JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

Here we describe a method for bacterial RNA isolation from Listeria monocytogenes bacteria growing inside murine macrophages. This technique can be used with other intracellular pathogens and mammalian host cells.

Abstract

Analysis of the transcriptome of bacterial pathogens during mammalian infection is a valuable tool for studying genes and factors that mediate infection. However, isolating bacterial RNA from infected cells or tissues is a challenging task, since mammalian RNA mostly dominates the lysates of infected cells. Here we describe an optimized method for RNA isolation of Listeria monocytogenes bacteria growing within bone marrow derived macrophage cells. Upon infection, cells are mildly lysed and rapidly filtered to discard most of the host proteins and RNA, while retaining intact bacteria. Next, bacterial RNA is isolated using hot phenol-SDS extraction followed by DNase treatment. The extracted RNA is suitable for gene transcription analysis by multiple techniques. This method is successfully employed in our studies of Listeria monocytogenes gene regulation during infection of macrophage cells 1-4. The protocol can be easily modified to study other bacterial pathogens and cell types.

Introduction

مسببات الأمراض البكتيرية بين الخلايا ─ البكتيريا المسببة للأمراض المعدية وقادرة على النمو والتكاثر داخل الخلايا الجنود البشري ─ لا مشكلة صحية رئيسية في جميع أنحاء العالم 5. غزو ​​وتكرار داخل الخلية الثديية، وقد اكتسبت مسببات الأمراض داخل الخلايا آليات الفوعة متطورة والعوامل. في حين أن هذه الآليات الأساسية إلى القدرة على التسبب في المرض، ونحن لا نعرف إلا القليل عن تنظيم وديناميتها. منذ ملامح التعبير الجيني من البكتيريا نما في وسائل الإعلام السائل لا تعكس البيئة الفعلية داخل الخلايا المضيفة، هناك حاجة متزايدة لTranscriptome على تحليل البكتيريا نما في منافذها داخل الخلايا. وهذه التحليلات تمكين فك رموز من التعديلات البكتيرية المحددة الناجمة عن المضيف، وسوف تساعد على تحديد أهداف جديدة للتصميم العلاجية. تحليل Transcriptome على من البكتيريا نما داخل الخلية التي تشكل تحديا كبيرا منذ RNA الثدييات يفوق عدد الجيش الملكي النيبالي البكتيرية التي كتبها فيلا يقل عن عشرة أضعاف. في هذا المخطوط، وصفنا طريقة تجريبية لعزل الحمض النووي الريبي البكتيرية من الليستيريا المستوحدة نمو البكتيريا داخل خلايا البلاعم الفئران. الحمض النووي الريبي المستخرج يمكن استخدامها لدراسة التعديلات داخل الخلايا وآليات الفوعة من البكتيريا المسببة للأمراض من خلال تقنيات مختلفة من التحليل النسخ، مثل RT-PCR، RNA تسلسل، ميكروأري وغيرها من التكنولوجيات التهجين مقرها.

اللستيريا L. هي العامل المسبب لداء الليستريات في البشر، وهو مرض مع المظاهر السريرية تستهدف في المقام الأول الأفراد المناعة والمسنين والنساء الحوامل 6. هذا هو الممرض داخل الخلايا الاختياري موجبة الجرام أن يغزو مجموعة واسعة من خلايا الثدييات التي استخدمت لعقود نموذجا في التفاعلات المضيف الممرض يدرس 7. على الغزو، ويقيم في البداية في فجوة أو يبلوع (في حالة الخلايا البلعمية)، والتي يجب أن الهروب إلى رانه استضافة العصارة الخلوية الخلية من أجل تكرار. وقد تبين أن عدة عوامل الفوعة للتوسط في عملية الهروب، وعلى رأسها ما يسمى بحالة دموية تشكيل المسام، Listeriolysin O (LLO) واثنين من فوسفوليباز إضافية 8. في العصارة الخلوية للبكتيريا تستخدم المضيف الآلات الأكتين البلمرة لدفع أنفسهم على خيوط الأكتين داخل الخلية وتنتقل من خلية إلى أخرى (الشكل 1). كلها عوامل الفوعة الرئيسية للL. اللستيريا المشاركة في الغزو، والبقاء داخل الخلايا وتكرارها، وتفعيلها من خلال النسخ المنظم الفوعة الماجستير، PrfA. 8-10.

