الكتاب يود أن يشكر هيذر كوري لمساهمتها الأولية في تصميم الدراسة، والدكتور سواراب ميترا لبلده استعراض نقدي للمخطوطة. ونود أيضا أن نشكر الدكتور مايكل باء هاريس على التعليقات، والتحسينات والمساعدة في إعداد البيان العملي لهذه المنهجية. وقدمت السلالات كاينورهابديتيس مركز علم الوراثة، والذي يموله مكتب المعاهد الوطنية للصحة "برامج الهياكل الأساسية للبحوث" (P40 OD010440). وأيد البحث عنها في هذا المنشور بالمعهد الوطني للعلوم الطبية العامة "معاهد الصحة الوطنية في" إطار جائزة أرقام UL1GM118991 أو TL4GM118992 أو RL5GM118990 وجائزة التنمية المؤسسية (فكرة) من المعهد الوطني للعامة الطبية العلوم من "معاهد الصحة الوطنية في" إطار المنحة رقم 5P20GM103395-15. المحتوى هي المسؤولة الوحيدة عن المؤلفين ولا تمثل بالضرورة وجهات النظر الرسمية "المعاهد الوطنية للصحة". تعميم الوصول إلى الخدمات هو AA/EO صاحب العمل والمؤسسة التعليمية، ويحظر التمييز غير المشروع ضد أي فرد: www.alaska.edu/titleIXcompliance/nondiscrimination.

