نشكر جورج جوديس وستيفن إلياسون على التبرع بالخلايا الليفية الجلدية البشرية وراميش راغوباثي للمساعدة في خوارزمية تتبع الإجهاد. تم تقديم الدعم لهذا العمل من قبل وزارة التعليم الأميركية مساعدة الدراسات العليا في مجالات الحاجة الوطنية زمالة (GAANN P200A120071).

1. إعداد الاستنسل
إعداد الاستنسل على بارا فيلم لتخطيط موقع كل explant، بعد الهندسة المطلوبة (الشكلين 1A و 1B). الفضاء كل explant ما يقرب من 1-2 ملم عن بعضها البعض. هذه المسافة تتوافق مع تباعد مثالي لتوليد محاذاة الألياف بين النباتات السابقة. إرفاق الاستنسل تحت منطقة coverglass حيث سيتم إعداد العينة مع الشريط.
2. التعقيم
تنظيف جميع مكونات المفاعل الحيوي بدقة باستخدام الإيثانول بنسبة 70٪ وتعقيمها لمدة 2-3 ساعات تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية قبل التجريب. إذا كان يتم استخدام وعاء بديل بدلا من مفاعل حيوي ثم ينبغي استخدام تقنيات التعقيم المناسبة. انظر الخطوة 4.12 للحصول على تعليقات حول استخدام طبق بيتري أسفل الزجاج.
3. فيبرين جل إعداد
بعد أن تم تعقيم مكونات المفاعل الحيوي ، يلقي طبقة رقيقة من هلام الفيبرين على سطح الغطاء الزجاجي. تفاصيل لإعداد الفيبرينوجين وحلول الأسهم thrombin لصنع 6.6 ملغ / مل الفيبرين المواد الهلامية موصوفة في ساندر وآخرون. 13 بروتوكول مماثل من قبل يي وآخرون. 19 لصنع 3.3 ملغ / مل الفيبرين المواد الهلامية يمكن أيضا أن ينظر إليها على موقع JoVE.
<ol><li>إعداد حل من الميكروبات الفلورية في DMEM بتركيز 10 مليون حبة / مل. سيتم استخدام الخرز للمساعدة في تتبع إزاحة الجل. لتحقيق هذا التركيز، والجمع بين 0.017 مل من محلول المخزون الميكروب و 0.149 مل من DMEM في أنبوب الطرد المركزي الدقيق.</li>
	<li>Sonicate هذا التعليق لمدة 10 دقيقة لتفريق الخرز وتجانس الحل.</li>
	<li>حل الفيبرين — في أنبوب c سعة 15 مل، امزج 0.22 مل من محلول مخزون الفيبرينوجين مع 0.44 مل من 20 مللي متر من العازلة HEPES. إضافة 0.1667 مل من DMEM مع الميكروبات التي تم إنشاؤها في الخطوة 3.1.</li>
	<li>Thrombin Solution — في أنبوب c 15 مل منفصل، امزج معا 0.0328 مل من محلول مخزون الثرومبين، و0.131 مل من 20 مللي متر HEPES العازلة، و0.00246 مل من 2 M CaCl2.</li>
	<li>اخلط بعناية محلول الثرومبين (الخطوة 3.4) مع محلول الفيبرينوجين (الخطوة 3.3) عن طريق الأنابيب صعودا وهبوطا 5-10x حتى يتم توزيع الحل بالتساوي. تجنب إدخال الفقاعات قدر الإمكان. لتقليل كمية الفقاعات المنتجة، يجب الحرص على عدم التفريغ الكامل للمصصة أثناء الاختلاط.</li>
	<li>إضافة thrombin سوف يسبب الحل لهلام بسرعة (~ 30 ثانية). Pipette الحل المختلط على coverglass في أقرب وقت ممكن. السماح للجل لبوليمرات في RT.</li>
	<li>ختم المفاعل الحيوي، إدراج كتل التدفئة، وربط الحرارية إلى وحدة تحكم درجة الحرارة. احتضان الجل في 37 درجة مئوية لمدة 15-30 دقيقة.</li>
</ol>4. إعداد خلية اكسبلانت
<ol><li>إزالة المتوسطة من قارورة T-75 التي تحتوي على خلايا الورم الليفي الجلد البشري.</li>
	<li>شطف السطح بعناية مع ما يقرب من 5 مل من الفوسفات المالحة المخزنة (PBS) لإزالة بروتينات المصل. إضافة 1 مل من تريبسين-EDTA واحتضان لمدة 3 دقائق، أو حتى الخلايا قد رفعت.</li>
	<li>بعد رفع الخلايا، قم بتدفير التعليق في جهاز طرد مركزي عند 200 × ز لمدة 5 دقائق. إزالة supernatant وإعادة إنفاق بيليه في حجم DMEM التي من شأنها أن تسمح بتركيز نهائي من 20 مليون خلية / مل.</li>
	<li>بينما الخلايا تدور أسفل في الطرد المركزي فصل المفاعل الحيوي من كتل التدفئة والكوابل الحرارية. نقل المفاعل الحيوي إلى خزانة السلامة الحيوية وإزالة الغطاء بعناية باتباع تقنيات asceptic.</li>
	<li>إنشاء explants عن طريق الأنابيب 0.3 ميكرولتر من تعليق الخلية على هلام الفيبرين البوليمر، باتباع النمط على الاستنسل. يجب أن يحتوي كل explant على حوالي 6000 خلية. تأكد من استخدام نصائح micropipette منخفضة الحجم (0.1-10 ميكرولتر).</li>
	<li>السماح للخلايا لتسوية ونرفق مصفوفة الفيبرين لمدة 1 ساعة في 37 درجة مئوية.</li>