في العقد الماضي، العديد من الدراسات التي أجريت من قبل الولايات المتحدة وآخرون أساليب تحليل Transcriptome على من البكتيريا نما داخل الخلية تطبيقها بنجاح داخل الخلايا المضيفة 2،11-15. وتستخدم نهجين رئيسيين لفصل الحمض النووي الريبي البكتيرية من المضيف الحمض النووي الريبي والتي تقوم على: 1) إثراء الانتقائي من الحمض النووي الريبي البكتيرية و2) عزل الحمض النووي الريبي عن طريق زراعية مختلفةتحلل الخلية rential. يعتمد الأسلوب الأول على التهجين مطروح من إجمالي مقتطفات الحمض النووي الريبي لجزيئات الحمض النووي الريبي الثدييات (على سبيل المثال باستخدام مجموعات المتاحة تجاريا) أو التقاط الانتقائي للتسلسل كتب البكتيرية (الاسكتلنديين) 11. ويعتمد النهج الثاني على تحلل التفاضلية من البكتيريا والخلايا المضيفة، التي يتم فيها هي lysed الخلايا المضيفة بينما تبقى الخلايا البكتيرية سليمة. ثم يتم فصل الخلايا البكتيرية من المحللة الخلية المضيفة، عادة عن طريق الطرد المركزي، ويتم استخراج الحمض النووي الريبي باستخدام التقنيات القياسية. المشكلة الرئيسية باستخدام هذا النهج هو الذي جنبا إلى جنب مع البكتيريا سليمة، يتم عزل الخلايا المضيفة أيضا نوى، وبالتالي فإن الاستعدادات الحمض النووي الريبي لا تزال تحتوي على الحمض النووي الريبي الثدييات. طريقة واحدة للتغلب على هذه المشكلة هي فصل البكتيريا سليمة من نوى الخلايا المضيفة باستخدام الطرد المركزي التفاضلي، رغم أن هذا الإجراء عادة ما يستغرق وقت رفع قلق من التغيرات في الجينات الشخصية التعبير أثناء الاستخراج. في هذه الورقة نقدم لبا تحسين والسريعبروتوكول استخراج cteria RNA، الذي يقوم على نهج تحلل الخلية التفاضلية. أولا، L. وهي lysed اللستيريا إصابة خلايا البلاعم مع الماء البارد. وبعد ذلك، تتم إزالة النوى بلعم بواسطة الطرد المركزي وجيزة والبكتيريا سليمة يتم جمع بسرعة على مرشحات، والتي من الحمض النووي الريبي المعزولة من خلال استخراج الفينول SDS الساخن من الأحماض النووية البكتيرية.

Protocol

ملاحظة: خلال التجربة بأكملها، يتم تحضين خلايا البلاعم عند 37 درجة مئوية في 5٪ CO 2 حاضنة الهواء القسري واتخاذها للخروج من الحاضنة فقط عن التلاعب التجريبية، التي تتم في مجلس الوزراء السلامة البيولوجية من الدرجة الثانية. العمل مع L. بكتيريا الليستريا هي وفقا لمستوى السلامة البيولوجية 2 اللوائح.