1- كاينورهابديتيس غربال البناء والاستخدام
<ol><li>
بروتوكول الإنشاء
	<ol>
<li>الحصول على أغطية 2 من أنابيب مخروطية 50 مل (الشكل 1A).</li>
		<li>إزالة منطقة مركز داخل الشفة الداخلية للجفن (عندما ينظر إليها من الأسفل، الشكل 1B) استخدام موقد بنسن وتحقيق معدنية ساخنة أو لحام حديد أو صعدت الحفر بت. ملاحظة: استخدام الحرارة لقطع الغطاء البلاستيك الأفضل لنصل لأن هناك مخاطر أقل للإصابة.</li>
		<li>تنظيف والرمال حواف قطع وأعلى السطح مع ملف منحنية أو دوارة طحن الأداة (مثلاً، Dremel). انظر الشكل 1.</li>
		<li>قص دائرة شبكة شعيرات إلى القطر المناسب (الشكل 1). ولهذا، تتبع غطاء على ورقة مش نايلون حيدة وقص فقط داخل الخط الذي رسمته.</li>
		<li>قطع الأخاديد/مائلة إلى السطح العلوي للأغطية لتعزيز التصاق الجفن اثنين عندما يتم تطبيق الغراء للبلاستيك (الشكل 1E).</li>
		<li>تنظيف الأغطية مع الإيثانول والسماح لهم الجافة.</li>
		<li>تطبيق الغراء cyanoacrylate على السطح العلوي لكل الأغطية، الحفاظ على الحافة الخارجية. ملاحظة: الغراء قليلاً يقطع شوطا طويلاً.</li>
		<li>إرساء شبكة شعيرات، وفقا الجدول 1، غطاء لاصق واحد (الشكل 1F). ضع غطاء الثاني مقلوب على رأس الشبكة؛ يجب أن يكون كلا الأغطية على قمم معا. اضغط بحزم معا (الشكل 1). تأكد من أن الشبكة مشدود. ملاحظة: كإجراء وقائي، استخدام الملقط لوضع الشبكة على الأغطية.</li>
		<li>مرة واحدة وقد جفت الطبقة الأولى من الغراء، تنطبق على عصابة من الغراء cyanoacrylate حول الفجوة الخارجي بين الأغطية. أن تكون سخية كما يضيف سلامة هذا ويمنع أي تقشير بعيداً أو تسرب.</li>
		<li>قم بتسمية عامل التصفية مع حجم المسام مش مش حيدة. ملاحظة: هنا، يمكننا استخدام اثنين من أحجام المسام مش – 20 ميكرون و 50 ميكرون.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
استخدام بروتوكول
	<ol>
<li>قبل الرطب المنخل.<ol>
<li>"الماصة؛" من المحلول الملحي، مثل M9 [5 غ من كلوريد الصوديوم، ز 6 غ2هبو4، ز 3 خ2ص4، 1 لتر من النقاوة ح2س، و 1 مل من مجسو4 (م 1)]17، من خلال مركز غربال حتى أشكال المعالجة تجميعية ، يتكثف، وتقطر قبالة مركز تصفية السفلي (الشكل 2A). اختيارياً، تطبيق مسح خالية من الوبر (مثلاً، كيمويبي) إلى الأسفل إلى الشكل أو نشر معالجة رطوبة تجميعية على الشبكة.</li>
			<li>ضع المنخل عبر أنبوب مخروطي 50 مل. تسمية الأنبوب ك 'أنبوب النفايات' (الشكل 2).</li>
		</ol>
</li>
		<li>أغسل عدد سكانها C. ايليجانس قبالة صفيحة أجار.<ol>
<li>أغسل اللوحة مع المخزن المؤقت M9 ومكان المتوسطة المحتوية على دودة على ظهر المركب مش حيدة 1 مل في وقت واحد (الشكل 2). تأكد من أن تعمل في مركز الشبكة. تغسل جميع الديدان من اللوحة. ملاحظة: عادة، 3 مل M9 لوحة 60 ملم غير كافية.</li>
			<li>لتقليل عدد الديدان التي فقدت في بيبيتينج، استخدام زجاج ماصة باستور لنقل الديدان قبالة اللوحة وعلى مركز شبكة (كرر حسب الحاجة).</li>
			<li>شطف عامل التصفية مع المخزن المؤقت M9 من الأعلى. مرة أخرى، تأكد من تعمل في مركز الشبكة، وشطف جميع الديدان في هذا المجال. تغسل عدة مرات حسب الضرورة لضمان أن جميع البكتيريا والديدان الصغيرة قد مروا عبر الشبكة.</li>
		</ol>
</li>
		<li>حصاد الحيوانات مطابقة حجم من المنخل.<ol>
<li>إرفاق أنبوب مخروطي 50 مل جديدة إلى الجزء العلوي من غربال، مع الديدان الكبار من الخطوة 1.2.2.3 تواجه داخل الأنبوب مجموعة جديدة (الشكل 2D).</li>
			<li>إزالة الأنبوب الأول (أنبوب النفايات) واقلب بسرعة منخل وأنبوب جديد للحيلولة دون ترحيل الحبرية (الشكل 2E). ملاحظة: إذا كان غير مطلوب العقم، استخدام مسح خالية من الوبر (مثلاً، كيمويبي) للسائل فتيلة من أسفل الشبكة قبل التقليب.</li>
			<li>شطف مش مع M9 في أنبوب 50 مل جديدة من ظهر المركب الجديد (الشكل 2 واو). مرة أخرى، تعمل في مركز الشبكة والمحافظة على معالجة تجميعية على الجزء السفلي الشبكة.</li>
			<li>السماح للديدان تسوية أو تدور لهم بلطف إلى أسفل (مثل< 16 x g) لحوالي 1 دقيقة (الشكل 2).</li>
			<li>نضح الحل المخزن المؤقت من بيليه الديدان، ومن الناحية المثالية وصولاً إلى > 0.5 مل، أو إزالة السوائل قدر ممكن دون الإخلال بيليه.</li>
			<li>"الماصة؛" الديدان استخدام زجاج ماصة باستور على صفيحة NGM والسماح لهم الجافة. الفضاء قطرات متعددة بها على لوحة جديدة حيث أن تجف أسرع (ح الشكل 2).</li>
		</ol>
</li>
		<li>تنظيف المنخل.<ol>
<li>شطف المنخل بلطف ودقة مع الماء الإيثانول والتناضح العكسي. اتركها تجف.</li>
			<li>تخزينها في حاوية نظيفة للاستخدام في المستقبل إلى أجل غير مسمى.</li>
			<li>تجاهل ذلك عندما تطور الشبكة مظهر "تبلد".</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. التحقق من كاينورهابديتيس منخل أسلوب الفرز
<ol><li>الصيانة العامة
	<ol>
<li>لكل التجارب، الديدان الثقافة على "ديدان أسطوانية وسائط النمو" قياسي17 (1 لتر NGM يتكون من 2.5 g ببتون، ز 17 من أجار، 3 غرام من كلوريد الصوديوم، مل 975 مزدوجة المقطر المياه، 1 مل 5 ملغ/مل الكولسترول، 1 مل كاكل م 12 ، 1 مل 1 م MgSO4، 25 مل من خبو 1 M4، و 0.5 مل من ستربتوميسين 100 مغ/مل) في 25 درجة مئوية.</li>
	</ol></li>
	<li>إدارة العلاج التجريبي
	<ol>
<li>مقارنة مجموعات العلاج الثلاثة: بيك، فلوروديوكسيوريديني (فودر) وغربال كاينورهابديتيس .<ol>
<li>لمجموعة العلاج فودر، إضافة 100 مغ/مل فودر NGM وسائط الإعلام إلى تركيز نهائي من 100 ميكرومتر منع أي إنتاج ذرية، ونقل الديدان كل يوم إلى لوحة NGM طازجة لتجنب نضوب الغذاء.</li>
			<li>لاختيار مجموعة، حدد ونقل الديدان يدوياً باستخدام حلقة البلاتين.</li>
			<li>لمجموعة العلاج غربال كاينورهابديتيس ، اتبع الخطوة 1.2 و "الماصة؛" الديدان على صفيحة NGM.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>كاينورهابديتيس غربال نسبة العائد
	<ol>
<li>لقياس مدى فعالية المنخل في الفرز C. ايليجانس، تنمو السن متزامن N2 الحيوانات لليوم الأول من مرحلة البلوغ عند 25 درجة مئوية (أي48 ساعة بعد وضع البيض) وثم نقلها بانتقاء منهم إلى لوحات NGM الطازجة (N إجمالي = 50 أو N = 100 الحيوانات الواحدة ترى مجموعة أتمينت).</li>
		<li>بعد 24 ساعة انتعاش، ونقل السكان إلى لوحات NGM جديدة مع غربال كاينورهابديتيس عقب ما ورد أعلاه البروتوكول (راجع الخطوة 1، 2)، وحساب عدد الحيوانات المنقولة بنجاح.</li>
		<li>حساب نسبة العائد بنسبة عدد الحيوانات المنقولة بالمقارنة مع عدد الانطلاق في البداية نقل مضروبة في 100 (%).</li>
	</ol></li>
	<li>فحوصات هيلثسبان ملاحظة: نقاط المعلمات هيلثسبان من الفئة حركية ومعدل ضخ البلعوم، وسواء الأمامي والخلفي لمس لطيف الاستجابة في أيام 2 و 4، 6، و 8 لسن البلوغ لمزامنة العمر الحيوانات N2 الإبقاء على 25 درجة مئوية.<ol>
<li>تتبع حركية<ol>
