可以通过使用特异性 DNA 结合染料对染色质进行染色质来研究染色质压缩的程度。在显微镜下，致密区域吸收更多的染料，看起来更暗，而不太致密的区域吸收较少的染料，看起来更亮。根据压缩水平，染色质分为两种主要形式——常染色质和异染色质。
常染色质是染色质密度较低的区域，染色颜色较浅。常染色质包含组蛋白 H3，在组蛋白尾部区域的第 9 位的赖氨酸上广泛乙酰化。启动子区域中的组蛋白具有甲基化赖氨酸 4 和位置 10 的磷酸化。广泛的乙酰化降低了组蛋白和 DNA 之间的吸引力，使染色质松动。在间期，可以发现常染色质分散在整个细胞核中。它在细胞分裂的 S 期的整个持续时间内复制。
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