Yazarlar çalışma tasarım ilk onun katkısı için Heather Currey ve Dr. Swarup Mitra el yazması onun eleştiri için teşekkür etmek istiyorum. Ayrıca Dr Michael B. Harris Yorumlar, iyileştirme ve bu metodoloji gösteri üreten yardım için teşekkür etmek istiyorum. Suşları araştırma altyapı programları (P40 OD010440) NIH ofisi tarafından finanse edilen Caenorhabditis genetik Merkezi tarafından temin edilmiştir. Bu yayında bildirilen araştırma tarafından ulusal genel tıbbi Bilimler Enstitüsü Ulusal Sağlık Enstitüleri Ödülü numaraları UL1GM118991, TL4GM118992 veya RL5GM118990 altında ve bir Kurumsal Geliştirme Ödülü (fikir)'tarafından desteklenmiştir Ulusal genel tıbbi Bilimler Enstitüsü Ulusal Sağlık Enstitüleri grant sayı 5P20GM103395-15 altında. İçeriği yalnızca yazarlar sorumludur ve mutlaka Ulusal Sağlık Enstitüleri resmi görüşlerini temsil etmiyor. UA bir AA/EO işveren ve eğitim kurumu ve herhangi bir bireysel karşı yasadışı ayrımcılık yasaklar: www.alaska.edu/titleIXcompliance/nondiscrimination.

