هذه الدراسة مدعومة باستكشاف آلية ودور مسار ERK2 / Snai1 / AGPS / PUFA-PL في مقاومة خلايا سرطان المعدة لداء الحديديات الناجم عن أباتينيب (رقم الصنف: 82172814) ، بدعم من المؤسسة الوطنية لعلوم الطبيعة في الصين ؛ التحقيق في دور وآلية عامل نسخ إصبع الزنك 1 في تعديل مقاومة خلايا سرطان المعدة لداء الحديد الناجم عن أباتينيب عبر مسار فوسفوليبيد الأثير غير المشبع (رقم الصنف: 2022A1515010267) ، بدعم من لجنة مقاطعة قوانغدونغ لتمويل البحوث الأساسية والتطبيقية ؛ والبحث وتطبيق الكاشف لتشخيص الحساسية الكيميائية 5-FU لسرطان المعدة (رقم الصنف: 201903010072) ، مشاريع العلوم والتكنولوجيا في قوانغتشو.

تمت مراجعة جميع البروتوكولات وعينات الأنسجة لسرطان المعدة (الخطوة 1) ، التي تم الحصول عليها من تنظير الجهاز الهضمي العلوي أو الجراحة ، المستخدمة في هذه الدراسة والموافقة عليها من قبل لجنة الأخلاقيات الطبية في 24 يوليو 2023 (NFEC-2023-298). إلى جانب ذلك ، تم تصميم هذا البروتوكول حصريا لتوضيح الكشف عن الجينات المتعددة في سرطان المعدة دون الانخراط في مقارنات الأتراب ، وبالتالي فهو لا يفرض معايير محددة لإدراج أو استبعاد المرضى. قدم المرضى / المشاركون موافقتهم الخطية المستنيرة للمشاركة في هذه الدراسة.
1. إعداد كتل جزءا لا يتجزأ من سرطان المعدة
<ol><li>قم بتكوين نظام تضمين الأنسجة ، الذي يتألف من خزان وموزع البارافين ، جنبا إلى جنب مع الألواح الدافئة والباردة ، باتباع الإرشادات التشغيلية المقررة.</li>
	<li>استخرج المنديل المحضر لتضمينه من المجفف وقم بإيداعه في فتحة تخزين مركز التضمين.</li>
	<li>حدد قوالب التضمين المناسبة بناء على حجم الأنسجة ، واسكب كمية كافية من البارافين المذاب لتغطية الأنسجة ، ثم ضع القالب على اللوحة الدافئة.</li>
	<li>استرجع الأنسجة من الكاسيتات وضع الغشاء المخاطي في المعدة عموديا على قاعدة قالب التضمين للتأكد من أن المستوى المستعرض يخترق جميع طبقات الأنسجة. محاذاة الأنسجة في القالب.</li>
	<li>ضع الكاسيت في الجزء العلوي من القالب ، متبوعا بصب ثانوي من البارافين ، وملء القالب.</li>
	<li>ضع القالب المدمج على اللوحة الباردة ، وبعد تصلب البارافين ، قم بإزالة الكتل المدمجة من القوالب.</li>
</ol>2. استخراج الحمض النووي من العينات
<ol><li>استخدم مجموعات استخراج الحمض النووي وتنقيته لاستخراج الأحماض النووية من عينات الأنسجة المضمنة في البارافين.</li>
	<li>استخدم محددا كميا للحمض النووي لتحديد كمية الحمض النووي المستخرج. يوصى بأن يكون تركيز الحمض النووي أكبر من 2 نانوغرام / ميكرولتر. ملاحظة: المواد المستخدمة هنا متوفرة في جدول المواد.</li>
</ol>3. التحضير لمكتبة التسلسل
<ol><li>التحضير قبل التجربة<ol><li>قم بتشغيل مصباح الأشعة فوق البنفسجية في طاولة العمل فائقة النظافة ، وقم بتعقيمه لمدة 30 دقيقة. بعد ذلك ، أطفئ مصباح الأشعة فوق البنفسجية وقم بتشغيل المروحة للتهوية لمدة 10 دقائق.</li>
		<li>أخرج الحمض النووي من الثلاجة -20 ± 5 درجة مئوية ، وتحقق من معرف العينة والرمز الشريطي للحمض النووي ورقم علامة الملصق المحدد المخصص للعينة وسجله. ضعه على رف أنبوب الطرد المركزي للذوبان في درجة حرارة الغرفة (RT) بعد التحقق ، وقم بطرده لمدة 10 ثوان ، مع 2500 × جم ثابتة للاستعداد.</li>
	</ol></li>
	<li>تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل للجزء المستهدف<ol><li>خذ محلول تفاعل التقاط الشظايا ، والتمهيدي للتضخيم لسرطان المعدة والتمهيدي لتضخيم الانصهار من مجموعة الكشف عن المفاصل متعددة الجينات لسرطان المعدة حسب الطلب وضعها على الجليد للذوبان. رجها واخلطها بعد الذوبان ، وقم بطردها لمدة 10 ثوان ، وقم بإعداد ماء خال من النيوكلياز. يتم عرض معلومات أولية مفصلة في الجدول 1. ملاحظة: المجموعة غير متوفرة تجاريا بعد ، اتصل بالمؤلفين لمزيد من التفاصيل.</li>
		<li>قم بإعداد أنبوب تفاعل PCR سعة 0.2 مل ، وأضف الكواشف إلى الأنبوب بدوره وفقا للجدول التكميلي 1 ، دوامة واخلطها لمدة 5 ثوان ، وطرد مركزي على الفور لمدة 10 ثوان ، مع 2500 × جم ثابتة ، بحيث لا توجد قطرات واضحة على جدار الأنبوب وغطاءه. يجب نسخ عينات الحمض النووي الريبي عكسيا إلى cDNA ثم استخدامها لبناء المكتبة اللاحقة. تضاف منتجات cDNA إلى الأنابيب بدورها وفقا للجدول التكميلي 2.</li>
		<li>ضع كل أنبوب تفاعل على جهاز التدوير الحراري. بالنسبة لعينات الحمض النووي ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 2. بالنسبة لمنتجات cDNA ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 3.</li>
	</ol></li>
	<li>هضم تسلسل التمهيدي<ol><li>أخرج إنزيم الهضم التمهيدي وضعه على الثلج للذوبان. بعد التضخيم ، أخرج أنابيب التفاعل المذكورة أعلاه ، وأضف 2 ميكرولتر من إنزيم الهضم التمهيدي إلى كل أنبوب ، وتأكد من أن الحجم الإجمالي هو 22 ميكرولتر.</li>
		<li>دوامة وخلط محلول التفاعل في أنبوب PCR وأجهزة الطرد المركزي على الفور لمدة 10 ثوان ، مع 2500 × غرام ثابتة.</li>
		<li>ضع كل أنبوب تفاعل على جهاز التدوير الحراري وقم بتشغيل البرنامج كما هو مفصل في الجدول 4.</li>
	</ol></li>
	<li>ربط المحول<ol><li>ضع الكواشف التي تربط المحول على الجليد ليذوب. قم بإعداد أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 1.5 مل ، ثم امزج كل مكون وفقا للجدول 5 ، وقم بتمييزه على أنه خليط محول X. ملاحظة: تشتمل كواشف توصيل المحول على محولات P1 ومحولات محددة X ، مرقمة من 1 إلى 48. تم تصميم هذه لوضع علامات فريدة على عينات مختلفة. عند إضافة محول معين ، افتح أنبوبا واحدا فقط في كل مرة لمنع التلوث المتبادل للمحول المحدد. يمكن تخزين خليط المحول المحدد المخفف في -20 ± 5 درجة مئوية للاستعداد. في تسلسل سير العمل ، لا تتم معالجة العينات بشكل فردي ، بدلا من ذلك ، يتم دمج عينات متعددة ، كل منها موسوم بمحول معين ، في مكتبة موحدة ، للتسلسل. تتيح هذه الطريقة التمايز اللاحق للعينات بناء على تسلسلات المحول الخاصة بها.</li>
		<li>أخرج المنتج التمهيدي المهضوم (22 ميكرولتر) من جهاز التدوير الحراري. أضف الكواشف إلى الأنبوب بدوره وفقا للجدول 6 ، دوامة واخلطها لمدة 5 ثوان. أجهزة طرد مركزي بسرعة منخفضة لمدة 10 ثوان ، مع 2500 × جم ثابتة ، بحيث لا يوجد انخفاض واضح على الحائط وغطاء الأنبوب.</li>
		<li>ضع أنبوب التفاعل على جهاز التدوير الحراري. بالنسبة لعينات الحمض النووي ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 7. بالنسبة لمنتجات cDNA ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 8.</li>
	</ol></li>
	<li>تنقية منتج الربط والتضخيم<ol><li>أخرج الحبيبات المغناطيسية لتنقية الحمض النووي من الثلاجة التي تبلغ درجة حرارتها 2-8 درجة مئوية مسبقا ، وقم بتدويرها بالتساوي وطردها مركزيا على الفور لمدة 10 ثوان ، مع 2500 × جم ثابتة. قم بموازنة الحبيبات المغناطيسية في RT لمدة 30 دقيقة.</li>
