在真核生物中，细胞核中 pre-mRNA 的加工与其转录紧密耦合。

一旦 RNA 聚合酶开始转录，新合成的前体 mRNA 立即被各种因子结合，加工成成熟且功能性的 mRNA。

因此，RNA 聚合酶的基因转录速率直接影响 pre-mRNA 加工的步骤。

调节 RNA 聚合酶活性速率的主要因素之一是基因的染色质结构，其中包括核小体定位和 DNA 模板上的组蛋白修饰。

核小体非常战略性地位于 DNA 的某些区域。它们充当屏障并暂时暂停 DNA 上的 RNA 聚合酶活性。

例如，在大多数基因中，核小体位于启动子元件之后。它迫使 RNA 聚合酶在转录起始位点暂停，为延伸因子和染色质重塑复合物的组装提供足够的时间，这有助于在模板 DNA 上创建无核小体区域。同时，细胞可以为新合成的前 mRNA 募集 5' 加帽酶。

与内含子相比，核小体在外显子上的定位也更受青睐。这些外显子特异性核小体中的特异性组蛋白修饰有助于募集剪接体组分，然后这些组分可以在合成中直接转移到 RNA。

这些组蛋白修饰也有助于新兴 mRNA 链上的外显子选择。核小体上的组蛋白修饰可以募集不同的蛋白质因子，从而促进组成型或替代外显子保留在成熟 mRNA 链中。

最后，用基因体上的变体替换正常组蛋白 H3 可导致剪接因子的募集缺陷，并增强内含子保留，导致通过无义介导的途径降解所得的 mRNA 或在翻译蛋白中引入突变。

这种异常剪接与许多疾病有关，包括神经退行性疾病和癌症。