1. Caenorhabditis elek İnşaat ve kullanım
<ol><li>
İnşaat iletişim kuralı
	<ol>
<li>2 kapaklar 50 mL konik tüpler (Şekil 1A) dan elde etmek.</li>
		<li>Çıkarmak belgili tanımlık merkezi alan (alttan Şekil 1Bgörüntülendiğinde) kapaklarının iç dudak içinde Bunsen brülör ve bir sıcak metal sonda veya bir havya kullanarak veya drill bit bastı. Not: daha az yaralanma riski olduğundan ve plastik kapak kesmek için ısı kullanarak bir bıçak için tercih edilir.</li>
		<li>Temiz ve kesilmiş kenarları kum ve kavisli bir dosya veya bir rotary Aracı (Örneğin, Dremel) zımpara ile yüzey top. Şekil 1 cbakın.</li>
		<li>Monofilament ağ çemberi uygun çap (Şekil 1 d) kesti. Bunun için bir fırça kılı naylon mesh levha üzerine bir kapak izleme ve çizilen çizginin içine kesti.</li>
		<li>Oluklar/eğik çizgi (Şekil 1E) plastik tutkal uygulandığında iki kapakları yapışma geliştirmek için kapakları üst yüzeyine oyulmuş.</li>
		<li>Etanol kapaklı temiz ve kuru bırakın.</li>
		<li>Cyanoacrylate tutkal dış kenarına tutmak her iki kapaklarında, üst yüzeyine uygulamak. Not: biraz tutkal uzun bir yol gidiyor.</li>
		<li>Monofilament ağ, Tablo 1göre bir yapıştırılmış kapak (Şekil 1F) yattı. Yer üstünde tepe-in kafes ters ikinci kapak; Her iki kapakları üst kısımları birlikte olması gerekir. Basın sıkıca birlikte (Şekil 1G). Mesh gergin olduğundan emin olun. Not: kullanım cımbız mesh kapakları yerleştirmek için bir güvenlik önlemi olarak.</li>
		<li>İlk katman tutkal kuruduktan sonra bir yüzük cyanoacrylate tutkal kapakları arasındaki dış boşluğu çevresinde geçerli. Bu bütünlük ekler ve apart ya da sızıntı herhangi bir peeling engeller gibi cömert olun.</li>
		<li>Filtre monofilament kafes kafes gözenek büyüklüğü ile etiketleyin. Not: Burada, iki kafes gözenek boyutunu kullan — 20 µm ve 50 µm.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
İletişim kuralı kullanın
	<ol>
<li>Elek önceden ıslak.<ol>
<li>M9 gibi tuzlu bir çözüm pipette [NaCl, 6 g Na2HPO4, KH2PO4, 1 ultrasaf H2O L ve 1 mL MgSO4 (1 M) 3 g, 5 g]17, elek bir damlacık oluşturur kadar merkezi aracılığıyla , yoğunlaşarak ve damlar filtre alt (Şekil 2A) Merkezi kapalı. İsteğe bağlı olarak, şeklin altına hav bırakmayan mendil (Örneğin, Kimwipe) uygulamak veya nem damlacık mesh üzerinde yayılmış.</li>
			<li>Elek 50 mL konik tüp yerleştirin. Tüp 'Atık tüp' olarak etiketleyin (Şekil 2B).</li>
		</ol>
</li>
		<li>C. elegans nüfusu bir agar plaka kapalı yıkayın.<ol>
<li>M9 arabellek Tabağını yıka ve solucan içeren orta monofilament kafes 1 mL topside vasıl a zaman (Şekil 2C) yerleştirin. Mesh Merkezi'nde çalışmaya emin olun. Tüm solucanlar plaka yıkayın. Not: Genellikle, M9 3 mL 60 mm plaka için yeterlidir.</li>
			<li>Pipetting içinde kayıp solucanlar sayısını en aza indirmek için bir cam Pasteur pipet solucanlar plaka kapalı ve kafes Merkezi (gerektiği gibi tekrar) üzerine taşımak için kullanın.</li>
			<li>M9 arabellek üstten filtresiyle durulayın. Yine, mesh merkezinde çalışan ve o bölgede tüm solucanlar durulama emin olun. Tüm bakteri ve daha küçük solucanlar kafes geçti emin olmak gerektiği gibi birçok kez yıkayın.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Elek boyutu eşlemeli hayvanlardan hasat.<ol>
<li>Elek, Yetişkin solucanlar adım 1.2.2.3 yeni koleksiyon tüp (Şekil 2B) içine bakan ile üst yeni 50 mL konik tüp takın.</li>
			<li>İlk tüp (atık tüp) kaldırmak ve hızlı bir şekilde geçiş--dan damlacığı tutmak için yeni tüp ve elek üzerine çevirmek (Şekil 2E). Not: kısırlık gerekli değilse, hav bırakmayan bir silme (Örneğin, Kimwipe) fitil sıvısı için saygısız önce kafes altından kullanın.</li>
			<li>M9 ile kafes içine yeni 50 mL tüp yeni topside (Şekil 2F) sizden durulayın. Yine, kafes ortasında kullanımı ve bir damlacık mesh alt bakımı.</li>
			<li>Solucanlar yerleşmek veya yavaşça onları aşağı spin izin (Örneğin, < 16 x g) yaklaşık 1 dk (Şekil 2 g) için.</li>
			<li>Solucanlar, Pelet arabellek çözümden ideal aşağı Aspire edin > 0.5 mL, veya pelet bozmadan mümkün olduğu kadar sıvı kaldırın.</li>
			<li>Bir cam Pasteur pipet NGM plaka üzerine kullanarak solucanlar pipette ve koyup kuruyuncaya kadar bırakın. Onlar daha hızlı (Şekil 2 H) Kuru böylece birden çok damlacıkları dışarı yeni bir tabağa uzay.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Elek temiz.<ol>
<li>Elek yavaşça ve iyice etanol ve ters osmoz su ile durulayın. Kurumasını bekleyin.</li>
			<li>Belirsiz gelecekte kullanmak için temiz bir kapta saklayın.</li>
			<li>Zaman mesh "sag" görünümünü geliştirir atmak.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. sıralama yöntemi Caenorhabditis elek doğrulama
<ol><li>Genel bakım
	<ol>
<li>Tüm deneyler için kültür solucanlar üzerinde standart bir yuvarlak solucanlar büyüme medya17 (1 litre NGM oluşur pepton, 17 g agar, NaCl, 3 g çift distile su, 5 mg/mL kolesterol, 1 M CaCl2 1 mL 1 mL 975 mL 2.5 gram 1 mL 1 M MgSO4, 25 mL 1 M KHPO4ve 100 mg/mL streptomisin 0.5 mL) 25 ° C'de</li>
	</ol></li>
	<li>Deneysel bir tedavi yönetimi
	<ol>
<li>Üç tedavi grupları karşılaştırın: çekme, fluorodeoxyuridine (FUDR) ve Caenorhabditis elek.<ol>
<li>FUDR tedavi grubu için herhangi bir döl önlemek için 100 mikron son bir konsantrasyon NGM medyaya 100 mg/mL FUDR eklemek ve solucanlar her geçen gün gıda tükenmesi önlemek için bir taze NGM tabağa aktarın.</li>
			<li>Seçim grubu için seçmek ve platin bir döngü kullanarak el ile solucanlar aktarmak.</li>
			<li>Caenorhabditis elek tedavi grubu için izlemek adım 1.2 ve solucanlar bir NGM plaka üzerine pipette.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Caenorhabditis Elek yüzde verim
	<ol>
<li>Ne kadar etkili elek C. eleganssıralama yönü olduğunu ölçmek için gün 1 25 ° c (yani, yumurta döşeme sonra 48 h) erişkin yaş zaman uyumlu N2 hayvanlar büyümeye ve sonra taze NGM plakaları için seçerek aktarmak (Toplam alma N = 50 veya N tre başına 100 hayvan = atment grup).</li>
		<li>Yeni NGM plakaları için nüfus kurtarma, 24 h aktardıktan sonra yukarıdaki takip Caenorhabditis elek ile (bkz. Adım 1.2) protokol ve başarıyla aktarılan hayvanları saymak.</li>
		<li>Hayvanlar ile karşılaştırıldığında 100 (%) ile çarpılmış transfer başlangıç sayısı başında transfer miktarının oranı olarak yüzde verim hesaplayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Healthspan deneyleri Not: healthspan parametreleri hareketliliği sınıfı, faringeal pompa hızı ve hem anterior ve posterior nazik dokunuş yanıt günlerde 2, 4, 6 ve 8 erişkin yaş senkronize N2 hayvanlar 25 ° C'de muhafaza için puan edinildi<ol>
<li>İzleme hareketliliği<ol>
<li>Sınıf tabanlı bir sistemi (sınıf A, B ve C) temelinde hareketliliği puanları atamak Herndon vd yöntemleri takip 18. bir sıralı lojistik istatistikleri modeli istatistiksel analiz yazılımı kullanarak üç deneysel grupları etkileri karşılaştırın. Not: Sınıf A bireyler kendiliğinden bir normal, sinüs desen taşımak. Sınıf B bireylerin belirgin sinüsoidal hareketlerinde taşımak ve hareketi teşvik etmek için dürtmeye gerektirebilir. C sınıfı bireyler dürtmeye karşılık onların baş ve/veya kuyruk hareket ama agar arasında hareket edemiyoruz.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Faringeal pompa hızı<ol>
<li>Değirmeni hareketi hayvanın terminal faringeal ampul bir stereomicroscope 600 X 1 dk. için son büyütme altında görsel olarak say.</li>
			<li>α ile tek yönlü ANOVA ile istatistiksel analizi yapmak 0,05 ve Bonferroni sonrası testlerle α = 0,05 =.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Dokunmatik yanıt<ol>
<li>Nazik dokunuş yanıtı kaydettikten ve üç tedavi grupları arasında karşılaştırın. Calixto vd tarafından açıklanan yöntemleri temel alan deneyleri yapmak 19.</li>
			<li>Kayıt anterior ve posterior yanıt yavaşça kirpik kıracağı dik kuyruk veya hayvanlar Başkanı (5 x, alternatif baş ve kuyruk) boyunca okşayarak tarafından dokun.</li>
			<li>Herhangi bir hareket kontur ters yönde bir ölçekte 1 puan 0-5 olarak hem anterior ve posterior yanıt için puan.</li>
			<li>α ile tek yönlü ANOVA ile istatistiksel analizi yapmak 0,05 ve Bonferroni sonrası testlerle α = 0,05 =.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Verimlilik tahlil
	<ol>
<li>Üreme Caenorhabditis elek'ın etkisi kullanımı belirlemek için yaş zaman uyumlu N2 hayvanlar yetişkinlik 25 ° C'de 2 gün büyümeye</li>
		<li>60 yumurta sonra h hayvanlar yeni NGM tabak platin bir çekme veya Caenorhabditis elek ile transfer ve 4 h kurtarmak için onlara (20-30 dk için elenmiş tabak kuru).</li>
		<li>Kurtarma, tek tek bir kirpik ile hayvanlar NGM plakaları için almak plaka sonra onları yumurtlamak için 24 saat ver ve hayvanlar kaldırın. Döl her tabakta başka bir 24 h için 25 ° c normal şartlarda geliştirmeye olanak sağlar. Not: Tırnak cilası ile Pasteur pipet sonu için güvenli ve etanol ile sterilize insan bir kirpik kirpik kıracağı var.</li>
		<li>Uygun F1 üretimi bireylerin saymak. Bir istatistiksel analiz kullanarak bir T-test ile α = 0,05. Not: Canlı yavru başarıyla yumurtadan ve gelişimleri normal larva döngüleri ile başlayan yumurta olarak kabul edilir.</li>
	</ol></li>
	<li>Floresan muhabir stres yanıt deneyleri
	<ol>
<li>Stres potansiyeli işaretleyicileri algılamak için üç yaygın olarak kullanılan floresan muhabir deneyleri yapmak: çekirdeklerin içine bir DAF-16::GFP translocation hücrelerinin bir zorlanma [TJ356-zIs356 (pDAF-16::DAF-16-GFP; rol-6)]20; hsp-16,2 ifade [TJ375-gpIs1 (hsp-16.2p::GFP)]21; ve çimen-3 ifade [CF1553-muIs84([pAD76]sod-3p::GFP+rol-6[su1006])]22.</li>