<li>تعيين عشرات حركية استناداً إلى نظام يستند إلى الفئة (الفئات A، B و C) اتباع أساليب هيرندون et al. 18-مقارنة آثار ثلاث مجموعات تجريبية باستخدام نموذج إحصاءات ترتيبية سوقي في برمجيات التحليل الإحصائي. ملاحظة: نقل أفراد الفئة أ عفويا في نمط عادي جيبية. أفراد الفئة ب التحرك في الحركات غير الجيبية ملحوظا، وقد تتطلب الحث على تشجيع حركة. أفراد الفئة C تحريك الرأس و/أو ذيل استجابة للحث ولكن غير قادر على الانتقال عبر أجار.</li>
		</ol>
</li>
		<li>معدل ضخ البلعوم<ol>
<li>عد حركة طاحونة لمبة البلعوم المحطة الطرفية للحيوان بصريا تحت ستيريوميكروسكوبي 600 X التكبير النهائي لمدة 1 دقيقة.</li>
			<li>إجراء تحليل إحصائي مع ANOVA أحادي اتجاه مع α = 0.05 والاختبارات بعد بونفيروني مع α = 0.05.</li>
		</ol>
</li>
		<li>استجابة اللمس<ol>
<li>تسجيل استجابة لمس لطيف وقارن بين المجموعات الثلاث في المعاملة. إجراء فحوصات استناداً إلى الأساليب الموصوفة كاليكستو et al. 19.</li>
			<li>سجل الأمامي والخلفي لمس استجابة بلطف الجرة انتقاء جفن عمودياً عبر الذيل أو الرأس (5 س والتناوب الرأس والذيل) من الحيوانات.</li>
			<li>نقاط أي حركة في الاتجاه المعاكس من السكتة الدماغية كالنقطة 1 على مقياس من 0 إلى 5 الأمامي والخلفي استجابة.</li>
			<li>إجراء التحليل الإحصائي مع ANOVA أحادي اتجاه مع α = 0.05 والاختبارات بعد بونفيروني مع α = 0.05.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>فحص الخصوبة
	<ol>
<li>لتحديد استخدام غربال كاينورهابديتيس للتأثير على الإنجاب، تنمو السن متزامن N2 الحيوانات لليوم الثاني من مرحلة البلوغ عند 25 درجة مئوية.</li>
		<li>ح 60 بعد وضع البيض، نقل الحيوانات إلى لوحات NGM جديدة مع اختيار البلاتين أو غربال كاينورهابديتيس وإعطائهم ح 4 لاسترداد (الجاف لوحات ينخل لمدة 20 – 30 دقيقة).</li>
		<li>بعد الاسترداد، منفردة لوحة الحيوانات عبر جفن بيك إلى لوحات NGM، منحهم 24 ساعة لوضع البيض، وإزالة الحيوانات. السماح الذرية في كل لوحة لوضع تحت الظروف العادية عند 25 درجة مئوية لآخر 24 ساعة. ملاحظة: انتقاء جفن جفن الإنسان المضمونة إلى نهاية ماصة باستور مع طلاء الأظافر وتعقيمها مع الإيثانول.</li>
		<li>حساب عدد أفراد الجيل F1 قابلة للحياة. إجراء تحليل إحصائي باستخدام اختبار T مع α = 0.05. ملاحظة: تعتبر ذرية قابلة للحياة أن البيض هاتش بنجاح والبدء في تنميتها من خلال دورات منتظمة في اليرقات.</li>
	</ol></li>
	<li>مراسل الفلورسنت الإجهاد استجابة فحوصات
	<ol>
<li>أداء ثلاثة فحوصات مراسل الفلورية استخداماً للكشف عن علامات محتملة للإجهاد: إزفاء DAF-16::GFP في النواة الخلايا في20سلالة [TJ356-zIs356 (pDAF-16::DAF-16-التجارة والنقل؛ ورول-6)]؛ تعبير hsp-16.2 [TJ375-gpIs1 (hsp-16.2p::GFP)]21؛ والهيئة العامة للسدود-3 تعبير [CF1553-muIs84([pAD76]sod-3p::GFP+rol-6[su1006])]22.</li>
		<li>لكل فحص، ثقافة الحيوانات العمر متزامن من المجموعات الثلاث في المعاملة عند 20 درجة مئوية ودراستها في اليوم الثالث من مرحلة البلوغ: استخدام عنصر تحكم سلبية (على أساس يومي، نقل مجموعة من الحيوانات يدوياً مع اختيار البلاتين)، عنصر تحكم إيجابية (على أساس يومي ، نقل مجموعة من الحيوانات يدوياً باختيار البلاتين بالإضافة إلى الضغوطات المنشأة)، وغربال كاينورهابديتيس (يمر غربال الحيوانات والسماح لهم باستعادة لمدة 30 دقيقة على NGM قبل التصوير).</li>
		<li>في مقايسة DAF-16::GFP، صدمة الحرارة الحيوانات التحكم الإيجابي في 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة قبل التصوير20. للمقايسة hsp-16.2، صدمة الحرارة الحيوانات السيطرة الإيجابية لمدة 90 دقيقة، ح 20 قبل التصوير21. للمقايسة 3 الهيئة العامة للسدود، معاملة الحيوانات السيطرة الإيجابية مع بركات 100 مم ح 4 قبل التصوير22.</li>
		<li>حصاد الديدان فورا مع اختيار جفن ويشن منها إلى ساترة مع ميكروليتر 1 حل الفاعل 407 بولوكسامير 36% لشل الديدان.</li>
		<li>ساندويتش الديدان المحملة مع ساترة آخر. جبل كوفيرسليبس اثنين إلى شريحة مجهرية الزجاج القياسية وصورة الديدان باستخدام 8 X تكبير على مقلوب مجهر فلوري (بالنسبة تكبير العام 80 X) ومن تعرض مستمر مع عامل تصفية فيتك.</li>
		<li>للكشف عن أي فروق بين المجموعات الثلاث في مقايسة DAF-16::GFP، تصنيف الحيوانات استناداً إلى موقع المراسل DAF-16::GFP (النووية إذا المراسل ذوبانها إلى نويات، سيتوسوليك إذا كان المراسل الموجود في سيتوسول، وإذا كان الوسيط مراسل الموقع في كل من نوى وسيتوسول).</li>
		<li>مقارنة النتائج باستخدام نموذج إحصائية سوقيات ترتيبي في برمجيات التحليل الإحصائي. Hsp-16.2 وفحوصات التعبير 3 الهيئة العامة للسدود، استخدام ANOVA اتجاه واحد مع α = 0.05 واختبارات الوظائف المخصصة توكي مع α = 0.05 مقارنة مجموع الأسفار من منطقة الرأس.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>C elegans Sequencing Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+the+nematode+C.+elegans:+a+platform+for+investigating+biology.">Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology.</a> Science. 282 (5396), 2012-2018 (1998).</li><li>Herman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hermaphrodite+cell-fate+specification.">Hermaphrodite cell-fate specification.</a> WormBook. , 1-16 (2006).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li><li>Chalfie, M., Hart, A. C., Rankin, C. H., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+mechanosensation.">Assaying mechanosensation.</a> WormBook. , (2014).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion+of+the+Mitochondrial+Superoxide+Dismutase+sod-2+Extends+Lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Deletion of the Mitochondrial Superoxide Dismutase sod-2 Extends Lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genetics. 5 (2), e1000361 (2009).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FUdR+causes+a+twofold+increase+in+the+lifespan+of+the+mitochondrial+mutant+gas-1.">FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1.</a> Mechanisms of Ageing Development. 132 (10), 519-521 (2011).</li><li>Gandhi, S., Santelli, J., Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Sanadi, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+maintaining+large,+aging+populations+of+Caenorhabditis+elegans.">A simple method for maintaining large, aging populations of Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 12 (2), 137-150 (1980).</li><li>Aitlhadj, L., St&#252;rzenbaum, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+FUdR+can+cause+prolonged+longevity+in+mutant+nematodes.">The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes.</a> Mechanisms of Ageing and Development. 131 (5), 364-365 (2010).