	<li>مع المفاعل الحيوي لا تزال مفتوحة, إضافة ما يقرب من 5 مل من DMEM تستكمل مع 10٪ مصل البقر الجنين (FBS), 1٪ البنسلين-streptomycin, 0.1٪ أمفوتريسين B, و 10 ملغ / مل aprotinin مباشرة إلى غرفة المفاعل الحيوي. DMEM هو بيكربونات المخزنة مؤقتا ويتطلب 5٪ CO2 للحفاظ على درجة الحموضة محايدة. وبما أن المفاعل الحيوي لا يتم تزويده ب CO2، قم بشرط أن يكون الوسط في حاضنة مع 5٪ CO2 لمدة 2-3 ساعات قبل الاستخدام. Aprotinin هو مثبط بروتياز سيرين الذي يستخدم على نطاق واسع للحد من معدل تدهور الفيبرين20.</li>
	<li>إعادة ختم المفاعل الحيوي. استخدم حقنة لتوصيل 5 مل إضافية منثاني أكسيد الكربون المتوسطة المكيفة عبر تركيب الشائكة على مدخل الميناء. الاستغناء عن المتوسطة ببطء وتأكد من ملء كامل حجم غرفة المفاعل الحيوي. إزالة بعناية الفقاعات التي تشكل في المفاعل الحيوي.</li>
	<li>توريد الطازجة، 5٪ CO2 المتوسطة مشروطة إلى المفاعل الحيوي طوال التجربة من أجل الحفاظ على درجة الحموضة، وتوفير المواد الغذائية، وإزالة النفايات. إعداد مضخة حقنة مع حقنة 10 مل أو 30 مل مليئة 5٪ CO2 المتوسطة مكيفة. قم بتوصيل المحاقن مباشرة بمنفذ المدخل على غطاء المفاعل الحيوي مع أنابيب معقمة مزودة بقفل Luer. إزالة تركيب الذكور وإرفاق الأنابيب إلى تركيب الشائكة على المفاعل الحيوي (انظر الشكل 1C).</li>
	<li>تعيين معدل التغلغل إلى 0.01 مل / دقيقة. ربط قطع معدلة من الأنابيب إلى كل من منافذ منفذ ووضع نهايات في كوب 100 مل لجمع النفايات.</li>
	<li>استخدم مقبس المختبر لتعيين ارتفاعات مدخل ومنفذ يغذي بحيث لا يتطور الفرق في الضغط في المفاعل الحيوي (راجع الشكل 1D للرجوع إليها).</li>
	<li>إذا لم يكن المفاعل الحيوي متوفرا، فاعد عينات في أطباق بيتري ذات القاع الزجاجي مقاس 35 مم مع قمم زجاجية. استخدم واحدة بحجم غطاء تم تحسينه لمجموعة محددة من الأهداف التي سيتم استخدامها. يجب الحفاظ على العينات التي يتم إعدادها في أطباق بيتري في حاضنة عند 37 درجة مئوية و 5٪ CO2. ملاحظة: يقوم البوليسترين بإزالة الاستقطاب عن الضوء وسيتداخل مع تصوير DIC ، لذلك يجب استخدام قمم الزجاج إذا تم إجراء تصوير DIC. تباين المرحلة هو طريقة تصوير بديلة مناسبة. إن نقل الأطباق بين الحاضنة والمجهر سيجعل تسجيل الصور صعبا. إذا لم يتم تسجيل الصور بشكل صحيح ، فلن تكون السلالة المحسوبة في القسم 6 دقيقة.</li>
</ol>5. التصوير الفاصل الزمني
<ol><li>وبمجرد إعداد العينة، أعد ختم المفاعل الحيوي، وأعد توصيل كتل التدفئة والكوابل الحرارية، وحدد درجة حرارة المفاعل الحيوي إلى 37 درجة مئوية.</li>
	<li>تعيين المفاعل الحيوي على المجهر شنت مرحلة الآلية. ضع هدف 20X DIC تحت منفذ العرض. ويعتبر هدف التكبير الأدنى مقبولا، خاصة إذا لم تكن هناك مرحلة دقيقة مزودة بمحركات. تأكد من أن المستقطب، محلل، والمنشور كلها في مكانها. بدلا من ذلك، يمكن أيضا تصوير العينات باستخدام تباين المرحلة.</li>
	<li>افتح برنامج التصوير.</li>
	<li>ركز الهدف على المنطقة بين المخططات الثلاثة.</li>
	<li>حفظ الإحداثيات (س، ص، و ض) من هذا الموقع في برنامج التصوير.</li>
	<li>من أجل تصوير المنطقة بأكملها بين وحول explants حدد الخيار للحصول على صورة كبيرة وتحديد حجم المنطقة. سيسمح هذا بالحصول على صور متعددة حول المنطقة المحددة وإنشاء صورة متجانبة تمثل منطقة أكبر من العينة.</li>
	<li>تعيين وقت التعرض وشدة الضوء إلى أدنى القيم الممكنة لتجنب موت الخلايا الناجم عن السمية الضوئية، في حين لا تزال توفر حلا كافيا للتمييز بين الخلايا والميكروبات وألياف الفيبرين.</li>
</ol>6. تتبع سلالة
للحصول على تفاصيل وتعليمات حول برنامج تتبع سلالة (الشكل 2) المستخدمة انظر Raghupathy وآخرون. 21 الخوارزمية هي رمز MATLAB مخصصة التي يمكن تحميلها من <a href="http://www.license.umn.edu/default.aspx">http://www.license.umn.edu/default.aspx</a>. لاحظ أن صور DIC غالبا ما يكون لها نسيج كاف لتتبع الإجهاد. يتم تضمين الميكروبات لتكون بمثابة الاختيار على حقول سلالة محسوبة. إذا كان سيتم تتبع سلالة من الأهمية بمكان أن يتم التقاط الصور التي تم الحصول عليها في نفس الموقع بالضبط بحيث يتم تسجيل الصور. الصور غير المسجلة سوف تنتج سلالات زائفة.