		<li>Her tahlil için 20 ° C'de üç tedavi gruplarından yaşında zaman uyumlu hayvanlar kültür ve erişkin 3 gün inceleyebilirsiniz: bir negatif kontrol kullanın (günlük olarak, el ile bir platin pick ile hayvanların bir grup transferi), pozitif bir denetim (üstünde a günlük temel bir grup hayvan platin bir çekme artı kurulan bir tetikleyici ile elle aktarmak) ve Caenorhabditis Elek (hayvanlar elekten geçirmek ve onları NGM üzerinde 30 dk önce sadece görüntüleme yeniden elde etmek için izin).</li>
		<li>DAF-16::GFP assay olarak, Isı şok olumlu denetim hayvanlar için 30 dk 37 ° C'de20Imaging önce. Hsp-16,2 tahlil için ısı şok olumlu denetim hayvanlar 90 dk,21Imaging önce 20 h için. Çimen-3 tahlil için22Imaging önce 100 mM bozması 4 h için olumlu denetim hayvanlarla tedavi.</li>
		<li>Solucanlar hemen kirpik kıracağıyla hasat ve solucanlar hareketsiz için % 36 poloxamer 407 yüzey aktif çözüm 1 μL ile bir coverslip için mount.</li>
		<li>Başka bir coverslip takılı kurtlarla sandviç. İki coverslips bir standart cam mikroskobu slayt ve görüntü ters bir Floresan Mikroskobu (için genel bir büyütme 80 X) üzerinde bir 8 X büyütme ve sürekli maruz olan bir FITC filtre kullanarak solucanlar bağlayın.</li>
		<li>DAF-16::GFP tahlil üç grup arasındaki farklılıkları algılamak için DAF-16::GFP muhabir (muhabir sitozol ve ara Eğer bulunsa muhabiri hücre çekirdeği, sitozolik translocated Eğer nükleer konumunu temel alan hayvanlar kategorilere ayırma muhabir) çekirdeği ve sitozol bulunan.</li>
		<li>Bir sıra lojistik istatistiksel model istatistiksel analiz yazılımı kullanarak sonuçları karşılaştırın. α ile tek yönlü ANOVA hsp 16,2 ve çimen-3 ifade deneyleri kullanmak için = 0,05 ve Tukey'nın post hoc testlerle α = 0,05 baş bölgesinin toplam floresans karşılaştırmak için.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>C elegans Sequencing Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+the+nematode+C.+elegans:+a+platform+for+investigating+biology.">Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology.</a> Science. 282 (5396), 2012-2018 (1998).</li><li>Herman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hermaphrodite+cell-fate+specification.">Hermaphrodite cell-fate specification.</a> WormBook. , 1-16 (2006).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li><li>Chalfie, M., Hart, A. C., Rankin, C. H., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+mechanosensation.">Assaying mechanosensation.</a> WormBook. , (2014).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion+of+the+Mitochondrial+Superoxide+Dismutase+sod-2+Extends+Lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Deletion of the Mitochondrial Superoxide Dismutase sod-2 Extends Lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genetics. 5 (2), e1000361 (2009).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FUdR+causes+a+twofold+increase+in+the+lifespan+of+the+mitochondrial+mutant+gas-1.">FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1.</a> Mechanisms of Ageing Development. 132 (10), 519-521 (2011).</li><li>Gandhi, S., Santelli, J., Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Sanadi, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+maintaining+large,+aging+populations+of+Caenorhabditis+elegans.">A simple method for maintaining large, aging populations of Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 12 (2), 137-150 (1980).</li><li>Aitlhadj, L., St&#252;rzenbaum, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+FUdR+can+cause+prolonged+longevity+in+mutant+nematodes.">The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes.</a> Mechanisms of Ageing and Development. 131 (5), 364-365 (2010).</li><li>Davies, S. K., Leroi, A. M., Bundy, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorodeoxyuridine+affects+the+identification+of+metabolic+responses+to+daf-2+status+in+Caenorhabditis+elegans.">Fluorodeoxyuridine affects the identification of metabolic responses to daf-2 status in Caenorhabditis elegans.</a> Mechanisms of Ageing Development. 133 (1), 46-49 (2012).</li><li>Feldman, N., Kosolapov, L., Ben-Zvi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorodeoxyuridine+improves+Caenorhabditis+elegans+proteostasis+independent+of+reproduction+onset.">Fluorodeoxyuridine improves Caenorhabditis elegans proteostasis independent of reproduction onset.</a> PLoS One. 9 (1), e85964 (2014).</li><li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+analysis,+sorting,+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system.">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Molecular Biology. 351, 275-286 (2006).</li><li>Argon, Y., Ward, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+fertilization-defective+mutants+with+abnormal+sperm.">Caenorhabditis elegans fertilization-defective mutants with abnormal sperm.</a> Genetics. 96 (2), 413-433 (1980).</li><li>Lee, S. J., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+the+longevity+response+to+temperature+by+thermosensory+neurons+in+Caenorhabditis+elegans.">Regulation of the longevity response to temperature by thermosensory neurons in Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 19 (9), 715-722 (2009).</li><li>Klass, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans:+major+biological+and+environmental+factors+influencing+life+span.">Aging in the nematode Caenorhabditis elegans: major biological and environmental factors influencing life span.</a> Mechanisms of Ageing Development. 6 (6), 413-429 (1977).</li><li>Zhang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+Temperature+Differentially+Modulates+C.+elegans+Longevity+through+a+Thermosensitive+TRP+Channel.">Environmental Temperature Differentially Modulates C. elegans Longevity through a Thermosensitive TRP Channel.</a> Cell Reports. 11 (9), 1414-1424 (2015).</li><li>Michaelson, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans:+A+Practical+Approach.+Ian+A.+Hope+(ed.).+Oxford+University+Press,+Oxford.+1999.+Pp.+281.+ISBN+0+19+963738+5.">C. elegans: A Practical Approach. Ian A. Hope (ed.). Oxford University Press, Oxford. 1999. Pp. 281. ISBN 0 19 963738 5.</a> Heredity. 85 (1), 97-100 (2000).</li><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans.">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li><li>Calixto, A., Chelur, D., Topalidou, I., Chen, X., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+neuronal+RNAi+in+C.+elegans+using+SID-1.">Enhanced neuronal RNAi in C. elegans using SID-1.</a> Nature Methods. 7 (7), 554-559 (2010).</li><li>Henderson, S. T., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-16+integrates+developmental+and+environmental+inputs+to+mediate+aging+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">daf-16 integrates developmental and environmental inputs to mediate aging in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Current Biology. 11 (24), 1975-1980 (2001).</li><li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans.">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li><li>Libina, N., Berman, J. R., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-specific+activities+of+C.+elegans+DAF-16+in+the+regulation+of+lifespan.">Tissue-specific activities of C. elegans DAF-16 in the regulation of lifespan.</a> Cell. 115 (4), 489-502 (2003).</li><li>Keith, S. A., Amrit, F. R., Ratnappan, R., Ghazi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C.+elegans+healthspan+and+stress-resistance+assay+toolkit.">The C. elegans healthspan and stress-resistance assay toolkit.</a> Methods. 68 (3), 476-486 (2014).</li><li>Scerbak, C., Vayndorf, E. M., Hernandez, A., McGill, C., Taylor, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanosensory+neuron+aging:+Differential+trajectories+with+lifespan-extending+alaskan+berry+and+fungal+treatments+in+Caenorhabditis+elegans.">Mechanosensory neuron aging: Differential trajectories with lifespan-extending alaskan berry and fungal treatments in Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Aging Neuroscience. 8, 173 (2016).</li><li>Vayndorf, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+remodeling+of+C.+elegans+neurons+during+aging+is+modified+by+compromised+protein+homeostasis.">Morphological remodeling of C. elegans neurons during aging is modified by compromised protein homeostasis.</a> npj Aging and Mechanisms of Disease. 2, 16001 (2016).</li><li>Murakami, S., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+pathway+conferring+life+extension+and+resistance+to+UV+stress+in+Caenorhabditis+elegans.">A genetic pathway conferring life extension and resistance to UV stress in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 143 (3), 1207-1218 (1996).</li><li>Abbas, S., Wink, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Green+Tea+Extract+Induces+the+Resistance+of+Caenorhabditis+elegans+against+Oxidative+Stress.">Green Tea Extract Induces the Resistance of Caenorhabditis elegans against Oxidative Stress.</a> Antioxidants (Basel). 3 (1), 129-143 (2014).</li><li>Yanase, S., Hartman, P. S., Ito, A., Ishii, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+stress+pretreatment+increases+the+X-radiation+resistance+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Oxidative stress pretreatment increases the X-radiation resistance of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Mutation Research. 426 (1), 31-39 (1999).</li><li>Chung, K., Crane, M. M., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+on-chip+rapid+microscopy,+phenotyping+and+sorting+of+C.+elegans.">Automated on-chip rapid microscopy, phenotyping and sorting of C. elegans.</a> Nature Methods. 5 (7), 637-643 (2008).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok. Yazarlar araştırma potansiyel bir çatışması olarak yorumlanamaz herhangi bir ticari veya mali ilişkileri yokluğunda yapılmıştır bildirin.