</li><li>Davies, S. K., Leroi, A. M., Bundy, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorodeoxyuridine+affects+the+identification+of+metabolic+responses+to+daf-2+status+in+Caenorhabditis+elegans.">Fluorodeoxyuridine affects the identification of metabolic responses to daf-2 status in Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 133 (1), 46-49 (2012).</li><li>Feldman, N., Kosolapov, L., Ben-Zvi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorodeoxyuridine+improves+Caenorhabditis+elegans+proteostasis+independent+of+reproduction+onset.">Fluorodeoxyuridine improves Caenorhabditis elegans proteostasis independent of reproduction onset.</a> PLoS One. 9 (1), e85964 (2014).</li><li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+analysis,+sorting,+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system.">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Molecular Biology. 351, 275-286 (2006).</li><li>Argon, Y., Ward, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+fertilization-defective+mutants+with+abnormal+sperm.">Caenorhabditis elegans fertilization-defective mutants with abnormal sperm.</a> Genetics. 96 (2), 413-433 (1980).</li><li>Lee, S. J., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+the+longevity+response+to+temperature+by+thermosensory+neurons+in+Caenorhabditis+elegans.">Regulation of the longevity response to temperature by thermosensory neurons in Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 19 (9), 715-722 (2009).</li><li>Klass, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans:+major+biological+and+environmental+factors+influencing+life+span.">Aging in the nematode Caenorhabditis elegans: major biological and environmental factors influencing life span.</a> Mechanisms of Ageing Development. 6 (6), 413-429 (1977).</li><li>Zhang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+Temperature+Differentially+Modulates+C.+elegans+Longevity+through+a+Thermosensitive+TRP+Channel.">Environmental Temperature Differentially Modulates C. elegans Longevity through a Thermosensitive TRP Channel.</a> Cell Reports. 11 (9), 1414-1424 (2015).</li><li>Michaelson, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans:+A+Practical+Approach.+Ian+A.+Hope+(ed.).+Oxford+University+Press,+Oxford.+1999.+Pp.+281.+ISBN+0+19+963738+5.">C. elegans: A Practical Approach. Ian A. Hope (ed.). Oxford University Press, Oxford. 1999. Pp. 281. ISBN 0 19 963738 5.</a> Heredity. 85 (1), 97-100 (2000).</li><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans.">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li><li>Calixto, A., Chelur, D., Topalidou, I., Chen, X., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+neuronal+RNAi+in+C.+elegans+using+SID-1.">Enhanced neuronal RNAi in C. elegans using SID-1.</a> Nature Methods. 7 (7), 554-559 (2010).</li><li>Henderson, S. T., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-16+integrates+developmental+and+environmental+inputs+to+mediate+aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">daf-16 integrates developmental and environmental inputs to mediate aging in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 11 (24), 1975-1980 (2001).</li><li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans.">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li><li>Libina, N., Berman, J. R., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-specific+activities+of+C.+elegans+DAF-16+in+the+regulation+of+lifespan.">Tissue-specific activities of C. elegans DAF-16 in the regulation of lifespan.</a> Cell. 115 (4), 489-502 (2003).</li><li>Keith, S. A., Amrit, F. R., Ratnappan, R., Ghazi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C.+elegans+healthspan+and+stress-resistance+assay+toolkit.">The C. elegans healthspan and stress-resistance assay toolkit.</a> Methods. 68 (3), 476-486 (2014).</li><li>Scerbak, C., Vayndorf, E. M., Hernandez, A., McGill, C., Taylor, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanosensory+neuron+aging:+Differential+trajectories+with+lifespan-extending+alaskan+berry+and+fungal+treatments+in+Caenorhabditis+elegans.">Mechanosensory neuron aging: Differential trajectories with lifespan-extending alaskan berry and fungal treatments in Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Aging Neuroscience. 8, 173 (2016).</li><li>Vayndorf, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+remodeling+of+C.+elegans+neurons+during+aging+is+modified+by+compromised+protein+homeostasis.">Morphological remodeling of C. elegans neurons during aging is modified by compromised protein homeostasis.</a> npj Aging and Mechanisms of Disease. 2, 16001 (2016).</li><li>Murakami, S., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+pathway+conferring+life+extension+and+resistance+to+UV+stress+in+Caenorhabditis+elegans.">A genetic pathway conferring life extension and resistance to UV stress in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 143 (3), 1207-1218 (1996).</li><li>Abbas, S., Wink, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Green+Tea+Extract+Induces+the+Resistance+of+Caenorhabditis+elegans+against+Oxidative+Stress.">Green Tea Extract Induces the Resistance of Caenorhabditis elegans against Oxidative Stress.</a> Antioxidants (Basel). 3 (1), 129-143 (2014).</li><li>Yanase, S., Hartman, P. S., Ito, A., Ishii, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+stress+pretreatment+increases+the+X-radiation+resistance+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Oxidative stress pretreatment increases the X-radiation resistance of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Mutation Research. 426 (1), 31-39 (1999).</li><li>Chung, K., Crane, M. M., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+on-chip+rapid+microscopy,+phenotyping+and+sorting+of+C.+elegans.">Automated on-chip rapid microscopy, phenotyping and sorting of C. elegans.</a> Nature Methods. 5 (7), 637-643 (2008).</li></ol>

