באיקריוטים, עיבוד קדם-mRNA בגרעין צמוד לשעתוק שלו.

ברגע ש-RNA פולימראז מתחיל לשעתק, הקדם-mRNA המסונתז החדש קשור מיד על ידי גורמים שונים כדי להיות מעובד ל-mRNA בוגר ומתפקד.

לכן, קצב שעתוק הגנים על ידי ה-RNA פולימראז משפיע ישירות על השלבים בעיבוד קדם-mRNA.

אחד הגורמים העיקריים המווסתים את קצב פעילות ה-RNA פולימראז הוא מבנה הכרומטין של הגן, הכולל מיקום נוקלאוזומים ושינויים בהיסטון על תבנית הדנ"א.

נוקלאוזומים ממוקמים באופן אסטרטגי מאוד באזורים מסוימים של הדנ"א. הם פועלים כמחסום ומשהים זמנית את פעילות ה-RNA פולימראז על הדנ"א.

לדוגמה, ברוב הגנים, נוקלאוזום, ממוקם אחרי היסוד המקדם. זה מאלץ את ה-RNA פולימראז לעצור באתר ההתחלה של השעתוק, מה שנותן מספיק זמן להרכבה של גורמי התארכות וקומפלקס עיצוב מחדש של כרומטין שעוזר ליצור אזור חופשי בנוקלאוזומים בדנ"א של התבנית. בינתיים, התא יכול לגייס אנזימי מכסה של 5' עבור הקדם-mRNA המסונתז החדש.

מיקום נוקלאוזומים מועדף גם על האקסונים בהשוואה לאינטרונים. שינויים ספציפיים בהיסטון בנוקלאוזומים ספציפיים אלה עוזרים לגייס רכיבי ספליסוזום אשר לאחר מכן יכולים להיות מועברים ישירות לרנ"א תחת סינתזה.

שינויים אלה בהיסטון יכולים גם לתרום לבחירת האקסון על גדיל ה-mRNA המתהווה. שינויים בהיסטון על הנוקלאוזומים יכולים לגייס גורמי חלבון שונים שיכולים להקל על שימור אקסונים מכוננים או חלופיים בגדיל ה-mRNA הבוגר.

לבסוף, החלפת היסטון H3 נורמלי בגרסאות שלו על גוף הגן עלולה להוביל לגיוס פגום של גורמי שחבור, ולשפר את שימור האינטרונים המוביל לפירוק ה-mRNA שנוצר כתוצאה מכך באמצעות מסלול בתיווך שטויות או הכנסת מוטציות בחלבון המתורגם.

שחבור לא תקין כזה נקשר למחלות רבות, כולל הפרעות נוירודגנרטיביות וסרטן.