التنميط المكاني الرقمي لتوصيف البيئة المكروية في الورم الدبقي المتسلل بشكل منتشر من النوع البالغ

Summary

يلعب خلل التنظيم البروتيني دورا مهما في انتشار الأورام الدبقية المتسللة بشكل منتشر ، لكن العديد من البروتينات ذات الصلة لا تزال مجهولة الهوية. توفر المعالجة المكانية الرقمية (DSP) نهجا فعالا وعالي الإنتاجية لتوصيف التعبير التفاضلي للبروتينات المرشحة التي قد تساهم في غزو وهجرة الأورام الدبقية الارتشاحية.

Abstract

ترتبط الأورام الدبقية المتسللة بشكل منتشر بارتفاع معدلات المراضة والوفيات بسبب الطبيعة الارتشاحية لانتشار الورم. إنها أورام معقدة شكليا ، مع درجة عالية من التباين البروتيني عبر كل من الورم نفسه وبيئته المكروية غير المتجانسة. يتم تعزيز الإمكانات الخبيثة لهذه الأورام من خلال عدم تنظيم البروتينات المشاركة في العديد من المسارات الرئيسية ، بما في ذلك العمليات التي تحافظ على الاستقرار الخلوي وتحافظ على السلامة الهيكلية للبيئة المكروية. على الرغم من وجود العديد من تحليلات الورم الدبقي السائب وحيد الخلية ، إلا أن هناك ندرة نسبية في التقسيم الطبقي المكاني لهذه البيانات البروتينية. إن فهم الاختلافات في التوزيع المكاني للعوامل السرطانية ومجموعات الخلايا المناعية بين الورم الجوهري والحافة الغازية والبيئة المكروية يوفر نظرة ثاقبة قيمة للآليات الكامنة وراء تكاثر الورم وانتشاره. يمثل التنميط المكاني الرقمي (DSP) تقنية قوية يمكن أن تشكل الأساس لهذه التحليلات المهمة متعددة الطبقات.

DSP هي طريقة تحدد بكفاءة تعبير البروتين داخل المناطق المكانية المحددة من قبل المستخدم في عينة الأنسجة. يعد DSP مثاليا لدراسة التعبير التفاضلي للبروتينات المتعددة داخل وعبر مناطق التمييز ، مما يتيح مستويات متعددة من التحليل الكمي والنوعي. بروتوكول DSP منهجي وسهل الاستخدام ، مما يسمح بالتحليل المكاني المخصص للبيانات البروتينية. في هذه التجربة ، يتم إنشاء المصفوفات الدقيقة للأنسجة من الخزعات الأساسية للورم الأرومي الدبقي المؤرشفة. بعد ذلك ، يتم اختيار مجموعة من الأجسام المضادة ، تستهدف البروتينات ذات الأهمية داخل العينة. ثم يتم تحضين الأجسام المضادة ، التي يتم اقترانها مسبقا بقليل النيوكليوتيدات DNA القابل للأشعة فوق البنفسجية ، مع عينة الأنسجة طوال الليل. تحت التصور المجهري الفلوري للأجسام المضادة ، يتم تحديد مناطق الاهتمام (ROIs) التي يمكن من خلالها تحديد تعبير البروتين مع العينات. ثم يتم توجيه ضوء الأشعة فوق البنفسجية إلى كل عائد استثمار ، مما يؤدي إلى شق قليل النيوكليوتيدات DNA. يتم استنشاق قليل النوكليوتيدات وحسابها داخل كل عائد استثمار ، مع تحديد البروتين المقابل على أساس مكاني.

Introduction

الأورام الدبقية المتسللة بشكل منتشر هي النوع الأكثر شيوعا من أورام الدماغ الخبيثة لدى البالغين وهي قاتلة دائما. يمثل ميل خلايا الورم الدبقي إلى الهجرة على نطاق واسع في الدماغ تحديا علاجيا كبيرا. وتنطوي الآلية التي تنتشر بها على الهجرة الموجهة والغزو دون رادع. وقد تبين أن خلايا الورم الدبقي الغازية تظهر الانتحاء والهجرة على طول مساحات المادة البيضاء¹ ، مع الأبحاث الحديثة التي تنطوي على إزالة الميالين من هذه المسالك كميزة نشطة ، protumorigenic². يتم التوسط في الغزو من خلال الانتقال من الظهارة إلى اللحمة المتوسطة ، حيث تكتسب خلايا الورم الدبقي خصائص اللحمة المتوسطة عن طريق تقليل التعبير عن الجينات التي تشفر بروتينات المصفوفة خارج الخلية وجزيئات التصاق الخلايا ، وتضخيم الهجرة وتسهيل الانتشار من خلال البيئة المكروية للورم³،^4،5.

