للبدء ، استخرج الحمض النووي من الأنسجة النباتية وحدد تركيز الحمض النووي. قم بإعداد التفاعل بعد إضافة جميع المكونات المطلوبة إلى أنبوب طرد مركزي سعة 0.2 مل. بعد تضخيم التمهيدي ، قم بتحميل ثلاثة ميكرولترات من منتج PCR وميكرولترين من علامة الحمض النووي ذات الزوج الأساسي 5 ، 000 إلى آبار هلام الاغاروز.
اضبط الجهد على 120 فولت ، والتيار على 400 مللي أمبير ، وقم بتشغيل الرحلان الكهربائي لمدة 40 دقيقة. استخدم نظام تحليل صور هلام متعدد الاستخدامات لعرض وتحليل نتائج الجل. بعد تشغيل العينة من خلال وحدة التسلسل، حدد إنشاء مشروع جديد وانقر فوق موافق للانتقال إلى الصفحة الرئيسية للبرنامج.
ضمن القائمة ملف، حدد استيراد وإضافة عينات. اختر ملف تنسيق تتبع التسلسل واستيراده كملف لتتم معالجته ضمن عينات غير مجمعة. اختر Contig.
ثم انتقل إلى التجميع المتقدم وحدد التجميع في المجموعات. عند ظهور مربع الحوار الذي يطالب بتعريف الأسماء، قم بتعديل اسم الملف في القسم تحديد أجزاء اسم العينة، وانقر فوق تجميع لعرض التسلسل المحاذاة. حدد Go، ثم اختر Search Sequence وانقر فوق Okay للعثور على التسلسل المطابق.
اختر Contig، ثم حدد Delete لإزالة منطقتي 5.8S و28S إلى جانب أي تسلسلات منخفضة الجودة. قم بتصدير الإخراج مع التسلسلات المقسمة للمطابقة. حدد بحث BLAST باستخدام قاعدة بيانات النيوكليوتيدات في NCBI.
اختر أداة تحديد الأنواع والتمهيدي المحدد ITS-2 ، المقابل لقاعدة بيانات جينوم دستور الأدوية العالمية. قم بتنزيل تسلسلات من ثلاثة أنواع من حشيشة الملاك ونوع واحد من Peucedanum praeruptorum كمجموعة خارجية من NCBI. قم بتحليل هذه التسلسلات جنبا إلى جنب مع تسلسلات النتائج التي تم الحصول عليها.
ثم انقر فوق ملف. حدد فتح ملف أو جلسة عمل لاستيراد الملف وسيظهر مربع حوار. اختر محاذاة متبوعا ب DNA وحدد Align by ClustalW لمقارنة التسلسل.
انتقل إلى السلالة وانقر فوق إنشاء شجرة انضمام الجار التجريبي لإنشاء شجرة النشوء والتطور. أظهرت نتائج الرحلان الكهربائي للهلام نطاقات مفردة واضحة حول 500 زوج أساسي للعينات AS1 و AS2 و AS3 ، مع عدم وجود نطاقات في التحكم السلبي ، مما يشير إلى تضخيم ناجح للحمض النووي المستخرج. حددت نتائج التسلسل حشيشة الملاك مع تشابه التسلسل بنسبة 100٪ باستخدام BLAST ، ومطابقة النتائج من قاعدة بيانات GPGD.
في تحليل النشوء والتطور ، تجمعت تسلسلات التضفير مع Angelica sinensis OR8797150.1 ، مع قيمة دعم التمهيد 100 ، مما يثبت تحديد هوية Angelica sinensis.
