U eukariontów przetwarzanie pre-mRNA w jądrze jest ściśle sprzężone z jego transkrypcją.

Gdy tylko polimeraza RNA zacznie transkrybować, nowo zsyntetyzowany pre-mRNA jest natychmiast wiązany przez różne czynniki, które mają zostać przetworzone w dojrzałe i funkcjonalne mRNA.

Dlatego szybkość transkrypcji genów przez polimerazę RNA bezpośrednio wpływa na etapy przetwarzania pre-mRNA.

Jednym z głównych czynników regulujących szybkość aktywności polimerazy RNA jest struktura chromatyny genu, która obejmuje pozycjonowanie nukleosomów i modyfikacje histonów na matrycy DNA.

Nukleosomy są bardzo strategicznie rozmieszczone w określonych regionach DNA. Działają jak bariera i tymczasowo wstrzymują aktywność polimerazy RNA na DNA.

Na przykład w większości genów nukleosom jest umieszczony za elementem promotorowym. Zmusza polimerazę RNA do zatrzymania się w miejscu rozpoczęcia transkrypcji, dając wystarczająco dużo czasu na złożenie czynników elongacyjnych i kompleksu przebudowy chromatyny, który pomaga w tworzeniu wolnego regionu nukleosomów na matrycy DNA. W międzyczasie komórka może rekrutować enzymy cappingujące 5' dla nowo zsyntetyzowanego pre-mRNA.

Pozycjonowanie nukleosomów jest również faworyzowane na eksonach w porównaniu z intronami. Specyficzne modyfikacje histonów w tych nukleosomach specyficznych dla egzonu pomagają w rekrutacji składników spliceosomów, które mogą być następnie bezpośrednio przenoszone do RNA podczas syntezy.

Te modyfikacje histonów mogą również przyczyniać się do selekcji eksonów na powstającej nici mRNA. Modyfikacje histonów na nukleosomach mogą rekrutować różne czynniki białkowe, które mogą ułatwiać zatrzymywanie konstytutywnych lub alternatywnych eksonów w dojrzałej nici mRNA.

Wreszcie, zastąpienie normalnego histonu H3 jego wariantami w ciele genu może prowadzić do wadliwej rekrutacji czynników splicingowych i zwiększenia retencji intronów, co prowadzi do degradacji wynikowego mRNA poprzez szlak pośredniczący w nonsensowności lub wprowadzenie mutacji w translowanym białku.

Takie nieprawidłowe splicowanie jest powiązane z wieloma chorobami, w tym zaburzeniami neurodegeneracyjnymi i rakiem.