		<li>قم بإعداد أنبوب طرد مركزي دقيق منخفض الامتزاز سعة 1.5 مل ونقل منتج تفاعل الربط إلى الأنبوب المقابل.</li>
		<li>أضف 45 ميكرولتر من الخرزات المغناطيسية المنقاة من الحمض النووي في كل أنبوب ، دوامة واخلطها جيدا ، وطرد مركزي على الفور لمدة 10 ثوان ، واحتضانها في RT لمدة 5 دقائق.</li>
		<li>ضع الأنبوب على رف مغناطيسي لمدة 3 دقائق. تخلص من المادة الطافية وتجنب سحب الخرز.</li>
		<li>نقل 300 ميكرولتر من الإيثانول 75٪ المعد حديثا إلى أنبوب الطرد المركزي الدقيق ، وتدوير الأنابيب برفق 4x عند 180 درجة. بعد أن يصبح الحل واضحا ، تخلص بسرعة من المادة الطافية. تجنب سحب الخرز للخارج. كرر إجراء الغسيل 1x أكثر.</li>
		<li>قم بإزالة أنابيب الطرد المركزي الدقيقة سعة 1.5 مل من رف المغناطيس ، وأجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة (10 ثوان ، مع 2500 × جرام ثابتة). ضع الأنابيب مرة أخرى في رف المغناطيس وأخرج الماصة السائل المتبقي. تأكد من عدم وجود سائل متبقي على جدار الأنبوب.</li>
		<li>افتح غطاء كل أنبوب طرد مركزي صغير سعة 1.5 مل وجفف الخرزات في RT لمدة 5 دقائق. انتبه إلى الحالة الجافة الرطبة للخرز. بعد تجفيف الخرزات المغناطيسية ، تحقق من عدم وجود بقع ماء على السطح. قم بتمديد وقت التجفيف بشكل مناسب إذا كانت الحبيبات المغناطيسية مبللة جدا. أغلق الغطاء على الفور في حالة ظهور أي شقوق على الخرزات وتابع الخطوة التالية لتضخيم المكتبة وتنقيتها.</li>
	</ol></li>
	<li>تضخيم وتنقية المكتبة<ol><li>ضع الكواشف المتعلقة بتفاعل البوليميراز المتسلسل على الجليد للذوبان مقدما ، وقم بدوامها ، وطردها مركزيا لمدة 10 ثوان. قم بإزالة أنبوب الطرد المركزي الدقيق سعة 1.5 مل من رف المغناطيس ، وماصة حكام PCR في الأنبوب وفقا للجدول 9 وأغلق الغطاء والدوامة لمدة 5 ثوان. أجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة (10 ثوان) للحصول على قطرة سائلة واضحة على جدار الأنبوب والغطاء.</li>
		<li>انقل المنتج أعلاه إلى أنبوب PCR جديد. احتضان العينة على دراجة حرارية. بالنسبة لعينات الحمض النووي ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 10. بالنسبة لمنتجات cDNA ، قم بتشغيل برنامج التضخيم كما هو مفصل في الجدول 11.</li>
		<li>قم بإعداد أنبوب طرد مركزي صغير جديد منخفض الامتزاز سعة 1.5 مل. جهاز طرد مركزي أنبوب PCR لمدة 10 ثوان بعد الحضانة. انقل المنتج من أنبوب PCR إلى أنبوب EP.</li>
		<li>أضف 25 ميكرولتر من الخرز المغناطيسي المنقى للحمض النووي في كل أنبوب. دوامة وتخلط جيدا ، وأجهزة الطرد المركزي بسرعة منخفضة واحتضان في RT لمدة 5 دقائق.</li>
		<li>ضع الأنابيب على رف مغناطيسي لمدة 3 دقائق وانتظر حتى يصبح المحلول واضحا. نقل الطافية إلى أنابيب الطرد المركزي الدقيقة الجديدة. تجنب سحب الخرز للخارج.</li>
		<li>أضف 60 ميكرولتر من الخرز المغناطيسي المنقى من الحمض النووي في كل أنبوب. دوامة وتخلط جيدا ، وأجهزة الطرد المركزي بسرعة منخفضة واحتضان في RT لمدة 5 دقائق.</li>
		<li>ضع الأنابيب على رف مغناطيسي لمدة 3 دقائق وانتظر حتى يصبح المحلول واضحا. تخلص من المادة الطافية. تجنب سحب الخرز للخارج.</li>
		<li>انقل 300 ميكرولتر من الإيثانول 75٪ المعد حديثا إلى الأنابيب ، وقم بتدوير الأنابيب برفق 4x عند 180 درجة. بعد أن يصبح الحل واضحا ، ماصة بسرعة وتجاهل المادة الطافية. تجنب سحب الخرز للخارج. كرر إجراء الغسيل 1x.</li>
		<li>قم بإزالة أنابيب الطرد المركزي الدقيقة سعة 1.5 مل من الرف المغناطيسي ، وأجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة (10 ثوان). أدخل الأنابيب مرة أخرى في الرف المغناطيسي وأخرج السائل المتبقي. تأكد من عدم وجود سائل متبقي على جدار الأنبوب.</li>
		<li>افتح أغطية أنابيب سعة 1.5 مل وجفف الحبيبات في RT لمدة 5 دقائق. انتبه إلى الحالة الجافة الرطبة للخرز. بعد تجفيف الخرزات المغناطيسية ، لا توجد بقعة ماء على السطح. قم بتمديد وقت التجفيف بشكل مناسب إذا كانت الحبيبات المغناطيسية مبللة جدا. أغلق الغطاء على الفور في حالة ظهور أي تشققات على الخرز.</li>
		<li>ماصة 50 ميكرولتر من eluent في الأنابيب ، دوامة وتخلط جيدا. أجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة (5 ثوان ، مع 2500 × جم ثابتة) ووضع الأنابيب في RT لمدة 5 دقائق.</li>
		<li>ضع الأنابيب على رف مغناطيسي لمدة 3 دقائق وانتظر حتى يصبح المحلول واضحا. قم بإزالة السائل بعناية في أنبوب جديد وحدد اسم المكتبة.</li>
		<li>قم بتخزين المكتبة في الثلاجة على حرارة 2-8 درجة مئوية مؤقتا وانتظر التحديد الكمي أو قم بتخزين المكتبة في الثلاجة عند -20 ± 5 درجة مئوية للتخزين طويل الأجل.</li>
	</ol></li>
</ol>4. القياس الكمي للمكتبة المبنية
<ol><li>استخدم محدد كمية الحمض النووي لتحديد المكتبة. إذا كان تركيز المكتبة ≥ 0.2 نانوغرام / ميكرولتر ، فهو مؤهل. وإلا، فأعد إنشاء المكتبة.</li>
	<li>امزج حجما متساويا من الحمض النووي (أو الحمض النووي الريبي) وحدد المحلول. وفقا للنتيجة الكمية ، قم بتخفيف المحلول المختلط إلى 100 pmol / L باستخدام الصيغة التالية. <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/66058/66058eq01.jpg" style="margin: auto;"> ملاحظة: البديل هو تخفيف المكتبة إلى 100 pmol / L وفقا للصيغة ، ثم القياس الكمي بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي الفلوري. امزج مكتبات الحمض النووي (أو الحمض النووي الريبي) بالتساوي وفقا للنتائج الكمية لجهاز تفاعل البوليميراز المتسلسل.</li>
	<li>امزج 100 pmol / L مكتبة الحمض النووي ومكتبة الحمض النووي الريبي بنسبة 4: 1. استخدم المحلول المختلط لمكتبة DNA و RNA لتسلسل الكمبيوتر.</li>
</ol>5. التسلسل
<ol><li>قم بإجراء التسلسل بالرجوع إلى دليل المجموعة العالمية لتفاعل التسلسل24,25 (طريقة تسلسل أشباه الموصلات).</li>
</ol>6. مراقبة جودة العينات
<ol><li>مراقبة الجودة الإيجابية للحمض النووي لسرطان المعدة: خذ السيطرة الإيجابية على الحمض النووي لسرطان المعدة وقم بإجراء الاختبار وفقا لتعليمات المجموعة. يتم توفير التحكم مع المجموعة. تظهر النتيجة أنه تم الكشف عن طفرات جينية MTHFR و DHFR و MTR و GGH و SLC19A1 .</li>
	<li>مراقبة الجودة السلبية للحمض النووي لسرطان المعدة: خذ السيطرة السلبية على الحمض النووي لسرطان المعدة وقم بإجراء الاختبار وفقا لتعليمات المجموعة. يتم توفير التحكم مع المجموعة. تظهر النتائج أنه تم اكتشاف الأنواع البرية من جينات MTHFR و DHFR و MTR و GGH و SLC19A1 . ملاحظة: تأكد من استيفاء المعايير في كلتا الحالتين ، وإلا ، يلزم إعادة الكشف.</li>
</ol>7. تحليل البيانات
<ol><li>قم بتشغيل المكون الإضافي المقابل (المتصل المتغير وتحليل التغطية وبرنامج Ion Reporter) في برنامج Torrent Suite للحصول على نتائج تحليل العينات. احكم على نتائج اكتشاف العينة وفقا لنتائج تحليل المكون الإضافي.</li>
</ol>

