Em eucariotas, a cromatina existe em três formas principais com base no seu nível de compactação, eucromatina, heterocromatina constitutiva, e heterocromatina facultativa. Eucromatina é um gene rico, menos compacto, e ativamente transcrito na região da cromatina. Quando fixado e visto sob um microscópio, aparece como regiões levemente coradas porque pode reter menos partículas da mancha.

Os aminoácidos da cauda da histona de eucromatina são acetilados extensivamente. A acetilação aumenta a carga negativa em proteínas histonas, reduzindo localmente a afinidade DNA-histona. Isto reduz a compactação da cromatina, permitindo o acesso mais fácil ao DNA.

A heterocromatina constitutiva é uma região rica em repetições, pobre em genes, e altamente compactada. Sob um microscópio, heterocromatina constitutiva aparece manchada de escuro como a compactação permite que ele pegue até mais DNA ligando corante. Uma cauda de histona metilada caracteriza heterocromatina constitutiva.

A metilação aumenta a afinidade entre histonas e DNA, aumentando assim a compactação da cromatina e inibindo o acesso ao DNA. As histonas metiladas também estão ligados por uma proteína não-histona chamada proteína heterocromatina 1, que facilita a compactação da cromatina e propagação de heterocromatina constitutiva. A heterocromatina Facultativa é uma região de repetição pobre gene silencioso.

Sob o microscópio, aparece também manchada de escuro devido a sua maior compactação. A principal distinção entre heterocromatina facultativa e constitutiva é que os genes contidos Dentro das regiões de heterocromatina facultativas são flexíveis. Por exemplo, em uma célula os genes em heterocromatina facultativa podem ser reprimidos.

Enquanto em outra, os genes no mesmo locus podem ser expressos e não seriam armazenados no estado facultativo. As regiões heterocromatinas facultativas são muitas vezes ligadas por uma proteína não-histona chamada complexo repressivo polycom 2, que pode di ou trimetilar H3 e contribuir com repressão repressiva transicional. A inativação do cromossoma X em mamíferos do sexo feminino é um exemplo de heterocromatina facultativa.

As fêmeas de mamíferos têm dois cromossomos X e machos têm somente um. Um dos cromossomos X nas fêmeas compreende heterocromatina altamente condensada, resultando na repressão de todos os genes presentes nesse cromossomo. Isto assegura que os genes no cromossomo X de ambos os machos e as fêmeas são expressos no mesmo nível.

Sob o microscópio, este cromossomo X inativado aparece como um corpo de Barr, denso, machado obscuramente na periferia do núcleo.