<ol>
	<li>Grinnell, F., Petroll WM, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+motility+and+mechanics+in+three-dimensional+collagen+matrices.">Cell motility and mechanics in three-dimensional collagen matrices.</a> Annu. Rev. Cell. Dev. Biol. 26, 335-361 (2001).</li><li>Sander, E. A., Barocas, V. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biomimetic collagen tissues: collagenous tissue engineering and other applications. In: Collagen: Structure and Mechanics. , (2008).</li><li>Pedersen JA, ., Swartz MA, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanobiology+in+the+third+dimension.">Mechanobiology in the third dimension.</a> Ann. Biomed. Eng. 33 (11), 1469-1490 (2005).</li><li>Bell, E., Ivarsson, B., Merrill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Production+of+a+tissue-like+structure+by+contraction+of+collagen+lattices+by+human+fibroblasts+of+different+proliferative+potential+in+vitro.">Production of a tissue-like structure by contraction of collagen lattices by human fibroblasts of different proliferative potential in vitro.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 76 (3), 1274 (1979).</li><li>Guidry, C., Grinnell, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+the+mechanism+of+hydrated+collagen+gel+reorganization+by+human+skin+fibroblasts.">Studies on the mechanism of hydrated collagen gel reorganization by human skin fibroblasts.</a> J. Cell. Sci. 79 (1), 67-81 (1985).</li><li>Fluck, J., Querfeld, C., Cremer, A., Niland, S., Krieg, T., Sollberg, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normal+human+primary+fibroblasts+undergo+apoptosis+in+three-dimensional+contractile+collagen+gels.">Normal human primary fibroblasts undergo apoptosis in three-dimensional contractile collagen gels.</a> J. Invest. Dermatol. 110 (2), 153-157 (1998).</li><li>Rosenfeldt, H., Grinnell, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibroblast+quiescence+and+the+disruption+of+ERK+signaling+in+mechanically+unloaded+collagen+matrices.">Fibroblast quiescence and the disruption of ERK signaling in mechanically unloaded collagen matrices.</a> J. Biol. Chem. 275 (5), 3088-3092 (2000).</li><li>Nakagawa, S., Pawelek, P., Grinnell, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+culture+of+fibroblasts+in+contracted+collagen+gels:+Effects+on+cell+growth+and+biosynthetic+activity.">Long-term culture of fibroblasts in contracted collagen gels: Effects on cell growth and biosynthetic activity.</a> J. Invest. Dermatol. 93 (6), 792-798 (1989).</li><li>Harris, A. K., Stopak, D., Wild, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibroblast+traction+as+a+mechanism+for+collagen+morphogenesis.">Fibroblast traction as a mechanism for collagen morphogenesis.</a> Nature. 290, 249-251 (1981).</li><li>Stopak, D., Harris AK, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Connective+tissue+morphogenesis+by+fibroblast+traction:+I.+tissue+culture+observations.">Connective tissue morphogenesis by fibroblast traction: I. tissue culture observations.</a> Dev. Biol. 90 (2), 383-398 (1982).</li><li>Sawhney, R. K., Howard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slow+local+movements+of+collagen+fibers+by+fibroblasts+drive+the+rapid+global+self-organization+of+collagen+gels.">Slow local movements of collagen fibers by fibroblasts drive the rapid global self-organization of collagen gels.</a> J. Cell. Biol. 157 (6), 1083-1092 (2002).</li><li>Provenzano, P. P., Inman, D. R., Eliceiri, K. W., Trier, S. M., Keely, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contact+guidance+mediated+three-dimensional+cell+migration+is+regulated+by+rho/ROCK-dependent+matrix+reorganization.">Contact guidance mediated three-dimensional cell migration is regulated by rho/ROCK-dependent matrix reorganization.</a> Biophys. J. 95 (11), 5374 (2008).</li><li>Sander, E., Barocas, V., Tranquillo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initial+fiber+alignment+pattern+alters+extracellular+matrix+synthesis+in+fibroblast-populated+fibrin+gel+cruciforms+and+correlates+with+predicted+tension.">Initial fiber alignment pattern alters extracellular matrix synthesis in fibroblast-populated fibrin gel cruciforms and correlates with predicted tension.</a> Ann. Biomed. Eng. 39 (2), 714-729 (2011).</li><li>Barocas, V. H., Tranquillo, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+anisotropic+biphasic+theory+of+tissue-equivalent+mechanics:+the+interplay+among+cell+traction,+fibrillar+network+deformation,+fibril+alignment,+and+cell+contact+guidance.">An anisotropic biphasic theory of tissue-equivalent mechanics: the interplay among cell traction, fibrillar network deformation, fibril alignment, and cell contact guidance.</a> J. Biomech. Eng. 119, 137-146 (1997).