Burada, tasarım ve sıralama ve C. eleganssürdürmek için bir araç olarak kullanmak erişilebilir, etkili Caenorhabditis elek, tanıttı. Bu araç, bireysel hayvanlar, nüfus, kimyasal işlemler (Örneğin, FUDR) ve daha pahalı Yöntemler yavru hayvan yıkama el ile seçmek için çeşitli yararları vardır. İlk olarak, Caenorhabditis elek verimli ve hızlı bir şekilde büyük karışık nüfus (Tablo 2) hayvanların Döl (az 20 dk) sıralar. Ayrıca, aracın ...

Yuvarlak solucan Caenorhabditis elegans, premier model organizmadır. Onların ekimi laboratuvarda basit ve kontrollü doğası, yanı sıra tüm onların genom sıralı1 ve her hücre gelişimsel kaderi2bilinir. Bu özellikleri nedeniyle, C. elegans genetik çalışmalar için yaygın olarak kullanılan model bir organizmadır. Ancak, bu faydalı özellikleri ile birlikte bazı sorunlar için araştırmacılar geliyor. Onların hızlı oluşturma süresi nedeniyle C. elegans nüfus gıda dışında hızlı bir şekilde çalıştırabilirsiniz ve/veya nüfus birden çok nesiller ile karışık hale ve gelişim dönemleri aynı anda mevcut. Böylece, katı nematodunun büyüme ortamında (NGM) gerçekleştirilen deneyler bakteriyel gıda kaynak tüketir ve yeni larva geliştirmek önce hayvanlar taze tabakaları bana fiziksel olarak taşımak araştırmacılar gerektirir. Bir sık hayvanların aktarma çoluk çocuk nesiller ile karışık hale gelen deneysel örneğin alınma olasılığını önlemek için gerektiği şekilde bu sıkıcı olabilir. Yine de, bazı deneyler her iki çok sayıda hayvan ve genişletilmiş zaman puan (Örneğin, DNA veya RNA ayıklama erişkin dönemde) gerektirir. Bu doğru bir şekilde senkronize bir popülasyon sürdürmek ve hayvanlar çok sayıda aktarma sorunları bileşikleri.
C. elegans NGM üzerinde kültürlü aktarma geçerli yöntemleri seçmek veya hayvanlar tabak tabak yıkama; kimyasal tedavi hayvanlar (Örneğin, DNA çoğaltma inhibitörü fluorodeoxyuridine veya FUDR); ya da çok iyi plakaları hayvanlarda sıralamak için akış sitometresi kullanma. Malzeme çekme el ile tek tek veya birden çok hayvanlar3,4aktarmak için ince platin tel veya bir kirpik ile yapılan bir el araç kullanımını gerektirir. Bu yöntem doğru ama beceri ve zaman gerektirir ve çok sayıda hayvan içeren çalışmalar için bir kısıtlamadır. Mayıs da toplama bireyler doğal olmayan ve tutarsız miktarda bozukluğu ve kuvvet için potansiyel olarak subjecting tarafından fiziksel olarak zarar ve stresli hayvanlar için. Çamaşır bir arabellek çözüm ile bir kültür yemek durulama ve hayvanlar ile çözüm için yeni bir kültür plaka cam Pasteur pipet ile aktarma içerir. Bu yöntem hızlı ve etkili ama birden fazla nesiller ve hayvanların gelişim aşamalarında toplu olarak aktarılır olarak doğru değil. Kimyasal tedaviler, FUDR gibi herhangi bir DNA ikileşmesi ve böylece, gamet üretim ve yumurta gelişim engelleme yoluyla yavru önlemek için kodlamayla medya çözülmüş. Süre etkili, bu yöntem gelişimsel olgunlaşma sonra normal gelişim süreçleri bozmak değil olarak uygulanmış olması gerekir ve bu hala onun Yönetim3önce hayvanlar aktarmak için bir gereklilik olduğu anlamına gelir. Bu yöntem de yollar sinyal, hayvanlar üzerinde göze çarpan etkileri onlar yaş olarak sonuçlanan birden çok cep (Örneğin, bir ömrü uzatma veya değiştirilmiş bir proteostasis) kullanılan C. elegans 5suşu bağlı olarak etkiler, 6,7,8,9,10. Akış Sitometresi yöntemleri otomatik olarak sıralamak ve bireysel C. elegans bir çok iyi tabaktan başka bir11' e aktarın. Bu yöntem çok etkili ve verimli iken, akış sitometresi prohibitively pahalı ve pek çok araştırmacı için ulaşılmaz cihazıdır. Hayvanlar aktarma alternatif sıcaklık hassas sıcaklık ayarı12ile steril hale fer-15 ve fem-1, gibi mutant modelleri kullanmaktır. Mutant hayvanlar kullanarak bazı durumlarda yararlı olmakla birlikte, bu belirli suşları vahşi-türü hayvanlar daha yavaş büyür ve değiştirilmiş bir soykırım, eskime veya sağlıklı solucanlar için zavallı temsilcileri olarak hizmet veren güveniyor. Buna ek olarak, kısırlık ikna etmek için bir sıcaklık üst karakter üzerine güven aynı zamanda statik ortamı yokluğunda sonuçlar ve sıcaklık değişiklikleri kolayca gösterilmiştir gen ifadeleri13,14, etkilemek için 15. araştırma grupları daha önce teknikleri C. elegans boyutu16tarafından filtre uygulamak için bir kafes kullanımını açıklayan yayınlandı. Ancak, biz bu tür filtre kullanımı ile ilişkili olabilecek genel sağlık sonuçları herhangi bir değişiklik için test önceki iş bulmak koyamadık.
Böylece, çok sayıda hayvan kültür plakalar arasında aktarmak için ekonomik, verimli, hızlı ve doğru bir yöntem için C. elegans araştırma topluluk içinde bir ihtiyaç olduğunu. Biz ekipman ( Caenorhabditis elek olarak adlandırılır) ve onun üretim ve C. elegans araştırma topluluğu dizayn çalışması için ilişkili bir protokol bir geliştirilmiş, erişilebilir parça geliştirdik. Burada, tasarım Caenorhabditis elek ve yöntemlerin kullanımı için paylaştığımız ve biz kullanımı yaygın sağlık ya da herhangi bir stres işaretleri çift el ile malzeme çekme ve yaygın olarak kullanılan bir tedaviyle karşılaştırıldığında etki etmez göstermek, doğurganlık kısıtlama kimyasal FUDR.