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن. الكتاب يعلن أنه أجرى البحث في غياب أي علاقات تجارية أو مالية يمكن أن يفسر تضارب المصالح محتملة.

وهنا، قدمنا تصميم واستخدام غربال كاينورهابديتيس ميسرة وفعالة كأداة للفرز والحفاظ على C. ايليجانس. هذه الأداة ومزايا عدة لانتقاء الحيوانات الفردية، غسل السكان والعلاجات الكيميائية (مثلاً، فودر)، وأساليب أكثر تكلفة من الحيوانات فصل يدوياً. أولاً، منخل كاينورهابديتيس ك?...

الدودة السلكية، ايليجانس كاينورهابديتيس، كائن نموذج رئيس وزراء. بالإضافة إلى الطابع مباشرة والتي تسيطر عليها لزراعتها في المختبر، الجينوم أكمله هو التسلسل1 ويعرف مصير الإنمائية لكل خلية2. بسبب هذه الميزات، C. ايليجانس كائن نموذج مستخدمة على نطاق واسع للدراسات الوراثية. ومع ذلك، جنبا إلى جنب مع هذه الخصائص المفيدة تأتي بعض التحديات للباحثين. سبب وقتهم الجيل السريع، C. ايليجانس السكان يمكن أن تنفد بسرعة الغذاء و/أو تصبح مختلطة السكان مع أجيال متعددة ويقدم مراحل النمو في وقت واحد. وهكذا، تتطلب تجارب أجريت على وسائط النمو السلكية الصلبة (NGM) الباحثين لنقل الحيوانات فعلياً إلى لوحات جديدة قبل أن يستنفد المصدر الغذائي الجرثومي ووضع اليرقات الجديدة. هذا يمكن أن يكون مملا كما نقل متكررة من الحيوانات مطلوب لمنع السكان تجريبية من أن تصبح مختلطة مع الأجيال ذرية. لا يزال، تتطلب بعض التجارب كلا أعدادا كبيرة من الحيوانات والنقاط الزمنية الممتدة (مثلاً، استخراج الحمض النووي الريبي أو في مرحلة البلوغ). وهذا يضاعف التحديات المتمثلة في الحفاظ على عدد سكان متزامنة بدقة ونقل إعداد كبيرة من الحيوانات.
الأساليب الحالية لنقل C. ايليجانس مثقف في NGM الانتقاء أو غسل الحيوانات من لوحة للوحة؛ علاج كيميائيا الحيوانات (مثلاً، مع الحمض النووي النسخ المتماثل مثبط فلوروديوكسيوريديني أو فودر)؛ أو استخدام التدفق الخلوي لفرز الحيوانات في لوحات متعددة جيدا. الانتقاء ينطوي على استخدام أداة اليد، المصنوع من سلك البلاتين رقيقة أو جفن، أما يدوياً نقل الفرد أو3،الحيوانات متعددة4. هذا الأسلوب هو دقيقة ولكن يتطلب المهارة والوقت وهو القيد للدراسات التي تشمل أعدادا كبيرة من الحيوانات. اختيار مايو أيضا أن تكون ضررا جسديا والمجهدة للحيوانات التي يحتمل أن إخضاع الأفراد لكميات غير طبيعية وغير متناسقة من اضطراب وقوة. ينطوي غسيل الشطف طبق ثقافة مع حل المخزن مؤقت ونقل الحل مع الحيوانات عبر الزجاج ماصة باستور إلى لوحة ثقافة جديدة. هذا الأسلوب هو سريعة وفعالة ولكن ليست دقيقة كما يتم نقل متعددة الأجيال والمراحل التنموية للحيوانات بكميات كبيرة. ويمكن حل العلاجات الكيميائية، مثل فودر، في تثقيف وسائل الإعلام لمنع إنتاج ذرية من خلال منع أي تكرار الحمض النووي، ومن ثم، وضع البيض وإنتاج مشيج. وبينما فعالة، يجب أن يكون تطبيق هذا الأسلوب بعد نضوج الإنمائية فيما يتعلق بعدم عرقلة العمليات الإنمائية العادية، وهذا يعني أنه لا يزال هناك شرط لنقل الحيوانات قبل الإدارة3. هذا الأسلوب أيضا تأثيرات متعددة الخلوية مما يشير إلى مسارات، وأسفر عن تأثيرات ملحوظة على الحيوانات مع تقدمهم في السن (مثلاً، بتمديد عمر أو تغيير بروتيوستاسيس) اعتماداً على سلالة C. ايليجانس تستخدم5، 6،،من78،،من910. التدفق الخلوي أساليب الفرز ونقل الفردية C. ايليجانس من لوحة متعددة جيدا واحد إلى آخر11تلقائياً. بينما يكون هذا الأسلوب فعالة وكفؤة جداً، التدفق الخلوي معدات باهظة باهظة الثمن وغير متاحة للعديد من الباحثين. هو بديل لنقل الحيوانات استخدام نماذج المسخ التي تعتبر حساسة، مثل فر-15 و فيم-1، التي أصبحت عقيمة مع ضبط درجة الحرارة12درجة الحرارة. بينما استخدام الحيوانات المسخ مفيد في بعض الحالات، هذه السلالات المحددة تنمو بشكل أبطأ من الحيوانات البرية من نوع وأنهم يعتمدون المجين غيرت، بوصفه ممثلي الفقراء للديدان الشيخوخة أو صحية. وبالإضافة إلى ذلك، يؤدي أيضا إلى الاعتماد على درجة حرارة تحول إلى الحث على العقم في غياب بيئة ثابتة، والتغيرات في درجات الحرارة قد ثبت سهولة التأثير على الجينات تعبيرات13،14، 15-المجموعات البحثية قد نشرت سابقا تقنيات تصف استخدام شبكة لتصفية C. ايليجانس بحجم16. ومع ذلك، كنا غير قادر على العثور على عمل السابقة اختبار أية تغييرات في النتائج الصحية العامة التي قد تكون مرتبطة باستخدام عوامل التصفية هذه.
ومن ثم، هناك حاجة داخل مجتمع البحوث C. ايليجانس طريقة معقولة، فعالة وسريعة ودقيقة لنقل إعداد كبيرة من الحيوانات بين لوحات الثقافة ل. وقد وضعنا قطعة محسنة، يمكن الوصول إليها من المعدات (تسمى غربال كاينورهابديتيس ) وبروتوكول المقترنة لتصنيع وعملية تلبي احتياجات مجتمع البحوث C. ايليجانس . هنا، نشاطر تصميم منخل كاينورهابديتيس وطرق استخدامها، ونظهر أن استخدامها لا تؤثر صحة المشترك أو أي من علامات الإجهاد عند مقارنتها بمعيار الانتقاء اليدوي وعلاج مع شائعة، فودر الكيميائية المقيدة للخصوبة.