</li><li>Neidert, M. R., Tranquillo, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-engineered+valves+with+commissural+alignment.">Tissue-engineered valves with commissural alignment.</a> Tissue Eng. 12 (4), 891-903 (2006).</li><li>Robinson PS, ., Robinson PS, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Planar+biaxial+behavior+of+fibrin-based+tissue-engineered+heart+valve+leaflets.">Planar biaxial behavior of fibrin-based tissue-engineered heart valve leaflets.</a> Tissue Eng. Part A. 15 (10), 2763-2772 (2009).</li><li>Grassl, E., Oegema, T., Tranquillo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibrin+as+an+alternative+biopolymer+to+type+I+collagen+for+the+fabrication+of+a+media+equivalent.">Fibrin as an alternative biopolymer to type I collagen for the fabrication of a media equivalent.</a> J. Biomed. Mater. Res. 60 (4), 607-612 (2002).</li><li>Paten, J. A., Zareian, R., Saeidi, N., Melotti, S. A., Ruberti, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+performance+of+an+optically+accessible,+low-volume,+mechanobioreactor+for+long-term+study+of+living+constructs.">Design and performance of an optically accessible, low-volume, mechanobioreactor for long-term study of living constructs.</a> Tissue Eng. Part C Methods. 17 (7), 775-788 (2001).</li><li>Ye KY, ., Sulli van KE, ., Black LD, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Encapsulation+of+cardiomyocytes+in+a+fibrin+hydrogel+for+cardiac+tissue+engineering.">Encapsulation of cardiomyocytes in a fibrin hydrogel for cardiac tissue engineering.</a> J. Vis. Exp. (55), (2011).</li><li>Ahmann, K. A., Weinbaum, J. S., Johnson, S. L., Tranquillo, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibrin+degradation+enhances+vascular+smooth+muscle+cell+proliferation+and+matrix+deposition+in+fibrin-based+tissue+constructs+fabricated+in+vitro.">Fibrin degradation enhances vascular smooth muscle cell proliferation and matrix deposition in fibrin-based tissue constructs fabricated in vitro.</a> Tissue Eng. Part A. 16 (10), 3261-3270 (2010).</li><li>Raghupathy, R., Witzenburg, C., Lake, S. P., Sander, E. A., Barocas, V. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+regional+mechanical+anisotropy+in+soft+tissue+analogs.">Identification of regional mechanical anisotropy in soft tissue analogs.</a> J. Biomech. Eng. 133, (2011).</li><li>Robinson, P. S., Johnson, S. L., Evans, M. C., Barocas, V. H., Tranquillo, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+tissue-engineered+valves+from+cell-remodeled+fibrin+with+commissural+alignment+of+cell-produced+collagen.">Functional tissue-engineered valves from cell-remodeled fibrin with commissural alignment of cell-produced collagen.</a> Tissue Eng. Part A. 14 (1), 83-95 (2008).</li><li>Gabbiani, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+myofibroblast+in+wound+healing+and+fibrocontractive+diseases.">The myofibroblast in wound healing and fibrocontractive diseases.</a> J. Pathol. 200 (4), 500-503 (2003).</li><li>PaszeK, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tensional+homeostasis+and+the+malignant+phenotype.">Tensional homeostasis and the malignant phenotype.</a> Cancer Cell. 8 (3), 241-254 (2005).</li><li>Grinnell, F., Rocha L, B., Iucu, C., Rhee, S., Jiang, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nested+collagen+matrices:+A+new+model+to+study+migration+of+human+fibroblast+populations+in+three+dimensions.">Nested collagen matrices: A new model to study migration of human fibroblast populations in three dimensions.</a> Exp. Cell. Res. 312 (1), 86-94 (2006).</li><li>Miron-Mendoza, M., Seemann, J., Grinnell, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+differential+regulation+of+cell+motile+activity+through+matrix+stiffness+and+porosity+in+three+dimensional+collagen+matrices.">The differential regulation of cell motile activity through matrix stiffness and porosity in three dimensional collagen matrices.</a> Biomaterials. 31 (25), 6425-6435 (2010).</li><li>Wakatsuki, T., Kolodney MS, ., Zahalak GI, ., Elson EL, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+mechanics+studied+by+a+reconstituted+model+tissue.">Cell mechanics studied by a reconstituted model tissue.</a> Biophys. J. 79 (5), 2353-2368 (2000).</li><li>De Jesus, A., Aghvami, M., Sander, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibroblast-mediated+fiber+realignment+in+fibrin+gels.">Fibroblast-mediated fiber realignment in fibrin gels.</a> , (2013).</li><li>Aghvami, M., Barocas, V. H., Sander, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiscale+mechanical+simulations+of+cell+compacted+collagen+gels.">Multiscale mechanical simulations of cell compacted collagen gels.</a> J. Biomech. Eng. 135, (2013).</li></ol>

