生物修复是利用原核生物，真菌或植物去除环境中的污染物。该过程已用于去除地下水中的有害毒素，作为农业径流的副产品，也用于清理溢油。

农业生物修复

生物修复是一个有用的过程，其中微生物和细菌用于去除环境中的毒素和污染物。在农业实践中，化肥和农药的使用会导致化学物质渗入地下水、溪流和湖泊。例如，莠去津（atrazine），一种在许多肥料中发现的环境毒素，可以用两种常见的环境细菌，如:根瘤菌、细菌和真菌等，从土壤中分解和去除。

工业生物修复

石油泄漏常常造成海洋生物多样性的丧失。然而，在受漏油影响的水域添加营养物质会促进碳氢化合物降解细菌的生长，这些细菌会分解石油。例如，在一项研究中，科学家测试了珊瑚中自然存在的细菌共生体 Mussismilia hartii 分解石油的能力。它们不仅能降解石油碳氢化合物，最大限度地减少石油对珊瑚物种健康的影响，而且还能双重促进珊瑚的光合效率。