<table><tbody><tr><td>Safety glasses</td><td>Uline</td><td>S-21076</td><td></td></tr><tr><td>Protective heat resistant glove</td><td>Grainger</td><td>Item # 3AT17 Mfr. Model # 3AT17 Catalog Page # 1703</td><td></td></tr><tr><td>50 mL conical tube</td><td>Falcon</td><td>14-432-22</td><td></td></tr><tr><td>Synthetic Nylon mesh</td><td>Dynamic&lt;br/&gt; Aqua-Supply Ltd</td><td>NTX20 and NTX50</td><td></td></tr><tr><td>Cyanoacrylate glue</td><td>Scotch Super Glue Liquid</td><td>SAD114</td><td></td></tr><tr><td>Pliers</td><td>Vampliers</td><td>VMPVT-001-8</td><td></td></tr><tr><td>Dremmel tool with circular file</td><td>Lowe&#039;s</td><td>Item # 525945 Model # 100-LG</td><td></td></tr><tr><td>FUDR</td><td>Sigma</td><td>F0503</td><td></td></tr><tr><td>M9 chemicals ( NaCl, Na2HPO4, KH2PO4, MgSO4)&amp;nbsp;</td><td>Sigma&amp;nbsp;</td><td>S7653, RES20908-A7, 1551139, M7506</td><td></td></tr><tr><td>NGM plate chemicals (Bactopeptone, Agar, KH2PO4, K2HPO4, CaCl2,Cholesterol, Streptomycin)</td><td>BD Biosciences (bactopeptone) , Lab express (agar), Sigma ( rest)</td><td>BD bioscience 211677, Lab Express 1001,&amp;nbsp; Sigma 1551139, 1551128, C1016, C8667, S6501</td><td></td></tr><tr><td>Pluronic F-127</td><td>Sigma</td><td>P2443</td><td></td></tr><tr><td>Paraquat dichloride hydrate</td><td>Sigma</td><td>36541</td><td></td></tr><tr><td>Inverted fluorescence microscope</td><td>Olympus</td><td>FSX100</td><td></td></tr></tbody></table>