1. خلية التحضير والعدوى البكتيرية (يوم 1 و 2)

  1. اليوم 1
    1. البذور نخاع 2.0 × 10 7 العظام الخلايا المشتقة من البلاعم (BMDM) على طبق 145 ملم في 30 مل BMDM + القلم بكتيريا وسائل الإعلام (الجدول 2). البذور 3 لوحات لكل سلالة بكتيرية ليتم تحليلها. احتضان ليلا 37 درجة مئوية في 5٪ CO 2 حاضنة القسري في الهواء.
    2. بدء ثقافة البكتيرية بين عشية وضحاها من النوع البري (WT) L. المستوحدة 10403S السلالة في 10 مل من القلب الدماغ ضخ (BHI) المتوسطة، عند 30 درجة مئوية في حاضنة القياسية. أنابيب مكان ثقافة مائلة دون أن تهتز. ملاحظة:هذه الشروط نمو يصل تنظيم التعبير عن الجينات سياط، وهو ما يعزز العدوى كفاءة.
  2. يوم 2
    1. المتوسطة قبل الدافئة BMDM (بدون المضادات الحيوية القلم بكتيريا) (الجدول 2) والفوسفات مخزنة المالحة (PBS) عند 37 درجة مئوية.
    2. غسل أحادي الطبقة بلعم مرتين مع 25 مل من قبل تحسنت برنامج تلفزيوني لإزالة المضادات الحيوية. إضافة 30 مل الطازجة BMDM المتوسطة.
    3. غسل 1.5 مل من ثقافة البكتيرية بين عشية وضحاها مع برنامج تلفزيوني عن طريق الطرد المركزي البكتيريا في> 14000 x ج لمدة 1 دقيقة، ونبذ طاف، وإعادة التعليق البكتيريا بلطف في 1.5 مل من برنامج تلفزيوني قبل pipetting. كرر مرتين.
    4. تصيب كل لوحة بلعم مع 0.5 مل من الثقافة بين عشية وضحاها غسلها من النوع البري L. الليستريا. في حالة استخدام لوحات متعددة، ويصيب كل لوحة 15 دقيقة بعيدا. وهذا الفاصل الزمني تمكين حصاد كل لوحة على حدة في نهاية العدوى.
      ملاحظة: يتم يعاير وافر من العدوى (وزارة الداخلية) من خلال طلاء التخفيف المتسلسلالصورة من ثقافة البكتيرية المستخدمة للعدوى على لوحات BHI أجار والفرز مستعمرة (كفو) بعد 24 ساعة حضانة لوحات عند 37 درجة مئوية. باستخدام 0.5 مل من WT L. اللستيريا سلالة النتائج 10403S في وزارة الداخلية من ~ 100 (100 البكتيريا كفو لكل خلية بلعم). عند تحليل المسوخ البكتيرية معيبة في نمو الخلايا، ينبغي النظر في وزارة الداخلية أعلى.
    5. بعد 0.5 حضانة ساعة على 37 درجة مئوية، وغسل الخلايا المصابة مرتين مع برنامج تلفزيوني، لإزالة البكتيريا غير مرتبط، وإضافة 30 مل قبل تحسنت BMDM المتوسطة. والبكتيريا تعلق استيعاب خلال ساعة 0.5 المقبلة.
    6. في 1 ساعة بعد الإصابة، إضافة 30 ميكرولتر من الجنتاميسين (1: 1000 لتصل إلى تركيز النهائي من 50 ميكروغرام / مل) لقتل البكتيريا خارج الخلوي.
    7. تجميع جهاز فلتر عن طريق وضع رأس المرشح على قارورة السائل جمع مع منفذ فراغ منفذ. ثم وضع فلتر (0.45 ميكرون) على رأس المرشح، تليها قمع اسطوانة وتأمين مناطق مختلفة مع معدن جمصباح. تحضير الماء ريبونوكلياز خالية من الجليد الباردة.
    8. في 6 ساعة بعد العدوى والبكتيريا الحصاد من الخلايا المصابة كما يلي. علاج كل لوحة على حدة.
      ملاحظة: عادة، L. اللستيريا يكمل 1-سجل النمو خلال 6 ساعات من العدوى في خلايا البلاعم. حضانات أطول يمكن أن يؤدي إلى فرط نمو جرثومي وموت الخلايا في الضامة، في حين فترات حضانة أقصر يمكن أن يؤدي إلى الحمل البكتيري أقل من ذلك بكثير. وزارة الداخلية والوقت من العدوى يمكن تعديلها للوصول إلى أفضل الظروف.
      1. غسل الخلايا المصابة مع برنامج تلفزيوني مرة واحدة. إضافة 20 مل من الماء ريبونوكلياز خالية من الجليد البارد لليز خلايا البلاعم. استخدام مكشطة الخلية، كشط الخلايا قبالة اللوحة بسرعة ولكن بعناية.
      2. جمع الخلايا هي lysed إلى أنبوب مخروطي 50 مل. دوامة لمدة 30 ثانية. أجهزة الطرد المركزي في 800 x ج لمدة 3 دقائق في 4 درجات مئوية.
      3. تمرير طاف من خلال جهاز تصفية باستخدام نظام فراغ. باستخدام الملقط، ولفة من مرشح وبسرعة نقلها إلى 15 مل المخروطأنبوب كال. الأداة الإضافية تجميد أنابيب مع المرشحات في النيتروجين السائل.
      4. تجميع جهاز الترشيح مع فلتر جديد للعينة القادمة، كما هو موضح في 1.2.7.
      5. تخزين مرشحات المجمدة في -80 درجة مئوية لليوم التالي. بدلا من ذلك، انتقل مباشرة إلى استخلاص الحمض النووي.