<table><tbody><tr><td>Safety glasses</td><td>Uline</td><td>S-21076</td><td></td></tr><tr><td>Protective heat resistant glove</td><td>Grainger</td><td>Item # 3AT17 Mfr. Model # 3AT17 Catalog Page # 1703</td><td></td></tr><tr><td>50 mL conical tube</td><td>Falcon</td><td>14-432-22</td><td></td></tr><tr><td>Synthetic Nylon mesh</td><td>Dynamic&lt;br/&gt; Aqua-Supply Ltd</td><td>NTX20 and NTX50</td><td></td></tr><tr><td>Cyanoacrylate glue</td><td>Scotch Super Glue Liquid</td><td>SAD114</td><td></td></tr><tr><td>Pliers</td><td>Vampliers</td><td>VMPVT-001-8</td><td></td></tr><tr><td>Dremmel tool with circular file</td><td>Lowe&#039;s</td><td>Item # 525945 Model # 100-LG</td><td></td></tr><tr><td>FUDR</td><td>Sigma</td><td>F0503</td><td></td></tr><tr><td>M9 chemicals ( NaCl, Na2HPO4, KH2PO4, MgSO4)&amp;nbsp;</td><td>Sigma&amp;nbsp;</td><td>S7653, RES20908-A7, 1551139, M7506</td><td></td></tr><tr><td>NGM plate chemicals (Bactopeptone, Agar, KH2PO4, K2HPO4, CaCl2,Cholesterol, Streptomycin)</td><td>BD Biosciences (bactopeptone) , Lab express (agar), Sigma ( rest)</td><td>BD bioscience 211677, Lab Express 1001,&amp;nbsp; Sigma 1551139, 1551128, C1016, C8667, S6501</td><td></td></tr><tr><td>Pluronic F-127</td><td>Sigma</td><td>P2443</td><td></td></tr><tr><td>Paraquat dichloride hydrate</td><td>Sigma</td><td>36541</td><td></td></tr><tr><td>Inverted fluorescence microscope</td><td>Olympus</td><td>FSX100</td><td></td></tr></tbody></table>

caenorhabditis sieve: a low-tech instrument and methodology for sorting small multicellular organisms

ايليجانس كاينورهابديتيس (C. ايليجانس) كائن نموذج راسخة المستخدمة عبر مجموعة من البحوث الطبية الحيوية والأساسية. داخل مجتمع البحوث السلكية، هناك حاجة لطريقة الفعالة والميسورة التكلفة للحفاظ على السكان الكبيرة، وتطابق العمر من C. ايليجانس. وهنا، نقدم منهجية لفرز ميكانيكيا وتنظيف C. ايليجانس. أن هدفنا توفير عملية فعالة من حيث التكلفة، وفعالة وسريعة وبسيطة للحصول على الحيوانات من أحجام موحدة ومراحل الحياة لاستخدامها في التجارب. تستخدم هذه الأداة، غربال كاينورهابديتيس ، نظام غطاء مبنية خصيصا بالمواضيع على المشترك مختبر مخروطية أنابيب ويفرز C. ايليجانس استناداً إلى حجم الجسم. نحن أيضا إثبات أن غربال كاينورهابديتيس ينقل فعالية الحيوانات من لوحة ثقافة واحدة إلى آخر السماح للفرز السريع، مزامنة، وتنظيف دون التأثير على علامات للصحة، بما في ذلك الحركة والإجهاد إيندوسيبلي الصحافيين الجينات. هذه الأداة موجوداً والمبتكرة خيار سريعة وفعالة، وغير مجهدة للحفاظ على السكان C. ايليجانس .

غربال كاينورهابديتيس يتكون من 2 الأغطية اللولبية، تأمين منطقة المنسوجة النايلون حيدة مش أصغر من قطر الجسم سن الإنمائية المرجوة، تستخدم لاستخراج يعيش السكان من الكائنات باستخدام تقنية غسيل بسيطة. وهو يعلق على الأنابيب المخروطية القياسية ويستخدم الشاشة مش ميكانيكي?...

Watch this Scientific Journal Video about Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms at JoVE.com

Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

يشمل البروتوكول الحالي منهجية للفرز والتنظيف لمطابقة سن السكان من ايليجانس كاينورهابديتيس. فإنه يستخدم بسيطة وغير مكلفة، وكفاءة أداة مصنوعة خصيصا للحصول على عدد كبير من سكان تجريبية من الديدان الخيطية للبحوث.

كاينورهابديتيس غربال: صك التكنولوجيا المنخفضة ومنهجية لفرز الكائنات متعددة الخلايا الصغيرة

Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a well-established model organism used across a range of basic and biomedical research. Within the nematode ...

caenorhabditis-sieve-low-tech-instrument-methodology-for-sorting

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

6.2K Views.  University of Alaska Fairbanks. يشمل البروتوكول الحالي منهجية للفرز والتنظيف لمطابقة سن السكان من ايليجانس كاينورهابديتيس. فإنه يستخدم بسيطة وغير مكلفة، وكفاءة أداة مصنوعة خصيصا للحصول على عدد كبير من سكان تجريبية من الديدان الخيطية للبحوث.