لم يتم الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

وقد وضع هذا البروتوكول لغرض مراقبة وقياس الميكانيكا التي تنطوي عليها عملية إعادة تشكيل نظام الرصد الأوروبي بوساطة الخلية. هذه العمليات تكمن وراء عدد من الظواهر البيولوجية ولها آثار هامة على الأنسجة الهندسية2,22, الحد منندبة 1,23, وفهم إعادة عرض الأنسجة المرضية12,24. استخدام ا...

أداة هامة لدراسة التفاعلات مصفوفة الخلية هو هلام الكولاجين المأهولة بالخلايا1،2. الجل يوفر بيئة 3D التي هي أقرب إلى الطابع في الجسم الحي من الأنسجة وأكثر ملاءمة لفهم سلوك الخلية مما تقدمه الثقافات التقليدية 2D3. الدراسات المبكرة التي تم توزيعها بشكل متجانس الخلايا الليفية داخل هلام الكولاجين وجدت أن الخلايا توطيد بسرعة ألياف الكولاجين وضغط هلام4,5. الخلايا الليفية انقباش في المواد الهلامية العائمة الحرة ثم الانتقال إلى حالة هادئة بعد فترة وجيزة من هلام وصلت تماما ضغط1,6,7. الخلايا الليفية في المواد الهلامية التي هي مقيدة عند الحدود لا تزال في حالة نشطة، الاصطناعية8 وأنها تولد محاذاة الألياف بطريقة تعتمد على هندسة هلام والقيود الخارجية5،9. الاختلافات في نشاط الخلية ويبدو أن نتيجة للتوتر الداخلي (أو عدمه) التي تتطور كما الخلايا ممارسة قوى الجر عن طريق integrins على ألياف الكولاجين في هلام.
وهناك متغير من هذه التقنية ينطوي على وضع explants الخلايا الليفية(أي كتل من الخلايا) على مسافة بعيدا داخل هلام الكولاجين ومراقبة التفاعلات الخلية مصفوفة والتطور التدريجي للمحاذاة الألياف بين explants (تسمى أحيانا الأشرطة مثل الرباط)10-12. الميزة الأساسية للنظام explant هو أنه يسمح للمرء لترتيب الخلايا في أنماط هندسية بسيطة، مما يجعل من الأسهل تصور والتحقيق في الآليات الكامنة وراء إعادة تنظيم الألياف التي تحركها الخلية. هذه الأنماط المحاذاة — التي تعتمد أساسا على التفاعل بين قوى الجر الخلية, توزيع الخلية المكانية, هندسة هلام, والقيود الميكانيكية على هلام — من المهم أن نفهم لأنها تلعب دورا مركزيا في تنظيم الأنسجة العالمية, وظيفة ميكانيكية, والبيئة الميكانيكية المحلية13.
في مجال هندسة الأنسجة ، تتضمن إحدى استراتيجيات إنتاج الأنسجة الوظيفية ميكانيكيا والمهندسة التحكم في نمط محاذاة الألياف الذي يتطور من ضغط الخلايا بحيث تمتلك الأنسجة المهندسة محاذاة الألياف التي تحاكي محاذاة الأنسجة الأصلية14،15. ويعتقد أن مثل هذا المحاذاة ضروري للأنسجة المهندسة لتكرار السلوك الميكانيكي المعقد للأنسجة الأصلية. تعديل هذه الاستراتيجية هو استبدال هلام الكولاجين مع هلام الفيبرين16. هلام الفيبرين يطور نمط محاذاة مماثل لهلام الكولاجين أثناء الضغط. مع مرور الوقت هو المتدهورة الفيبرين واستبدالها مع ECM توليفها الخلية التي تتبع نمط محاذاة الألياف الفيبرين الأولية. وقد أدى البناء المهندس الناتج إلى تحسين الخصائص الميكانيكية بشكل كبير مقارنة ببنيات هلام الكولاجين المشتقة17.
عملية المحاذاة والأحداث إعادة عرض لاحقة في المواد الهلامية الفيبرين المضي قدما بطريقة معقدة وغير مفهومة بشكل جيد. لتوصيف هذه التفاعلات بشكل أفضل وتأثيرها على سلوك الخلية وإعادة عرض ECM ، قمنا بتطوير إجراء يستند إلى طريقة الزرع. في هذه الطريقة، يتم وضع explants الخلايا الليفية على هلام الفيبرين في أنماط هندسية مختلفة. يتم الحفاظ على المواد الهلامية في مفاعل حيوي18يتم التحكم فيه بيئيا ، ويتم مراقبة عملية الضغط وإعادة تنظيم الألياف باستخدام المجهر التفاضلي للتداخل الفاصل الزمني (DIC). يتم قياس حقول الإزاحة كميا باستخدام خوارزميات مخصصة. البيانات التي تم الحصول عليها من هذه التجارب لها آثار واسعة النطاق على عدد من العمليات، بما في ذلك تحسين استراتيجيات هندسة الأنسجة، وتحسين التئام الجروح، وعلاج إعادة عرض الأنسجة المرضية.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8630</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>T4648</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gibco</td>
			<td>11965-092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gibco</td>
			<td>15140-122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>A2942</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>H0887</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>223506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gibco</td>
			<td>25200-056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Invitrogen</td>
			<td>3000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Lonza</td>
			<td>DE14-701F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Molecular Probes</td>
			<td>F8858</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GIBCO</td>
			<td>A10483-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GIBCO</td>
			<td>11430-030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fisher-Scientific</td>
			<td>SS264-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>A3428-25MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Biotense Bioreactor</td>
			<td style="width:85px;">ADMET</td>
			<td style="width:125px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ti-Eclipe Microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;"># 0 35 mm Glass Bottom Petri Dish</td>
			<td>MatTek</td>
			<td>P35G-0-20-C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;"># 0 35 mm Glass Top Petri Dish</td>
			<td>MatTek</td>
			<td>P35GTOP-0-20-C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plastic Luer fittings, PVC tubing with Luer ends</td>
			<td>Cole-Parmer</td>
			<td>30600-65</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

observing and quantifying fibroblast-mediated fibrin gel compaction

الخلايا المضمنة في الكولاجين والمواد الهلامية الفيبرين نعلق وممارسة قوى الجر على ألياف الجل. ويمكن أن تؤدي هذه القوى إلى إعادة تنظيم وإعادة تنظيم الهيكل المجهري الهلامي على الصعيدين المحلي والعالمي. هذه العملية تسير بطريقة معقدة تعتمد جزئيا على التفاعل بين موقع الخلايا، وهندسة الجل، والقيود الميكانيكية على الجل. لفهم أفضل لكيفية إنتاج هذه المتغيرات لأنماط محاذاة الألياف العالمية، نستخدم المجهر التبايني للتداخل الفاصل الزمني (DIC) إلى جانب مفاعل حيوي يتم التحكم فيه بيئيا لمراقبة عملية الضغط بين النباتات المجهرية المتباعدة هندسيا (مجموعات من الخلايا الليفية). ثم يتم تحليل الصور مع خوارزمية معالجة الصور المخصصة للحصول على خرائط للإجهاد. ويمكن استخدام المعلومات التي تم الحصول عليها من هذه التقنية للتحقيق في علم الأحياء الميكانيكية لمختلف التفاعلات مصفوفة الخلية، والتي لها آثار هامة لفهم العمليات في التئام الجروح، وتطوير الأمراض، وتطبيقات هندسة الأنسجة.

إعادة عرض الأنسجة هي عملية معقدة مدفوعة جزئيا بالتفاعلات الفيزيائية المتبادلة بين الخلايا والمصفوفة المحيطة بها. الخلايا إعادة تنظيم الألياف المحيطة بها وتوليد التوتر في شبكة الألياف. محاذاة الألياف والبيئة الميكانيكية بدورها يتحكم سلوك الخلية، بحيث كل من الخلايا والمصفوفة على الصعيد ...

Watch this Scientific Journal Video about Observing and Quantifying Fibroblast-mediated Fibrin Gel Compaction at JoVE.com

Observing and Quantifying Fibroblast-mediated Fibrin Gel Compaction

واستخدمت تقنيات الفحص المجهري ومعالجة الصور الفاصلة زمنيا لمراقبة وتحليل ضغط هلامي بوساطة الخلايا الليفية وإعادة تنظيم ألياف الفيبرين في مفاعل حيوي خاضع للرقابة البيئية على مدى فترة 48 ساعة.

مراقبة وقياس حجم فيبرين جل ضغط الخلايا الليفية بوساطة

Cells embedded in collagen and fibrin gels attach and exert traction forces on the fibers of the gel. These forces can lead to local and global ...

observing-and-quantifying-fibroblast-mediated-fibrin-gel-compaction

Research

JoVE Journal

Bioengineering

5.9K Views.  University of Iowa. واستخدمت تقنيات الفحص المجهري ومعالجة الصور الفاصلة زمنيا لمراقبة وتحليل ضغط هلامي بوساطة الخلايا الليفية وإعادة تنظيم ألياف الفيبرين في مفاعل حيوي خاضع للرقابة البيئية على مدى فترة 48 ساعة.