2. الأحماض النووية استخراج (يوم 3)

ملاحظة: تنفيذ كافة التلاعب مع حلول الفينول والكلوروفورم في غطاء الدخان.

  1. إعداد 1: مزيج 1 من الفينول المحمضة: الكلوروفورم، 400 ميكرولتر لكل عينة. خلط في أنابيب منفصلة، ​​ثم سحب الطبقة المائية الناجم عن الطموح. إضافة 40 ميكرولتر من 10٪ SDS.
  2. ذوبان الجليد الأنابيب التي تحتوي على فلتر على الجليد للحفاظ على البرودة. إلى كل أنبوب يحتوي على فلتر إضافة 650 ميكرولتر من EDTA-خلات (AE) العازلة (الجدول 2).
  3. قم بالخطوات التالية في أقرب وقت ممكن.
    1. دوامة بقوة الأنبوب الذي يحتوي على فلتر لذلكأن المرشح يخفق إلى المحيط الخارجي للأنبوب وعازلة يغسل تماما التصفية. احتفظ البرد أنبوب عن طريق وضعه مرة أخرى على الجليد. ملاحظة: قد يكون من الضروري بالإضافة إلى دوامة أنبوب بينما مقلوب لغسل بالكامل البكتيريا قبالة التصفية.
    2. أكرر للجميع الأنابيب. قد يكون من المفيد أن تدور إلى أسفل التعليق قريبا (1 دقيقة في 120 x ج) في نهاية العملية.
  4. نقل المخزن المؤقت البكتيريا التي تحتوي على أنبوب microcentrifuge 1.5 مل تحتوي على SDS ومزيج الفينول / الكلوروفورم (كما أعد 2.1). أكرر للجميع الأنابيب. قد يكون من الضروري أن تدور التصفية التي تحتوي على أنابيب (1 دقيقة في 120 x ج) مرة أخرى للحصول عازلة المتبقي من التصفية.
  5. ضع كل 1.5 مل الأنابيب في جهاز دوامة متعددة أنبوب، ودوامة بأقصى سرعة لمدة 10 دقيقة.
  6. احتضان الأنابيب في C كتلة الحرارة 65 درجة لمدة 10 دقيقة. أجهزة الطرد المركزي في أقصى سرعة (> 14000 x ج) لمدة 5 دقائق.
  7. نقل الطبقة المائية (حوالي 400 ميكرولتر) من كل رأوبي إلى أنبوب 1.5 مل جديدة تحتوي على 40 ميكرولتر من 3 M خلات الصوديوم (الرقم الهيدروجيني 5.2) والايثانول 1.0 مل من 100٪. دوامة كل أنبوب دقيق.
    ملاحظة: الجليكوجين يمكن أن تضاف إلى هذه الخطوة لتحسين التصور من بيليه عجل.
  8. احتضان هذه العينات في -80 درجة مئوية لمدة 1 ساعة. بدلا من ذلك، احتضان العينات عند -20 درجة مئوية خلال الليل. ثم، الطرد المركزي العينات عند 4 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة على السرعة القصوى (> 14000 x ج).
  9. نضح بعناية قبالة الإيثانول (الطبقة العليا) من كل أنبوب. إضافة 500 ميكرولتر الباردة الايثانول 70٪ لكل عينة ودوامة تماما. الطرد المركزي عند 4 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة على السرعة القصوى (> 1 4000 x ج).
  10. نضح بعناية قبالة الإيثانول من كل أنبوب. تجفيف العينات لحوالي 2 دقيقة باستخدام المبخر فراغ دون تدفئة. لا تبالغ في تجفيف العينات.
  11. إضافة 25 ميكرولتر المياه خالية من ريبونوكلياز لكل عينة. يحضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة. بعناية وتدور الدوامة إلى أسفل.
  12. قياس تركيز الحمض النووي الريبي في تيانه عينات باستخدام microvolume أشعة فوق البنفسجية فيس معمل. نتوقع أن استخراج حوالي 0،5-1 ميكروغرام من الأحماض النووية لكل لوحة.
    ملاحظة: مكررات التقنية يمكن الجمع في هذه المرحلة.