على المستوى الجزيئي ، تم إثبات اضطراب العديد من البروتينات التي تمنح الاستقرار الخلوي والتفاعل مع المكونات المناعية⁶. من المعروف أن الأورام الدبقية الارتشاحية تخضع لقمع البروتينات ذات الخصائص المضادة للموت المبرمج (على سبيل المثال ، PTEN)⁷. كما أنها تفرط في التعبير عن البروتينات التي تعزز التهرب من الاستجابة المناعية للمضيف (على سبيل المثال ، PD1 / PDL1)⁸. يعزز عدم تنظيم هذه المسارات المعقدة الورم ويزيد من الإمكانات الخبيثة.

ضمن عينات الورم الدبقي الغازي ، كان الهدف هو تقييم التعبير التفاضلي للبروتينات الرئيسية لنمو الخلايا وبقائها وانتشارها ، والتكامل الهيكلي للبيئة المكروية بين المكونات الغازية وغير الغازية. بالإضافة إلى ذلك ، سعينا إلى دراسة التنظيم التفاضلي للبروتينات ذات الدور المناعي النشط ، وتقديم نظرة ثاقبة للآلية التي يمكن من خلالها للدفاعات المناعية للمضيف المخترقة أن تعزز الإمكانات التكاثرية والغازية للأورام الدبقية. هذا مهم بشكل خاص بالنظر إلى اتساع نطاق الأبحاث الحديثة التي توضح كيف يمكن أن تكون علامات المناعة ودوافع عدم التنظيم في الورم الخبيث بمثابة أهداف للعلاج المناعي. يتطلب تحديد الأهداف العلاجية القابلة للتطبيق بين العديد من البروتينات المشاركة في المراقبة المناعية والتفاعل نهجا حساسا وشاملا للغاية.

بالنظر إلى المجموعة الواسعة من البروتينات المرشحة التي يمكن دراستها ، سعينا إلى طريقة أقرب إلى الكيمياء الهيستولوجية المناعية ولكن مع كفاءة معالجة البيانات المحسنة. في مجال بيولوجيا السرطان ، برزت DSP كتقنية قوية ذات مزايا مهمة على الأدوات البديلة للتحليل البروتيني والقياس الكمي. السمة المميزة ل DSP هي قدرتها على تعدد الإرسال عالية الإنتاجية ، مما يسمح بالدراسة المتزامنة للعديد من البروتينات المختلفة داخل العينة ، مما يمثل تمييزا مهما عن التقنيات القياسية ولكن الأقل تكرارا مثل الكيمياء الهيستولوجية المناعية (IHC) ^9,10. لا تؤثر ميزة تعدد الإرسال في DSP على دقتها كأداة كمية وتحليلية ، كما يتضح من الدراسات التي تقارن DSP ب IHC. عند استخدامه للقياس الكمي البروتيني لعينات سرطان الرئة ذات الخلايا غير الصغيرة ، على سبيل المثال ، فقد ثبت أن DSP له نتائج مماثلة ل IHC¹¹. بالإضافة إلى ذلك ، يوفر DSP مواصفات إقليمية قابلة للتخصيص ، حيث يمكن للمستخدمين تحديد المناطق يدويا لإجراء تحليل بروتيني. هذا يمثل ميزة على طرق تعدد الإرسال ذات القسم الكامل^10,12. في جولة واحدة من المعالجة ، يقدم DSP طبقات متعددة من التحليل من خلال مسح العديد من أهداف البروتين عبر مناطق متعددة ذات أهمية.