Video: Observing and Quantifying Fibroblast-mediated Fibrin Gel Compaction

Preparation of Complaint Matrices for Quantifying Cellular Contraction

The regulation of cellular adhesion to the extracellular matrix (ECM) is essential for cell migration and ECM remodeling. Focal adhesions are macromolecular assemblies that couple the contractile F-actin cytoskeleton to the ECM. This connection allows for the transmission of intracellular mechanical forces across the cell membrane to the underlying substrate. Recent work has shown the mechanical properties of the ECM regulate focal adhesion and F-actin morphology as well as numerous physiological processes, including cell differentiation, division, proliferation and migration. Thus, the use of cell culture substrates has become an increasingly prevalent method to precisely control and modulate ECM mechanical properties.
To quantify traction forces at focal adhesions in an adherent cell, compliant substrates are used in conjunction with high-resolution imaging and computational techniques in a method termed traction force microscopy (TFM). This technique relies on measurements of the local magnitude and direction of substrate deformations induced by cellular contraction. In combination with high-resolution fluorescence microscopy of fluorescently tagged proteins, it is possible to correlate cytoskeletal organization and remodeling with traction forces.
Here we present a detailed experimental protocol for the preparation of two-dimensional, compliant matrices for the purpose of creating a cell culture substrate with a well-characterized, tunable mechanical stiffness, which is suitable for measuring cellular contraction. These protocols include the fabrication of polyacrylamide hydrogels, coating of ECM proteins on such gels, plating cells on gels, and high-resolution confocal microscopy using a perfusion chamber. Additionally, we provide a representative sample of data demonstrating location and magnitude of cellular forces using cited TFM protocols.

In this video, we demonstrate the experimental techniques used to fabricate compliant, extracellular matrix (ECM) coated substrates suitable for cell culture, and which are amenable to traction force microscopy and observing effects of ECM stiffness on cell behavior.

إعداد مصفوفات شكوى لقياس تقلص الخليوي

The regulation of cellular adhesion to the extracellular matrix (ECM) is essential for cell migration and ECM remodeling.  Focal adhesions are ...

Fabrication of Micro-tissues using Modules of Collagen Gel Containing Cells

This protocol describes the fabrication of a type of micro-tissues called modules.  The module approach generates uniform, scalable and vascularized tissues.  The modules can be made of collagen as well as other gelable or crosslinkable materials.  They are approximately 2 mm in length and 0.7 mm in diameter upon fabrication but shrink in size with embedded cells or when the modules are coated with endothelial cells.  The modules individually are small enough that the embedded cells are within the diffusion limit of oxygen and other nutrients but modules can be packed together to form larger tissues that are perfusable.  These tissues are modular in construction because different cell types can be embedded in or coated on the modules before they are packed together to form complex tissues.  There are three main steps to making the modules: (1) neutralizing the collagen and embedding cells in it, (2) gelling the collagen in the tube and cutting the modules and (3) coating the modules with endothelial cells.

Creation of micro-tissues using cylindrical collagen gels, called modules, that contain embedded cells and which surface is coated with endothelial cells.

تصنيع الأنسجة الصغيرة باستخدام وحدات من الخلايا التي تحتوي على الكولاجين جل

This protocol describes the fabrication of a type of micro-tissues called modules.  The module approach generates uniform, scalable and vascularized ...

Encapsulation of Cardiomyocytes in a Fibrin Hydrogel for Cardiac Tissue Engineering

Culturing cells in a three dimensional hydrogel environment is an important technique for developing constructs for tissue engineering as well as studying cellular responses under various culture conditions in vitro. The three dimensional environment more closely mimics what the cells observe in vivo due to the application of mechanical and chemical stimuli in all dimensions 1. Three-dimensional hydrogels can either be made from synthetic polymers such as PEG-DA 2 and PLGA 3 or a number of naturally occurring proteins such as collagen 4, hyaluronic acid 5 or fibrin 6,7. Hydrogels created from fibrin, a naturally occurring blood clotting protein, can polymerize to form a mesh that is part of the body's natural wound healing processes 8. Fibrin is cell-degradable and potentially autologous 9, making it an ideal temporary scaffold for tissue engineering.
Here we describe in detail the isolation of neonatal cardiomyocytes from three day old rat pups and the preparation of the cells for encapsulation in fibrin hydrogel constructs for tissue engineering. Neonatal myocytes are a common cell source used for in vitro studies in cardiac tissue formation and engineering 4. Fibrin gel is created by mixing fibrinogen with the enzyme thrombin. Thrombin cleaves fibrinopeptides FpA and FpB from fibrinogen, revealing binding sites that interact with other monomers 10. These interactions cause the monomers to self-assemble into fibers that form the hydrogel mesh. Because the timing of this enzymatic reaction can be adjusted by altering the ratio of thrombin to fibrinogen, or the ratio of calcium to thrombin, one can injection mold constructs with a number of different geometries 11,12. Further we can generate alignment of the resulting tissue by how we constrain the gel during culture 13.
After culturing the engineered cardiac tissue constructs for two weeks under static conditions, the cardiac cells have begun to remodel the construct and can generate a contraction force under electrical pacing conditions 6. As part of this protocol, we also describe methods for analyzing the tissue engineered myocardium after the culture period including functional analysis of the active force generated by the cardiac muscle construct upon electrical stimulation, as well as methods for determining final cell viability (Live-Dead assay) and immunohistological staining to examine the expression and morphology of typical proteins important for contraction (Myosin Heavy Chain or MHC) and cellular coupling (Connexin 43 or Cx43) between myocytes.

We describe the isolation of neonatal cardiomyocytes and the preparation of the cells for encapsulation in fibrin hydrogel constructs for tissue engineering. We describe methods for analyzing the tissue engineered myocardium after the culture period including active force generated upon electrical stimulation and cell viability and immunohistological staining.

تغليف الخلايا العضلية في هيدروجيل الفايبرين للهندسة الأنسجة القلبية

Culturing cells in a three dimensional hydrogel environment is an important technique for developing constructs for tissue engineering as well as studying ...