علاج 5-FU الموجه ب SNP في سرطان المعدة باستخدام تسلسل أيون التورنت

<ol>
	<li>Sung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+cancer+statistics+2020:+Globocan+estimates+of+incidence+and+mortality+worldwide+for+36+cancers+in+185+countries.">Global cancer statistics 2020: Globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.</a> CA Cancer J Clin. 71 (3), 209-249 (2021).</li><li>Wagner, A. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemotherapy+for+advanced+gastric+cancer.">Chemotherapy for advanced gastric cancer.</a> Cochrane Database Syst Rev. 8, (2017).</li><li>Shah, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunotherapy+and+targeted+therapy+for+advanced+gastroesophageal+cancer:+Asco+guideline.">Immunotherapy and targeted therapy for advanced gastroesophageal cancer: Asco guideline.</a> J Clin Oncol. 41 (7), 1470-1491 (2023).</li><li>Loganayagam, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacogenetic+variants+in+the+dpyd,+tyms,+cda+and+mthfr+genes+are+clinically+significant+predictors+of+fluoropyrimidine+toxicity.">Pharmacogenetic variants in the dpyd, tyms, cda and mthfr genes are clinically significant predictors of fluoropyrimidine toxicity.</a> Br J Cancer. 108 (12), 2505-2515 (2013).</li><li>Giacchetti, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phase+iii+multicenter+randomized+trial+of+oxaliplatin+added+to+chronomodulated+fluorouracil-leucovorin+as+first-line+treatment+of+metastatic+colorectal+cancer.">Phase iii multicenter randomized trial of oxaliplatin added to chronomodulated fluorouracil-leucovorin as first-line treatment of metastatic colorectal cancer.</a> J Clin Oncol. 18 (1), 136-147 (2000).</li><li>Hoff, P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+oral+capecitabine+versus+intravenous+fluorouracil+plus+leucovorin+as+first-line+treatment+in+605+patients+with+metastatic+colorectal+cancer:+Results+of+a+randomized+phase+iii+study.">Comparison of oral capecitabine versus intravenous fluorouracil plus leucovorin as first-line treatment in 605 patients with metastatic colorectal cancer: Results of a randomized phase iii study.</a> J Clin Oncol. 19 (8), 2282-2292 (2001).</li><li>Meulendijks, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+relevance+of+dpyd+variants+c.1679t&gt;g,+c.1236g&gt;a/hapb3,+and+c.1601g&gt;a+as+predictors+of+severe+fluoropyrimidine-associated+toxicity:+A+systematic+review+and+meta-analysis+of+individual+patient+data.">Clinical relevance of dpyd variants c.1679t&gt;g, c.1236g&gt;a/hapb3, and c.1601g&gt;a as predictors of severe fluoropyrimidine-associated toxicity: A systematic review and meta-analysis of individual patient data.</a> Lancet Oncol. 16 (16), 1639-1650 (2015).</li><li>Sadighi, S., Mohagheghi, M. A., Montazeri, A., Sadighi, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+of+life+in+patients+with+advanced+gastric+cancer:+A+randomized+trial+comparing+docetaxel,+cisplatin,+5-fu+(tcf)+with+epirubicin,+cisplatin,+5-fu+(ecf).">Quality of life in patients with advanced gastric cancer: A randomized trial comparing docetaxel, cisplatin, 5-fu (tcf) with epirubicin, cisplatin, 5-fu (ecf).</a> BMC Cancer. 6, 274 (2006).</li><li>Collins, F. S., Brooks, L. D., Chakravarti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA+polymorphism+discovery+resource+for+research+on+human+genetic+variation.">A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation.</a> Genome Res. 8 (12), 1229-1231 (1998).</li><li>Ladner, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+dutpase+and+uracil-DNA+repair+in+cancer+chemotherapy.">The role of dutpase and uracil-DNA repair in cancer chemotherapy.</a> Curr Protein Pept Sci. 2 (4), 361-370 (2001).</li><li>Capitain, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+fluorouracil+outcome+parameters+on+tolerance+and+efficacy+in+patients+with+advanced+colorectal+cancer.">The influence of fluorouracil outcome parameters on tolerance and efficacy in patients with advanced colorectal cancer.</a> Pharmacogenomics J. 8 (4), 256-267 (2008).</li><li>Askari, B. S., Krajinovic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dihydrofolate+reductase+gene+variations+in+susceptibility+to+disease+and+treatment+outcomes.">Dihydrofolate reductase gene variations in susceptibility to disease and treatment outcomes.</a> Curr Genomics. 11 (8), 578-583 (2010).</li><li>Ceppi, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+variants+in+dhfr+gene+and+response+to+treatment+in+children+with+childhood+b+all:+Revisited+in+aieop-bfm+protocol.">DNA variants in dhfr gene and response to treatment in children with childhood b all: Revisited in aieop-bfm protocol.</a> Pharmacogenomics. 19 (2), 105-112 (2018).</li><li>Sharp, L., Little, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymorphisms+in+genes+involved+in+folate+metabolism+and+colorectal+neoplasia:+A+huge+review.">Polymorphisms in genes involved in folate metabolism and colorectal neoplasia: A huge review.</a> Am J Epidemiol. 159 (5), 423-443 (2004).</li><li>Yousef, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+association+of+polymorphisms+in+folate-metabolizing+genes+with+response+to+adjuvant+chemotherapy+of+colorectal+cancer.">The association of polymorphisms in folate-metabolizing genes with response to adjuvant chemotherapy of colorectal cancer.</a> Cancer Chemother Pharmacol. 82 (2), 237-243 (2018).</li><li>Schneider, E., Ryan, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gamma-glutamyl+hydrolase+and+drug+resistance.">Gamma-glutamyl hydrolase and drug resistance.</a> Clin Chim Acta. 374 (1-2), 25-32 (2006).</li><li>Moran, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Roles+of+folylpoly-gamma-glutamate+synthetase+in+therapeutics+with+tetrahydrofolate+antimetabolites:+An+overview.">Roles of folylpoly-gamma-glutamate synthetase in therapeutics with tetrahydrofolate antimetabolites: An overview.</a> Semin Oncol. 26 (2), 24-32 (1999).</li><li>Maezawa, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+gamma-glutamyl+hydrolase+and+low+folylpolyglutamate+synthetase+expression+as+prognostic+biomarkers+in+patients+with+locally+advanced+gastric+cancer+who+were+administrated+postoperative+adjuvant+chemotherapy+with+s-1.">High gamma-glutamyl hydrolase and low folylpolyglutamate synthetase expression as prognostic biomarkers in patients with locally advanced gastric cancer who were administrated postoperative adjuvant chemotherapy with s-1.</a> J Cancer Res Clin Oncol. 146 (1), 75-86 (2020).</li><li>Cheng, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+substrate+specific+functional+polymorphism+of+human+gamma-glutamyl+hydrolase+alters+catalytic+activity+and+methotrexate+polyglutamate+accumulation+in+acute+lymphoblastic+leukaemia+cells.">A substrate specific functional polymorphism of human gamma-glutamyl hydrolase alters catalytic activity and methotrexate polyglutamate accumulation in acute lymphoblastic leukaemia cells.</a> Pharmacogenetics. 14 (8), 557-567 (2004).</li><li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recognition+of+cyclic+dinucleotides+and+folates+by+human+slc19a1.">Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human slc19a1.</a> Nature. 612 (7938), 170-176 (2022).</li><li>Ulrich, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymorphisms+in+folate-metabolizing+enzymes+and+response+to+5-fluorouracil+among+patients+with+stage+ii+or+iii+rectal+cancer+(int-0144;+swog+9304).">Polymorphisms in folate-metabolizing enzymes and response to 5-fluorouracil among patients with stage ii or iii rectal cancer (int-0144; swog 9304).</a> Cancer. 120 (21), 3329-3337 (2014).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+novel+biomarkers+of+therapeutic+responses+in+han+chinese+pemetrexed-based+treated+advanced+nsclc+patients.">Discovery of novel biomarkers of therapeutic responses in han chinese pemetrexed-based treated advanced nsclc patients.</a> Front Pharmacol. 10, 944 (2019).</li><li>Corrigan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacogenetics+of+pemetrexed+combination+therapy+in+lung+cancer:+Pathway+analysis+reveals+novel+toxicity+associations.">Pharmacogenetics of pemetrexed combination therapy in lung cancer: Pathway analysis reveals novel toxicity associations.</a> Pharmacogenomics J. 14 (5), 411-417 (2014).</li><li>Ion 520 &amp; ion 530 ext kit - chef user guide. Thermofisherscientific Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/document-connect/document-connect.html?url=https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets%2FLSG%2Fmanuals%2FMAN0015805_Ion520_530ExTKit_UG.pdf">https://www.thermofisher.com/document-connect/document-connect.html?url=https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets%2FLSG%2Fmanuals%2FMAN0015805_Ion520_530ExTKit_UG.pdf</a> (2023)</li><li>Ion genestudio s5 instrument user guide. Thermofisherscientific Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/document-connect/document-connect.html?url=https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets%2FLSG%2Fmanuals%2FMAN0017528_Ion_GeneStudio_S5_Instrument_UG.pdf">https://www.thermofisher.com/document-connect/document-connect.html?url=https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets%2FLSG%2Fmanuals%2FMAN0017528_Ion_GeneStudio_S5_Instrument_UG.pdf</a> (2023)</li><li>Parkin, N. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multi-laboratory+comparison+of+next-generation+to+sanger-based+sequencing+for+hiv-1+drug+resistance+genotyping.">Multi-laboratory comparison of next-generation to sanger-based sequencing for hiv-1 drug resistance genotyping.</a> Viruses. 12 (7), 694 (2020).</li><li>Ziller, M. J., Hansen, K. D., Meissner, A., Aryee, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coverage+recommendations+for+methylation+analysis+by+whole-genome+bisulfite+sequencing.">Coverage recommendations for methylation analysis by whole-genome bisulfite sequencing.</a> Nat Methods. 12 (3), 230-232 (2015).</li><li>Lordick, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unmet+needs+and+challenges+in+gastric+cancer:+The+way+forward.">Unmet needs and challenges in gastric cancer: The way forward.</a> Cancer Treat Rev. 40 (6), 692-700 (2014).</li><li>Kumar, K. R., Cowley, M. J., Davis, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+and+emerging+technologies.">Next-generation sequencing and emerging technologies.</a> Semin Thromb Hemost. 45 (7), 661-673 (2019).</li><li>Chinese Centres for Disease Control and Prevention. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ministry+of+Health+of+the+People's+Republic+of+China.+WS+233-2002.">Ministry of Health of the People's Republic of China. WS 233-2002.</a> Chinese Centres for Disease Control and Prevention. , 1-64 (2002).</li><li>China Environmental Protection Industry. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Medical+waste+management+regulations.">Medical waste management regulations.</a> China Environmental Protection Industry. (1), 6-10 (2004).</li></ol>