DSP له تطبيقات في العديد من الإعدادات المرضية المختلفة. يعد DSP مفيدا بشكل خاص في تحليل الأورام ، حيث يمكن أن يرتبط التباين المكاني بالتحول الخلوي والتعبير التفاضلي للبروتين. على سبيل المثال ، تم استخدام DSP لمقارنة الملف البروتيني لسرطان الثدي بالبيئة المكروية للورم المجاورة. هذا يحمل آثارا مهمة لفهم التاريخ الطبيعي لهذا الورم وتطوره ، وكذلك الاستجابة المحتملة للعلاج¹³. تشمل السياقات الإضافية التي توضح تنوع DSP القياس الكمي المكاني لتنوع البروتين في سرطان البروستاتا¹⁴ ، وارتباط تعبير علامة الخلايا المناعية بتطور المرض في سرطان الخلايا الحرشفية في الرأس والرقبة 15 ، وإظهار التدرج الظهاري - الوسيطة لتعبير البروتين الذي يميز سرطان المبيض النقيلي عن سرطان المبيض الأولي الصافي¹⁶ . من خلال تنفيذ DSP ، نقوم بتوصيف التضاريس المكانية للبروتينات التي يمكن أن تؤثر على تكوين الورم وغزو الأورام الدبقية.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

يتبع البروتوكول الموضح أدناه إرشادات لجنة أخلاقيات البحوث البشرية في دارتموث-هيتشكوك. تم الحصول على موافقة مستنيرة من المرضى الذين تم تضمين عينات أنسجتهم في هذه الدراسة. راجع قسم جدول المواد للحصول على التفاصيل المتعلقة بجميع المواد والكواشف والمعدات والبرامج المستخدمة في هذا البروتوكول.

1. إعداد الشرائح¹⁷

1. استرجع أو أعد الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة بالبارافين من الأورام الدبقية البشرية من النوع البالغ المتسلل بشكل منتشر.
   ملاحظة: في هذه التجربة ، تم استخدام كتل خزعات مدمجة بالبارافين من ثلاثة مرضى يعانون من الورم الأرومي الدبقي.
2. إنشاء كتلة ميكروأري الأنسجة (TMA). خذ عدة نوى 2 مم من كل خزعة وضعها في كتلة TMA واحدة (الشكل 1 ، أعلى). قم بقص المقاطع من كتلة TMA عند 4 ميكرومتر وقم بتركيبها على شرائح زجاجية. ضع كل شريحة داخل حشية حامل المنزلق. احتضان الشريحة عند 60 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.

