许多蛋白质形成复合物来执行其功能，使蛋白质-蛋白质相互作用 （PPI） 对生物体的生存至关重要。大多数 PPI 被许多弱的非共价化学力稳定。界面的物理形状决定了两种蛋白质相互作用的方式。许多球状蛋白质在其表面具有紧密匹配的形状，从而形成大量弱键。此外，许多 PPI 发生在两个螺旋之间或表面裂隙与多肽链或串之间。

各种计算和生化方法用于研究蛋白质界面。实验室方法（如亲和纯化、质谱和蛋白质微阵列）可用于鉴定新的相互作用。蛋白质的免疫共沉淀和酵母双杂交筛选被广泛用于提供两种蛋白质在体外是否相互作用的证据。计算机程序可以通过比较蛋白质序列和三维结构，根据在其他蛋白质中发现的类似相互作用来预测 PPI。其他计算方法，例如系统发育分析，根据结合伴侣的协同进化预测 PPI。此外，基因融合分析还用于通过查找在其他生物体基因组中融合的蛋白质对来预测相互作用伙伴。

蛋白质通常在相同或不同时间与多个伴侣相互作用，并且它们可能包含多个相互作用界面。许多蛋白质形成大型复合物，这些复合物执行只能由整个复合物执行的特定功能。在某些情况下，这些蛋白质相互作用受到调节;也就是说，蛋白质可以根据细胞需要与不同的伙伴相互作用。进一步的计算和统计分析将此类交互分类为网络，这些网络在在线交互组数据库中进行整理。这些可搜索的数据库使用户能够研究特定的蛋白质相互作用，以及设计可以增强或破坏界面相互作用的药物。