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

يتفق الخبراء السريريون بالإجماع على أن المرضى ، حتى مع نفس النوع والمرحلة من سرطان المعدة ، يمكن أن يكون لديهم استجابات مختلفة بشكل ملحوظ لنهج العلاج المتطابق. كشفت سنوات من البحث للعلماء أن الاختلافات الفردية تعزى بشكل رئيسي إلى طبيعة سرطان المعدة كمجموعة خلوية غير متجانسة ومتعددة الأشكال ومتنوعة ، مما يؤدي إلى تفاوتات فردية كبيرة في استجابات العلاج28. وبالتالي ، فإن الحصول على عينات سرطان المعدة من خلال التنظير الهضمي العلوي أو الجراحة وعينات الدم ، إلى جانب التسلسل عالي الإنتاجية للتحليل الجيني ، يتيح علاجا شخصيا لسرطان المعدة. تم تصميم هذه الاستراتيجية لتعزيز فعالية العلاج السريري وتقليل مخاطر الآثار الجانبية السامة الشديدة. أدى التقدم في تقنية تسلسل أشباه الموصلات الأيونية إلى تحويل العلاج الشخصي إلى واقع عملي29.
فيما يلي بعض القيود على طريقة الاختبار هذه. المجموعة المستخدمة هنا مخصصة بشكل أساسي للتشخيص في المختبر ، لذلك فهي تقتصر على اكتشاف طفرة rs1801131 و rs1801133 لجين MTHFR و rs1650697 و rs442767 من جين DHFR ، rs1805087 من جين MTR ، rs11545078 من جين GGH و rs1051298 من SLC19A1. لا يمكن اكتشاف طفرة في أقسام أخرى. بسبب عدم التجانس الكبير في أنسجة الورم ، قد تؤثر مواقع أخذ العينات المختلفة على نتائج الكشف. بالنسبة لعينات الأنسجة المدمجة في البارافين المخزنة لمدة أطول ، قد يتحلل الحمض النووي والحمض النووي الريبي إلى حد ما ، مما يؤثر على نتائج الاختبار. قد يؤدي جمع العينات ونقلها ومعالجتها بشكل غير معقول ، بالإضافة إلى التشغيل التجريبي غير السليم والبيئة التجريبية إلى نتائج سلبية أو إيجابية خاطئة. لا يمكن ضمان نتيجة الكشف إذا كان تركيز الحمض النووي أقل من 2 نانوغرام / ميكرولتر. نتائج اختبار المجموعة هي فقط للإشارة السريرية. يجب النظر في اختيار العلاج الشخصي للمرضى بالاقتران مع أعراضهم / علاماتهم وتاريخهم الطبي والاختبارات المعملية الأخرى وردود الفعل العلاجية. لا يمكن للنتائج السلبية أن تستبعد تماما وجود طفرة جينية مستهدفة. يمكن أن تحدث النتائج السلبية أيضا بسبب عدد قليل جدا من الخلايا السرطانية في العينة ، أو التدهور المفرط للحمض النووي أو تركيز الجين المستهدف في نظام تفاعل التضخيم أقل من حد الكشف.
بعض مؤشرات الأداء للمجموعة المستخدمة كما هو موضح. الحساسية التحليلية: بالنسبة لعينات الحمض النووي ، فإن الحد الأدنى للكمية التي يمكن اكتشافها من إجمالي الحمض النووي في هذه المجموعة هو 10 نانوغرام ، ويمكن اكتشاف معدل طفرة بنسبة 5٪. بالنسبة لعينات الحمض النووي الريبي ، فإن الحد الأدنى للكمية التي يمكن اكتشافها من إجمالي الحمض النووي في هذه المجموعة هو 10 نانوغرام. معدل المصادفة الإيجابية والسلبية: تصل نسبة المصادفة الإيجابية والسلبية إلى 100٪. حد الكشف (LOD): يمكن استخدام ما مجموعه 14 مرجعا LOD ، مرقمة L1-L14. L1-L11 هي مراجع LOD لجينات MTHFR و DHFR و MTR و GGH و SLC19A1 ، ويجب أن تكون نتائج اكتشافها أن أنواع الطفرات لمواقع الجينات المقابلة إيجابية ، ومعدلات المصادفة 100٪. التكرار: يمكن استخدام ما مجموعه خمس مواد مرجعية متكررة ، مرقمة R1-R5. R1 هي مادة مرجعية متكررة إيجابية قوية (طفرة rs67376798 لجين DPYD ). R2 ، الذي يحتوي على هذه الطفرة بعدد أقل ، هو مادة مرجعية متكررة إيجابية ضعيفة (طفرة rs67376798 لجين DPYD ) ، R3 هي مادة مرجعية سلبية متكررة (تم الكشف عن 6 مواقع من جينات DPYD و MTHFR و ABCB1 كنوع بري). يجب اختبار كل عينة مرجعية 10 مرات ، مما يضمن أن نتائج هذه التقييمات المتكررة تتوافق مع تصنيفاتها المحددة مسبقا. حجم البيانات: يجب التحكم في حجم البيانات الفعال لعينات الحمض النووي والحمض النووي الريبي فوق 0.05 متر. يجب التحكم في عمق تسلسل عينات الحمض النووي فوق 500 ، ويجب التحكم في القراءات المعينة لعينات الحمض النووي الريبي فوق 20000. اختبار التداخل: لا تتأثر هذه المجموعة بمواد التداخل الداخلية (الدهون الثلاثية والألبومين) ومواد التداخل الخارجية (الفورمالين والكحول المجفف).
يجب مراعاة بعض الاحتياطات أثناء التجربة. لا يمكن استخدام المجموعة المستخدمة هنا إلا للاختبار في المختبر. يرجى قراءة هذا الدليل بعناية قبل التجربة واستخدامه خلال فترة الصلاحية. لا يمكن استخدام مكونات المجموعة على دفعات مختلفة بالتبادل. يوصى باستخدام المواد الاستهلاكية التي تستخدم لمرة واحدة لهذه المجموعة لمنع التلوث. أثناء استخدام هذه المجموعة ، يوصى باستخدام رأس شفط مع عنصر مرشح. من أجل تجنب أي مخاطر بيولوجية محتملة في العينة ، يجب اعتبار عينة الاختبار مواد معدية لتجنب ملامسة الجلد والأغشية المخاطية. يوصى بالتعامل مع العينات في خزانة السلامة البيولوجية التي يمكن أن تمنع تدفق الهباء الجوي. يجب تعقيم أنابيب الاختبار والمصاصين المستخدمين في العملية قبل التخلص منها. يجب أن يفي تشغيل العينات والتخلص منها بمتطلبات القوانين واللوائح ذات الصلة: المبادئ التوجيهية العامة للسلامة البيولوجية للمختبرات الطبية الحيوية الميكروبية ولوائح إدارة النفايات الطبية لوزارة الصحة30,31. يجب أن يتلقى الموظفون التجريبيون تدريبا مهنيا ، وأن يعملوا بما يتفق بدقة مع التعليمات ، وأن يفصلوا المناطق بدقة وفقا للعملية التجريبية. يجب استخدام أدوات ومعدات خاصة في كل مرحلة من مراحل العملية التجريبية ، ويجب عدم استخدام المواد في كل مرحلة من كل منطقة بالتبادل. يجب على الموظفين التجريبيين فصل المناطق بدقة وفقا للعملية التجريبية. يجب استخدام أدوات ومعدات خاصة في كل مرحلة من مراحل العملية التجريبية. اتخذ تدابير وقائية كما هو مطلوب ، مثل القفازات وملابس العمل وما إلى ذلك. يجب أن يمتثل التخلص من النفايات للوائح الوطنية ذات الصلة.
على الرغم من أن تركيز هذه المقالة ينصب على SNPs السبعة ضمن خمسة جينات مرتبطة بسرطان المعدة ، إلا أن التسلسل في التطبيقات العملية لا يقتصر على هذه الجينات الخمسة وحدها. تثبت هذه الورقة بشكل قاطع وجود علاقة كبيرة بين SNPs السبعة والحساسية للعلاج الكيميائي 5-FU في سرطان المعدة.