Video: Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

Culture and Assay of Large-Scale Mixed-Stage Caenorhabditis elegans Populations

Caenorhabditis elegans (C. elegans) has been and remains a valuable model organism to study developmental biology, aging, neurobiology, and genetics. The large body of work on C. elegans makes it an ideal candidate to integrate into large-population, whole-animal studies to dissect the complex biological components and their relationships with another organism. In order to use C. elegans in collaborative -omics research, a method is needed to generate large populations of animals where a single sample can be split and assayed across diverse platforms for comparative analyses.
Here, a method to culture and collect an abundant mixed-stage C. elegans population on a large-scale culture plate (LSCP) and subsequent phenotypic data is presented. This pipeline yields sufficient numbers of animals to collect phenotypic and population data, along with any data needed for -omics experiments (i.e., genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics). In addition, the LSCP method requires minimal manipulation to the animals themselves, less user preparation time, provides tight environmental control, and ensures that handling of each sample is consistent throughout the study for overall reproducibility. Lastly, methods to document population size and population distribution of C. elegans life stages in a given LSCP are presented.

Culture and Assay of Large-Scale Mixed-Stage Caenorhabditis elegans Populations

To use Caenorhabditis elegans (C. elegans) in omics research, a method is needed to generate large populations of worms where a single sample can be measured across platforms for comparative analyses. Here, a method to culture C. elegans populations on large-scale culture plates (LSCPs) and to document population growth is presented.

الثقافة و المقايسة من السكان على نطاق واسع Caenorhabditis النخبوية المختلطة

Caenorhabditis elegans (C. elegans) has been and remains a valuable model organism to study developmental biology, aging, neurobiology, and genetics. The ...

Genetics

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression of a fluorescent reporter. Here, we highlight an alternative usage of this instrument, for sorting worms according to their degree of colonization by a GFP-expressing pathogen. This new usage allowed us to address the relationship between colonization of the worm intestine and induction of immune responses. While C. elegans immune responses to different pathogens have been documented, it is still unknown what initiates them. The two main possibilities (which are not mutually exclusive) are recognition of pathogen-associated molecular patterns, and detection of damage caused by infection. To differentiate between the two possibilities, exposure to the pathogen must be dissociated from the damage it causes. The wormsorter enabled separation of worms that were extensively-colonized by the Gram-negative pathogen Pseudomonas aeruginosa, with the damage likely caused by pathogen load, from worms that were similarly exposed, but not, or marginally, colonized. These distinct populations were used to assess the relationship between pathogen load and the induction of transcriptional immune responses. The results suggest that the two are dissociated, supporting the possibility of pathogen recognition.

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

The wormsorter facilitates genetic screens in Caenorhabditis elegans by sorting worms according to expression of fluorescent reporters. Here, we describe a new usage:&#160;sorting according to colonization by a GFP-expressing pathogen, and we employ it to examine the poorly understood role of pathogen recognition in initiating immune responses.

الفصل الآلي لل<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; المستعمرة بنسب مختلفة من قبل الممرض الجرثومي

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression ...

Immunology and Infection

Novel Metrics to Characterize Embryonic Elongation of the Nematode Caenorhabditis elegans

Dissecting the signaling pathways that control the alteration of morphogenic processes during embryonic development requires robust and sensitive metrics. Embryonic elongation of the nematode Caenorhabditis elegans is a late developmental stage consisting of the elongation of the embryo along its longitudinal axis. This developmental stage is controlled by intercellular communication between hypodermal cells and underlying body-wall muscles. These signaling mechanisms control the morphology of hypodermal cells by remodeling the cytoskeleton and the cell-cell junctions. Measurement of embryonic lethality and developmental arrest at larval stages as well as alteration of cytoskeleton and cell-cell adhesion structures in hypodermal and muscle cells are classical phenotypes that have been used for more than 25 years to dissect these signaling pathways. Recent studies required the development of novel metrics specifically targeting either early or late elongation and characterizing morphogenic defects along the antero-posterior axis of the embryo. Here, we provide detailed protocols enabling the accurate measurement of the length and the width of the elongating embryos as well as the length of synchronized larvae. These methods constitute useful tools to identify genes controlling elongation, to assess whether these genes control both early and late phases of this stage and are required evenly along the antero-posterior axis of the embryo.

Novel Metrics to Characterize Embryonic Elongation of the Nematode Caenorhabditis elegans

Here we detail protocols specifically designed to monitor morphogenic defects that occur during early and late phases of embryonic elongation of the nematode Caenorhabditis elegans. Ultimately, these protocols are designed to identify genes that regulate these phases and to characterize their differential requirements along the antero-posterior axis of the embryo.

رواية مقاييس لوصف الجنينية الاستطالة للنيماتودا<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em

Dissecting the signaling pathways that control the alteration of morphogenic processes during embryonic development requires robust and sensitive metrics. ...

Neuroscience

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

الأساسية<em&gt; Caenorhabditis ايليجانس</em&gt; طرق: التزامن والمراقبة

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Biology

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these organisms form networks of interconnected hyphae, known as pellets, which are heterogeneous in size. Here we describe a method to analyze and sort mycelial pellets using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter (COPAS). Detailed instructions are given for the use of the instrument and the basic statistical analysis of the data. We furthermore describe how pellets can be sorted according to user-defined settings, which enables downstream processing such as the analysis of the RNA or protein content. Using this methodology the mechanism underlying heterogeneous growth can be tackled. This will be instrumental for improving streptomycetes as a cell factory, considering the fact that productivity correlates with pellet size.

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Liquid-grown Streptomyces cultures are characterized by mycelial pellets that are heterogeneous in size. We here describe a method to analyze and sort such pellets in a high-throughput manner. These pellets can be used for further analyses, which will provide leads to understand and control growth heterogeneity.