3. الدناز العلاج

  1. إعداد رد فعل وفقا للجدول 1 في أنبوب microfuge. احتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 45 دقيقة. إضافة 450 ميكرولتر المياه خالية من ريبونوكلياز و 500 ميكرولتر من الفينول كلوروفورم-IAA مزيج (الجدول 2)، مراحل منفصلة بواسطة الطرد المركزي لمدة 2 دقيقة على السرعة القصوى (> 14000 x ج).
  2. نقل الطبقة المائية لأنبوب جديد وإضافة 500 ميكرولتر الكلوروفورم-IAA مزيج (الجدول 2)، ودوامة مراحل منفصلة من 2 دقيقة الطرد المركزي في السرعة القصوى (> 14000 x ج).
  3. نقل الطبقة المائية لأنبوب جديد وإضافة 1 مل من الايثانول و 50 ميكرولتر من 3 M خلات الصوديوم (الرقم الهيدروجيني 5.2). دوامة.
    ملاحظة: الجليكوجين يمكن أن تضاف إلى هذه الخطوة لتحسين التصور من بيليه عجل.
    4. احتضان لمدة 1 ساعة على -80 درجة مئوية. بدلا من ذلك، احتضان العينات عند -20 درجة مئوية خلال الليل. الطرد المركزي عند 4 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة على السرعة القصوى.
  4. نضح بعناية قبالة الإيثانول من كل أنبوب. إضافة 500 ميكرولتر الباردة الايثانول 70٪ لكل عينة ودوامة تماما. الطرد المركزي عند 4 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة على السرعة القصوى. نضح بعناية قبالة الإيثانول من كل أنبوب.
  5. تجفيف العينات لحوالي 2 دقيقة باستخدام المبخر فراغ دون تدفئة. لا تبالغ في تجفيف العينات.
  6. إضافة 12 ميكرولتر من ريبونوكلياز خالية من المياه، واحتضان لمدة 2 دقيقة في درجة حرارة الغرفة، دوامة، وتدور باستمرار. العينات تحتوي على الحمض النووي الريبي النقى الاحتفاظ بها على الجليد. بدلا من ذلك، حل الحمض النووي الريبي في ريبونوكلياز خالية H 2 O مع 0.1 ملي EDTA أو TE العازلة (10 ملي تريس، 1 ملم EDTA).
  7. قياس تركيز الحمض النووي الريبي باستخدام microvolume أشعة فوق البنفسجية فيس معمل. نتوقع ~ 100 نانوغرام من الحمض النووي الريبي لكل عينة (إذا كان يتم الجمع بين مكررات التقنية).
    ملاحظة: استخراج الحمض النووي الريبي وفقا لهذا البروتوكول هو مناسبة FOص تحليل النسخ الجيني بواسطة تقنيات متعددة. ونحن عادة استخدام تحليل RT-QPCR لدراسة L. المستوحدة النسخ الجيني خلال العدوى من خلايا البلاعم 1-4.

