Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Biz proje için bir yorum ve öneriler sunmak için Visual Analytics (VIVA) Vancouver Enstitüsü üyelerine teşekkür etmek istiyorum. Özellikle, biz, John Dereotu, Brian Fisher ve David Darvill teşekkür etmek istiyorum. Ayrıca, verdikleri destek ve yararlı tartışmalar için Kollmann laboratuar üyelerine teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, Ulusal Alerji Enstitüsü ve Bulaşıcı Hastalıklar, Ulusal Sağlık Hibe N01 AI50023 Enstitüsü tarafından desteklenen; allerjen NCE Hibeler 07-A1A ve 07-B2B ve Michael Smith Sağlık Araştırma Vakfı. TRK Hasta Çocuk Vakfı, Çocuk ve Aile Araştırma Enstitüsü ile işbirliği içinde, Sağlık Araştırma Eğitim Kanada Çocuk Sağlığı Klinisyen Scientist Programı Hibe için Kanadalı bir Enstitüleri tarafından Burroughs Wellcome Fonu reklam Biyomedikal Bilim Kariyer Ödülü, (kısmen desteklenir British Columbia), Kadın ve Çocuk Sağlığı Araştırma Enstitüsü (Alberta) ve Manitoba Çocuk Sağlığı Enstitüsü.

1. Keşif-tabanlı Tableau Analizi <ol><li> Bir veri kümesi varsa ve içinde veri sütunları arasında çeşitli ilişkiler keşfetmek istiyorsanız. <ol><li> (Şekil 1) &#39;verilere bağlanma&#39; tıklayarak veri kümesi alma. Veri kaynağı türünü seçin ve veri kümesi almak için yönergeleri izleyin. </li><li> (Şekil 1) önlemler raf dataset sayısal sütunları içerir boyutları raf kategorik sütun içerdiğini emin olun. Bazen teselsül ise konu tanımlayıcı olarak bir boyut sütun tedbir olarak lis...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

Modern biyomedikal araştırma yüksek verimlilik teknolojisinin gelişiyle araştırma verileri daha verimli bir şekilde analiz gerektiren bir patlamaya yol açtı. Visual analitik (VA), analitik akıl interaktif görsel arayüzleri (1) kolaylaştırdı bilim dalıdır. VA yaklaşım bilgisayar tarafından kalıplarını tespit etmek için geleneksel yaklaşımın aksine, insan analisti elinde analitik güç, geri yükler. Visual analitik savunma araştırma (1) ve kasırga eğilimleri (2) gibi çeşitli alanları, ar...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visual analitik (VA), interaktif görsel ekran üzerinden büyük veri analiz etmek için yeni bir yol olarak ortaya çıkmıştır. Biz programı ve biyolojik veri setlerinin analizi VA yaklaşımın esnekliği göstermiştir. Immünoloji, bu veri setlerinin Örnekler flow sitometri, LUMINEX veri ve genotipleme (örneğin, tek nükleotid polimorfizmi) verileri içerir. Geleneksel bilgi görselleştirme yaklaşımının aksine, VA, analist, gerçek zamanlı veri arama sürecinde yapmaya izin vererek analistin elinde analiz gücünü tekrar geri kazandırır. Biz, çeşitli VA araçları değerlendirdikten sonra Tableau adlı VA yazılım seçti. İki tür veri setleri içinde ve arasında analiz analiz görevleri eşleştirilmiş analizi olarak adlandırılan bir yaklaşım kullanarak video sunumu gösterildi. VA olarak tanımlanan Eşleştirilmiş analizi, bir VA aracı uzmanı analizi sırasında bir etki alanı uzmanı ile yan yana çalıştığı bir analiz yaklaşımı. Etki alanı uzman verilerin önemini anlıyor ve toplanan verilerin ele sorular sorar. Aracı uzman daha sonra, bu sorulara cevap olabilecek veri desenleri bulmanıza yardımcı olmak için görselleştirme oluşturur. Hipotez üretme ve verilerin hızlı bir görsel ekran arasında kısa bir gecikme süresi VA yaklaşımın en önemli avantajlarından biridir.

Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visual analitik (VA), etkileşimli veri analiz yeni bir yaklaşım. Bu video, yüksek verimli biyolojik deneyler tarafından getirilen veri aşırı sorunu tartışmak ve bu soruna bir çözüm olarak VA teklif. Içinde ve immünolojik veri setleri arasındaki Tableau denilen bir VA aracını kullanarak video analizi göstermektedir.

Visual Analitik Teknikleri ile İmmünolojik Veri Analizi kolaylaştırılması

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Kolaylaştırılması İlaç Keşfi: Zebra balığı An Otomatik Yüksek içeriği Enflamasyon Assay

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Çift Renkli Zaman-kapılı Uyarılmış Emisyon tükenmesi (STED) Nanoscopy tarafından İmmünoloji Synapse görselleştirme

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Görüntüleme İmmünoloji Synapse Dynamics için bir Endotel Hücre Modeli Düzlemsel

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Bir kullanma Lenfosit Ekstravazasyonunun analizi<em&gt; İn Vitro</em&gt; İnsan Kan-beyin bariyeri Model

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: yüksek boyutlu sitometresi veri analizi düzene için bir grafik kullanıcı arabirimi

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Ham Virion ayıklama DNA analizi yeni virüs genleri keşfetmek için virüslü yaprakları gelen RNA analizi ile birleştirerek

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Kripokus-Amoeba etkileşimlerinde mikroskobik teknikler ve floresans okuma tamamlayıcı kullanımı

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic öldürme tahlil bakteriyel patojenlere karşı immünolojik yanıt değerlendirmek için

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Fare Buzağılarına Tutarlı Masaj Benzeri Pertürbasyonların Uygulanması ve Bunun Sonucu Kas içi Basınç Değişikliklerinin İzlenmesi

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Tek-T hücreleri veya tek parçacık Immünolojik tek hücreli kuvvet spektroskopisi ile Atomic Force mikroskop Cantilevers functionalization

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...