فرز<em&gt; المتسلسلة</em&gt; الكريات الخلية باستخدام كائن مجمع حدودي محلل وفارز

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

أتمتة القياس الكمي الكلي في Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative sparsity of information about C. elegans in its natural context comes from the challenges involved in the identification of the small nematode in nature. Despite these challenges, an increasing focus on the ecology of C. elegans has caused a wealth of new information regarding its life outside of the laboratory. The intensified search for C. elegans in nature has contributed to the discovery of many new Caenorhabditis species and revealed that congeneric nematodes frequently cohabitate in the wild, where they feed on microbial blooms associated with rotting plant material. The identification of new species has also revealed that the androdioecious mating system of males and self-fertilizing hermaphrodites has evolved three times independently within Caenorhabditis. The other two selfing species, C. briggsae and C. tropicalis, share the experimental advantages of C. elegans and have enabled comparative studies into the mechanistic basis of important traits, including self-fertilization. Despite these advances, much remains to be learned about the ecology and natural diversity of these important species. For example, we still lack functional information for many of their genes, which might only be attained through an understanding of their natural ecology. To facilitate ecological research of selfing Caenorhabditis nematodes, we developed a highly scalable method to collect nematodes from the wild. Our method makes use of mobile data collection platforms, cloud-based databases, and the R software environment to enhance researchers&#39; ability to collect nematodes from the wild, record associated ecological data, and identify wild nematodes using molecular barcodes.

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

This protocol can be used to perform large-scale ecological surveys of selfing Caenorhabditis nematodes. The primary advantage of this method is the efficient organization and analysis of ecological and molecular data associated with the nematodes collected from nature.

نهج قابل للتطوير للغاية لإجراء مسوحات بيئية للديدان الخيطية Caenorhabditis الذاتية

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative ...

Laser Microdissection for Species-Agnostic Single-Tissue Applications

Single-cell methodologies have revolutionized the analysis of the transcriptomes of specific cell types. However, they often require species-specific genetic &#34;toolkits,&#34; such as promoters driving tissue-specific expression of fluorescent proteins. Further, protocols that disrupt tissues to isolate individual cells remove cells from their native environment (e.g., signaling from neighbors) and may result in stress responses or other differences from native gene expression states. In the present protocol, laser microdissection (LMD) is optimized to isolate individual nematode tail tips for the study of gene expression during male tail tip morphogenesis.
LMD allows the isolation of a portion of the animal without the need for cellular disruption or species-specific toolkits and is thus applicable to any species. Subsequently, single-cell RNA-seq library preparation protocols such as CEL-Seq2 can be applied to LMD-isolated single tissues and analyzed using standard pipelines, given that a well-annotated genome or transcriptome is available for the species. Such data can be used to establish how conserved or different the transcriptomes are that underlie the development of that tissue in different species.
Limitations include the ability to cut out the tissue of interest and the sample size. A power analysis shows that as few as 70 tail tips per condition are required for 80% power. Tight synchronization of development is needed to obtain this number of animals at the same developmental stage. Thus, a method to synchronize animals at 1 h intervals is also described.

A protocol is described that uses laser microdissection to isolate individual nematode tissues for RNA-sequencing. The protocol does not require species-specific genetic toolkits, allowing gene expression profiles to be compared between different species at the level of single-tissue samples.

التشريح المجهري بالليزر لتطبيقات الأنسجة الأحادية التي لا تعرف الأنواع

Single-cell methodologies have revolutionized the analysis of the transcriptomes of specific cell types. However, they often require species-specific ...

Hand Dissection of Caenorhabditis elegans Intestines

Comprised of only 20 cells, the Caenorhabditis elegans intestine&#160;is the nexus of many life-supporting functions, including digestion, metabolism, aging, immunity, and environmental response. Critical interactions between the C. elegans host and its environment converge within the intestine, where gut microbiota concentrate. Therefore, the ability to isolate intestine tissue away from the rest of the worm is necessary to assess intestine-specific processes. This protocol describes a method for hand dissecting adult C. elegans intestines. The procedure can be performed in fluorescently labeled strains for ease or training purposes. Once the technique is perfected, intestines can be collected from unlabeled worms of any genotype. This microdissection approach allows for the simultaneous capture of host intestinal tissue and gut microbiota, a benefit to many microbiome studies. As such, downstream applications for the intestinal preparations generated by this protocol can include but are not limited to RNA isolation from intestinal cells and DNA isolation from captured microbiota. Overall, hand dissection of C. elegans intestines affords a simple and robust method to investigate critical aspects of intestine biology.

Hand Dissection of Caenorhabditis elegans Intestines

The present protocol describes a procedure for isolating intestines from adult Caenorhabditis elegans nematode worms by hand for input in genomics, proteomics, microbiome, or other assays.

تشريح اليد من Caenorhabditis elegans الأمعاء

Comprised of only 20 cells, the Caenorhabditis elegans intestine&#160;is the nexus of many life-supporting functions, including digestion, metabolism, ...

Single Cell Dissociation of Caenorhabditis elegans: A Method to Isolate Live Cells

Source: Germany, E. M., et al. <a href="https://www.jove.com/video/60145/isolation-specific-neuron-populations-from-roundworm-caenorhabditis">Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans</a>. J. Vis. Exp. (2019).
This video describes a method to dissociate whole worms into a single-cell suspension suitable for FACS or immunoprecipitation of intact cells.

تفكك الخلية المفردة ل Caenorhabditis elegans: طريقة لعزل الخلايا الحية

Source: Germany, E. M., et al. Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).
This video describes a ...

كاينورهابديتيس غربال: صك التكنولوجيا المنخفضة ومنهجية لفرز الكائنات متعددة الخلايا الصغيرة

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

الثقافة و المقايسة من السكان على نطاق واسع Caenorhabditis النخبوية المختلطة

الفصل الآلي لل

رواية مقاييس لوصف الجنينية الاستطالة للنيماتودا

الأساسية

فرز

أتمتة القياس الكمي الكلي في Caenorhabditis elegans

نهج قابل للتطوير للغاية لإجراء مسوحات بيئية للديدان الخيطية Caenorhabditis الذاتية

التشريح المجهري بالليزر لتطبيقات الأنسجة الأحادية التي لا تعرف الأنواع

تشريح اليد من Caenorhabditis elegans الأمعاء

تفكك الخلية المفردة ل Caenorhabditis elegans: طريقة لعزل الخلايا الحية