النتائج

ويرد في النظام النموذجي في الشكل (1) ويشمل خلايا البلاعم المصابين L. المستوحدة البكتيريا، التي تكرار في العصارة الخلوية بلعم الشكل 2 يمثل المخطط التجريبي الشكل 3 يمثل نتائج نموذجية من هذا التحليل RT-QPCR الجينات الفوعة خل...

Discussion

بروتوكول صفها هنا يمثل طريقة الأمثل لعزل الحمض النووي الريبي البكتيرية من L. المستوحدة نمو البكتيريا داخل الخلية في خلايا البلاعم. ويستند هذا البروتوكول على تحلل الخلية التفاضلية وتضم اثنين من الخطوات الرئيسية لتخصيب اليورانيوم من الحمض النووي الريبي البكتيري...

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The research in the Herskovits lab is supported by 335400 ERC and R01A/109048 NIH grants.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
Listeria monocytogenes 10403S20
Bone marrow derived macrophages prepared from C57B/6 female mice21
H2O, RNAse freeThermo Scientific10977-015DEPC-treated water can be used
DMEMGibco41965039
GlutamineGibco25030081
Sodium pyruvateGibco11360-088
β-MercaptoethanolGibco31350010
Pen/StrepGibco15140-122
GentamicinSigma-AldrichG1397
FBSGibco10270106
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline-PBSSigma-AldrichD8537
Brain heart infusion (BHI)Merckmillipore1104930500
Phenol saturated pH 4.3FisherBP1751I-400
ChloroformFisherBP1145-1
Iso-amyl alcoholSigma-AldrichW205702
Sodium acetateSigma-AldrichW302406
EDTASigma-AldrichEDS
DNaseIFermentasEN0521
SDS 10%Sigma-AldrichL4522
Ethanol absoluteMerck Millipore1070174000
37 °C, 5% CO2 forced-air incubatorThermo ScientificModel 3111
Cell scrapersNunc179693
Kontes glass holder for 45 mm filtersFisherK953755-0045
MF-Millipore filters 45 mm, 0.45 µmMerck MilliporeHAWP04700
SpeedVac systemThermo ScientificSPD131DDA
Vortex-Genie 2Scientific IndustriesModel G560E
NanoDropThermo Scientific
145 mm cell culture dishesGreiner639 160
1.7 ml tubes, RNase-freeAxygenMCT-175-C
30 °C incubatorThermo Scientific
65 °C heat blockThermo Scientific
4 °C table centrifugeEppendorf5417R
Sterile pipettes, 25 mlGreiner
Falcon tubes, 50 mlGreiner
Liquid nitrogen

