قبل تصدير mRNAs إلى السيتوبلازم، من الضروري فحص كل mRNA للتأكد من سلامته الهيكلية والوظيفية. تستخدم الخلايا حقيقية النواة عدة آليات مختلفة، تُعرف مجتمعة باسم مراقبة mRNA، للبحث عن المخالفات في mRNAs. يتحلل سريعاً بفعل الإنزيمات المختلفة. إذا أفلت mRNA المعيب من المراقبة، فسيتم ترجمته إلى بروتين قد يكون إما غير فعال أو لا يعمل بشكل صحيح. أحد المخالفات الأولية في mRNA هو وجود كودون توقف سابق لأوانه. هذا هو نتيجة الطفرات التسلسلية التي ترمز للكودون الموقِف قبل الأوان في إطار القراءة. ينتج عن هذه الطفرات ما يقدر بنحو 30 ٪ من الاضطرابات الوراثية الموروثة في البشر. تتحلل mRNAs في مسار يعرف باسم الانحلال الوسيط اللامعقول (NMD). يختلف NMD عن مسارات الانحلال الأخرى عن طريق التحلل السريع للـ mRNAs باستخدام 3′؛→؛ 5′؛ نوكليازات خارجية.

تكتشف آلية تحلل سائدة أخرى عدم وجود تعديلات ما بعد النسخ في RNA المرسال. يتم تعديل نسخ RNA بوليميراز II نسخاً متماثلاً باستخدام 5’؛ غطاء G الميثلي، ومعظمها يحتوي على سلسلة من بقايا الأدينين في النهاية 3'. عدم وجود أي من هاتين الميزتين أو كليهما، يستهدف mRNA لـ 5′ ؛ →؛3′ ؛ اضمحلال النواة الخارجية.

قد تحدث انحرافات أخرى إذا كان RNA المرسال يحتوي على طفرة نوكليوتيد واحدة. على الرغم من أن هذا النوع من عدم الانتظام يُلاحظ بشكل متكرر في الحمض النووي الريبي، يمكن أيضًا تعديل mRNAs في وجود أنواع الأكسجين التفاعلية (ROS)، وضوء الأشعة فوق البنفسجية، وعوامل الألكلة. تم الكشف عن التعديلات الكيميائية التي تسببها هذه العوامل بواسطة مسارات NMD، التسوس بدون توقف (NSD) ومسارات التحلل غير المنتظم (NGD). تستخدم كل هذه المسارات بروتينات متخصصة حساسة للتلف التأكسدي. تتعرف هذه البروتينات على القواعد المؤكسدة وتوجه mRNAs المعدلة إلى مسارات التحلل التي تستخدم نوكليازات لهضم mRNAs.

بينما تستهدف مسارات التحلل التي تمت مناقشتها هنا mRNAs غير المنتظمة، فإنها تعمل أيضاً على تقليل تنظيم mRNAs الخلوية العادية عندما لا تحتاج إلى الترجمة. هذه العملية، المصنفة رسمياً على أنها دوران mRNA، مهمة أيضاً للحفاظ على المستويات المثلى من mRNA في التجمع الخلوي.