Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Vi vill tacka ledamöterna i Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) för att erbjuda kommentarer och råd för projektet. Framför allt vill vi tacka John Dill, Brian Fisher, och David Darvill. Vi vill också tacka medlemmarna i Kollmann labbet för deras stöd och hjälp diskussioner. Detta arbete stöddes delvis av National Institute of Allergy och infektionssjukdomar, National Institute of Health Grant N01 AI50023, allergen IOU Bidrag 07-A1A och 07-B2B, och Michael Smith Stiftelsen för hälsoforskning. TRK stöds delvis av en karriär Award i Biomedicinsk vetenskap från Burroughs Wellcome Fund annons genom en kanadensisk Institutes for Health Research Training Grant i kanadensiska barnhälsovård klinikern Scientist Program i samarbete med Sick-Kids Foundation, barn och familj Forskningsinstitut ( British Columbia), Kvinnors och barns hälsa Research Institute (Alberta) och Manitoba Institute of Child Health.

1. Exploration analys på tablån <ol><li> Du har en datamängd och du vill utforska de olika relationer mellan kolumner i informationen. <ol><li> (Figur 1) Import datasetet genom att klicka på &quot;Anslut till data&quot;. Välj den datakälla typ och följ instruktionerna för att importera din databas. </li><li> (Figur 1) Se till att måtten hyllan innehåller kategoriska kolumner medan åtgärderna hyllan innehåller numeriska kolumner från din databas. Ibland kan en dimension kolumn som ämne identifierare kan ...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

Tillkomsten av hög genomströmning teknik i modern biomedicinsk forskning har lett till en explosion av forskningsdata som kräver ett mer effektivt sätt för analys. Visual Analytics (VA) är vetenskapen om analytiska resonemang underlättas av interaktiva visuella gränssnitt (1). VA-approach återställer den analytiska kraften i händerna på mänskliga analytiker, i motsats till den traditionella metoden för att upptäcka mönster av dator. Visuell analys har använts till forskning inom olika områden, som t.ex...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visual Analytics (VA) har vuxit fram som ett nytt sätt att analysera stora datamängder genom interaktiva visuell display. Vi har visat nyttan och flexibiliteten i en VA synsätt i sin analys av biologiska data. Exempel på dessa dataset i immunologi omfattar flödescytometri, Luminex data och genotypning (t.ex. enda nukleotid polymorfism) data. I motsats till den traditionella informationsvisualisering synsätt återställer VA analysen makten i händerna på analytikern genom att låta analytiker att engagera sig i realtid utforskande process. Vi valde VA programvara kallad tablån efter att ha utvärderat flera VA verktyg. Två typer av analyser arbetsuppgifter analys inom och mellan datamängder visades i videon presentation med hjälp av en metod som kallas parade analys. Kopplade analys, enligt VA, är en analys strategi, där en VA verktyg expert arbetar sida vid sida med en domän expert under analysen. Domänen experten är den som förstår betydelsen av uppgifterna, och ber de frågor som de insamlade uppgifterna kan adressen. Verktyget expert skapar sedan visualiseringar för att hitta mönster i data som kan besvara dessa frågor. Den korta fördröjning-tid mellan hypotesen generationen och den snabba visuell display av data är den största fördelen med en VA strategi.

Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visual Analytics (VA) är en ny metod att analysera data interaktivt. I den här videon diskuterar vi de data overload problemet orsakades av hög genomströmning biologiska experiment, och föreslå VA som en lösning på dessa problem. Videon visar analysen inom och mellan immunologiska datamängder med hjälp av en VA verktyg kallat tablån.

Underlättar analysen av immunologiska data med Visual analytiska tekniker

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Underlätta Drug Discovery: En automatiserad hög halt Inflammation analys i zebrafisk

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualisering av den immunologiska Synapse av Dual Color Time-gated stimulerad emission Utarmning (Sted) nanoskopi

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

En Endothelial Planar Cell Modell för Imaging Immunologisk Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analys av Lymphocyte Extravasation Med användning av ett<em&gt; In Vitro</em&gt; Modell av det mänskliga blod-hjärnbarriären

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Ett grafiskt användargränssnitt för att effektivisera analys av högdimensionella flödescytometri Data

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Att kombinera analys av DNA i en rå Virion extraktion med analysen av RNA från infekterade blad att upptäcka nya Virus arvsmassa

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Kompletterande användning av mikroskopiska tekniker och fluorescens läsning i studera Cryptococcus-amoeba interaktioner

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Lägre dödande Assay att bedöma immunologiska reaktion mot bakteriella patogener

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Tillämpning av konsekvent massage-liknande Perturbations på mus kalvar och övervaka de resulterande intramuskulärt tryckförändringar

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Funktionalisering av atomkraftmikroskop Cantispakar med Single-T-celler eller Single-partikel för immunologiska Single-cell Force spektroskopi

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...