<a href="https://app.jove.com/t/6602">This corrects</a> the article <a href="https://dx.doi.org/10.3791/64016">10.3791/66058</a>

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/66058">Multi-Gene Single Nucleotide Polymorphism Detection in Gastric Cancer Based on Ion Semiconductor Sequencing Platform</a>. The Authors section was&#160;updated.

Erratum: Multi-Gene Single Nucleotide Polymorphism Detection in Gastric Cancer Based on Ion Semiconductor Sequencing Platform

سرطان المعدة هو عبء ثقيل في مجال الصحة العامة العالمية. وفقا لإحصاءات السرطان العالمية لعام 2020 ، التي نشرتها الوكالة الدولية لبحوث السرطان (IARC) ، فإن سرطان المعدة هو خامس أكثر أنواع السرطان تشخيصا ورابع سبب رئيسي للوفاة المرتبطة بالسرطان. وفي جميع أنحاء العالم، فإن معدل معدل التوحيد العمري في شرق آسيا هو الأعلى في كل من الذكور والإناث1. حدوث سرطان المعدة غدرا ، مما يعني أن المرضى في كثير من الأحيان ليس لديهم أي أعراض واضحة ومحددة في المرحلة المبكرة. من بين جميع مرضى سرطان المعدة ، في البلدان التي لا يوجد بها فحص روتيني ، يتم تشخيص 80٪ -90٪ من المرضى في مرحلة متقدمة عندما لا يمكن إجراء عملية جراحية للورم أو الانتكاس في غضون 5 سنوات بعد العملية2.
بالنسبة لسرطان المعدة المتقدم أو النقيلي ، فإن العلاج الكيميائي هو العلاج الرئيسي ، والذي يمكن أن يحسن معدل البقاء على قيد الحياة ونوعية حياة المرضى. بالنسبة للعلاج الأولي للمرضى الذين يعانون من سرطان المعدة النقيلي ، فإن نظام البلاتين فلوروبيريميدين هو الخيار الرئيسي لنظام العلاج الكيميائي من الخط الأول3. يشمل الفلوروبيريميدين بشكل أساسي 5-فلورويوراسيل (5-FU) ومشتقات الفلوروبيريميدين الفموية ، مثل capecitabine و tegafur. الهدف الرئيسي من 5-FU هو الإنزيمات المرتبطة بالتمثيل الغذائي لحمض الفوليك ، والتي تمنع تخليق الحمض النووي وتبطئ نمو أنسجة الورم. تحد التفاعلات الدوائية الضارة من فائدتها ، مع الإسهال والتهاب الغشاء المخاطي وكبت النخاع ومتلازمة اليد والقدم من بين الآثار الجانبية الأكثر شيوعا. تم الإبلاغ عن أن الاستجابة العلاجية والتفاعلات الدوائية الضارة ترتبط ارتباطا وثيقا بعوامل في مسار التمثيل الغذائي لحمض الفوليك. والجدير بالذكر أنه تم تحديد الطفرة المتماثلة الزيجوت ل rs1801131 كمؤشر لمتلازمة اليد والقدم (p = 4.1 × 10-6 ، أو = 9.99 ، 95٪ CI: 3.84-27.8)4. على الرغم من أن الفلوروبيريميدين يستخدم على نطاق واسع في العلاج الكيميائي المضاد للسرطان ، إلا أن مقاومته الكيميائية هي حالة طارئة شائعة ، مما يتسبب في فشل علاجي في علاج سرطان المعدة. على سبيل المثال ، معدل الاستجابة الإجمالي هو 10٪ -15٪ فقط بين المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم المتقدم الذين عولجوا ب 5-FU5 فقط. أيضا ، الفلوروبيريميدين لها سمية لا يمكن تجاهلها. تشمل تفاعلات السمية التي يسببها 5-FU بشكل أساسي الإسهال ، ومتلازمة اليد والقدم ، والتهاب الفم ، وقلة العدلات ، ونقص الصفيحات ، والسمية العصبية ، وحتى الموت6. تحدث السمية الشديدة المرتبطة بالعلاج في 10٪ -30٪ من المرضى الذين عولجوا بالفلوروبيريميدين ، وتحدث السمية القاتلة في 0.5٪ -1٪ من هؤلاء المرضى7.
وجدت دراسة نوعية الحياة للمرضى الذين يعانون من سرطان المعدة المتقدم أن معدل الاستجابة كان أقل من 50٪ لأولئك الذين تلقوا العلاج الكيميائي القائم على 5-FU8. لذلك ، فإن فهم العوامل المتعلقة بحساسية العلاج الكيميائي القائم على 5-FU مهم بشكل خاص للعلاج الدقيق لزيادة معدل الاستجابة والفعالية مع تقليل السمية. بالنظر إلى أن 5-FU يرتبط ارتباطا وثيقا باستقلاب حمض الفوليك ، فقد تكون المتغيرات الجينية للإنزيمات في مسار التمثيل الغذائي لحمض الفوليك أحد العوامل. يعزى حوالي 90٪ من تباين التسلسل البشري إلى طفرات قاعدة واحدة في الحمض النووي ، والمعروفة باسم تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs)9. عندما تغير SNPs خصائص إنزيم استقلاب حمض الفوليك ، فقد يؤدي ذلك إلى اختلافات فردية في الفعالية والسمية والمقاومة الكيميائية للفلورويوراسيل في مرضى سرطان المعدة.
يستخدم اختزال الميثيلين تتراهيدروفولات (MTHFR) بشكل أساسي لتحويل 5،10-ميثيلين تتراهيدروفولات (5،10-MTHF) إلى 5-ميثيل تتراهيدروفولات. 5-FdUMP ، مستقلب 5-FU ، يشكل ثلاثيا غير نشط مع 5،10-MTHF و thymidylate synthase (TS) ، مما يثبط نشاط TS ويؤدي إلى نقص dTMP10. يمكن أن يؤدي تراكم 5،10-MTHF إلى تعزيز تأثير تثبيط 5-FU على TS ، والذي يرتبط بنشاط MTHFR. MTHFR rs1801131 و rs1801133 هما أكثر الأشكال المتعددة شيوعا ، والتي ترتبط بانخفاض نشاط الإنزيم (انخفاض بنسبة 75٪ ل rs1801133 و 30٪ ل rs181131) وتراكم 5,10-MTHF11.
اختزال ثنائي هيدروفولات (DHFR) هو الإنزيم الرئيسي في استقلاب حمض الفوليك وتخليق الحمض النووي. يقلل DHFR من ثنائي هيدروفولات ، باستخدام NADPH ، إلى رباعي هيدروفولات (THF) الذي يستخدم لحمل وحدة الكربون الواحد. SNPs من DHFR قد تؤثر على تعبيره ، وتغيير نشاط ووفرة THF ، وتؤثر كذلك على استقلاب حمض الفوليك وحساسية 5-FU. تحدث طفرة نقطة DHFR rs1650697 في المروج الرئيسي لجين DHFR ، مما يزيد من تعبير DHFR12. وجدت دراسة أن rs442767 يرتبط بفعالية وسمية الأدوية المضادة للأورام المضادة للفولات ، مثل بيميتريكسيد وميثوتريكسات. فيما يتعلق ب SNP rs442767 ، يشير النمط الجيني GT إلى وراثة أليل G وأليل T في نفس الموضع على الكروموسومات المتماثلة من كل والد. وبالمثل ، يشير النمطان الجينيان GG و TT إلى وراثة أليلين G أو أليلين T ، في المقابل. بالمقارنة مع النمط الجيني GT + TT ، يرتبط GG بانخفاض البقاء على قيد الحياة بدون أحداث وزيادة المخاطر13. هذا يشير إلى أن rs442767 قد يؤدي إلى تأثير محتمل معين على 5-FU.
يحفز سينسيز الميثيونين (MTR) إعادة مثيلة الهوموسيستين إلى الميثيونين ، والذي يلعب دورا مهما في استقلاب حمض الفوليك. MTR rs1805087 هو تعدد الأشكال الأكثر شيوعا لجين MTR . MTR rs1805087 يحل محل الجلايسين لحمض الأسبارتيك في الموقع الوظيفي المحتمل للبروتين ، مما قد يقلل من نشاط MTR. الأشخاص الذين لديهم أليل G زادوا من مستوى حمض الفوليك في البلازما وانخفض مستوى الهوموسيستين في البلازما14. على العكس من ذلك ، أظهرت دراسة أن rs1805087 ليس له ارتباط ذي دلالة إحصائية بفعالية 5-FU. لكن هذه الدراسة ركزت على سرطان القولون والمستقيم وكان حجم العينة صغيرا. العلاقة بين rs1805087 وفعالية 5-FU في مرضى سرطان المعدة لا يزال يتعين استكشافها15.