caenorhabditis sieve: a low-tech instrument and methodology for sorting small multicellular organisms

Caenorhabditis elegans (C. elegans) temel ve Biyomedikal araştırma bir dizi kullanılan bir iyi kurulmuş model organizmadır. Nematot araştırma topluluğu içinde C. elegansbüyük, Yaş eşlemeli nüfusu korumak uygun fiyatlı ve etkili bir şekilde gerek yoktur. Burada, mekanik olarak sıralama ve C. eleganstemizlik için bir metodoloji mevcut. Amacımız hayvanlar Tekdüzen boyutları ve yaşam evreleri deneyler kullanımları için elde etmek için düşük maliyetli, verimli, hızlı ve basit bir süreç sağlamaktır. Bu araç, Caenorhabditis elek, ortak konik Laboratuvar tüpleri konu ve gövde boyutuna göre C. elegans sıralar bir ölçüye göre kapak sistemi kullanır. Biz de Caenorhabditis elek etkili hayvanlar bir kültür tabaktan başka bir hızlı sıralama, eşitleme, sağlık, işaretçileri etkilemeden temizlik sunan ve için aktarımlarına göstermek ve stres-indüklenebilir hareketliliği dahil olmak üzere gen gazetecilere. Bu erişilebilir ve yenilikçi araç C. elegans nüfusu korumak için hızlı, verimli ve olmayan stresli bir seçenektir.

Caenorhabditis Elek 2 vidalı kapakları dokuma naylon monofilament kafes organizmaların basit yıkama tekniği kullanarak canlı nüfus ayıklamak için kullanılan istenen gelişimsel yaş, vücut çapından daha küçük bir alanı güvenliğini sağlama oluşur. Bu standart konik tüpler için ekler ve mesh ekran mekanik olarak istenen hayvanlar tüp daha fazla bakım ve deneme (Örneğin, havalesi ya da genetik hasat) hazır bırakarak gövde çapı göre hayvanlar...

Watch this Scientific Journal Video about Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms at JoVE.com

Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

Geçerli protokol sıralama ve nüfus yaş eşlemeli temizlik için bir metodoloji içerir Caenorhabditis elegans. Nematodlar araştırma için büyük bir deneysel nüfusa elde etmek için basit, ucuz ve verimli özel yapım aracı kullanır.

Caenorhabditis Elek: Bir düşük teknoloji enstrüman ve küçük çok hücreli organizmalar sıralama yöntemi

Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a well-established model organism used across a range of basic and biomedical research. Within the nematode ...

caenorhabditis-sieve-low-tech-instrument-methodology-for-sorting

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

6.2K Görüntüleme.  University of Alaska Fairbanks. Geçerli protokol sıralama ve nüfus yaş eşlemeli temizlik için bir metodoloji içerir Caenorhabditis elegans. Nematodlar araştırma için büyük bir deneysel nüfusa elde etmek için basit, ucuz ve verimli özel yapım aracı kullanır.

Video: Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms

Culture and Assay of Large-Scale Mixed-Stage Caenorhabditis elegans Populations

Caenorhabditis elegans (C. elegans) has been and remains a valuable model organism to study developmental biology, aging, neurobiology, and genetics. The large body of work on C. elegans makes it an ideal candidate to integrate into large-population, whole-animal studies to dissect the complex biological components and their relationships with another organism. In order to use C. elegans in collaborative -omics research, a method is needed to generate large populations of animals where a single sample can be split and assayed across diverse platforms for comparative analyses.
Here, a method to culture and collect an abundant mixed-stage C. elegans population on a large-scale culture plate (LSCP) and subsequent phenotypic data is presented. This pipeline yields sufficient numbers of animals to collect phenotypic and population data, along with any data needed for -omics experiments (i.e., genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics). In addition, the LSCP method requires minimal manipulation to the animals themselves, less user preparation time, provides tight environmental control, and ensures that handling of each sample is consistent throughout the study for overall reproducibility. Lastly, methods to document population size and population distribution of C. elegans life stages in a given LSCP are presented.

