canadian Criança Programa de Saúde Clínico Scientist, em parceria com Doente-Kids Foundation, Criança e Família (Instituto de Pesquisa British Columbia), Saúde da Mulher e da Criança Research Institute (Alberta), e Manitoba Institute of Child Health.

1. Exploração baseada em Análise de Tableau <ol><li> Você tem um conjunto de dados e você deseja explorar as várias relações entre as colunas dentro dos dados. <ol><li> (Figura 1) Importe o conjunto de dados, clicando em &#39;Connect aos dados &quot;. Escolha o tipo de fonte de dados e siga as instruções para importar o seu conjunto de dados. </li><li> (Figura 1) Certifique-se que a plataforma dimensões contém colunas categóricas, enquanto a prateleira medidas contém colunas do conjunto de dados numéric...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

O advento da tecnologia de alto rendimento na pesquisa biomédica moderna conduziu a uma explosão de dados de pesquisa que requer uma maneira mais eficiente de análise. Visual analytics (VA) é a ciência do raciocínio analítico facilitada pela interativo interfaces visuais (1). A abordagem VA restaura o poder analítico nas mãos do analista humano, ao contrário da abordagem tradicional para detectar padrões por computador. Visual analytics tem sido aplicada à pesquisa em vários campos, tais como a defesa de pe...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visual analytics (VA) tem emergido como uma nova forma de analisar grande volume de dados através de display visual interativo. Demonstramos a utilidade ea flexibilidade de uma abordagem VA na análise de conjuntos de dados biológicos. Exemplos destes conjuntos de dados em imunologia incluem citometria de fluxo, dados Luminex e genotipagem (por exemplo, o polimorfismo de nucleotídeo único) de dados. Contrariamente à abordagem tradicional de visualização de informação, VA restaura o poder de análise nas mãos do analista, permitindo que o analista se engajar em tempo real processo de exploração de dados. Nós selecionamos o software chamado VA Tableau após avaliar várias ferramentas VA. Dois tipos de tarefas de análise de análise dentro e entre os conjuntos de dados foram demonstrados na apresentação de vídeo utilizando uma abordagem chamada análise pareada. Análise pareada, conforme definido no VA, é uma abordagem de análise em que um especialista ferramenta VA trabalha lado a lado com um especialista de domínio durante a análise. O especialista de domínio é aquele que entende o significado dos dados, e faz as perguntas que os dados coletados possam endereço. O especialista ferramenta cria visualizações para ajudar a encontrar padrões nos dados que possam responder a estas perguntas. O curto intervalo de tempo entre a geração de hipóteses ea exibição rápida visual dos dados é a principal vantagem de uma abordagem VA.

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Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visual analytics (VA) é uma nova abordagem de análise de dados de forma interativa. Neste vídeo, discutimos o problema de sobrecarga de dados causada por high-throughput experimentos biológicos, e propor VA como uma solução para esse problema. O vídeo demonstra a análise dentro e entre os conjuntos de dados imunológicos usando uma ferramenta chamada Tableau VA.

Facilitar a Análise de Dados com Visual imunológicos Técnicas Analíticas

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Facilitar Drug Discovery: um ensaio automatizado de alta Inflamação conteúdo em Zebrafish

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Imunologia e Infecção

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualização do imunológica Synapse por Dual Color Time-fechado Emissão Estimulada Exaustão (STED) Nanoscopia

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Um modelo de celular endotelial Planar for Imaging imunológica Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Análise de Linfócitos extravasamento Usando um<em&gt; In Vitro</em&gt; Modelo do Sangue-Cérebro humano Barreira

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Uma Interface gráfica do usuário para racionalizar a análise de dados de alta dimensão Cytometry

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Combinando a análise de DNA em uma extração do Virion bruto com a análise do RNA das folhas infectadas para descobrir novos vírus de genomas

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Uso complementar de técnicas microscópicas e leitura de fluorescência no estudo de Cryptococcus-Amoeba interações

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Ensaio de matar Opsonophagocytic para avaliar as respostas imunológicas contra patógenos bacterianos

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Aplicação de consistente massagem-como perturbações em bezerros do mouse e monitoramento das mudanças de pressão intramuscular resultante

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Functionalization dos Cantialavancos do microscópio da força atômica com únicas-células de T ou único-partícula para a espectroscopia imunológica da força da único-pilha

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...