Zanim mRNA zostaną wyeksportowane do cytoplazmy, ważne jest, aby sprawdzić każde mRNA pod kątem integralności strukturalnej i funkcjonalnej. Komórki eukariotyczne wykorzystują kilka różnych mechanizmów, znanych łącznie jako nadzór mRNA, w celu poszukiwania nieprawidłowości w mRNA. Nieregularne lub nieprawidłowe mRNA są szybko degradowane przez różne enzymy. Jeśli wadliwe mRNA uniknie nadzoru, zostanie przetłumaczone na białko, które albo nie będzie funkcjonalne, albo nie będzie działać prawidłowo. Jedną z podstawowych nieprawidłowości w mRNA jest obecność przedwczesnego kodonu stop. Jest to wynik mutacji sekwencji, które kodują kodon stop przedwcześnie w ramce odczytu. Szacuje się, że 30% dziedzicznych zaburzeń genetycznych u ludzi wynika z tych mutacji. Te mRNA są degradowane w szlaku znanym jako rozpad za pośrednictwem nonsensu (NMD). NMD różni się od innych szlaków rozpadu szybką degradacją mRNA przy użyciu egzonukleaz 3′→5′.

Innym powszechnym mechanizmem rozpadu jest brak modyfikacji potranskrypcyjnych w mRNA. Transkrypty polimerazy II RNA są modyfikowane kotranskrypcyjnie za pomocą 5' metylowanego kapu G, a większość z nich ma łańcuch reszt adeniny na końcu 3'. Brak jednej lub obu tych cech jest ukierunkowany na mRNA w rozpad egzonukleolityczny 5′→3′.

Inne aberracje mogą zostać wprowadzone, jeśli mRNA ma mutację pojedynczego nukleotydu. Chociaż ten rodzaj nieregularności jest najczęściej obserwowany w tRNA, mRNA mogą być również modyfikowane w obecności reaktywnych form tlenu (ROS), światła UV i środków alkilujących. Modyfikacje chemiczne wywołane przez te czynniki są wykrywane przez NMD, szlaki rozpadu non-stop (NSD) i rozpadu no-go (NGD). Wszystkie te szlaki wykorzystują wyspecjalizowane białka, które są wrażliwe na uszkodzenia oksydacyjne. Białka te rozpoznają utlenione zasady i kierują zmodyfikowane mRNA do szlaków degradacji, które wykorzystują nukleazy do trawienia mRNA.

Podczas gdy omówione tutaj szlaki degradacji są ukierunkowane na nieregularne mRNA, regulują one również w dół normalne komórkowe mRNA, gdy nie muszą być translowane. Proces ten, formalnie klasyfikowany jako obrót mRNA, jest również ważny dla utrzymania optymalnego poziomu mRNA w puli komórkowej.