هيدرولاز جاما جلوتاميل (GGH) هو إنزيم ليزوزومي ينظم تركيزات حمض الفوليك داخل الخلايا. حمض Pteroylglutamic هو مرادف لحمض الفوليك الذي يتكون من pterin وحمض p-aminomethylbenzoic وحمض الجلوتاميك. هناك نوعان من حمض الفوليك في الكائنات الحية ، حمض الفوليك أحادي الغلوتامات وحمض الفوليك متعدد الجلوتامات. يتم تحويل THF-polyglutamate إنزيميا إلى حمض الفوليك أحادي الجلوتاميك بواسطة GGH ، مما يؤدي على التوالي إلى إطلاق إما أحادي الغلوتامات (أحادي الجلو) أو ثنائي الغلوتامات (di-Glu) 16. أظهرت دراسة حول تعبير هرمون النمو في المرضى الذين يعانون من سرطان المعدة المتقدم محليا ، أن تعبير هرمون النمو العالي يمكن أن يقلل من 5،10-MTHF و TS ، مما يعني أن هناك حاجة إلى جرعة صغيرة فقط من 5-FU لتحقيق التأثير المثبط TS في هؤلاء المرضى17. GG هو مؤشر حيوي نذير في المرضى الذين يعانون من سرطان المعدة المتقدم محليا والذين عولجوا بالعلاج الكيميائي المساعد بعد العملية الجراحية مع S-1 ، وهو دواء أولي من 5-FU ، ويلعب دورا مهما في الحفاظ على التوازن داخل الخلايا لحمض الفوليك18. GGH rs11545078 هو متغير خاطئ ويغير Thr-127 إلى Ile-127. تشير دراسة تركز على خصوصية الركيزة لهرمون النمو إلى أن rs11545078 ، مقارنة بالنوع البري ، يؤدي إلى ارتفاع Km وانخفاض الكفاءة التحفيزية للميثوتريكسات والهيكل مشابه لحمض الفوليك19. معا ، يعد استكشاف العلاقة بين rs11545078 والنتائج السريرية ل 5-FU استراتيجية واعدة لفهم مقاومة الأدوية.
عائلة حاملة المذاب 19 عضوا 1 (SLC19A1) ، وتسمى أيضا ناقل حمض الفوليك المختزل ، هي بروتين عبر غشائي تيسيري نموذجي يستورد حمض الفوليك المختزل الذي تفتقر خلايا الثدييات إلى القدرة على توليفه من جديد ، والذي يعرف بتقدير استجابة الورم ل 5-FU20. ومع ذلك ، تم إجراء عدد قليل فقط من الدراسات فيما يتعلق بالعلاقة بين 5-FU و SLC19A1 تعدد الأشكال21. في المرضى الذين يعانون من سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة الذين يتلقون بيميتريكسيد وهو نظير حمض الفوليك ، ساهم rs1051298 على الجين SLC19A1 في زيادة خطر حدوث جميع التفاعلات الدوائية الضارة وتقليل البقاء على قيد الحياة بشكل عام22,23. SLC19A1 rs1051298 ، متغير منطقة 3'غير مترجم حول استقلاب حمض الفوليك ، قد يساعد في تفسير بعض الاختلافات الفردية حول العلاج 5-FU. الهدف هنا هو تقييم العلاقة بين مقاومة rs1051298 و 5-FU بين مرضى سرطان المعدة.
يتم استخدام مجموعة ، بناء على تسلسل أشباه الموصلات ، للكشف النوعي عن الجينات في المختبر (الشكل 1) ، والتي يمكنها اكتشاف 7 SNPs مختارة في 5 جينات ، طفرات rs1801131 و rs1801133 لجين MTHFR ، طفرات rs1650697 و rs442767 لجين DHFR ، طفرة rs1805087 لجين MTR ، طفرة rs11545078 لجين GGH و rs1051298 من SLC19A1 الجينات في عينات الأنسجة السرطانية لمرضى سرطان المعدة. أولا ، تم استخراج عينة الحمض النووي ، وتم تضخيم الجزء المستهدف على وجه التحديد بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل. تمت إضافة محول تسلسل عالمي في طرفي جزء الحمض النووي لإنشاء مكتبة يمكن استخدامها للتسلسل. ثم تم تضخيم مكتبة التسلسل بواسطة PCR لتشكيل قالب تسلسل. تم إثراء النموذج الإيجابي لتلبية متطلبات التسلسل. باستخدام نظام تسلسل أشباه الموصلات ، عن طريق تثبيت شريط الحمض النووي في الفتحة الصغيرة لرقاقة أشباه الموصلات. يأخذ إنزيم بلمرة الحمض النووي (DNA) الحمض النووي (DNA) أحادي الشريط باعتباره القالب، ويخلق شريط الحمض النووي المتكامل وفقا لمبدأ تزاوج القواعد المتكاملة. في كل مرة تمتد فيها قاعدة في سلسلة الحمض النووي (DNA)، ينطلق بروتون، وهو ما يتسبب في تغيرات موضعية في الأس الهيدروجيني. يكتشف المستشعر الأيوني تغيرات الأس الهيدروجيني ويحول الإشارات الكيميائية إلى إشارات رقمية ، بحيث يمكن تفسير القواعد في الوقت الفعلي ، وأخيرا يمكن الحصول على التسلسل الأساسي لكل جزء من الحمض النووي. تم استخدام تحليل المعلوماتية الحيوية لمطابقة هذه التسلسلات مع الخريطة المرجعية للجينوم البشري. عندما تتحور الجينات المرتبطة بسرطان المعدة ، ستتغير تسلسلات قواعد الحمض النووي المقابلة لها ، وذلك للحصول على معلومات الطفرة للجينات ذات الصلة.
يمكن أن تعرض النتيجة حالة الطفرة الجينية وتوفر مرجعا للأطباء لتحديد الأنواع والجرعات المناسبة من أدوية العلاج الكيميائي والتنبؤ بمقاومة الأدوية لمرضى سرطان المعدة. ومع ذلك ، فإن نتائج الاختبار هي فقط للإشارة السريرية ولا ينصح بأن تكون الأساس الوحيد للعلاج الفردي للمرضى. يجب على الأطباء إصدار حكم شامل بناء على حالة المريض ومؤشرات الدواء وردود الفعل العلاجية ومؤشرات الاختبارات المعملية الأخرى.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.5 mL DNA LoBind Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL tubes</td>
			<td>Greiner Bio-One</td>
			<td>227261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amplification primer of gastric cancer</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td>The primers are sythesized by Thermo Fshier according to the sequence in Table 1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deparaffinization</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19093</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA purification magnetic beads</td>
			<td>Bechkman</td>
			<td>A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl alcohol</td>
			<td>Guangzhou Chemical Reagent 
			Factory Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>http://www.chemicalreagent.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion AmpliSeq Library Kit 2.0</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>4480441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free Water</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>AM9932</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips&#160;</td>
			<td>Quality Scientific Products</td>
			<td></td>
			<td>https://www.qsptips.com/products/standard_pipette_tips.aspx</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PureLink RNA Mini Columns</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>A29839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>AM1975</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tabletop mini centrifuge</td>
			<td>SCILOGES</td>
			<td>S1010E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultramicro nucleic acid analyzer</td>
			<td>BEIJING ORIENTAL SCIENCE &#38; TECHNOLOGY DEVELOPMENT LTD.</td>
			<td>BD-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

multi-gene single nucleotide polymorphism detection in gastric cancer based on ion semiconductor sequencing platform

