miRDeep2, tesis gelişiminde önemli transkripsiyonel düzenleyiciler olan ve çevresel sorunlara yanıt vermek için çok önemli olan bitki mikroRNA'larını doğru bir şekilde tanımlamak için kullanılabilir. miRDeep2 belirgin bir kısa çalışma süresi gerektirir ve özellikle büyük bir genoma sahip bitkilerde mikroRNA'yı tahmin etmek için hem duyarlılık hem de doğruluk açısından mükemmel bir performans sergiler. Yanlış pozitif ler ve uzun işlem süresi tesis mikroRNA ek açıklamalarında zorluklardır.
Yeni bir alan stratejisi ekleyerek, puanlama algoritmasını elden geçirerek ve sıkı ölçütleri entegre ederek, miRDeep2 bu sorunların üstesinden gelebilir. Yüksek güven mikroRNA ek açıklama genomun çeşitli işlevini düzenleyen mikroRNA rolünü keşfetmek için temel. Adım adım kılavuzluk ilk kez mikroRNA ek açıklamaiçin yararlı olabilir.
Deneyimli araştırmacılar için, yöntem diğer araçlar üzerinde miRDeep2 kullanmanın avantajları ve yararları anlamak için yararlıdır. miRDeep2 paketini yüklemek için miRDeep2 web sayfasına gidin ve tarball dosyalarını getirin. Ardından, indirilen dosyanın tüm içeriğini tek bir klasörde ayıklayın ve klasör yolunu yola ayarlayın.
miRDeep2 ardışık hattını test etmek için, test verilerini ve bir biçimlendirilmiş GSM sıralama dosyası ve bir Arabidopsis thaliana genom dosyasını içeren beklenen çıktıyı indirin ve indirilen tüm dosyaları geçerli çalışma dizinine taşıyın. Sıkıştırılmış tarball dosyalarını çıkardıktan sonra Arabidopsis genom referans indeksi ve kodlamayan RNA referans indeksi oluşturun. Tüm ara dosyaları ve sonuçları içeren user_selected_folder bir klasör otomatik olarak oluşturulur.
miRDeep2 ardışık ardışık daha sonra test verileri kullanılarak çalıştırılabilir. Sınama çıktılarını denetlemek için sekme delimited çıkış dosyasını görüntüleyin. Öngörülen mikroRNA'ların nihai çıktısı kromozom kimliğini, iplik yönünü, temsilci okuma kimliğini, öncül kimliği, olgun miRNA konumu, öncül konumu, olgun dizi ve öncül dizisini gösteren sütunlar içerecektir.
Ardından, tamamlanan adımlar ve program çıktıları ve uyarıları içeren script_log ve script_err dosyaları hakkında bilgi sağlayan progress_log dosyasını kontrol edin. Ardışık işlemi çalıştırmadan önce, giriş okumalarının uygun biçimde önceden işlendiğinden emin olmak için, derin sıralama okumalarının beş ve üç asal ucundan bağdaştırıcıları çıkarın ve fast A tanımlayıcılarının tümünün benzersiz olduğundan emin olun. Her dizi tanımlayıcısı, derin sıralama veri kümelerinde alınan tam dizinin kopya numarasını gösteren bir alt düzey x ve bir tamsayı ile bitmelidir.
Benzersiz FAST A tanımlayıcısı sağlamak için, ilgi türlerinin genom dizileri dizileri dizilimi dizileri dizilimi varsa, iGenomes web sitesinden Bowtie 2 dizin dosyalarını indirin, bir referans indeksi oluşturmak ID.To çalışan bir sayı içerir. Daha sonra, ribozomal RNA, transfer RNA, küçük nükleer RNA ve küçük nükleolar RNA dahil olmak üzere RNA fam ana kodlama dışı dizileri içeren bir mikroRNA olmayan RNA indeksi oluşturmak diğer noncoding RNA parçaları gürültülü dizileri filtrelemek için. Derin sıralama verilerinden yeni mikroRNA'ları algılamak için miRDeep2'yi kullanmak için, analiz ardışık hattını başlatmak için paketteki bash komut dosyasını çalıştırın.
Bir okunan farklı konumların sayısı eşlenebilir, Bowtie 2'yi çalıştırmak için uyumsuzluk numarası ve milyon başına okuma eşiği gerektiği gibi değiştirilebilir. miRDeep2 çıktılarını kontrol etmek için, verileri otomatik olarak oluşturulan output_folder görüntüleyin. Bu temsili analizde, miRDeep2 microRNA ek açıklama boru hattı, belirtildiği gibi genom boyutu nda kademeli olarak artmış beş bitki türünden 10 kamu sRNA dizi liyakatı kütüphanesine uygulanmıştır.
Her tür için, farklı dokulardan iki temsili küçük RNA kütüphaneleri ve indeks genom dizileri iki girdi olarak işlenir. Önceki yöntemleri kullanarak, genom işleme 100 saatten fazla sürebilir ya da bazen genom uzunluğu nedeniyle analizin ortasında durdurmak istiyorsunuz. miRDeep2, ancak, dakika dan saate belirgin derecede kısa bir süre içinde bu tahmin süreçlerini bitirmek.
Bu testte kullanılan iki dizili Arabidopsis küçük RNA'lar için miRDeep2 diğer araçlara göre hem duyarlılık hem de doğruluk açısından daha iyi performans gösterdi. Lütfen programın giriş dizininin doğru olduğundan emin olun. Örneğin, Bowtie'yi yalnızca Bowtie indeksi ile kullanın ve büyük genomlar için büyük bir indeks seçeneği kullanın.
Ortaya çıkan mikroRNA'nın hedefleri, mikroRNA fonksiyonu hakkında bilgi sağlayan sıralama verileri kullanılarak tahmin edilebilir. miRDeep2 belirli bir bitki türündeki en mikroRNA'yı doğru ve hassas bir şekilde tanımlamak için kullanılabilen miRDeep2, mikroRNA fonksiyonunun bir bütün olarak rolü incelenebilir.