2. إعداد نظام IHC شبه الآلي وتكوين البرامج (لتحميل وتشغيل الشرائح)¹⁷

1. قم بإعداد الكواشف. انقر فوق الزر "إعداد الكاشف ". انقر فوق إضافة في علامة التبويب الإعداد .
   1. قم بتسجيل مخزن مؤقت للغسيل عن طريق كتابة اسم له في حقل الاسم . حدد ملحق في حقل النوع . انقر فوق حفظ.
   2. قم بتسجيل حل حظر عن طريق تكرار نفس الخطوات المذكورة أعلاه (تم تعديلها حسب الاقتضاء ، على سبيل المثال ، في حقل الاسم) ، ولكن مع تحديد الجسم المضاد الأساسي في حقل النوع. حدد البروتوكولات المطلوبة في المربعات المنسدلة لبروتوكول التلوين الافتراضي وبروتوكول HIER الافتراضي. حدد خيار بروتوكول الإنزيم الافتراضي إذا رغبت في ذلك (تم ترك هذا المربع فارغا في البروتوكول الحالي). انقر فوق حفظ.
2. سجل نظام الكشف ، الذي يتكون من علبة حاوية كاشف مشفرة بالباركود. امسح الرمز الشريطي ضوئيا.
   1. ابدأ في إدخال تفاصيل نظام الكاشف في نافذة إضافة نظام كاشف البحوث . اكتب اسما لنظام الكشف.
   2. اكتب تاريخ انتهاء الصلاحية. قم بتمييز الصف الأول من مخطط الكواشف وامسح الرمز الشريطي لحاوية كاشف جديدة سعة 30 مل ، وفي ذلك الوقت سيتم ملء الرمز الشريطي بالصف 1.
   3. ضع الحاوية في الموضع 1 من نظام الكشف. حدد اسم المخزن المؤقت للغسيل في المربع المنسدل لعمود الكاشف وانقر فوق إضافة. كرر هذه الخطوات لإضافة أي كواشف إضافية في الصفوف اللاحقة ، بما في ذلك حل الحظر.
3. قم بإعداد بروتوكول البروتين ل IHC. انقر فوق إعداد البروتوكول. قم بتمييز الصف المقابل للبروتوكول المطلوب وانقر فوق نسخ. أدخل الاسم واملأ أي حقول أخرى ذات صلة في نافذة تحرير خصائص البروتوكول .
   1. حدد المربع لإظهار خطوات الغسيل. تأكد من صحة حقلي Inc (min) و DispenseType لكل كاشف (10 دقائق لمحلول الحجب ، و 0 دقيقة للمخزن المؤقت للغسيل ، و 150 ميكرولتر لكل DispenseType). انقر فوق حفظ.
4. تحضير الدراسة. املأ الحاوية في الموضع 1 بمخزن غسيل مؤقت. املأ 150 ميكرولتر لكل شريحة و 5 مل من الحجم الميت ؛ اترك الغطاء مفتوحا. كرر هذه الخطوات للحاوية في الموضع 2 ، والتي يجب ملؤها بمحلول حظر. يجب أن تحتوي هذه الحاوية على 150 ميكرولتر لكل شريحة و 350 ميكرولتر من الحجم الميت.
   1. قم بتحميل درج حاوية الكاشف على الجهاز. اسمح للنظام بإجراء إجراءات التعرف على الحاوية وتأكيد الحجم. انقر فوق إعداد الشريحة | إضافة دراسة. أدخل معرف الدراسة واسم الدراسة وحدد 150 ميكرولتر ضمن حجم التوزيع | البروتوكول المطلوب في القائمة المنسدلة لبروتوكول التحضير (يقترح Bake and Dewax ). قم بتمييز الدراسة وانقر فوق إضافة شريحة.
   2. حدد أنسجة الاختبار تحت نوع الأنسجة | 150 ميكرولتر تحت حجم الاستغناء | مفرد وروتيني من مربعات القائمة المنسدلة وضع التلطيخ . حدد عملية (IHC للدراسة الحالية) | اسم حل الحظر في المربع المنسدل لحقل العلامة | بروتوكول IHC DSP في حقل التلوين في علامة التبويب البروتوكولات | * اخبز وأزيل الشمع للتحضير | * HIER 20 دقيقة مع ER1 ل HIER. اترك حقل الإنزيم فارغا.
   3. كرر هذه العملية لكل شريحة. انقر فوق إغلاق بمجرد الانتهاء ، ثم انقر فوق طباعة الملصقات. تحقق من جميع ملصقات الشرائح التي لم تتم طباعتها بعد للدراسة الحالية وانقر فوق طباعة. قم بتثبيت الملصقات على أعلى الشرائح.
5. تحميل وتشغيل الشرائح. قم بتحميل الشرائح على درج الشرائح ، مع التأكد من أن العينة والملصق متجهان لأعلى. ضع بلاط الغطاء فوق الشرائح ، مع التأكد من توجيه الشرائح بعلامات تبويب في الأسفل. قم بتحميل صواني الشرائح على الجهاز.
   1. اضغط على زر LED لخفض الدرج والسماح للأداة ببدء المسح الضوئي والتعرف على الشرائح. انقر فوق الزر " ابدأ" لبدء التجربة.
6. قم بإنهاء التجربة. اضغط على زر LED عندما يومض باللون الأخضر ، مما يشير إلى اكتمال التشغيل. قم بإزالة الدرج من الجهاز ، وارفع بلاط الغطاء بعناية من كل شريحة. ضع الشرائح في محلول ملحي 1x مخزن بالفوسفات (PBS) ، وقم بإزالة المخزن المؤقت الزائد ، وحدد كل قسم من الأنسجة بقلم كاره للماء لإنشاء حاجز كاره للماء.

