يمكن استخدام miRDeep2 لتحديد دقيق microRNAs النباتية التي هي المنظمين النسخي الهامة في تطوير النباتات وحاسمة للرد على التحديات البيئية. miRDeep2 يتطلب وقت تشغيل قصيرة بشكل ملحوظ ويعرض أداء ممتازا في كل من الحساسية والدقة وخاصة للتنبؤ ميكرورنا في النباتات مع الجينوم كبيرة. ايجابيات كاذبة وطول وقت المعالجة هي تحديات في الشرح microRNA النبات.
من خلال إضافة استراتيجية ميدانية جديدة ، وإصلاح خوارزمية التهديف ودمج معايير صارمة ، يمكن لmiRDeep2 التغلب على هذه القضايا. إن التعليق على ميكرورنا عالية الثقة أمر أساسي لاكتشاف دور ميكرورنا في تنظيم الوظائف المتنوعة للجينوم. يمكن أن تكون الإرشادات خطوة بخطوة مفيدة لأول مرة لملمحات microRNA.
للباحثين ذوي الخبرة ، وطريقة مفيدة لفهم مزايا وفوائد استخدام miRDeep2 على أدوات أخرى. لتثبيت حزمة miRDeep2، انتقل إلى صفحة الويب miRDeep2 وجلب ملفات tarball. ثم استخراج كافة محتويات الملف الذي تم تنزيله في مجلد واحد وتعيين مسار المجلد إلى المسار.
لاختبار خط أنابيب miRDeep2، تحميل بيانات الاختبار والإخراج المتوقع يحتوي على ملف تسلسل GSM واحد منسق وملف الجينوم ثاليانا arabidopsis ونقل كافة الملفات التي تم تحميلها إلى دليل العمل الحالي. بعد استخراج ملفات tarball مضغوط، وبناء مؤشر المرجعية الجينوم Arabidopsis وفهرس مرجع الحمض النووي الريبي غير متكد. سيتم إنشاء مجلد تلقائياً في user_selected_folder يحتوي على كافة الملفات والنتائج المتوسطة.
ويمكن بعد ذلك تشغيل خط أنابيب miRDeep2 باستخدام بيانات الاختبار. للتحقق من مخرجات الاختبار، قم بعرض ملف الإخراج المحدد في علامة التبويب. وسوف الإخراج النهائي من microRNAs المتوقعة تحتوي على الأعمدة التي تشير إلى معرف كروموسوم، اتجاه حبلا، ممثل يقرأ معرف، معرف السلائف، موقع ميرنا ناضجة، موقع السلائف، تسلسل ناضجة وتسلسل السلائف.
ثم تحقق من ملف progress_log الذي يوفر معلومات حول الخطوات النهائية والملفات script_log script_err التي تحتوي على مخرجات البرنامج والتحذيرات. قبل تشغيل خط الأنابيب، للتأكد من أن قراءات الإدخال تتم معالجتها مسبقاً في التنسيق الصحيح، قم بإزالة المحولات من خمسة وثلاثة نهايات رئيسية من عمليات قراءة التسلسل العميق والتأكد من أن كافة المعرفات السريعة هي فريدة. يجب أن ينتهي كل معرّف تسلسل بتسطير أسفل السطر س وعدد صحيح يشير إلى رقم نسخة التسلسل الدقيق الذي تم استرداده في مجموعات البيانات ذات التسلسل العميق.
لضمان فريدة من نوعها سريع معرف، وتشمل رقم تشغيل في ID.To بناء مؤشر مرجعي، إذا تم فهرسة تسلسل الجينوم من الأنواع ذات الأهمية، تحميل ملفات مؤشر Bowtie 2 من موقع iGenomes. المقبل، وبناء غير microRNA غير الرنا مؤشر الحمض النووي الريبي التي تحتوي على تسلسلات غير متكويد الرئيسي من الجيش الملكي النيبالي fam بما في ذلك الريبوزوم الجيش الملكي النيبالي، ونقل RNA، والرنا النووية الصغيرة والنيوليار الجيش الملكي النيبالي الصغيرة لتصفية تسلسلات صاخبة من شظايا الحمض النووي الريبي غير المكدّس الأخرى. لاستخدام miRDeep2 للكشف عن microRNAs جديدة من البيانات تسلسل عميق، تشغيل البرنامج النصي باش في الحزمة لبدء خط أنابيب التحليل.
يمكن تعيين عدد المواقع المختلفة التي تمت قراءتها إلى، رقم عدم التطابق لتشغيل Bowtie 2 وعتبة القراءة لكل مليون يمكن تعديلها حسب الضرورة. للتحقق من المخرجات miRDeep2، عرض البيانات في output_folder التي تم إنشاؤها تلقائياً. في هذا التحليل التمثيلي، تم تطبيق خط أنابيب شرح ميكرورنا miRDeep2 على 10 مكتبات تسلسل SRNA العامة من خمسة أنواع نباتية مع زيادة تدريجية في حجم الجينوم كما هو مبين.
لكل نوع، تتم معالجة مكتبتين تمثيليتين صغيرتين للرنا من أنسجة مختلفة وتسلسلات الجينوم القياسي الخاصة بها كمدخلين. وباستخدام أساليب سابقة، يمكن أن تستغرق معالجة الجينوم أكثر من 100 ساعة أو ستتوقف في بعض الأحيان في منتصف التحليل بسبب طول الجينوم. miRDeep2، ومع ذلك، الانتهاء من هذه العمليات التنبؤ في فترة زمنية أقصر بشكل ملحوظ من دقائق إلى ساعات.
بالنسبة لـ RNAs الصغيرة المستخدمة في هذا الاختبار، كان أداء miRDeep2 أفضل في كل من الحساسية والدقة مقارنة بالأدوات الأخرى. الرجاء التأكد من صحة فهرس الإدخال للبرنامج. على سبيل المثال، استخدم Bowtie فقط مع مؤشر Bowtie واستخدم خيار فهرس كبير للجينوم الكبير.
ويمكن التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبي الصغير الناتج باستخدام بيانات التسلسل التي يمكن أن توفر رؤى في وظيفة ميكرورنا. كما miRDeep2 يمكن استخدامها لتحديد بدقة وحساسية معظم ميكرورنا في أنواع نباتية محددة، يمكن دراسة دور وظيفة ميكرورنا ككل.