Culture and Assay of Large-Scale Mixed-Stage Caenorhabditis elegans Populations

To use Caenorhabditis elegans (C. elegans) in omics research, a method is needed to generate large populations of worms where a single sample can be measured across platforms for comparative analyses. Here, a method to culture C. elegans populations on large-scale culture plates (LSCPs) and to document population growth is presented.

Büyük Ölçekli Karma Aşama Caenorhabditis Elegans Popülasyonlarının Kültürü ve Tahlilleri

Caenorhabditis elegans (C. elegans) has been and remains a valuable model organism to study developmental biology, aging, neurobiology, and genetics. The ...

Genetik

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression of a fluorescent reporter. Here, we highlight an alternative usage of this instrument, for sorting worms according to their degree of colonization by a GFP-expressing pathogen. This new usage allowed us to address the relationship between colonization of the worm intestine and induction of immune responses. While C. elegans immune responses to different pathogens have been documented, it is still unknown what initiates them. The two main possibilities (which are not mutually exclusive) are recognition of pathogen-associated molecular patterns, and detection of damage caused by infection. To differentiate between the two possibilities, exposure to the pathogen must be dissociated from the damage it causes. The wormsorter enabled separation of worms that were extensively-colonized by the Gram-negative pathogen Pseudomonas aeruginosa, with the damage likely caused by pathogen load, from worms that were similarly exposed, but not, or marginally, colonized. These distinct populations were used to assess the relationship between pathogen load and the induction of transcriptional immune responses. The results suggest that the two are dissociated, supporting the possibility of pathogen recognition.

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

The wormsorter facilitates genetic screens in Caenorhabditis elegans by sorting worms according to expression of fluorescent reporters. Here, we describe a new usage:&#160;sorting according to colonization by a GFP-expressing pathogen, and we employ it to examine the poorly understood role of pathogen recognition in initiating immune responses.

Otomatik Ayırma<em&gt; C. elegans</em&gt; Değişken derecelerde Bakteriyel Patojen tarafından kolonileştirildiğini

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Novel Metrics to Characterize Embryonic Elongation of the Nematode Caenorhabditis elegans

Dissecting the signaling pathways that control the alteration of morphogenic processes during embryonic development requires robust and sensitive metrics. Embryonic elongation of the nematode Caenorhabditis elegans is a late developmental stage consisting of the elongation of the embryo along its longitudinal axis. This developmental stage is controlled by intercellular communication between hypodermal cells and underlying body-wall muscles. These signaling mechanisms control the morphology of hypodermal cells by remodeling the cytoskeleton and the cell-cell junctions. Measurement of embryonic lethality and developmental arrest at larval stages as well as alteration of cytoskeleton and cell-cell adhesion structures in hypodermal and muscle cells are classical phenotypes that have been used for more than 25 years to dissect these signaling pathways. Recent studies required the development of novel metrics specifically targeting either early or late elongation and characterizing morphogenic defects along the antero-posterior axis of the embryo. Here, we provide detailed protocols enabling the accurate measurement of the length and the width of the elongating embryos as well as the length of synchronized larvae. These methods constitute useful tools to identify genes controlling elongation, to assess whether these genes control both early and late phases of this stage and are required evenly along the antero-posterior axis of the embryo.

Novel Metrics to Characterize Embryonic Elongation of the Nematode Caenorhabditis elegans

Here we detail protocols specifically designed to monitor morphogenic defects that occur during early and late phases of embryonic elongation of the nematode Caenorhabditis elegans. Ultimately, these protocols are designed to identify genes that regulate these phases and to characterize their differential requirements along the antero-posterior axis of the embryo.

Roman Metrik Nematodu Embriyonik Uzama karakterize etmek<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Dissecting the signaling pathways that control the alteration of morphogenic processes during embryonic development requires robust and sensitive metrics. ...

Nörobilim

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

Temel<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Yöntem: Senkronizasyon ve Gözlem

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Biyoloji

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these organisms form networks of interconnected hyphae, known as pellets, which are heterogeneous in size. Here we describe a method to analyze and sort mycelial pellets using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter (COPAS). Detailed instructions are given for the use of the instrument and the basic statistical analysis of the data. We furthermore describe how pellets can be sorted according to user-defined settings, which enables downstream processing such as the analysis of the RNA or protein content. Using this methodology the mechanism underlying heterogeneous growth can be tackled. This will be instrumental for improving streptomycetes as a cell factory, considering the fact that productivity correlates with pellet size.

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Liquid-grown Streptomyces cultures are characterized by mycelial pellets that are heterogeneous in size. We here describe a method to analyze and sort such pellets in a high-throughput manner. These pellets can be used for further analyses, which will provide leads to understand and control growth heterogeneity.

Sıralanması<em&gt; Streptomyces</emKarmaşık bir nesne Parametrik Analiz ve Ayırıcı Kullanma&gt; Hücre Peletleri

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

Caenorhabditis elegans'ta Agrega Niceliğinin Otomatikleştirilmesi

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative sparsity of information about C. elegans in its natural context comes from the challenges involved in the identification of the small nematode in nature. Despite these challenges, an increasing focus on the ecology of C. elegans has caused a wealth of new information regarding its life outside of the laboratory. The intensified search for C. elegans in nature has contributed to the discovery of many new Caenorhabditis species and revealed that congeneric nematodes frequently cohabitate in the wild, where they feed on microbial blooms associated with rotting plant material. The identification of new species has also revealed that the androdioecious mating system of males and self-fertilizing hermaphrodites has evolved three times independently within Caenorhabditis. The other two selfing species, C. briggsae and C. tropicalis, share the experimental advantages of C. elegans and have enabled comparative studies into the mechanistic basis of important traits, including self-fertilization. Despite these advances, much remains to be learned about the ecology and natural diversity of these important species. For example, we still lack functional information for many of their genes, which might only be attained through an understanding of their natural ecology. To facilitate ecological research of selfing Caenorhabditis nematodes, we developed a highly scalable method to collect nematodes from the wild. Our method makes use of mobile data collection platforms, cloud-based databases, and the R software environment to enhance researchers&#39; ability to collect nematodes from the wild, record associated ecological data, and identify wild nematodes using molecular barcodes.

