クロマチンの圧縮の程度は、特定のDNA結合色素を用いてクロマチンを染色することで調べることができます。顕微鏡下では、密集した領域はより多くの色素を吸収し、より暗く見えますが、圧縮されていない領域はより少ない色素を吸収し、より明るく見えます。圧縮レベルに基づいて、クロマチンはユークロマチンとヘテロクロマチンの2つの主要な形態に分類されます。

ユークロマチンはクロマチンの密度が低い領域であり、染色が軽くなります。ユークロマチンは、ヒストン尾部の9番目の位置でリジン上に広範囲にアセチル化されたヒストンH3を含んでいます。プロモーター領域のヒストンは、メチル化リジン4と位置10のリン酸化を持っています。広範なアセチル化により、ヒストンとDNAの間の引力が減少し、クロマチンが緩みます。間期には、ユークロマチンは細胞核全体に分散して見られます。これは、細胞分裂のS期の全期間にわたって複製します。