Preparation of 3D Fibrin Scaffolds for Stem Cell Culture Applications

Stem cells are found in naturally occurring 3D microenvironments in vivo, which are often referred to as the stem cell niche 1. Culturing stem cells inside of 3D biomaterial scaffolds provides a way to accurately mimic these microenvironments, providing an advantage over traditional 2D culture methods using polystyrene as well as a method for engineering replacement tissues 2. While 2D tissue culture polystrene has been used for the majority of cell culture experiments, 3D biomaterial scaffolds can more closely replicate the microenvironments found in vivo by enabling more accurate establishment of cell polarity in the environment and possessing biochemical and mechanical properties similar to soft tissue.3 A variety of naturally derived and synthetic biomaterial scaffolds have been investigated as 3D environments for supporting stem cell growth. While synthetic scaffolds can be synthesized to have a greater range of mechanical and chemical properties and often have greater reproducibility, natural biomaterials are often composed of proteins and polysaccharides found in the extracelluar matrix and as a result contain binding sites for cell adhesion and readily support cell culture. Fibrin scaffolds, produced by polymerizing the protein fibrinogen obtained from plasma, have been widely investigated for a variety of tissue engineering applications both in vitro and in vivo 4. Such scaffolds can be modified using a variety of methods to incorporate controlled release systems for delivering therapeutic factors 5. Previous work has shown that such scaffolds can be used to successfully culture embryonic stem cells and this scaffold-based culture system can be used to screen the effects of various growth factors on the differentiation of the stem cells seeded inside 6,7.
 This protocol details the process of polymerizing fibrin scaffolds from fibrinogen solutions using the enzymatic activity of thrombin. The process takes 2 days to complete, including an overnight dialysis step for the fibrinogen solution to remove citrates that inhibit polymerization. These detailed methods rely on fibrinogen concentrations determined to be optimal for embryonic and induced pluripotent stem cell culture. Other groups have further investigated fibrin scaffolds for a wide range of cell types and applications - demonstrating the versatility of this approach 8-12.

This work details the preparation of 3D fibrin scaffolds for culturing and differentiating plutipotent stem cells. Such scaffolds can be used to screen the effects of various biological compounds on stem cell behavior as well as modified to contain drug delivery systems.

إعداد الفايبرين 3D السقالات لتطبيقات الجذعية زراعة الخلايا

Stem cells are found in naturally occurring 3D microenvironments in vivo, which are often referred to as the stem cell niche 1. Culturing stem cells ...

Engineering Fibrin-based Tissue Constructs from Myofibroblasts and Application of Constraints and Strain to Induce Cell and Collagen Reorganization

Collagen content and organization in developing collagenous tissues can be influenced by local tissue strains and tissue constraint. Tissue engineers aim to use these principles to create tissues with predefined collagen architectures. A full understanding of the exact underlying processes of collagen remodeling to control the final tissue architecture, however, is lacking. In particular, little is known about the (re)orientation of collagen fibers in response to changes in tissue mechanical loading conditions. We developed an in&#160;vitro model system, consisting of biaxially-constrained myofibroblast-seeded fibrin constructs, to further elucidate collagen (re)orientation in response to i) reverting biaxial to uniaxial static loading conditions and ii) cyclic uniaxial loading of the biaxially-constrained constructs before and after a change in loading direction, with use of the Flexcell FX4000T loading device. Time-lapse confocal imaging is used to visualize collagen (re)orientation in a nondestructive manner.
Cell and collagen organization in the constructs can be visualized in real-time, and an internal reference system allows us to relocate cells and collagen structures for time-lapse analysis. Various aspects of the model system can be adjusted, like cell source or use of healthy and diseased cells. Additives can be used to further elucidate mechanisms underlying collagen remodeling, by for example adding MMPs or blocking integrins. Shape and size of the construct can be easily adapted to specific needs, resulting in a highly tunable model system to study cell and collagen (re)organization.

This model system starts from a myofibroblast-populated fibrin gel that can be used to study endogenous collagen (re)organization real-time in a nondestructive manner. The model system is very tunable, as it can be used with different cell sources, medium additives, and can be adapted easily to specific needs.

هندسة المستندة إلى الليفين يبني الأنسجة من Myofibroblasts وتطبيق القيود والضغط للحث على تنظيم الخلايا والكولاجين (إعادة)

Collagen content and organization in developing collagenous tissues can be influenced by local tissue strains and tissue constraint. Tissue engineers aim ...

Characterization of Leukocyte-platelet Rich Fibrin, A Novel Biomaterial

Autologous platelet concentrates represent promising innovative tools in the field of regenerative medicine and have been extensively used in oral surgery. Unlike platelet rich plasma (PRP) that is a gel or a suspension, Leukocyte-Platelet Rich Fibrin (L-PRF) is a solid 3D fibrin membrane generated chair-side from whole blood containing no anti-coagulant. The membrane has a dense three dimensional fibrin matrix with enriched platelets and abundant growth factors. L-PRF is a popular adjunct in surgeries because of its superior handling characteristics as well as its suturability to the wound bed. The goal of the study is to demonstrate generation as well as provide detailed characterization of relevant properties of L-PRF that underlie its clinical success.

Leucocyte-Platelet Rich Fibrin (L-PRF) represents an FDA cleared preparation of autologous platelet concentrates that possesses unique fibrin architecture, enriched platelets and abundant growth factors. Here, we present a protocol for chair-side generation of L-PRF as well as evaluate its mechanical properties including uniaxial testing and suture retention strength testing.

توصيف خلايا الدم البيضاء، الصفائح الدموية الغنية الليفين، رواية بيولوجية

Autologous platelet concentrates represent promising innovative tools in the field of regenerative medicine and have been extensively used in oral ...

Forming Giant-sized Polymersomes Using Gel-assisted Rehydration

Polymer vesicles, or polymersomes, are being widely explored as synthetic analogs of lipid vesicles based on their stability, robustness, barrier properties, chemical versatility and tunable physical characteristics. Typical methods used to prepare giant-sized (&gt; 4 &#181;m) vesicles, however, are both time and labor intensive, yielding low numbers of intact polymersomes. Here, we present for the first time the use of gel-assisted rehydration for the rapid and high-yielding formation of giant (&gt;4 &#181;m) polymer vesicles (polymersomes). Using this method, polymersomes can be formed from a wide array of rehydration solutions including several different physiologically-compatible buffers and full cell culture media, making them readily useful for biomimicry studies. This technique is also capable of reliably producing polymersomes from different polymer compositions with far better yields and much less difficulty than traditional methods. Polymersome size is readily tunable by altering temperature during rehydration or adding membrane fluidizers to the polymer membrane, generating giant-sized polymersomes (&gt;100 &#181;m).