3. حضانة الأجسام المضادة وتلطيخ النوى¹⁷

1. حدد لوحة من الأجسام المضادة لتحديد موقع المستضدات ذات الأهمية (انظر الجدول 1 للأجسام المضادة المستخدمة في هذه التجربة).
   ملاحظة: تم بالفعل اقتران كل جسم مضاد بقليل النوكليوتيد DNA مع مقطع قابل للأشعة فوق البنفسجية (PC-oligo) يحدده بشكل فريد (فهرسة oligos، الشكل 2).
2. اصنع حلا فعالا للأجسام المضادة PC-oligo عن طريق إضافة ، لكل شريحة ، 8 ميكرولتر من كل جسم مضاد (مخفف 1:40) في اللوحة. استخدم كاشف الحجب كمخفف للوصول إلى الحجم النهائي البالغ 200 ميكرولتر لكل شريحة. احتضان بين عشية وضحاها عند 4 درجات مئوية (الشكل 3 ، الخطوة 1).
   ملاحظة: يمكن أيضا إضافة علامات التشكل أو الأصباغ البيولوجية أو الأجسام المضادة الموسومة بالفلورسنت إلى المحلول في هذه الخطوة.
3. في اليوم التالي ، ضع الشريحة في جرة كوبلين واغسلها 3 × 10 دقائق في 1x TBS-T. Postfix في 4٪ بارافورمالدهيد لمدة 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة ، تليها 2 × 5 دقائق في 1x TBS-T.
4. أضف صبغة SYTO13 النووية (مخففة 1:10 في 1x TBS) لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. اغسل 2x ب 1x TBS-T ، ثم قم بتخزين الشريحة في 1x TBS-T.

4. التصور الفلوري ، وتحديد عائد الاستثمار ، والانقسام الضوئي للأشعة فوق البنفسجية على أداة DSP¹⁷

1. بعد تمرير الماوس فوق جمع البيانات في مركز التحكم ، حدد جديد / متابعة تشغيل.
2. ضع الشريحة في حامل الشريحة، مع وضع التسمية باتجاه المستخدم. قم بخفض مشبك درج الشريحة ، وتأكد من أن الأنسجة مرئية في النافذة الممدودة. أضف 6 مل من Buffer S.
3. اتبع المطالبات في مركز التحكم. قم بالتكبير/التصغير بين المحاور المختلفة باستخدام منزلقات X وY لتحديد منطقة للمسح الضوئي. حدد مسح ضوئي. اسمح للفحص بالمتابعة حتى يتم تصوير المنطقة المستهدفة المحددة بالكامل.
4. قم بإنشاء صورة 20x. حدد عائد الاستثمار إما تلقائيا أو يدويا (الشكل 3 ، الخطوة 2). لاتباع هذا البروتوكول ، حدد ثلاثة عائد استثمار دائري متساوي الحجم (قطر 250 ميكرومتر) لكل نواة نسيج (الشكل 4 ، أسفل).
   ملاحظة: عائد الاستثمار قابل للتخصيص من حيث الحجم والشكل. يمكن تحديد العديد من عائد الاستثمار داخل كل قسم. في هذه التجربة ، يتم تحديد عائد الاستثمار الدائري يدويا.
5. وافق على عائد الاستثمار بالنقر فوق الزر "الخروج من مساحة عمل المسح الضوئي ". انتظر حتى يشق ضوء الأشعة فوق البنفسجية oligos من الأجسام المضادة.
6. عند اكتمال عملية أداة التنظيف ، حدد جمع بيانات جديد لمتابعة الشرائح أو اللوحة الحالية. وإلا، فحدد إزالة الشرائح واللوحة الدقيقة.
7. افتح نافذة إنهاء اللوحة بالنقر المزدوج على منطقة أيقونة اللوحة في أسفل يمين مركز التحكم. إذا كان رقم حزمة رمز التهجين (Hyb) معروفا ، فأدخل الرقم وانقر فوق تحديث (اختياري أثناء هذه الخطوة). انقر فوق إنهاء.
8. افصل حامل الشريحة ولوحة التجميع باتباع المطالبات. قم بتخزين الشرائح في TBS-T. إذا لم يتم استخدام الشرائح لفترة طويلة ، فقم بتغطيتها بوسط مائي وغطاء غطاء.