سرطان المعدة هو ورم غير متجانس شائع. يعاني معظم المرضى من سرطان المعدة المتقدم في وقت التشخيص وغالبا ما يحتاجون إلى العلاج الكيميائي. على الرغم من أن 5-فلورويوراسيل (5-FU) يستخدم على نطاق واسع للعلاج ، إلا أن حساسيته العلاجية وتحمله للأدوية لا تزال بحاجة إلى تحديد ، مما يؤكد على أهمية الإدارة الفردية. يمكن أن يوجه علم الوراثة الدوائية التنفيذ السريري للعلاج الفردي. يساهم تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) ، كعلامة وراثية ، في اختيار أنظمة وجرعات العلاج الكيميائي المناسبة. ترتبط بعض SNPs باستقلاب حمض الفوليك ، وهو الهدف العلاجي ل 5-FU. اختزال ميثيلين تتراهيدروفولات (MTHFR) rs1801131 و rs1801133 ، اختزال ثنائي هيدروفولات (DHFR) rs1650697 و rs442767 ، سينسيز الميثيونين (MTR) rs1805087 ، هيدرولاز جاما جلوتاميل (GGH) rs11545078 وعائلة حامل المذاب 19 عضو 1 (SLC19A1) rs1051298 تم التحقيق فيها في أنواع مختلفة من السرطانات والأدوية المضادة للأورام المضادة للفولات ، والتي لها تنبؤ محتمل وأهمية توجيهية ل تطبيق 5-FU. يمكن لتقنية تسلسل أشباه الموصلات من الجيل التالي من التورنت الأيوني أن تكتشف بسرعة SNPs المرتبطة بسرطان المعدة. في كل مرة يتم فيها تمديد قاعدة في سلسلة الحمض النووي (DNA)، ينطلق H+ وهو ما يتسبب في تغيرات موضعية في الأس الهيدروجيني. يكتشف المستشعر الأيوني تغيرات الأس الهيدروجيني ويحول الإشارات الكيميائية إلى إشارات رقمية ، مما يحقق التسلسل عن طريق التوليف. هذه التقنية لها متطلبات عينة منخفضة ، وعملية بسيطة ، وتكلفة منخفضة ، وسرعة تسلسل سريعة ، وهو أمر مفيد لتوجيه العلاج الكيميائي الفردي بواسطة SNPs.

Gastric cancer is a heavy burden in the field of global public health. According to the Global Cancer Statistics 2020, published by the International Agency for Research on Cancer (IARC), gastric cancer is the fifth most diagnosed cancer and the fourth leading cause of cancer-related death. Worldwide, the incidence of age-standardized rate in East Asia is the highest in both males and females1. The occurrence of gastric cancer is insidious, which means that patients often do not have any obvious and specific symptoms in the early stage. Among all gastric cancer patients, in countries without routine screening, 80%-90% of patients are either diagnosed at an advanced stage when the tumor cannot be operated on or relapses within 5 years after the operation2.
For advanced or metastatic gastric cancer, chemotherapy is the main treatment, which can improve the survival rate and quality of life of patients. For the initial therapy of patients with metastatic gastric cancer, a platinum-fluoropyrimidine regimen is the principal choice for a first-line chemotherapeutic regimen3. Fluoropyrimidine mainly includes 5-fluorouracil (5-FU) and oral fluoropyrimidine derivatives, such as capecitabine and tegafur. The main target of 5-FU is folate metabolism-related enzymes, which inhibit DNA synthesis and slow the growth of tumor tissue. Adverse drug reactions limit their utility, with diarrhea, mucositis, myelosuppression, and hand-foot syndrome among the most frequent side effects. It has been reported that therapeutic response and adverse drug reactions are closely related to factors in the folate metabolic pathway. Notably, the homozygous mutation of rs1801131 has been identified as an indicator for hand-foot syndrome (p = 4.1 x 10-6, OR =9.99, 95% CI: 3.84-27.8)4. Although fluoropyrimidines are extensively used in anticancer chemotherapy, their chemoresistance is a common emergency, causing therapeutic failure in gastric cancer treatment. For instance, the overall response rate is only 10%-15% among patients with advanced colorectal cancer treated with 5-FU only5. Also, fluoropyrimidines have toxicity that cannot be ignored. The toxicity reactions induced by 5-FU mainly include diarrhea, hand-foot syndrome, stomatitis, neutropenia, thrombocytopenia, neurotoxicity, and even death6. Severe treatment-related toxicity occurs in 10%-30% of patients treated with fluoropyrimidines, and fatal toxicity occurs in 0.5%-1% of these patients7.
A quality-of-life study of patients with advanced gastric cancer found that the response rate was less than 50% for those who received 5-FU-based chemotherapy8. Therefore, understanding the factors related to the sensitivity of 5-FU-based chemotherapy is particularly important for precise treatment to maximize the response rate and effectiveness while minimizing toxicity. Considering that 5-FU is closely related to folate metabolism, the genetic variants of enzymes in folate metabolic pathway may be one of the factors. About 90% of human sequence variation is attributed to single base mutations in DNA, known as single nucleotide polymorphisms (SNPs)9. When SNPs change the enzyme properties of folate metabolism, it may lead to individual differences in efficacy, toxicity and chemoresistance to fluorouracil in gastric cancer patients.
Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is mainly used to convert 5,10-methylenetetrahydrofolate (5,10-MTHF) into 5-methyltetrahydrofolate. 5-FdUMP,a metabolite of 5-FU, forms inactive ternary with 5,10-MTHF and thymidylate synthase (TS), inhibiting activity of TS and leading to deficiency of dTMP10. Accumulation of 5,10-MTHF can enhance the inhibition effect of 5-FU on TS, which is correlated with the activity of MTHFR. MTHFR rs1801131 and rs1801133 are the most common polymorphisms, which are related to lower enzyme activity (a decrease of 75% for rs1801133 and 30% for rs181131) and accumulation of 5,10-MTHF11.
Dihydrofolate reductase (DHFR) is the key enzyme in folate metabolism and DNA synthesis. DHFR reduces dihydrofolate, using NADPH, to tetrahydrofolate (THF) which is used to carry one-carbon unit. SNPs of DHFR may affect its expression, change the activity and abundance of THF, and further affect folate metabolism and sensitivity of 5-FU. DHFR rs1650697 point mutation occurs in the major promoter of DHFR gene, which increases the DHFR expression12. A study found that rs442767 is associated with the efficacy and toxicity of antifolate antitumor drugs, such as pemetrexed and methotrexate. Regarding the SNP rs442767, a GT genotype signifies the inheritance of a G allele and a T allele at the same locus on the homologous chromosomes from each parent. Similarly, the genotypes GG and TT denote the inheritance of either two G alleles or two T alleles, correspondingly. Compared with genotype GT+TT, GG is related to decreased event-free survival and increased risk13. This suggests that rs442767 may lead to certain potential influence on 5-FU.
Methionine synthase (MTR) catalyzes the re-methylation of homocysteine to methionine, which plays an important role in folate metabolism. MTR rs1805087 is the most common polymorphism of MTR gene. MTR rs1805087 substitutes glycine for aspartic acid at the potentially functional site of protein, which may decrease the activity of MTR. Subjects with the G allele had increased plasma folate level and decreased plasma homocysteine level14. On the contrary, a study showed that rs1805087 has no statistically significant association with the efficacy of 5-FU. But this study focused on colorectal cancer and the sample size was small. The relationship between rs1805087 and the efficacy of 5-FU in gastric cancer patients remains to be explored15.
Gamma-glutamyl hydrolase (GGH) is a lysosomal enzyme that regulates intracellular folate concentrations. Pteroylglutamic acid is the synonym of folic acid that is made up of pterin, p-aminomethylbenzoic acid and glutamic acid. There are two forms of folic acid in organisms, monoglutamate folate and polyglutamated folate. THF-polyglutamate is enzymatically converted to monoglutamic folate by GGH, successively releasing either mono-Glutamate (mono-Glu) or di-Glutamate (di-Glu)16. A study about GGH expression in patients with locally advanced gastric cancer, showed high GGH expression could reduce 5,10-MTHF and TS, which means that only a small dosage of 5-FU is needed to achieve the TS inhibitory effect in these patients17. GG is a prognostic biomarker in patients with locally advanced gastric cancer treated with postoperative adjuvant chemotherapy with S-1, a prodrug of 5-FU, and plays an important role in maintaining intracellular homeostasis of folic acid18. GGH rs11545078 is missense variant and alters Thr-127 to Ile-127. A study focusing on substrate specificity of GGH suggests that rs11545078, compared to wild-type, results in higher Km and lower catalytic efficiency for methotrexate and the structure is similar to folic acid19. Together, exploring the relationship between rs11545078 and clinical outcomes of 5-FU is a promising strategy to understand drug resistance.
Solute carrier family 19 member 1 (SLC19A1), also named reduced folate transporter, is a typical facilitative transmembrane protein that imports reduced folates that mammalian cells lack the ability to de novo synthesize, which is recognized to estimate the response of tumor to 5-FU20. However, only a few studies have been performed regarding the association between 5-FU and SLC19A1 polymorphism21. In patients with non-small cell lung cancer receiving pemetrexed which is a folate analog, the rs1051298 on the SLC19A1 gene contributed to increase the risk of all adverse drug reaction and decrease overall survival22,23. SLC19A1 rs1051298, a 3&#39;untranslated region variant about folate metabolism, may help explain some of the individual differences about 5-FU therapy. Here the aim is to evaluate the association between rs1051298 and 5-FU resistance among patients with gastric cancer.
A kit, based on semiconductor sequencing, is used for qualitative gene detection in vitro (Figure 1), which can detect 7 selected SNPs in 5 genes, the rs1801131 and rs1801133 mutations of MTHFR gene, rs1650697 and rs442767 mutations of DHFR gene, rs1805087 mutation of MTR gene, rs11545078 mutation of GGH gene and rs1051298 of SLC19A1 gene in tumor tissue samples of gastric cancer patients. Firstly, the sample nucleic acid was extracted, and the target fragment was specifically amplified by PCR. A universal sequencing adapter was added at both ends of the DNA fragment to construct a library that can be used for sequencing. Then amplification of the sequencing library by PCR to form a sequencing template was done. The positive template was enriched to meet the sequencing requirements. Using the semiconductor sequencing system, by fixing the DNA strand in the tiny hole of the semiconductor chip. DNA polymerase takes the single-stranded DNA as the template and synthesizes the complementary DNA strand according to the principle of complementary base pairing. Each time a base is extended in a DNA chain, a proton will be released, causing local pH changes. An ionic sensor detects pH changes and converts chemical signals into digital signals, so that bases can be interpreted in real time, and finally the base sequence of each DNA segment can be obtained. Bioinformatics analysis was used to match these sequences to the reference map of the human genome. When gastric cancer related genes mutate, their corresponding DNA base sequences will change, so as to obtain the mutation information of related genes.
The result can display gene mutation status and provide reference for clinicians to select appropriate types and dosages of chemotherapy drugs and predict the drug resistance for gastric cancer patients. However, the test results are only for clinical reference and are not recommended to be the only basis for individualized treatment of patients. Clinicians should make a comprehensive judgment based on the patient&#39;s condition, drug indications, treatment reactions and other laboratory test indicators.

