نمذجة الروابط في الخرائط المشتقة من المجهر الإلكتروني بالتبريد

نحن مهتمون بفهم العمليات الفسيولوجية التي تحدث عبر الخلية ، خاصة عند واجهة الغشاء. نحن نستخدم Cryo-EM كتقنية رئيسية ونعمل على العديد من المشكلات البيولوجية المثيرة للاهتمام والصعبة التي تدرس مجمعات جزيئية متعددة. كان تحديد هياكل البروتينات الغشائية وغيرها من المجمعات القابلة للذوبان أمرا صعبا قبل عقدين من الزمن.

ومع ذلك ، فإن التقدم التقني في Cryo-EM ، وهو منظف جديد ومحاكاة للدهون ومع الأوقاف مهد الطريق لتحديد الهيكل السريع لهذه المجمعات. يمكن الآن الحصول على هذه الهياكل بدقة عالية ويحتمل استخدامها في اكتشاف الأدوية. في جسيم واحد Cryo-EM ، تشمل التحديات الحصول على عينة مستقرة ومتجانسة ، وتضمين العينة في اتجاه عشوائي في الجليد الرقيق ، ومعالجة عدد كبير من الصور مع انخفاض نسبة الإشارة إلى الضوضاء ، وتحديد الاتجاه الزاوي والتصنيف بدقة أثناء إعادة بناء 3D.

يعد تحديد ونمذجة الجزيئات الصغيرة في خرائط cryo-EM لمجمعات بروتين الليجند أمرا صعبا بسبب الضوضاء المتأصلة في البيانات ودقة الخريطة الخواص المنخفضة ، وعدم تجانس العينة ، ومرونة اليجند. هذا البروتوكول هو دليل خطوة بخطوة لتحديد ونمذجة الروابط وجزيئات المذيبات في Cryo-EM منخفض إلى متوسط الدقة.