We present a protocol to rapidly form giant polymer vesicles (pGVs). Briefly, polymer solutions are dehydrated on dried agarose films adhered to coverslips. Rehydration of the polymer films results in rapid formation of pGVs. This method greatly advances the preparation of synthetic giant vesicles for direct applications in biomimetic studies.

تشكيل عملاق الحجم Polymersomes عن طريق الإماهة بمساعدة جل

Polymer vesicles, or polymersomes, are being widely explored as synthetic analogs of lipid vesicles based on their stability, robustness, barrier ...

A Novel Technique for Generating and Observing Chemiluminescence in a Biological Setting

Intraoperative imaging techniques have the potential to make surgical interventions safer and more effective; for these reasons, such techniques are quickly moving into the operating room. Here, we present a new approach that utilizes a technique not yet explored for intraoperative imaging: chemiluminescent imaging. This method employs a ruthenium-based chemiluminescent reporter along with a custom-built nebulizing system to produce ex vivo or in vivo images with high signal-to-noise ratios. The ruthenium-based reporter produces light following exposure to an aqueous oxidizing solution and re-reduction within the surrounding tissue. This method has allowed us to detect reporter concentrations as low as 6.9 pmol/cm2. In this work, we present a visual guide to our proof-of-concept in vivo studies involving subdermal and intravenous injections in mice. The results suggest that this technology is a promising candidate for further preclinical research and might ultimately become a useful tool in the operating room.

This protocol describes a new intraoperative imaging technique that uses a ruthenium complex as a source of chemiluminescent light emission, thereby producing high signal-to-noise ratios during in vivo imaging. Intraoperative imaging is an expanding field that could revolutionize the way that surgical procedures are performed.

تقنية جديدة لتوليد ومراقبة التوهج في إعداد البيولوجي

Intraoperative imaging techniques have the potential to make surgical interventions safer and more effective; for these reasons, such techniques are ...

A Microfluidic Flow Chamber Model for Platelet Transfusion and Hemostasis Measures Platelet Deposition and Fibrin Formation in Real-time

Microfluidic models of hemostasis assess platelet function under conditions of hydrodynamic shear, but in the presence of anticoagulants, this analysis is restricted to platelet deposition only. The intricate relationship between Ca2+-dependent coagulation and platelet function requires careful and controlled recalcification of blood prior to analysis. Our setup uses a Y-shaped mixing channel, which supplies concentrated Ca2+/Mg2+ buffer to flowing blood just prior to perfusion, enabling rapid recalcification without sample stasis. A ten-fold difference in flow velocity between both reservoirs minimizes dilution. The recalcified blood is then perfused in a collagen-coated analysis chamber, and differential labeling permits real-time imaging of both platelet and fibrin deposition using fluorescence video microscopy. The system uses only commercially available tools, increasing the chances of standardization. Reconstitution of thrombocytopenic blood with platelets from banked concentrates furthermore models platelet transfusion, proving its use in this research domain. Exemplary data demonstrated that coagulation onset and fibrin deposition were linearly dependent on the platelet concentration, confirming the relationship between primary and secondary hemostasis in our model. In a timeframe of 16 perfusion min, contact activation did not take place, despite recalcification to normal Ca2+ and Mg2+ levels. When coagulation factor XIIa was inhibited by corn trypsin inhibitor, this time frame was even longer, indicating a considerable dynamic range in which the changes in the procoagulant nature of the platelets can be assessed. Co-immobilization of tissue factor with collagen significantly reduced the time to onset of coagulation, but not its rate. The option to study the tissue factor and/or the contact pathway increases the versatility and utility of the assay.

This paper describes an experimental model of hemostasis that simultaneously measures platelet function and coagulation. Platelet and fibrin fluorescence is measured in real-time, and platelet adhesion rate, coagulation rate, and onset of coagulation are determined. The model is used to determine platelet procoagulant properties under flow in concentrates for transfusion.

للدائرة نموذج ميكروفلويديك تدفق لصفائح الدم نقل والإرقاء يقيس ترسب الصفائح الدموية والليفين تشكيل في الوقت الحقيقي

Microfluidic models of hemostasis assess platelet function under conditions of hydrodynamic shear, but in the presence of anticoagulants, this analysis is ...

Gel-seq: A Method for Simultaneous Sequencing Library Preparation of DNA and RNA Using Hydrogel Matrices

The ability to amplify and sequence either DNA or RNA from small starting samples has only been achieved in the last five years. Unfortunately, the standard protocols for generating genomic or transcriptomic libraries are incompatible and researchers must choose whether to sequence DNA or RNA for a particular sample. Gel-seq solves this problem by enabling researchers to simultaneously prepare libraries for both DNA and RNA starting with 100 - 1000 cells using a simple hydrogel device. This paper presents a detailed approach for the fabrication of the device as well as the biological protocol to generate paired libraries. We designed Gel-seq so that it could be easily implemented by other researchers; many genetics labs already have the necessary equipment to reproduce the Gel-seq device fabrication. Our protocol employs commonly-used kits for both whole-transcript amplification (WTA) and library preparation, which are also likely to be familiar to researchers already versed in generating genomic and transcriptomic libraries. Our approach allows researchers to bring to bear the power of both DNA and RNA sequencing on a single sample without splitting and with negligible added cost.

Gel-seq enables researchers to simultaneously prepare libraries for both DNA- and RNA-seq at negligible added cost starting from 100 - 1000 cells using a simple hydrogel device. This paper presents a detailed approach for the fabrication of the device as well as the biological protocol to generate paired libraries.

هلام-seq: طريقة لإعداد مكتبة تسلسل واحد من الحمض النووي والجيش الملكي النيبالي باستخدام مصفوفات المائية

The ability to amplify and sequence either DNA or RNA from small starting samples has only been achieved in the last five years. Unfortunately, the ...