Wiele białek tworzy kompleksy, które pełnią swoje funkcje, co sprawia, że interakcje białko-białko (IPP) są niezbędne do przetrwania organizmu. Większość IPP jest stabilizowana przez liczne słabe niekowalencyjne oddziaływania chemiczne. Fizyczny kształt interfejsów określa sposób, w jaki dwa białka oddziałują na siebie. Wiele białek kulistych ma ściśle dopasowane kształty na swoich powierzchniach, które tworzą dużą liczbę słabych wiązań. Ponadto wiele IPP występuje między dwiema helisami lub między szczeliną powierzchniową a łańcuchem polipeptydowym lub sznurkiem.

Do badania granic faz białek stosuje się różne metody obliczeniowe i biochemiczne. Metody laboratoryjne, takie jak oczyszczanie powinowactwa, spektrometria mas i mikromacierze białek, mogą być stosowane do identyfikacji nowych interakcji. Koimmunoprecypitacja białek i dwuhybrydowe badania przesiewowe drożdży są szeroko stosowane w celu uzyskania dowodów na to, czy dwa białka oddziałują na siebie in vitro. Programy komputerowe mogą przewidywać IPP na podstawie podobnych interakcji występujących w innych białkach, porównując sekwencje białek i struktury trójwymiarowe. Inne podejścia obliczeniowe, takie jak profilowanie filogenetyczne, przewidują IPP na podstawie koewolucji partnerów wiążących. Ponadto analiza fuzji genów służy do przewidywania partnerów interakcji poprzez znajdowanie par białek, które są połączone w genomie innych organizmów.

Białka zazwyczaj oddziałują z wieloma partnerami w tym samym lub różnym czasie i mogą zawierać więcej niż jeden interfejs interakcji. Wiele białek tworzy duże kompleksy, które pełnią określone funkcje, które mogą być wykonywane tylko przez cały kompleks. W niektórych przypadkach te interakcje białek są regulowane; Oznacza to, że białko może wchodzić w interakcje z różnymi partnerami w zależności od potrzeb komórkowych. Dalsze analizy obliczeniowe i statystyczne sortują takie interakcje w sieci, które są przechowywane w internetowych bazach danych interaktomowych. Te przeszukiwalne bazy danych umożliwiają użytkownikom badanie określonych interakcji białek, a także projektowanie leków, które mogą wzmacniać lub zakłócać interakcje na styku.