References

  1. Lobel, L., et al. The metabolic regulator CodY links Listeria monocytogenes metabolism to virulence by directly activating the virulence regulatory gene prfA. Mol Microbiol. , (2014).
  2. Lobel, L., Sigal, N., Borovok, I., Ruppin, E., Herskovits, A. A. Integrative genomic analysis identifies isoleucine and CodY as regulators of Listeria monocytogenes virulence. PLoS Genet. 8 , e1002887 (2012).
  3. Kaplan Zeevi, M., et al. Listeria monocytogenes multidrug resistance transporters and cyclic di-AMP, which contribute to type I interferon induction, play a role in cell wall stress. J Bacteriol. 195, 5250-5261 (2013).
  4. Rabinovich, L., Sigal, N., Borovok, I., Nir-Paz, R., Herskovits, A. A. Prophage excision activates Listeria competence genes that promote phagosomal escape and virulence. Cell. 150, 792-802 (2012).
  5. Swaminathan, B., Gerner-Smidt, P. The epidemiology of human listeriosis. Microbes Infect. 9, 1236-1243 (2007).
  6. Hamon, M., Bierne, H., Cossart, P. Listeria monocytogenes: a multifaceted model. Nat Rev Microbiol. 4, 423-434 (2006).
  7. Dussurget, O., Pizarro-Cerda, J., Cossart, P. Molecular determinants of listeria monocytogenes virulence. Ann Rev Microbiol. 58, 587-610 (2004).
  8. Portnoy, D. A., Auerbuch, V., Glomski, I. J. The cell biology of Listeria monocytogenes infection: the intersection of bacterial pathogenesis and cell-mediated immunity. J Cell Biol. 158, 409-414 (2002).
  9. Freitag, N. E., Port, G. C., Miner, M. D. Listeria monocytogenes - from saprophyte to intracellular pathogen. Nat Rev Microbiol. 7, 623-628 (2009).
  10. Graham, J. E., Clark-Curtiss, J. E. Identification of Mycobacterium tuberculosis RNAs synthesized in response to phagocytosis by human macrophages by selective capture of transcribed sequences (SCOTS). Proc Natl Acad Sci U S A. 96, 11554-11559 (1999).
  11. Toledo-Arana, A., et al. The Listeria transcriptional landscape from saprophytism to virulence. Nature. 459, 950-956 (2009).
  12. Schnappinger, D., et al. Transcriptional Adaptation of Mycobacterium tuberculosis within Macrophages: Insights into the Phagosomal Environment. J Exp Med. 198, 693-704 (2003).
  13. Albrecht, M., Sharma, C. M., Reinhardt, R., Vogel, J., Rudel, T. Deep sequencing-based discovery of the Chlamydia trachomatis transcriptome. Nucleic Acids Res. 38, 868-877 (2010).
  14. La, M. V., Raoult, D., Renesto, P. Regulation of whole bacterial pathogen transcription within infected hosts. FEMS Microbiol Rev. 32, 440-460 (2008).
  15. Westermann, A. J., Gorski, S. A., Vogel, J. Dual RNA-seq of pathogen and host. Nat Rev Microbiol. 10, 618-630 (2012).
  16. Rienksma, R. A., et al. Comprehensive insights into transcriptional adaptation of intracellular mycobacteria by microbe-enriched dual RNA sequencing. BMC Genomics. 16, 34 (2015).
  17. Afonso-Grunz, F., et al. Dual 3'Seq using deepSuperSAGE uncovers transcriptomes of interacting Salmonella enterica Typhimurium and human host cells. BMC Genomics. 16, 323 (2015).
  18. Englen, M. D., Valdez, Y. E., Lehnert, N. M., Lehnert, B. E. Granulocyte/macrophage colony-stimulating factor is expressed and secreted in cultures of murine L929 cells. J Immunol Methods. 184, 281-283 (1995).
  19. Becavin, C., et al. Comparison of widely used Listeria monocytogenes strains EGD, 10403S, and EGD-e highlights genomic variations underlying differences in pathogenicity. MBio. 5, e00969-e900914 (2014).
  20. Celada, A., Gray, P. W., Rinderknecht, E., Schreiber, R. D. Evidence for a gamma-interferon receptor that regulates macrophage tumoricidal activity. J Exp Med. 160, 55-74 (1984).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

112 RNA transcriptomics

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved