يؤدي التحديد الحسابي للحمض النووي الريبي الصغير إلى تنبؤات إيجابية خاطئة عالية. مع التحديثات الأخيرة ، يوفر mirMachine حساسية عالية وخصوصية في تنبؤات الحمض النووي الريبي الدقيقة المعروفة والجديدة. ثبت أن MirMachine متفوق على أحدث خوارزميات الحمض النووي الريبي الصغير من حيث الحساسية ، كما أن mirMachine الآن مؤتمت بالكامل ومتاح مجانا حتى يتمكن الجميع من استخدامه مع التعليمات المقدمة.
يمكن ل MirMachine التنبؤ بالتوزيع على مستوى الجينوم للحمض النووي الريبي الصغير المفترض دون تقييد البيانات الخاصة بالأنسجة والظروف. ومن شأن توافر البيانات الأولية قبل تجربة تسلسل الحمض النووي الريبوزي المرسال أن يسرع عملية التحقق من جينات الحمض النووي الريبي الدقيق المهمة. قبل إعداد الجهاز ، قم بتنزيل تبعيات البرامج وتثبيتها من المواقع الرئيسية المعنية باستخدام الروابط الموجودة في مخطوطة النص.
بدلا من ذلك ، هناك طريقة أسهل وأسرع لتثبيت تبعيات البرنامج وهي استخدام السلوك باستخدام الأوامر المتوفرة في مخطوطة النص. قم بتنزيل أحدث إصدار من البرامج النصية mirMachine لمجرد البرنامج النصي لإرسال الماكينة من GitHub. ثم قم بتعيين مسار البرامج النصية في علامة تبويب المسار.
تأكد من تنزيل mirMachine وتبعياته بشكل صحيح عن طريق تشغيل mirMachine على بيانات الاختبار من GitHub. تحقق من حالة المهمة على الشاشة من خلال تدفق الإخراج القياسي. بمجرد ظهور كل النص النهائي ، تحكم في ملفات الإخراج.
السيطرة على دبابيس الشعر نقطة TBL نقطة خارج ملفات الإخراج TBL. لاحظ تسلسل نجوم miRNA الناضج قبل miRNA و miRNAs على الأعمدة الثاني والثالث والسادس. أوجد موقع الحمض النووي الريبوزي الرسول (miRNAs) المتوقع على الكروموسومات في نهاية كل سطر.
ثم تحقق من ملفات السجل لمخرجات البرنامج والتحذيرات. لتحديد الهوية القائمة على التماثل ، قم بتشغيل mirMachine باستخدام البرنامج النصي bash وتحقق من mRNAs المتوقعة. ابحث عن ملف الإخراج لتسلسلات miRNAs الناضجة وأسرع تسلسلات ما قبل miRNA ، بالإضافة إلى ملف الإخراج لملف سجل دبوس الشعر.
لتحديد miRNA الجديد ، قم بمعالجة ملفات sRNA-seq Fast Q مسبقا بتنسيق FASTA المناسب. قم بقص المحولات وإزالة القراءات منخفضة الجودة مثل تلك التي تحتوي على N لأن المعالجة المسبقة لقراءات sRNA-seq ليست جزءا من mirMachine. اختر أداة تشذيب ثابتة ومعلمات تشذيب للبيانات المقدمة.
تحويل ملف FASTQ إلى ملف FASTA كملف إدخال. إذا تم توفير ملف جدول وفرة ، فاستخدم البرنامج النصي للتعديل المزود مع البرامج النصية mirMachine لتحويل ملف الجدول إلى إدخال FASTA مناسب. ثم قم بتشغيل mirMachine باستخدام البرنامج النصي bash.
تحقق من miRNAs المتوقعة. ابحث عن ملف الإخراج لتسلسلات mRNAs المتوقعة و prem miRNA FASTA وملف الإخراج لملف سجل دبوس الشعر. قم بتعيين خيار dash DB إلى قاعدة بيانات انفجار لتخطي قاعدة البيانات المرجعية للبناء داخل خط الأنابيب.
اضبط خيار الشرطة M على عدد حالات عدم التطابق المسموح بها والشرطة N على عدد الزيارات المراد إزالتها بعد المحاذاة. تغيير هذا على أساس الأنواع. استخدم الشرطة الطويلة لتقييم الهياكل الثانوية لقائمة المشتبه بهم ، والشرطة لتنشيط تنبؤ miRNA الجديد بناء على بيانات sRNA-seq.
اضبط خيار dash L max على الحد الأقصى لطول قراءات S RNA-seq لتضمينها في الفحص وخيار dash L min إلى الحد الأدنى لطول قراءات sRNA-seq في الفحص. استخدم خيار dash RPM لتعيين عتبة القراءات لكل مليون. في التحليل التمثيلي.
يتم عرض توزيع عائلات mRNA من الكروموسوم خمسة A من القمح IWGSC. كانت المجموعة الأعلى تمثيلا من mRNAs هي miR9666 مع 18 miRNAs محددة. أداء الآلة على أرابيدوبسيس ثاليانا وأنواع القمح مقارنة ب miRDP2.
أظهرت مقارنات الحساسية والإيجابية الثانية أن mirMachine تفوقت على miRDP2 في بيانات Arabidopsis. بالنسبة لبيانات القمح ، قدم التنبؤ القائم على التماثل مع أدلة التعبير حساسية أفضل من miRDP2. بالنسبة لكلا الجينومين ، تنبأ miRDP2 بعدد أكبر من الإيجابيات الحقيقية من sRNAs-seq والتنبؤات القائمة على التماثل.
قد يكون إعداد التطبيق المطلوب مرهقا للمستخدم عديم الخبرة. اتباع هذا الفيديو التعليمي من شأنه أن يساعد. سيشجع تصور عملية التثبيت الباحثين غير الحسابيين على الدخول في بعض الحوسبة الأساسية.
بالإضافة إلى ذلك ، فإن التحقيق في ملفات الإخراج في الفيديو سيساعد المستخدمين بالتأكيد على تفسير نتائجهم.
