לפני ייצוא mRNA לציטופלסמה, חיוני לבדוק כל mRNA לשלמות מבנית ותפקודית. תאים אאוקריוטים משתמשים במספר מנגנונים שונים, הידועים בשם הכולל מעקב mRNA, כדי לחפש אי-סדרים ב-mRNA. mRNA לא סדיר או חריג מתפרק במהירות על ידי אנזימים שונים. אם mRNA פגום חומק מהמעקב, הוא יתורגם לחלבון שיהיה לא פונקציונלי או לא יתפקד כראוי. אחת האי-סדירות העיקריות ב-mRNA היא נוכחות קודון עצירה מוקדם. זוהי תוצאה של מוטציות רצף המקודדות קודון עצור בטרם עת במסגרת הקריאה. כ-30% מההפרעות הגנטיות התורשתיות בבני אדם נובעות ממוטציות אלה. mRNA אלה מתפרקים במסלול המכונה ריקבון בתיווך שטויות (NMD). NMD שונה ממסלולי דעיכה אחרים בכך שהוא מפרק במהירות mRNA באמצעות אקסונוקלאזות 3′→5′.

מנגנון דעיכה נפוץ נוסף מזהה חוסר בשינויים שלאחר שעתוק ב-mRNA. תעתיקי RNA פולימראז II עוברים שעתוק משותף עם מכסה G מתילציה של 5 אינץ', ולרובם יש שרשרת של שאריות אדנין בקצה 3'. היעדר אחת מהתכונות הללו או שתיהן, מכוון את ה-mRNA לדעיכה אקסונוקלאוליטית של 5′→3′.

סטיות אחרות עשויות להופיע אם ל- mRNA יש מוטציה נוקלאוטיד יחידה. למרות שסוג זה של אי-סדירות נצפה לרוב ב-tRNAs, mRNA יכול להשתנות גם בנוכחות מיני חמצן תגובתי (ROS), אור UV וחומרים אלקילטים. שינויים כימיים הנגרמים על ידי חומרים אלה מזוהים על ידי מסלולי NMD, ריקבון ללא הפסקה (NSD) ודעיכה ללא תנועה (NGD). כל המסלולים האלה משתמשים בחלבונים מיוחדים הרגישים לנזקי חמצון. חלבונים אלה מזהים בסיסים מחומצנים ומכוונים את ה-mRNA שעבר שינוי למסלולי פירוק המשתמשים בנוקלאזות כדי לעכל את ה-mRNAs.

בעוד שמסלולי הפירוק שנדונו כאן מכוונים ל-mRNA לא סדיר, הם גם מווסתים מטה mRNA תאי נורמלי כאשר אין צורך לתרגם אותם. תהליך זה, המסווג רשמית כתחלופת mRNA, חשוב גם כדי לשמור על רמות אופטימליות של mRNA במאגר התאי.