5. قراءات البروتين¹⁷

1. استخدم ختما قابلا للنفاذ وجفف الفتحات عند 65 درجة مئوية في دورة حرارية مع فتح الجزء العلوي. أضف 7 ميكرولتر من المياه المعالجة بثنائي إيثيل بيروكربونات واخلطها. احتضن في RT لمدة 10 دقائق ، ثم قم بالدوران بسرعة.
2. اختر معادلات المسبار R والمسبار U المناسبة من الجدول 2 لتوجيه إنشاء مزيج المسبار / المخزن المؤقت. بناء على عدد رموز Hyb اللازمة للتهجين في التجربة الحالية ، قم بتطبيق المعادلة (1) على النحو التالي. تخلط وتدور بسرعة.
   # Hyb رموز مسبار R مسبار تجمع العمل U مخزن تهجين تجمع العمل n = _____ (n × 8 ميكرولتر) = _____ μL + (n × 8 μL) = ______ μL + (n × 80 μL) = _____ μL (1)
3. أضف 84 ميكرولتر من مزيج المسبار / المخزن المؤقت إلى كل حزمة Hyb Code لاستخدامها. نفض الغبار لخلط وتدور لأسفل. في لوحة تهجين جديدة مكونة من 96 بئرا ، أضف 8 ميكرولتر من كل Hyb Code Master Mix إلى جميع الآبار ال 12 في الصف المشار إليه.
4. انقل 7 ميكرولتر من لوحة تجميع DSP إلى البئر المقابل في لوحة التهجين. تخلط بلطف. ختم الحرارة وإجراء تدور سريع. ثم احتضنها طوال الليل عند 67 درجة مئوية. تبريد لوحة على الجليد وإجراء تدور سريع.
5. قم بتجميع منتجات hyb من كل بئر في أنبوب شريطي ، وقم بضخ كل بئر برفق 5x للخلط. قم بتغطية أنبوب الشريط وقم بتدويره. قم بتجميد أي منتجات hyb غير مجمعة متبقية عند -80 درجة مئوية. قم بتحميل أنابيب الشريط في نظام التحليل.
6. احفظ ملف CDF على محرك أقراص USB ، ثم انقل البيانات من أداة DSP إلى المحلل الرقمي. أكمل الإعداد عن طريق تنفيذ الخطوات التالية.
   1. قم بتحميل المواد الاستهلاكية والعينات المجمعة على محطة الإعداد. على الشاشة، اضغط على بدء المعالجة. حدد حساسية عالية، متبوعا بالتالي. اضغط على اختيار الكل لعدد الآبار التي تحتوي على عينات | إنهاء | التالي على إشعار البريد الإلكتروني | بداية.
   2. بمجرد الانتهاء من محطة التحضير ، أغلق الخرطوشة وانقلها إلى المحلل الرقمي. اضغط على بدء العد ، وحدد موضع المرحلة ، واضغط على تحميل ملف CDF الحالي وحدد الملف الذي تم تحميله مسبقا. اضغط على تم، وحدد موضع المرحلة مرة أخرى، واضغط على تم | ابدأ في تشغيل البرنامج.
7. احفظ الملف المضغوط لملفات تحويل عدد المراسلين من نظام التحليل إلى محرك أقراص USB ثم قم بإدراج محرك الأقراص في جهاز DSP. في مركز تحكم DSP ، مرر مؤشر الماوس فوق جمع البيانات ، ثم انقر فوق تحميل التهم. حدد الملف المضغوط ذي الصلة.