تسليط الضوء على المؤلف: التنميط الجيني لاستجابة الفلورويوراسيل في سرطان المعدة

الكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة متعددة الجينات في سرطان المعدة على أساس منصة تسلسل أشباه الموصلات الأيونية

Our research team is devolving into the elements that dictate the sensitivity and resistance to 5-fluorouracil, a key chemotherapeutic agent for gastric cancer, emphasizing genetic inferences. We are dedicated to uncovering how genetic differences impact drug reactions and assessing the feasibility of tailoring treatment to individual genetic profiles. This protocol is tailored to detect single-nucleotide polymorphisms in patients with gastric cancer, elucidating the correlation between genetic mutations and their sensitivity to fluorouracil chemotherapy.This breakthrough enables the prediction of patients'responses to fluorouracil, facilitating the customization of treatment strategies. This protocol stands out by offering high sensitivity for various sample types, including blood, reducing invasiveness with multiple samples. Utilizing semiconductor sequencing simplifies operations and consequently time by directly detecting ion changes by passing fluorouracils.

Read this Scientific Article Protocol about Author Spotlight: Genetic Profiling for Fluorouracil Response in Gastric Cancer at JoVE.com

يقترح هذا البروتوكول إجراءات معملية شاملة مطلوبة للكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة في عينات سرطان المعدة بناء على منصة تسلسل أشباه الموصلات الأيونية. كما يتم وصف التسلسلات المستهدفة ، ومحولات الربط ، وتضخيم المكتبة وتنقيتها ، ومعايير مراقبة الجودة بالتفصيل.

Gastric cancer is a common heterogeneous tumor. Most patients have advanced gastric cancer at the time of diagnosis and often need chemotherapy. Although ...

يتحول فريق البحث لدينا إلى العناصر التي تملي حساسية ومقاومة 5-fluorouracil ، وهو عامل علاج كيميائي رئيسي لسرطان المعدة ، مع التركيز على الاستدلالات الجينية. نحن ملتزمون بالكشف عن كيفية تأثير الاختلافات الجينية على التفاعلات الدوائية وتقييم جدوى تكييف العلاج مع الملامح الجينية الفردية. تم تصميم هذا البروتوكول للكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة في مرضى سرطان المعدة ، وتوضيح العلاقة بين الطفرات الجينية وحساسيتها للعلاج الكيميائي للفلورويوراسيل .يتيح هذا الاختراق التنبؤ باستجابات المرضى للفلورويوراسيل ، مما يسهل تخصيص استراتيجيات العلاج. يبرز هذا البروتوكول من خلال تقديم حساسية عالية لأنواع العينات المختلفة ، بما في ذلك الدم ، مما يقلل من الغزو بعينات متعددة. يؤدي استخدام تسلسل أشباه الموصلات إلى تبسيط العمليات وبالتالي الوقت عن طريق الكشف المباشر عن التغيرات الأيونية عن طريق تمرير الفلورويوراسيل.

multi-gene-single-nucleotide-polymorphism-detection-gastric-cancer

Research

JoVE Journal

Medicine

Multi-Gene Single Nucleotide Polymorphism Detection in Gastric Cancer Based on Ion Semiconductor Sequencing Platform

345 Views.  Nanfang Hospital, Southern Medical University. يتحول فريق البحث لدينا إلى العناصر التي تملي حساسية ومقاومة 5-fluorouracil ، وهو عامل علاج كيميائي رئيسي لسرطان المعدة ، مع التركيز على الاستدلالات الجينية. نحن ملتزمون بالكشف عن كيفية تأثير الاختلافات الجينية على التفاعلات الدوائية وتقييم جدوى تكييف العلاج مع الملامح الجينية ?...

Video: تسليط الضوء على المؤلف: التنميط الجيني لاستجابة الفلورويوراسيل في سرطان المعدة

Gastric cancer is a common heterogeneous tumor. Most patients have advanced gastric cancer at the time of diagnosis and often need chemotherapy. Although 5-fluorouracil (5-FU) is widely used for treatment, its therapeutic sensitivity and drug tolerance still need to be determined, which emphasizes the importance of individualized administration. Pharmacogenetics can guide the clinical implementation of individualized treatment. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), as a genetic marker, contribute to the selection of appropriate chemotherapy regimens and dosages. Some SNPs are associated with folate metabolism, the therapeutic target of 5-FU. Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) rs1801131 and rs1801133, dihydrofolate reductase (DHFR) rs1650697 and rs442767, methionine synthase (MTR) rs1805087, gamma-glutamyl hydrolase (GGH) rs11545078 and solute carrier family 19 member 1 (SLC19A1) rs1051298 have been investigated in different kinds of cancers and antifolate antitumor drugs, which have potential forecasting and guiding significance for application of 5-FU. The ion torrent next-generation semiconductor sequencing technology can rapidly detect gastric cancer-related SNPs. Each time a base is extended in a DNA chain, an H+ will be released, causing local pH changes. The ionic sensor detects pH changes and converts chemical signals into digital signals, achieving sequencing by synthesis. This technique has low sample requirement, simple operation, low cost, and fast sequencing speed, which is beneficial for guiding individualized chemotherapy by SNPs.

This protocol proposes holistic laboratory procedures required to detect single nucleotide polymorphisms in gastric cancer samples based on an ion semiconductor sequencing platform. The target sequences, ligating adapters, library amplification and purification, and quality control criteria are also described in detail.