Stopień zagęszczenia chromatyny można badać poprzez barwienie chromatyny przy użyciu specyficznych barwników wiążących DNA. Pod mikroskopem gęsto zagęszczone obszary pochłaniają więcej barwnika, wydają się ciemniejsze, podczas gdy mniej zwarte obszary pobierają mniej barwnika i wydają się jaśniejsze. Na podstawie stopnia zagęszczenia chromatyny dzieli się na dwie podstawowe formy – euchromatynę i heterochromatynę.

Euchromatyna jest mniej gęstym obszarem chromatyny i barwi się jaśniej. Euchromatyna zawiera histon H3 w znacznym stopniu acetylowany na lizynie w 9. pozycji obszaru ogona histonu. Histony w regionie promotora mają metylowaną lizynę 4 i fosforylację pozycji 10. Ekstensywna acetylacja zmniejsza przyciąganie między histonami a DNA, rozluźniając chromatynę. Podczas interfazy euchromatyna może być rozproszona w jądrze komórkowym. Replikuje się przez cały czas trwania fazy S podziału komórki.