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

This protocol can be used to perform large-scale ecological surveys of selfing Caenorhabditis nematodes. The primary advantage of this method is the efficient organization and analysis of ecological and molecular data associated with the nematodes collected from nature.

Kendinden Çıkan Caenorhabditis Nematodlarının Ekolojik Araştırmalarını Gerçekleştirmek için Yüksek Oranda Ölçeklenebilir Bir Yaklaşım

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative ...

Laser Microdissection for Species-Agnostic Single-Tissue Applications

Single-cell methodologies have revolutionized the analysis of the transcriptomes of specific cell types. However, they often require species-specific genetic &#34;toolkits,&#34; such as promoters driving tissue-specific expression of fluorescent proteins. Further, protocols that disrupt tissues to isolate individual cells remove cells from their native environment (e.g., signaling from neighbors) and may result in stress responses or other differences from native gene expression states. In the present protocol, laser microdissection (LMD) is optimized to isolate individual nematode tail tips for the study of gene expression during male tail tip morphogenesis.
LMD allows the isolation of a portion of the animal without the need for cellular disruption or species-specific toolkits and is thus applicable to any species. Subsequently, single-cell RNA-seq library preparation protocols such as CEL-Seq2 can be applied to LMD-isolated single tissues and analyzed using standard pipelines, given that a well-annotated genome or transcriptome is available for the species. Such data can be used to establish how conserved or different the transcriptomes are that underlie the development of that tissue in different species.
Limitations include the ability to cut out the tissue of interest and the sample size. A power analysis shows that as few as 70 tail tips per condition are required for 80% power. Tight synchronization of development is needed to obtain this number of animals at the same developmental stage. Thus, a method to synchronize animals at 1 h intervals is also described.

A protocol is described that uses laser microdissection to isolate individual nematode tissues for RNA-sequencing. The protocol does not require species-specific genetic toolkits, allowing gene expression profiles to be compared between different species at the level of single-tissue samples.

Türlerden Agnostik Tek Doku Uygulamaları için Lazer Mikrodiseksiyonu

Single-cell methodologies have revolutionized the analysis of the transcriptomes of specific cell types. However, they often require species-specific ...

Hand Dissection of Caenorhabditis elegans Intestines

Comprised of only 20 cells, the Caenorhabditis elegans intestine&#160;is the nexus of many life-supporting functions, including digestion, metabolism, aging, immunity, and environmental response. Critical interactions between the C. elegans host and its environment converge within the intestine, where gut microbiota concentrate. Therefore, the ability to isolate intestine tissue away from the rest of the worm is necessary to assess intestine-specific processes. This protocol describes a method for hand dissecting adult C. elegans intestines. The procedure can be performed in fluorescently labeled strains for ease or training purposes. Once the technique is perfected, intestines can be collected from unlabeled worms of any genotype. This microdissection approach allows for the simultaneous capture of host intestinal tissue and gut microbiota, a benefit to many microbiome studies. As such, downstream applications for the intestinal preparations generated by this protocol can include but are not limited to RNA isolation from intestinal cells and DNA isolation from captured microbiota. Overall, hand dissection of C. elegans intestines affords a simple and robust method to investigate critical aspects of intestine biology.

Hand Dissection of Caenorhabditis elegans Intestines

The present protocol describes a procedure for isolating intestines from adult Caenorhabditis elegans nematode worms by hand for input in genomics, proteomics, microbiome, or other assays.

Caenorhabditis elegans Bağırsaklarının El Diseksiyonu

Comprised of only 20 cells, the Caenorhabditis elegans intestine&#160;is the nexus of many life-supporting functions, including digestion, metabolism, ...

Single Cell Dissociation of Caenorhabditis elegans: A Method to Isolate Live Cells

Source: Germany, E. M., et al. <a href="https://www.jove.com/video/60145/isolation-specific-neuron-populations-from-roundworm-caenorhabditis">Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans</a>. J. Vis. Exp. (2019).
This video describes a method to dissociate whole worms into a single-cell suspension suitable for FACS or immunoprecipitation of intact cells.

Caenorhabditis elegans'ın Tek Hücre Ayrışması: Canlı Hücreleri İzole Etmek İçin Bir Yöntem

Source: Germany, E. M., et al. Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).
This video describes a ...

Caenorhabditis Elek: Bir düşük teknoloji enstrüman ve küçük çok hücreli organizmalar sıralama yöntemi

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Büyük Ölçekli Karma Aşama Caenorhabditis Elegans Popülasyonlarının Kültürü ve Tahlilleri

Otomatik Ayırma

Roman Metrik Nematodu Embriyonik Uzama karakterize etmek

Temel

Sıralanması

Caenorhabditis elegans'ta Agrega Niceliğinin Otomatikleştirilmesi

Kendinden Çıkan Caenorhabditis Nematodlarının Ekolojik Araştırmalarını Gerçekleştirmek için Yüksek Oranda Ölçeklenebilir Bir Yaklaşım

Türlerden Agnostik Tek Doku Uygulamaları için Lazer Mikrodiseksiyonu

Caenorhabditis elegans Bağırsaklarının El Diseksiyonu

Caenorhabditis elegans'ın Tek Hücre Ayrışması: Canlı Hücreleri İzole Etmek İçin Bir Yöntem