6. تحليل البيانات¹⁷

1. انقر فوق السجلات في مركز تحكم DSP. لعرض عمليات الفحص في قائمة الانتظار، حدد إضافة عمليات المسح الضوئي المحددة إلى قائمة الانتظار | قائمة انتظار التحليل الخاصة بي. حدد دراسة جديدة من قائمة الانتظار بعد التمرير فوق خيار تحليل البيانات في مركز التحكم.
2. اختر مراقبة الجودة من خيارات شريط المهام. استمر في القيم الافتراضية أو اضبطها إذا رغبت في ذلك. حدد تشغيل مراقبة الجودة وراجع شبكة النتائج. انقر فوق تشغيل مراقبة الجودة للمتابعة وإنشاء مجموعة بيانات جديدة ، وتطبيع القيم إلى عناصر التحكم في التهجين الإيجابي.
3. قم باستيراد العلامات الجديدة إلى ملف XLSX. حدد إدارة التعليقات التوضيحية في جزء عمليات الفحص ، ثم قم بتنزيل قالب، وأدخل العلامات، واستورد الملف.
4. اختياري: بعد تشغيل QC ، اضبط البيانات بشكل أكبر باستخدام خيارات شريط الأدوات الأخرى. استخدم الأدوات الموجودة في جزء المرئيات لرسم البيانات المحولة.
5. انتقل إلى مربع القائمة المنسدلة الرمادي للمعلمات لإنشاء كل مخطط في جزء المرئيات . حدد منطقة معينة داخل مخطط لتصور المقاطع المميزة المقابلة في جزء عمليات المسح وانقر بزر الماوس الأيمن لإنشاء علامات أو مجموعات. ضمن ملخص مجموعة البيانات، راجع المخططات من التسوية والقياس والخيارات الأخرى للتحليل والعرض.
6. احفظ تصورا عن طريق تحديد الرمز المراد حفظه ؛ راجع المرئيات المحفوظة بالفعل ضمن الملخص. حدد الزر تصدير (.svg) لتصدير مرئيات بتنسيق .svg. تصدير البيانات التي يعتمد عليها التصور بالنقر فوق الزر تصدير (.xlsx). قم بتصدير جميع البيانات الموجودة في مجموعة بيانات محددة عن طريق تحريك المؤشر فوق اسم مجموعة البيانات في الجزء الثاني والنقر فوق رمز التصدير .

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

النتائج

يوضح الشكل 4 النتائج التمثيلية من تجربة DSP التي أجريت على عينات من الورم الأرومي الدبقي. يتم تقديم خريطة حرارية توضح إحدى الطرق التي يمكن من خلالها التقاط البيانات بصريا باستخدام برنامج DSP. تمثل الصفوف أهداف البروتين ، ويتوافق كل عمود مع منطقة الاهتمام. يشير نطاق الألوان من ...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

نظرا لتنوع البروتينات التي يمكن أن تؤثر على عدوانية الأورام الدبقية وفكرة أن العديد من هذه البروتينات لا تزال غير مكتشفة ، فإن طريقة قياس كمية البروتين عالية الإنتاجية هي نهج تكنولوجي مثالي. بالإضافة إلى ذلك ، بالنظر إلى أن البيانات المكانية في عينات الأورام غالبا ما ترتبط بالتعبير التفا...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
BOND Research Detection System	Leica Biosystems, Wetzlar, Germany	DS9455	Open detection system containing open containers in a reagent tray
BOND Wash	Leica Biosystems, Wetzlar, Germany	AR950	10X concentrated buffer solution for washing fixed tissue
Buffer W	NanoString, Seattle, WA	contact company	Blocking reagent
Cy3 conjugation kit	Abcam, Cambridge, UK	AB188287	Cy3 fluorescent antibody conjugation kit
GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NanoString, Seattle, WA	contact company	System for imaging and characterizing protein and RNA targets
GeoMx DSP Instrument BufferKit	NanoString, Seattle, WA	100471	Buffer kit for GeoMX DSP (including buffers for sample processing and preparation)
GeoMx Hyb Code Pack_Protein	NanoString, Seattle, WA	121300401	Controls for running GeoMX DSP experiemtns
GeoMx Immune Cell Panel (Imm Cell Pro_Hs)	NanoString, Seattle, WA	121300101	Protein module with targets for human immune cells and immuno-oncologic targets
GeoMx Pan-Tumor Panel (Pan-Tumor_Hs)	NanoString, Seattle, WA	121300105	Protein module with targets for multiple human tumor types and for markers of epithelial-mesenchymal transition
GeoMx Protein Slide Prep FFPE	NanoString, Seattle, WA	121300308	Sample preparation reagents for GeoMX DSP protein analysis
LEICA Bond RX	Leica Biosystems, Wetzlar, Germany	contact company	Fully automated IHC stainer
Master Kit--12 reactions	NanoString, Seattle, WA	100052	Materials and reagents for use with the nCounter Analysis system
nCounter Analysis System	NanoString, Seattle, WA	contact company	Automated system for multiplex target expression quantification (to be used with GeoMx DSP)
TMA Master II	3DHistech Ltd., Budapest, Hungary		To create the tissue microarray block